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增值税留抵退税，即只要纳税人允许抵扣的进项税额超过其销项税额，在符合一定条件的情况下，税务机关在规定的时间内对差额部分予以退还。
《中华人民共和国增值税暂行条例》（以下简称《增值税暂行条例》）第四条第三款规定：“当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。”销项税额小于当期进项税额形成的留抵税额只能留待以后期间抵扣，没有时间限制。只能留抵，不能退税，甚至直到企业注销也不予退税。《财政部 国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）第六条规定：“一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。”
2019年之前，我国只在部分行业或企业实行了增值税留抵退税，具体如下：
（1）《财政部 国家税务总局关于退还集成电路企业采购设备增值税期末留抵税额的通知》（财税〔2011〕107号）规定，集成电路企业采购设备形成的留抵税额准予退还。
（2）《财政部 国家税务总局关于利用石脑油和燃料油生产乙烯芳烃类产品有关增值税政策的通知》（财税〔2014〕17号）规定，企业外购用于生产特定化工产品的石脑油、燃料油 2014年 2月 28日前形成的留抵税额准予退还。
（3）《财政部 国家税务总局关于大型客机和新支线飞机增值税政策的通知》（财税〔2016〕141号）规定，企业从事大型客机和新支线飞机的研发和销售形成的留抵税额准予退还。《财政部 税务总局关于民用航空发动机、新支线飞机和大型客机税收政策的公告》（财政部 税务总局公告 2019年第 88号）规定，纳税人从事大型客机研制等形成的增值税期末留抵税额予以退还。
（4）《财政部 税务总局关于 2018年退还部分行业增值税留抵税额有关税收政策的通知》（财税〔2018〕70号）规定，装备制造等先进制造业、研发等现代服务业符合条件的企业和电网企业在一定时期内未抵扣完的进项税额予以一次性退还。
财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号第八条规定，自 2019年 4月 1日起，试行增值税期末留抵税额退税制度，不再区分行业。企业符合自 2019年 4月税款所属期起，连续 6个月（按季纳税的，连续 2个季度）增量留抵税额均大于零，且第 6个月增量留抵税额不低于 50万元等相关条件，其增量留抵税额乘以进项构成比例的 60％可以申请退还。
《财政部 税务总局关于明确部分先进制造业增值税期末留抵退税政策的公告》（财政部 税务总局公告 2019年第 84号）规定，自 2019年 6月 1日起，生产并销售“非金属矿物制品”“通用设备”“专用设备”“计算机、通信和其他电子设备”的部分先进制造业纳税人，可以自 2019年 7月及以后纳税申报期向主管税务机关申请退还增量留抵税额。
《财政部 税务总局关于明确先进制造业增值税期末留抵退税政策的公告》（财政部 税务总局公告 2021年第 15号）规定，自 2021年 4月 1日起，增加生产并销售“医药”“化学纤维”“铁路、船舶、航空航天和其他运输设备”“电气机械和器材”“仪器仪表”的先进制造业纳税人，可以自 2021年 5月及以后纳税申报期向主管税务机关申请退还增量留抵税额。
《财政部 税务总局关于进一步加大增值税期末留抵退税政策实施力度的公告》（财政部 税务总局公告 2022年第 14号）规定，自 2022年 4月 1日起，将先进制造业按月全额退还增值税增量留抵税额政策范围扩大至符合条件的“制造业”“科学研究和技术服务业”“电力、热力、燃气及水生产和供应业”“软件和信息技术服务业”“生态保护和环境治理业”和“交通运输、仓储和邮政业”（以下称制造业等行业）。同时，加大小微企业留抵退税力度，将先进制造业按月全额退还增值税增量留抵税额政策范围扩大至符合条件的小微企业（含个体工商户，下同），并一次性退还小微企业存量留抵税额。《国家税务总局关于进一步加大增值税期末留抵退税政策实施力度有关征管事项的公告》（国家税务总局公告 2022年第 4号）进一步完善征管措施。该公告首次提出退还存量留抵税额。
《财政部 税务总局关于扩大全额退还增值税留抵税额政策行业范围的公告》（财政部 税务总局公告 2022年第 21号）规定，自 2022年 7月纳税申报期起，将制造业等行业按月全额退还增值税增量留抵税额、一次性退还存量留抵税额的政策范围，扩大至“批发和零售业”“农、林、牧、渔业”“住宿和餐饮业”“居民服务、修理和其他服务业”“教育”“卫生和社会工作”和“文化、体育和娱乐业”（以下称批发零售业等行业）。
小微企业和制造业等行业企业留抵退税需同时符合以下条件：
（1）纳税信用等级为A级或者B级；
（2）申请退税前 36个月未发生骗取留抵退税、骗取出口退税或虚开增值税专用发票情形；
（3）申请退税前 36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上；
