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《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）第一条规定，自2019年4月 1日起，“增值税一般纳税人（以下称纳税人）发生增值税应税销售行为或者进口货物，原适用 16％税率的，税率调整为 13％；原适用 10％税率的，税率调整为 9％”。
2016年 5月 1日全面营改增后，对增值税一般纳税人实行四档税率
：17％、13％、11％和 6％。
2017年 7月 1日，取消 13％税率，四档税率简并至三档。
2018年 5月 1日，17％和 11％两档税率各下调 1个百分点，三档税率为16％、10％和 6％。
2019年 4月 1日，16％税率下调 3个百分点，10％税率下调 1个百分点，三档税率为 13％、9％和 6％。
目前，增值税一般纳税人适用 13％税率的应税行为有：销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物。
增值税一般纳税人适用 9％税率的应税行为有：销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务；销售不动产；转让土地使用权；销售或者进口粮食等农产品、食用植物油、食用盐，自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品，图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物，饲料、化肥、农药、农机、农膜，国务院规定的其他货物。
除此之外，增值税一般纳税人皆适用 6％税率，主要包括：销售增值电信服务、金融服务、现代服务（租赁服务除外）、生活服务、无形资产（不含土地使用权）。
《国家税务总局关于深化增值税改革有关事项的公告》（国家税务总局公告 2019年第 14号）第一条规定：“增值税一般纳税人（以下称纳税人）在增值税税率调整前已按原 16％、10％适用税率开具的增值税发票，发生销售折让、中止或者退回等情形需要开具红字发票的，按照原适用税率开具红字发票；开票有误需要重新开具的，先按照原适用税率开具红字发票后，再重新开具正确的蓝字发票。”
1.销售方开具了增值税专用发票，购买方未用于申报抵扣并将发票联及抵扣联退回的，销售方按如下流程开具增值税红字专用发票：
（1）销售方在增值税发票管理系统中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》（以下简称《信息表》）。销售方填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
（2）主管税务机关通过网络接收纳税人上传的《信息表》，系统自动校验通过后，生成带有“红字发票信息表编号”的《信息表》，并将信息同步至纳税人端系统中。
（3）销售方凭税务机关系统校验通过的《信息表》开具红字专用发票，在系统中以销项负数开具。红字专用发票应与《信息表》一一对应。
（4）纳税人也可凭《信息表》电子信息或纸质资料到税务机关对《信息表》内容进行系统校验。
2.购买方取得增值税专用发票已用于申报抵扣，或者购买方取得增值税专用发票尚未申报抵扣但发票联或抵扣联无法退回的，由购买方按规定在增值税发票管理系统中填开并上传《信息表》，销售方根据购买方开具的《信息表》按照调整前税率开具红字发票。
国家税务总局公告 2019年第 14号第二条规定，增值税一般纳税人在增值税税率调整前未开具增值税发票的增值税应税销售行为，需要补开增值税发票的，应当按照原适用税率补开。如果增值税一般纳税人还存在 2018年税率调整前未开具增值税发票的应税销售行为，需要补开增值税发票的，仍可按照原 17％、11％适用税率补开。
同理，购买方在 2019年 4月 1日后取得原 16％、10％税率的增值税专用发票，可以按现行规定抵扣进项税额。
《国家税务总局关于国内旅客运输服务进项税抵扣等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告 2019年第 31号）第十三条规定，自 2019年 9月 20日起，增值税一般纳税人需要通过增值税发票管理系统开具 17％、16％、11％、10％税率蓝字发票的，应向主管税务机关提交《开具原适用税率发票承诺书》，办理临时开票权限。临时开票权限有效期限为 24小时，增值税一般纳税人应在获取临时开票权限的规定期限内开具原适用税率发票。
增值税一般纳税人办理临时开票权限，应保留交易合同、红字发票、收讫款项证明等相关材料，以备查验。
纳税人未按规定开具原适用税率发票的，主管税务机关应按照现行有关规定进行处理。
财政部、税务总局、海关总署公告 2019年第 39号第二条规定：“纳税人购进农产品，原适用 10％扣除率的，扣除率调整为 9％。纳税人购进用于生产或者委托加工 13％税率货物的农产品，按照 10％的扣除率计算进项税额。”
