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我国区域经济调控经历了均衡策略、非均衡策略到全面发展策略的转变，在培养经济增长极方面也从“单极突进”到“多轮驱动”。
在这些已经或正在转变过程中，我国区域经济也正面临着区域经济发展差距问题、区域经济调控力度问题、区域经济合作问题以及区域经济调控的制度设计问题，其中后两个问题将在后文章节中进行论述。本节仅论述前两个问题。
自20世纪80年代梯度理论的兴起到付诸实践，我国东中西部地区经济增长呈现出非均衡发展特征。当前，我国区域经济发展的难点问题主要包括区域之间的分工和协作淡化、区域产业结构趋同化、地区间经济发展差距急剧拉大、区域经济增长和区域矛盾激化以及公平和效率在区域发展上的两难选择等几个方面
，而区域经济差距可以说是最主要的问题。以西部与东部发展差距为例，从1978年到1997年，全国GDP由3.463亿元增加到74.772亿元，在增加的71.309亿元中，东部沿海地区的贡献是42.746亿元，占全国的59.9％，而陆地面积占全国71.7％、人口约35亿的西部地区1998年GDP仅为1.15亿元。西部地区这种经济发展水平与其国土面积和人口所占全国的比例具有明显的反差，而且西部地区经济发展与东部地区之间的发展差距还在继续扩大。
我国区域经济发展的不平衡问题首先表现为地区经济总量的不平衡。改革开放以来，在国内外投资和产业持续向沿海地区转移的推动下，经济布局也呈现向沿海地区集聚的态势，形成一些支撑全国经济增长的经济密集区。2007年，我国GDP总量中，东部地区十省市以152346.4亿元的生产总值占全国经济总量的55.3％，东北地区三个省份以23373.2亿元占8.5％，中部地区六省以52040.9亿元占18.9％，而西部地区十几个省份以47864.1亿元占17.4％。特别是东部地区的京津冀、长江三角洲、珠江三角洲三大经济圈，
2008年三大经济圈的地区生产总值达到12.51万亿元，占全国的38.2％。其中，长三角地区生产总值达到6.55万亿元，占全国比重20％；珠三角地区生产总值达到2.97万亿元，占全国比重为9.1％；京津冀地区生产总值达到2.98万亿元，占全国比重为9.1％。
东部长三角经济实力继续领先全国。除地区经济总量不平衡之外，区域经济内部的地区生产总值也是相差悬殊。2007年，东部地区的人均生产总值为32283元，东北地区为21573元，中部地区为14754元，西部地区为13212元。总体来说，东部地区的经济发展水平遥遥领先，中部地区相对滞后，西部地区贫困落后，这就是我国区域经济发展的现状。另外，在区域之间的经济差距逐渐拉大的同时，各区域经济体内部也存在诸多问题，如东部经济区的产业结构急需调整和优化，中西部地区的投资和开发明显不足。总之，区域之间的发展差距以及区域内部存在的诸多问题，需要政府及时采取切实可行的区域经济调控政策加以解决，从而促进区域间的协调发展和确保各大区域的健康发展。
如前文所述，我国在改革开放之初针对各地实际情况采取区域非均衡发展政策，即沿海开发是大局，中部地区要支援沿海发展；西部开发是大局，沿海要支持中西部发展。然而，随着我国的经济体制改革的逐渐深入，我国政府的区域经济管理模式也发生了很大的变化，但是需要引起注意的是，多数改革措施尤其是区域经济调控政策，缺乏制度化保障，多数是以决定和命令的形式来付诸实施。这是我国经济管理和调控的薄弱环节，这也导致了虽然改革深入国民经济的各个领域，但是最后的实效并没有令人满意。无论是中央政府的经济调控，还是地方政府对本地区经济的调控，较为完善的调控制度并没有建立起来，区域经济调控政策未能走上制度化和法治化的轨道。就区域经济调控而言，当前我国区域经济发展的难点问题主要包括以下四方面：
第一，区域经济调控政策之间存在上下错位、衔接不到位的情况。作为一个特定区域内的经济调控政策，应当在该区域内前后一致，互为统一。但是由于经济调控政策本身的缺陷，它仅具有行政指导功能，而无强制性的法律效力，从而使具体到区域内成员之间的政策与整体区域的经济调控政策发生错位和衔接不到位的现象，具体的经济调控效果大打折扣，不利于区域经济的发展。
第二，区域经济调控政策的体系性和规划性不够。区域经济政策制定部门之间以及不同区域经济调控部门之间没有形成完整的体系，从而使得政策的规划性不够强，这种情况导致当前国内各区域之间的分工和协作淡化，区域产业结构趋同化现象非常严重，也使得地区之间经济发展差距急剧拉大、区域经济增长和区域矛盾激化等局面。
第三，区域经济调控政策缺乏连续性和长远性。从我国“六五”计划第三编明确提出地区经济发展计划到“十一五”计划为止，区域经济调控政策发生了巨大的变化，就连发展的重点、调控的目标、调控的手段和区域的概念等都与最初概念有了完全不同的变化，这表明区域调控政策的连续性不够，有点“一朝天子一朝臣”的味道。而从具体的调控政策来看，基本上只存在一届政府任期，到了下一任就开始“换药不换瓶”，完全没有长远性规划。
第四，区域经济的调控力度不够。从中央政府对区域经济调控层面来看，一是中央政府的区域经济调控政策在地方的执行力度不够。中央和地方权限不清，财权和事权不统一，权力和职责不对称，使得中央政府难以对地方形成有效的约束，很多调控政策难以得到充分有效的执行。二是中央政府的投资体制发生变化。改革开放以来，我国固定资产投资出现多元化趋势，中央政府很难像过去一样通过国家投资的地区分布来有效地调节各地区经济的发展，再加上未建立起规范的健全的区际协调机制，特别是规范的财政转移支付制度，使得中央政府在调控地区发展、缩小地区差距方面软弱无力。三是中央的调控重点集中于宏观经济领域，对于区域经济的调控力不从心。中央政府调控经济增长的主要手段，如利率、汇率等手段，都是着眼于宏观经济的运行在全国范围内运用，而并非只适用于某一经济区域。从地方政府对区域经济调控力度来看，也存在严重问题。我国市场化改革和行政“分权”制度的变迁，使得地方政府在政府权力结构中的角色发生了很大的变化。它们既是中央政府在一个地区的代理者，必须服从于中央的利益；在一定程度上又是一个地区的所有者，通过资源配置可以增进自己的利益，俨然已从过去单纯依附于上级政府的行政主体演变成相对独立的利益主体、经济主体和管理主体
。这种角色的变化也助长了地方保护主义。地方政府出于本地区利益的考虑，往往对中央的经济调控政策置之不理或者消极应对，采取上有政策下有对策的方法，违反了中央政府的经济调控政策的目标和原则。另外，地方政府往往片面谋求经济的快速增长，以功利主义的思维看待区域经济的发展，忽视了经济结构的调整和优化，在经济发展的过程中过多地运用非法律和非经济手段。
从上述存在的各种问题来看，当前我国的区域经济调控政策亟须法制化和制度化，否则将会带来严重的后果。实践证明仅依靠政策性调控难以避免上述问题的存在。只有实行以区域经济调控法治化为主，以区域经济调控政策为辅的制度，才能形成科学化、规范化的调控机制。因此，加快区域经济调控的制度化，实现区域经济调控的法治化，完善区域经济调控法律制度，才是解决区域经济发展中存在的诸多问题、促进区域经济协调稳定快速发展的根本途径。