（4）2019年 4月 1日起未享受即征即退、先征后返（退）政策。
1.存量留抵税额
纳税人获得一次性存量留抵退税前，当期期末留抵税额大于或等于 2019年 3月 31日期末留抵税额的，存量留抵税额为 2019年 3月 31日期末留抵税额；当期期末留抵税额小于 2019年 3月 31日期末留抵税额的，存量留抵税额为当期期末留抵税额。
纳税人获得一次性存量留抵退税后，存量留抵税额为零，再形成的税额留抵退税均为增量留抵税额。
【例1-1】 某微型企业 2019年 3月 31日的期末留抵税额为 100万元，申请一次性存量留抵退税时，如果当期期末留抵税额为 120万元，该纳税人的存量留抵税额为 100万元；如果当期期末留抵税额为 80万元，该纳税人的存量留抵税额为 80万元。该纳税人获得存量留抵退税后，将再无存量留抵税额。
2.增量留抵税额
纳税人获得一次性存量留抵退税前，增量留抵税额为当期期末留抵税额与 2019年 3月 31日相比新增加的留抵税额。
纳税人获得一次性存量留抵退税后，增量留抵税额为当期期末留抵税额，无须再与 2019年 3月 31日相比。
【例1-2】 某纳税人 2019年 3月 31日的期末留抵税额为 100万元，某月的期末留抵税额为 120万元，在次月纳税申报期申请增量留抵退税时，如果此前未获得一次性存量留抵退税，该纳税人的增量留抵税额为 20万元（120-100）；如果此前已获得一次性存量留抵退税，该纳税人的增量留抵税额为 120万元。
3.计算公式
允许退还的存量留抵税额＝存量留抵税额×进项构成比例×100％
允许退还的增量留抵税额＝增量留抵税额×进项构成比例×100％
进项构成比例，为 2019年 4月至申请退税前一税款所属期已抵扣的增值税专用发票（含带有“增值税专用发票”字样全面数字化的电子发票、税控机动车销售统一发票）、收费公路通行费增值税电子普通发票、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额占同期全部已抵扣进项税额的比重。
与财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号的进项构成相比，增加了含带有“增值税专用发票”字样全面数字化的电子发票、收费公路通行费增值税电子普通发票两类，并且也适用于财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号规定的留抵退税政策。
在计算允许退还的留抵税额的进项构成比例时，纳税人在 2019年 4月至申请退税前一税款所属期内按规定转出的进项税额，无须从已抵扣的增值税专用发票（含带有“增值税专用发票”字样全面数字化的电子发票、税控机动车销售统一发票）、收费公路通行费增值税电子普通发票、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额中扣减。
【例1-3】 某制造业纳税人 2019年 4月至申请退税前一税款所属期内取得的进项税额中，增值税专用发票 500万元，道路通行费电子普通发票 100万元，海关进口增值税专用缴款书 200万元，农产品收购发票抵扣进项税额 300万元。之前某年某月，该纳税人因发生非正常损失，此前已抵扣的增值税专用发票中，有 50万元进项税额按规定作进项税转出。该纳税人 2022年 4月申请留抵退税时，进项构成比例＝ （500＋100＋200）÷ （500＋100＋200＋300）×100％＝73％。进项转出的 50万元，在上述计算公式的分子、分母中均无需扣减。
加计抵减额不能申请留抵退税。加计抵减政策属于税收优惠，按照纳税人可抵扣的进项税额的 10％或 15％计算，用于抵减纳税人的应纳税额。加计抵减额并不是纳税人的进项税额，从加计抵减额的形成机制来看，加计抵减不会形成留抵税额，因而也不能申请留抵退税。
中型企业、小型企业和微型企业，按照《中小企业划型标准规定》（工信部联企业〔2011〕300号）和《金融业企业划型标准规定》（银发〔2015〕309号）
中的营业收入指标、资产总额指标确定。其中，资产总额指标按照纳税人上一会计年度年末值确定。营业收入指标按照纳税人上一会计年度增值税销售额确定；不满一个会计年度的，按照以下公式计算：
增值税销售额（年）＝上一会计年度企业实际存续期间增值税销售额÷企业实际存续月数×12
增值税销售额，包括纳税申报销售额、稽查查补销售额、纳税评估调整销售额。适用增值税差额征税政策的，以差额后的销售额确定。
对于工信部联企业〔2011〕300号文件和银发〔2015〕309号文件所列行业以外的纳税人，以及工信部联企业〔2011〕300号文件所列行业但未采用营业收入指标或资产总额指标划型确定的纳税人，微型企业标准为增值税销售额（年）100万元以下（不含 100万元）；小型企业标准为增值税销售额（年）2000万元以下（不含 2000万元）；中型企业标准为增值税销售额（年） 1亿元以下（不含 1亿元）。
大型企业，是指除上述中型企业、小型企业和微型企业外的其他企业。
留抵退税的企业划型与工信部企业划型区别如下：