纳税人购进农产品适用的扣除率分为两种情况：一是按照 9％的扣除率计算进项税额；二是购进用于生产或者委托加工 13％税率货物的农产品，加计扣除 1个百分点按照 10％的扣除率计算进项税额。
增值税一般纳税人购进农产品，可凭增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票或销售发票抵扣进项税额。
增值税一般纳税人（农产品深加工企业除外）购进农产品，从按照简易计税方法依照 3％征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人处取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和 9％的扣除率计算进项税额；取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和 9％的扣除率计算进项税额。
自 2020年 3月 1日起，小规模纳税人暂减按 1％征收率征收增值税。那么，一般纳税人取得小规模纳税人开具的征收率为 1％的增值税专用发票，能否按照 9％或 10％的扣除率计算进项税额，存在争议。
2021年 8月 31日，国家税务总局网站在回答“我公司是一家餐饮企业，属于一般纳税人，本月取得了小规模纳税人开具的征收率为 1％的农产品增值税专用发票，能否按 9％计算抵扣进项税额？”时明确：“纳税人购进农产品，从依照 3％征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和 9％的扣除率计算进项税额；纳税人购进农产品用于生产或者委托加工 13％税率货物的，按照 10％的扣除率计算进项税额。因此，你公司购进农产品，如销售农产品的小规模纳税人选择放弃享受减征增值税政策，开具 3％征收率的增值税专用发票，你公司取得了小规模纳税人开具的 3％征收率的增值税专用发票，即可按上述规定计算抵扣进项税额。”
因此，增值税一般纳税人从小规模纳税人处购进农产品，取得 1％征收率增值税专用发票，不得按票面金额的 9％或 10％计算抵扣进项税额，只有取得 3％征收率增值税专用发票才可以。
增值税一般纳税人购进农产品，取得批发零售环节纳税人销售免税农产品开具的免税发票，以及小规模纳税人开具的增值税普通发票，均不得计算抵扣进项税额。
如果是适用农产品增值税进项税额核定扣除的纳税人，按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号附件 1）的规定，农产品核定扣除办法规定的扣除率为销售货物的适用税率。如果纳税人生产的货物适用税率由 16％调整为 13％，则其扣除率也应由 16％调整为 13％；如果纳税人生产的货物适用税率由 10％调整为 9％，则其扣除率也应由 10％调整为 9％。
需要注意的是，若增值税一般纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工 13％税率货物又用于生产销售其他货物服务的，需要分别核算，未分别核算的，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和 9％的扣除率计算进项税额。
增值税一般纳税人购进用于生产或者委托加工 13％税率货物的农产品，按照 10％的扣除率计算进项税额，不是在购进环节直接抵扣 10％的进项税额，而是在购进环节抵扣 9％的进项税额，在生产领用环节，再加计抵扣 1个百分点。例如，2019年 4月纳税人购进一批农产品，购进时按照 9％计算抵扣进项税额；5月领用时，确定用于生产 13％税率货物，则在 5月再加计 1％进项税额。
《财政部 税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税〔2018〕32号）规定，纳税人购进农产品，原适用 11％扣除率的，扣除率调整为 10％，纳税人购进用于生产销售或委托加工 16％税率货物的农产品，按照 12％的扣除率计算进项税额。也就是说，加计扣除 2个百分点。那么，2019年 4月 1日前购进的农产品，2019年 4月 1日后是否仍然按照 12％加计扣除？
答案是否定的，2019年 4月 1日后，纳税人领用农产品用于生产或委托加工 13％税率的货物，统一按照 1％加计抵扣，不区分所购进农产品是在2019年 4月 1日前还是 2019年 4月 1日后。
降低增值税税率注意事项的关键是准确判断纳税义务发生时间。按照税法规定的纳税义务发生时间确定开具发票的适用税率，不能提前或延后。若纳税义务发生时间在 2019年 4月 1日前，未进行申报而开具发票的，纳税人应进行补充申报或者更正申报，涉及缴纳滞纳金的，按规定缴纳；若纳税义务发生时间在 2019年 4月 1日后，不得开具原适用税率发票，已经开具的，按规定作废，不符合作废条件的，按规定开具红字发票后，按照新适用税率开具正确的蓝字发票。