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传统和谐思维曾经深透地浸润于民族的血脉中，影响着人们的思维和生活。以祛病强身为目标的中医学，就是在基础性实证科学远未出现的情况下，由和谐思维所催生的诊治人体疾病的生命科学，这一科学显现着传统和谐思维的许多特征。
春秋战国时代趋于成熟的阴阳学说和五行学说是传统和谐思维典型的理论反映，成书于战国及秦汉之际的中医学理论圣典《黄帝内经》就明确地吸收了其中的理论成果，在学科构建上体现着模式化、系统化的思维方式。
中医学在对人体组织结构的理解上运用了阴阳划分原则和五行对应原则，把人看成一个体现着无数阴阳对立统一的有机整体，按照上下、表里、外内、背腹等相对部位，以及气血、津液等不同成分划分阳与阴。同时又把人的器官以“五脏”为核心，联系内外多组器官，分别与五行一一对应配位，而五脏本身又分阴分阳。这样，就以阴阳为纲，以五行分类，形成了对人体组织结构的整体把握。以阴阳五行学说提供的模式化系统比拟人体生理结构，由此奠定了学科基础。
中医学不仅把人本身及其相关机能看成系统，而且把人生存于其间的天地及其万物看成系统，认为这些系统中的要素既与五方、五时、五色、五味相对应，又有阴阳属性，而这些不同系统之间以及内部要素之间存在着以阴阳五行关系为基础的规律性作用。具体说来，天地间的五运六气、干支变化，都会通过人的十二经络与人体发生感应，外界的许多自然物可以对人体机能产生某些针对性影响，由此引申出中医学的诊疗手段。
中医学用阴阳五行模式的异常之变说明人体的病理，认为“阴盛则阳病，阳盛则阴病”。《黄帝内经》在五行生克关系的基础上，又总结归纳出了“相乘（过分相克）”“相侮（反向相克）”“乘侮”“胜复”等多种复杂异常的变化，认为人体内部五行失衡，阴阳一方偏盛或偏衰，都会导致对身体平衡的破坏，造成“邪气”侵入，发生疾病。在临床诊断与治疗上，中医学针对人体系统的规律性病变也有许多模式化的方法。
阴阳学说中的阴阳并非指某种实体，二者代表事物的属性；五行学说也以反映复杂事物间的生克制约关系为根本意旨，五种物质实体的质料和构成曾是被忽略了的方面。传统和谐思维看重事物在某种关系中的特定功能，而忽略对物质实体探究的思维特征，也在中医学上有突出表现。
比如，中医上“五脏”所指的心、肝、脾、肺、肾并不等于解剖学上的心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏，它们不是脏器实体，而是指归纳了多种器官与体位的特定功能系统，不是血肉的五脏，而是功能的五脏；十二经络也是一个着眼于感应功能而缺乏确定实存支持的网络系统。中医学从相互关系的意义上理解人体各部位应有的功能，从功能的衰变上诊断病变，设法用相应的手段恢复其正常功能，但对该功能赖以存在的实体始终疏于深究。
中医学认为自然界的植物、矿物和动物在阴阳五行的对应分类下其性相通，具有相克相补的功能，据此选择出数千种自然物，但并不探究其构造和成分，而是按寒、热、温、凉的属性和辛、甘、酸、苦、咸之味进行功能效用上的归类使用，这种“四气”“五味”的概括，全是着眼于药物的使用功效，与人们的触觉与味觉并不直接相关。中医治疗在方剂配制上讲究“君、臣、使、佐”的角色定位，同样是突出该药物在药剂中的功能。针灸治疗法也是利用人体经络对作用力和信息（生物电）的传递功能而使用的治疗手段。
看重功能的致思方向贯穿于中医学立论和用药治疗的全过程。近日世卫组织官员称赞中医比西医在某种程度上性价比更高，就是因为前者注重功能恢复的方式比后者针对实体治疗的方式有时毒副作用少，且更为便捷。
古老的中医学诞生在基础科学尚未确立的情况下，它的创建寻求到两个坚实的支点：第一，健康的人，其各机体的功能表现为平衡的和谐系统；第二，阴阳五行的和谐模型能够普遍地模拟一切和谐的事物。基于以上两点认定，它就很有根据地对人体各机能做出划分，把健康的人体功能状况与阴阳五行正常模型相对应，而把人体中理论模型的被打破视为人体的病变，由此采取恢复特定功能、实现机体和谐的治疗方法。
医学作为带有综合性的复杂生命科学，它的创建应以解剖学、生理学、分子生物学等多项基础科学的确立为前提，近代西方医学的创立大体遵循了这一过程；中医学绕开了实证科学的缺失，它以高度成熟的和谐思维模型代替缺位的基础科学，实现了本来不可能的学科创建，这在人类科学史上应是少有的特例。中医学科的上述两个支点虽有凭空臆想之嫌，但并非毫无根据地杜撰，因而该学科尽管有其先天性不足，却能构建自成一派的学术风格，成就非凡的医疗实效。
中医学在大量实践的基础上对理论模型合理推衍，也形成了许多模型化的诊断技术和治疗手段。如八纲辩证中，以“表里”表病位深浅，“寒热”表疾病性质，“虚实”表邪气程度，“阴阳”表疾病类别，则人体疾病大体可以归结为表寒实证等二十二种基本类型；中医还根据五行生克乘侮的不同情形，创制了培土胜金、滋水涵木、扶土抑水、佐金平木、壮水制火等旨在恢复人体系统和谐与平衡的模型化治疗原则，治疗的方剂也有许多模型化的配置。以固有的模型代替实证与检测是学科的先天特征。
然而，根据望、闻、问、切的感性信息把某种症状归为哪一类型，对某种疾病使用何种方剂配置，对其中某些药物如何加减，都要靠诊治者的悟性判断，这是中医学为人诟病的诊治方案无定之所在，同时又提供给诊治者发挥个人智能的巨大空间。模型化的学科特征既制约又支持着诊治过程的灵活性。
完全可以说，是传统和谐思维的思维方式、致思倾向及其固化模型催生出了中医学的血肉和骨骼，由此也把自己的优长与不足烙印于该学科。临床医学上对机体功能的恢复和对实体的治疗永远可以互相补充，这正形成了中西医结合的永恒的生命力。