（1）划型标准不同。
《中小企业划型标准规定》是工业和信息化部等四部委联合制定的中小企业划型标准，划分了 16个行业，包括营业收入、资产总额和从业人员三个指标，除农、林、牧、渔业和其他未列明行业只涉及一个指标外，其他行业都是以其中两个指标为划型标准。如有的行业是营业收入和资产总额（如建筑业），有的行业是营业收入和从业人员（如工业），有的行业是资产总额和从业人员（如租赁和商务服务业）。
按照国家统计局《统计上大中小微型企业划分办法（2017）》注释：“大型、中型和小型企业须同时满足所列指标的下限，否则下划一档；微型企业只须满足所列指标中的一项即可。”因此，大型、中型和小型企业两个指标是“且”的关系，必须同时满足两个指标的下限，才能被划定为本类型，否则下划一档；微型企业两个指标是“或”的关系，满足其一即为微型企业。
财政部、税务总局公告 2022年第 14号要求按照“营业收入指标、资产总额指标确定”，不考虑从业人员，只要营业收入或资产总额满足其一即可。
（2）取值口径不同。
《中小企业划型标准规定》中的营业收入指标，《统计上大中小微型企业划分办法（2017）》解释为：“营业收入，工业、建筑业、限额以上批发和零售业、限额以上住宿和餐饮业以及其他设置主营业务收入指标的行业，采用主营业务收入；限额以下批发与零售业企业采用商品销售额代替；限额以下住宿与餐饮业企业采用营业额代替；农、林、牧、渔业企业采用营业总收入代替；其他未设置主营业务收入的行业，采用营业收入指标。”因此，《中小企业划型标准规定》中的营业收入是会计上的收入。
财政部、税务总局公告 2022年第 14号第六条规定：“资产总额指标按照纳税人上一会计年度年末值确定。营业收入指标按照纳税人上一会计年度增值税销售额确定”。因此，该营业收入是增值税销售额。会计上的收入不一定等于增值税销售额，二者有时是有差异的。
综上所述，由于划型标准的不同，很可能出现按照财政部、税务总局公告 2022年第 14号是一种企业类型，按照《中小企业划型标准规定》是另一种企业类型，企业应当依据财政部、税务总局公告 2022年第 14号规定的划型标准判断自己能否享受留抵退税。
制造业等行业企业，是指从事《国民经济行业分类》中“制造业”“科学研究和技术服务业”“电力、热力、燃气及水生产和供应业”“软件和信息技术服务业”“生态保护和环境治理业”和“交通运输、仓储和邮政业”业务相应发生的增值税销售额占全部增值税销售额的比重超过 50％的纳税人。
批发零售业等行业企业，是指从事《国民经济行业分类》中“批发和零售业”“农、林、牧、渔业”“住宿和餐饮业”“居民服务、修理和其他服务业”“教育”“卫生和社会工作”“文化、体育和娱乐业”业务相应发生的增值税销售额占全部增值税销售额的比重超过 50％的纳税人。
上述销售额比重根据纳税人申请退税前连续 12个月的销售额计算确定；申请退税前经营期不满 12个月但满 3个月的，按照实际经营期的销售额计算确定。
【例1-4】 某纳税人申请退税前连续 12个月内共取得增值税销售额 1000万元，其中：生产销售设备销售额 300万元，提供交通运输服务销售额 300万元，提供建筑服务销售额 400万元。该纳税人在此期间发生的制造业等行业销售额占比为 60％［（300＋300）÷ （300＋300＋400）］。因此，该纳税人当期属于制造业等行业纳税人。
1.存量留抵退税
符合条件的小微企业和制造业等行业企业，申请存量留抵退税的起始时间如下：
（1）微型企业，可以自 2022年 4月纳税申报期起向主管税务机关申请一次性退还存量留抵税额；
（2）小型企业，可以自 2022年 5月纳税申报期起向主管税务机关申请一次性退还存量留抵税额；
（3）制造业等行业中的中型企业，可以自 2022年 5月纳税申报期起向主管税务机关申请一次性退还存量留抵税额；
（4）制造业等行业中的大型企业，可以自 2022年 6月纳税申报期起向主管税务机关申请一次性退还存量留抵税额。
（5）批发零售等行业企业，可以自 2022年 7月纳税申报期起向主管税务机关申请一次性退还存量留抵税额。
需要说明的是，上述时间为申请一次性存量留抵退税的起始时间，当期未申请的，以后纳税申报期也可以按规定申请。
2.增量留抵退税
符合条件的小微企业和制造业等行业企业，可以自 2022年 4月纳税申报期起向主管税务机关申请退还增量留抵税额；批发零售等行业企业，可以自2022年 7月纳税申报期起向主管税务机关申请退还增量留抵税额。
需要注意的是，对于小微企业来说，这是一个阶段性政策，只执行至2022年 12月 31日，之后仍然按照财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号规定执行。
留抵退税与增值税即征即退、先征后返（退）是互斥的关系，享受了一个就不能享受另一个。但此次留抵退税规定，纳税人可以选择，缴回一个，再享受另一个。
1.留抵退税缴回
纳税人自 2019年 4月 1日起已取得留抵退税款的，不得再申请享受增值税即征即退、先征后返（退）政策。纳税人可以在 2022年 10月 31日前一次性将已取得的留抵退税款全部缴回后，按规定申请享受增值税即征即退、先征后返（退）政策。
纳税人申请缴回已退还的全部留抵退税款的，可通过电子税务局或办税服务厅提交《缴回留抵退税申请表》。税务机关应自受理之日起 5个工作日内，依申请向纳税人出具留抵退税款缴回的《税务事项通知书》。纳税人在缴回已退还的全部留抵退税款后，办理增值税纳税申报时，将缴回的全部退税款在《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第 22栏“上期留抵税额退税”填写负数，并可继续按规定抵扣进项税额。
【例1-5】 某纳税人在2019年4月1日后，陆续获得留抵退税100万元。因纳税人想要选择适用增值税即征即退政策，于 2022年 4月 3日向税务机关申请缴回留抵退税款，4月 5日，留抵退税款 100万元已全部缴回入库。该纳税人在 4月 10日办理 2022年 3月（税款所属期）的增值税纳税申报时，可在《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第 22栏“上期留抵税额退税”填写“-100万元”，将已缴回的 100万元留抵退税款调增期末留抵税额，并用于当期或以后期间继续抵扣。
纳税人在 2022年 10月 31日前将已退还的增值税留抵退税款一次性全部缴回后，即可在缴回后的增值税纳税申报期内按规定申请适用即征即退、先征后返（退）政策。
2.即征即退、先征后返（退）缴回
纳税人自 2019年 4月 1日起已享受增值税即征即退、先征后返（退）政策的，在 2022年 10月 31日前一次性将已退还的增值税即征即退、先征后返（退）税款全部缴回后，即可在规定的留抵退税申请期内申请办理留抵退税。
上述规定中的一次性全部缴回，是指纳税人在 2022年 10月 31日前缴回相关退税款的次数为一次。
纳税人申请留抵退税，应在规定的留抵退税申请期间，完成本期增值税纳税申报后，通过电子税务局或办税服务厅提交《退（抵）税申请表》。
纳税人可以选择向主管税务机关申请留抵退税，也可以选择结转下期继续抵扣。纳税人应在纳税申报期内，完成当期增值税纳税申报后申请留抵退税。2022年 4—6月的留抵退税申请时间，延长至每月最后一个工作日。自2022年 7月起，留抵退税时间仍为增值税纳税申报期内。
纳税人可以在规定期限内同时申请增量留抵退税和存量留抵退税。同时符合小微企业和制造业等行业企业留抵退税政策的纳税人，可任意选择申请适用相应的留抵退税政策。
纳税人取得退还的留抵税额后，应相应调减当期留抵税额。
如果发现纳税人存在留抵退税政策适用有误的情形，纳税人应在下个纳税申报期结束前缴回相关留抵退税款。
1.纳税信用等级动态管理
纳税人申请增值税留抵退税，以纳税人向主管税务机关提交《退（抵）税申请表》时点的纳税信用级别确定是否符合申请留抵退税条件。已完成退税的纳税信用A级或B级纳税人，因纳税信用年度评价、动态调整等原因，纳税信用级别不再是A级或B级的，其已取得的留抵退税款不需要退回。
【例1-6】 某企业 2021年度纳税信用评价结果为A／B级，2022年度评价结果于 2023年 4月 30日正式发布，为M／C／D级。若该企业在2023年 4月 10日提交《退（抵）税申请表》，则该企业符合纳税信用为A级或B级的办理留抵退税政策条件；若该企业在 2023年 5月 10日提交《退（抵）税申请表》，则不符合纳税信用为A级或B级的办理留抵退税政策条件。
【例1-7】 某企业 2021年度纳税信用评价结果为M／C／D级，2022年度评价结果于 2023年 4月 30日正式发布，为A／B级。若该企业在2023年 4月 10日提交《退（抵）税申请表》，则该企业不符合纳税信用为A级或B级的办理留抵退税政策条件；若该企业在 2023年 5月 10日提交《退（抵）税申请表》，则符合纳税信用为A级或B级的办理留抵退税政策条件。
2.个体工商户的纳税信用等级
《国家税务总局关于发布〈纳税信用管理办法（试行）〉的公告》（国家税务总局公告 2014年第 40号）规定，纳税信用管理适用于已办理税务登记，从事生产、经营并适用查账征收的企业纳税人，个体工商户和其他类型纳税人的纳税信用管理办法由省税务机关制定。此次留抵退税同样适用于个体工商户中的增值税一般纳税人，但这部分个体工商户可能没有纳税信用等级。
国家税务总局公告 2022年第 4号政策解读第二十一条规定，适用增值税一般计税方法的个体工商户，已按照省税务机关公布的纳税信用管理办法参加评价的，可自愿向主管税务机关申请参照企业纳税信用评价指标和评价方式参加评价。自愿申请参加纳税信用评价的，自新的评价结果发布后，按照新的评价结果确定是否符合申请留抵退税条件。
除上述小微企业和制造业等行业企业，其他企业留抵退税仍然按照财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号第八条执行，只退还增量留抵税额。
同时符合以下条件的纳税人，可以向主管税务机关申请退还增量留抵税额：
（1）自 2019年 4月税款所属期起，连续 6个月（按季纳税的，连续 2个季度）增量留抵税额均大于零，且第 6个月增量留抵税额不低于 50万元；
（2）纳税信用等级为A级或者B级；
（3）申请退税前 36个月未发生骗取留抵退税、出口退税或虚开增值税专用发票情形的；
（4）申请退税前 36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上的；
（5）自 2019年 4月 1日起未享受即征即退、先征后返（退）政策的。
财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号所称增量留抵税额，是指与 2019年 3月底相比新增加的期末留抵税额。
需要注意的是，将纳税人 2019年 3月底的留抵税额时点数固定设为存量留抵，纳税人每个月的增量留抵税额，都是和 2019年 3月底的留抵比新增加的留抵税额；财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号规定的是“4月税款所属期起，连续 6个月”，只能从 4月开始往后算 6个月，也就是说，最早满足连续 6个月的情形，是 2019年 4—9月的连续 6个月。但是，连续 6个月并不一定从 2019年 4月开始算，纳税人可以从 2019年 4月以后的任何一个月开始计算连续 6个月，比如 5—10月，6—11月，等等。
2019年 4月 1日后新设立的纳税人，2019年 3月底留抵税额为 0，因此其增量留抵税额即当期的期末留抵税额。
若纳税人 2019年 4月 1日前是增值税小规模纳税人，当期期末留抵税额为 0；4月 1日后登记为增值税一般纳税人，若有期末留抵税额即为增量留抵税额。
即：第 1至第 6个月各月留抵税额-2019年 3月底留抵税额＞0，且第 6个月留抵税额-2019年 3月底留抵税额＞50万元。
纳税人 2019年 4月 1日以后一次性转入的待抵扣部分的不动产进项税额，在当期形成留抵税额的，可用于计算增量留抵税额。
因纳税申报、稽查查补和评估调整等原因，造成期末留抵税额发生变化的，按最近一期《增值税及附加税费申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额确定允许退还的增量留抵税额。
纳税人既有增值税欠税，又有期末留抵税额的，按最近一期《增值税及附加税费申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额，抵减增值税欠税后的余额确定允许退还的增量留抵税额。
【例1-8】 某非制造业、批发零售业企业 2019年 3月底期末留抵税额 50万元，2023年 4—9月的留抵税额分别为 60万元、55万元、80万元、70万元、90万元和 100万元，4—9月全部凭增值税专用发票抵扣进项。该企业连续 6个月都有增量留抵税额，且 9月增量留抵税额为 50万元。如果该企业同时满足其他四项退税条件，则在 10月纳税申报期时可向主管税务机关申请退还留抵税额 30万元（50×100％×60％）。如果该企业 10月收到了 30万元退税款，则该企业 10月的留抵税额就应从100万元调减为 70万元（100-30）。此后，纳税人可将 10月作为起始月，再往后连续计算 6个月来看增量留抵税额的情况，如再次满足退税条件，可继续按规定申请留抵退税。
【例1-9】 接【例 1-8】，若该企业 2023年 10月增值税销项税额为 160万元，进项税额为 80万元。
（1）若不申请留抵退税，留抵税额为 100万元，160-80-100＝-20（万元），不缴纳增值税；
（2）若申请留抵退税，则留抵税额变为 70万元，缴纳增值税税额＝160-80-70＝10（万元）。
主管税务机关退还留抵税额时，纳税人应将退还的留抵税额填入《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第 22栏“上期留抵税额退税”。
接【例 1-9】（2），纳税人在 2023年 10月（税款所属期）申报时，申报表填报如表 1-1、表 1-2所示。
表1-1 增值税及附加税费申报表附列资料（二）
单位：元
注：本表节选了《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》部分表格。
表1-2 增值税及附加税费申报表
注：本表节选了《增值税及附加税费申报表（一般纳税人适用）》部分表格。
1.申请退税的时间
纳税人应在增值税纳税申报期内，向主管税务机关申请退还留抵税额。
纳税人申请办理留抵退税，应于符合留抵退税条件的次月起，在增值税纳税申报期内，完成本期增值税纳税申报后，通过电子税务局或办税服务厅提交《退（抵）税申请表》。
2.与出口退税的衔接
纳税人出口货物劳务、发生跨境应税行为，适用免抵退税办法的，办理免抵退税后，仍符合财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号规定条件的，可以申请退还留抵税额，也就是说要按照“先免抵退税，后留抵退税”的原则进行判断；适用免退税办法的，相关进项税额不得用于退还留抵税额。
《国家税务总局关于办理增值税期末留抵税额退税有关事项的公告》（国家税务总局公告 2019年第 20号）第九条第（二）项规定，纳税人在同一申报期既申报免抵退税又申请办理留抵退税的，或者在纳税人申请办理留抵退税时存在尚未经税务机关核准的免抵退税应退税额的，应待税务机关核准免抵退税应退税额后，按最近一期《增值税及附加税费申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额，扣减税务机关核准的免抵退税应退税额后的余额确定允许退还的增量留抵税额。税务机关核准的免抵退税应退税额，是指税务机关当期已核准，但纳税人尚未在《增值税及附加税费申报表（一般纳税人适用）》第 15栏“免、抵、退应退税额”中填报的免抵退税应退税额。
【例1-10】 2023年 10月 5日，某纳税人在申报期内既申报了免抵退税，也申请了留抵退税，当期期末留抵税额为 100万元。11月 5日，该纳税人完成纳税申报，且申报了免抵退税，当期期末留抵税额为 120万元。
情况一：假设 2023年 10月 20日，税务机关核准其免抵退税应退税额为 50万元，10月 25日核准留抵退税时，应如何计算留抵退税额？
分析：10月 25日核准时，最近一期申报表是 10月 5日申报完成的税款所属期为 2023年 9月的申报表，当时的期末留抵税额尚未扣减 50万元免抵退税应退税额。因此，以期末留抵税额 100万元扣减免抵退税应退税额 50万元后的余额 50万元为依据，计算留抵退税额。
情况二：假设 2023年 10月 20日，税务机关核准其免抵退税应退税额为 50万元，11月 10日核准留抵退税时，应如何计算留抵退税额？
分析：11月 10日核准时，最近一期申报表是 11月 5日申报完成的税款所属期为 2023年 10月的申报表，由于 10月 20日税务机关已核准其免抵退税应退税额，因此，税款所属期为 2023年 10月的申报表期末留抵税额中已经扣减 50万元免抵退税应退税额，直接以期末留抵税额 120万元为依据，计算留抵退税额。
国家税务总局公告 2019年第 20号第十条规定，在纳税人办理增值税纳税申报和免抵退税申报后、税务机关核准其免抵退税应退税额前，核准其前期留抵退税的，以最近一期《增值税及附加税费申报表（一般纳税人适用）》期末留抵税额，扣减税务机关核准的留抵退税额后的余额，计算当期免抵退税应退税额和免抵税额。税务机关核准的留抵退税额，是指税务机关当期已核准，但纳税人尚未在《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第 22栏“上期留抵税额退税”填报的留抵退税额。
情况三：假设 2023年 11月 10日，税务机关核准其留抵退税额为 30万元，11月 28日核准其 11月申报的免抵退税时，应如何计算免抵退税额？
分析：11月 28日核准时，最近一期申报表是 11月 5日申报完成的税款所属期为 2023年 10月的申报表，当时的期末留抵税额中尚未扣减30万元留抵退税额。因此，以期末留抵税额 120万元扣减留抵退税额 30万元后的余额 90万元为依据，计算免抵退税额。
3.纳税人的后续操作
纳税人取得退还的留抵税额后，应相应调减当期留抵税额。按照规定再次满足退税条件的，可以继续向主管税务机关申请退还留抵税额，但连续期间不得重复计算。
纳税人取得退还的留抵税额后，又产生新的留抵，要重新按照退税资格条件进行判断。需要特别注意的是，“连续六个月增量留抵税额均大于零”的条件中“连续六个月”是不可重复计算的，即此前已申请退税“连续六个月”的计算期间，不能再次计算，也就是纳税人一个会计年度中，申请退税最多两次。
纳税人满足留抵退税条件，必须在申报期内完成。因为留抵税额是个时点数，会随着增值税一般纳税人每一期的申报情况发生变化，因此提交留抵退税申请必须在申报期完成，以免对退税数额计算和后续核算产生影响。
若纳税人现在纳税信用等级不为A级或者B级，待纳税人纳税信用等级为A级或者B级后，且满足其他条件，就可以向主管税务机关申请退税。完成一次退税后，再连续 6个月满足条件才能再次申请留抵退税。
若纳税人申请留抵退税时纳税信用等级为A级或者B级，后来等级被调整为C级、D级或者M级，税务机关不追缴已退税款，但不能再次申请留抵退税。
留抵退税条件中“自 2019年 4月 1日起未享受即征即退、先征后返（退）政策的”，若纳税人在 2019年 3月 31日前申请即征即退、先征后返（退），在 4月 1日后收到退税款，则属于“未享受即征即退、先征后返（退）政策”，若纳税人在 2019年 4月 1日后申请并享受即征即退、先征后返（退），则不能申请留抵退税。纳税人也可以放弃享受申请即征即退、先征后返（退），则可以申请留抵退税。
财政部、税务总局公告 2022年第 14号与财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号关于留抵退税的差异如下：
（1）适用主体不同
财政部、税务总局公告 2022年第 14号适用于小微企业和制造业、批发零售业等行业企业，财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号适用于所有行业企业。
（2）退税种类不同
财政部、税务总局公告 2022年第 14号可退还增量留抵税额和存量留抵税额，财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号只能退还增量留抵税额。
虽然二者的增量留抵税额都是指与 2019年 3月底相比新增加的期末留抵税额。但财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号要求“自 2019年4月税款所属期起，连续六个月（按季纳税的，连续两个季度）增量留抵税额均大于零，且第六个月增量留抵税额不低于 50万元”，而财政部、税务总局公告 2022年第 14号只要求“增量留抵税额大于零”即可，条件明显宽松于前者。
（3）退税比例不同
按照留抵退税计算公式，财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号只能退还 60％，而财政部、税务总局公告 2022年第 14号可以退还 100％。
国家税务总局公告 2019年第 20号规定，税务机关在办理留抵退税期间，发现符合留抵退税条件的纳税人存在以下情形，暂停为其办理留抵退税：①存在增值税涉税风险疑点的；②被税务稽查立案且未结案的；③增值税申报比对异常未处理的；④取得增值税异常扣税凭证未处理的；⑤国家税务总局规定的其他情形。
上述列举的增值税涉税风险疑点等情形已排除，且相关事项处理完毕后，按以下规定办理：
（1）纳税人仍符合留抵退税条件的，税务机关继续为其办理留抵退税，并自增值税涉税风险疑点等情形排除且相关事项处理完毕之日起 5个工作日内完成审核，向纳税人出具准予留抵退税的《税务事项通知书》。
（2）纳税人不再符合留抵退税条件的，不予留抵退税。税务机关应自增值税涉税风险疑点等情形排除且相关事项处理完毕之日起 5个工作日内完成审核，向纳税人出具不予留抵退税的《税务事项通知书》。
税务机关对增值税涉税风险疑点进行排查时，发现纳税人涉嫌骗取出口退税、虚开增值税专用发票等增值税重大税收违法行为的，终止为其办理留抵退税，并自作出终止办理留抵退税决定之日起 5个工作日内，向纳税人出具终止办理留抵退税的《税务事项通知书》。
税务机关对纳税人涉嫌增值税重大税收违法行为核查处理完毕后，纳税人仍符合留抵退税条件的，可按照国家税务总局公告 2019年第 20号的规定重新申请办理留抵退税。
“一税两费”，是指随着增值税缴纳的城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加。
2018年，为适应部分行业试行留抵退税的财税〔2018〕70号文件，《财政部 税务总局关于增值税期末留抵退税有关城市维护建设税 教育费附加和地方教育附加政策的通知》（财税〔2018〕80号）规定：“对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额。”该文件并未规定行业，2019年 4月 1日起在全行业实施留抵退税仍然适用。
【例1-11】 接【例 1-9】（2），若该企业 2023年 10月增值税销项税额为 200万元，其他条件不变，则：
应缴纳增值税＝200-80-70＝50（万元）
应缴纳城市维护建设税＝ （50-30）×7％＝1.4（万元）
应缴纳教育费附加＝ （50-30）×3％＝0.6（万元）
应缴纳地方教育附加＝ （50-30）×2％＝0.4（万元）
财政部《关于增值税期末留抵退税政策适用〈增值税会计处理规定〉有关问题的解读》规定，增值税一般纳税人应当根据《增值税会计处理规定》（财会〔2016〕22号）的相关规定对上述增值税期末留抵退税业务进行会计处理，经税务机关核准的允许退还的增值税期末留抵税额以及缴回的已退还的留抵退税款项，应当通过“应交税费——增值税留抵税额”明细科目进行核算。纳税人在税务机关准予留抵退税时，按税务机关核准允许退还的留抵税额，借记“应交税费——增值税留抵税额”科目，贷记“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”科目；在实际收到留抵退税款项时，按收到留抵退税款项的金额，借记“银行存款”科目，贷记“应交税费——增值税留抵税额”科目。纳税人将已退还的留抵退税款项缴回并继续按规定抵扣进项税额时，按缴回留抵退税款项的金额，借记“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目，贷记“应交税费——增值税留抵税额”科目，同时借记“应交税费——增值税留抵税额”科目，贷记“银行存款”科目。
【例1-12】 接【例 1-9】（2），该企业在税务机关准予留抵退税时，会计处理如下：
实际收到留抵退税款项时，会计处理如下：
截至 2022年底，全国税务稽查部门累计查实 7813户涉嫌骗取或违规取得留抵退税企业，六部门联合打击虚开骗取留抵退税团伙 225个，共计挽回留抵退税及各类税款损失 155亿元。
曝光的骗取留抵退税案件，基本上都是虚开增值税专用发票和隐匿销售收入，并被定性为偷税。实务中，不少留抵退税出现问题的企业并不都是存在“骗取”意图，而是对增值税政策不了解导致多计留抵税额。笔者列举一些常见的风险点，以帮助企业自查，规避风险。
与故意不计销售收入的隐匿行为不同，这类企业大多是因为对政策不了解导致少计销售收入。最常见的有应视同销售未视同销售，如将自产的货物用于集体福利或者个人消费、将自产或购进的货物无偿赠送其他单位或者个人等，未视同销售。相比于货物类视同销售，服务类视同销售风险更大，不少企业向其他单位或者个人无偿提供服务，如无偿出租不动产、非集团公司内无偿贷款等，未视同销售。
未按照增值税纳税义务发生时间确认收入也是常见风险之一。有的企业误以为在没有先开具发票的情况下，收到钱才缴纳增值税。但《增值税暂行条例》第十九条第一款第（一）项规定：“发生应税销售行为，为收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天；先开具发票的，为开具发票的当天。”有的企业已到合约约定的收款日期，但未收到款项就不确认收入，导致少计销售收入。
还有符合条件的财政补贴未计收入。有的企业误认为财政补贴一律不征收增值税，但《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告 2019年第 45号）第七条第一款规定：“纳税人取得的财政补贴收入，与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩的，应按规定计算缴纳增值税。纳税人取得的其他情形的财政补贴收入，不属于增值税应税收入，不征收增值税。”因此，企业取得与销售货物、服务等收入或者数量直接挂钩的财政补贴，应当确认为增值税应税收入。
《增值税暂行条例》第十条第（一）项规定的“用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产”的进项税额不得抵扣，但很多企业仍然抵扣了进项税额。
企业高发的风险是：2020年 1月 1日至 2021年 3月 31日，对纳税人提供公共交通运输服务、生活服务，以及为居民提供必需生活物资快递收派服务取得的收入，免征增值税。由于这些行业以前享受的税收优惠政策较少，对用于免税收入的进项税额不得抵扣知之甚少，在享受收入免税的同时，进项税额也进行了抵扣，产生留抵税额。
企业应当准确划分用于免税收入、简易计税等项目和用于一般计税项目的进项税额，划分不清的，按照《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（以下简称《增值税暂行条例实施细则》）第二十六条的公式计算不得抵扣的进项税额。
另外，一些企业发生的符合条件的非正常损失，其进项税额也未转出。
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件 1《营业税改征增值税试点实施办法》第二十七条第（六）项规定的“购进的贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务”的进项税额不得抵扣，但有的企业仍然抵扣了上述项目的进项税额。
一些企业在小规模纳税人期间取得了增值税专用发票，待登记为一般纳税人后进行了认证抵扣。但《国家税务总局关于纳税人认定或登记为一般纳税人前进项税额抵扣问题的公告》（国家税务总局公告 2015年第 59号）第一条规定：“纳税人自办理税务登记至认定或登记为一般纳税人期间，未取得生产经营收入，未按照销售额和征收率简易计算应纳税额申报缴纳增值税的，其在此期间取得的增值税扣税凭证，可以在认定或登记为一般纳税人后抵扣进项税额。”企业在小规模纳税人期间已经取得生产经营收入，且按照销售额和征收率缴纳了增值税，其小规模纳税人期间取得的增值税专用发票，登记为一般纳税人后不得抵扣。
财政部、税务总局公告 2022年第 14号第三条规定的适用留抵退税条件之一为“2019年 4月 1日起未享受即征即退、先征后返（退）政策”。通过申报表很容易发现，有的企业享受过即征即退、先征后返（退），也申请了留抵退税。这两项政策是互斥的，只能选择其一享受。企业可以先将已退还的即征即退、先征后返（退）税款全部缴回后，再申请留抵退税。
如“1.2.2.3 小微企业条件”所述，财政部、税务总局公告 2022年第14号规定的小微企业条件与工信部等部委发布的《中小企业划型标准规定》不一致，有的企业没有区分清楚留抵退税的小微企业与统计口径的小微企业，导致虽然属于《中小企业划型标准规定》的小微企业，但不属于留抵退税的小微企业。
如前所述，只有 13个行业的大中小型企业可以适用此次留抵退税政策。有的企业按照税务登记行业判断自己是否可以申请留抵退税，但按照财政部、税务总局公告 2022年第 14号第七条规定，这些行业是指从事《国民经济行业分类》中相关业务相应发生的增值税销售额占全部增值税销售额的比重超过 50％的纳税人。也就是说，留抵退税企业的行业是计算出来的，很可能与税务登记不一致。有的企业按照税务登记行业申请留抵退税，导致错误。