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根据《科技部 财政部 国家税务总局关于进一步做好企业研发费用加计扣除政策落实工作的通知》（国科发政〔2017〕211号）的规定，税务部门对企业享受加计扣除优惠的研发项目有异议的，应及时通过县（区）级科技部门将项目资料送地市级（含）以上科技部门进行鉴定；由省直接管理的县／市，可直接由县级科技部门进行鉴定。
对企业承担的省部级（含）以上科研项目，以及以前年度已鉴定的跨年度研发项目，税务部门不再要求进行鉴定。
全国部分省份对研发项目提供事前鉴定的服务。以广东省为例，2021年1月，广东省科技厅、广东省财政厅、国家税务总局广东省税务局联合印发《〈关于深入推进企业研发费用税前加计扣除政策落实的若干措施〉的通知》（粤科政字〔2021〕7号），立足广东省实际情况，进一步完善企业研发异议项目鉴定处理：对企业承担的地市级科研项目如有异议的，税务机关应先与科技部门充分沟通，对确有必要的再转请鉴定；企业自行申报享受政策以前，鼓励有条件的地市级以上科技部门对企业没把握、难判断的存疑项目以企业自愿为原则提供技术鉴定服务，减少企业后顾之忧。对于企业在研发费加计扣除前申请研发项目鉴定的，以企业自愿为原则，依企业需求而开展，税务机关不以申报扣除前企业是否提请鉴定项目作为享受优惠政策的前提。当前已有广州市、佛山市、珠海市等地科技部门对企业存疑研发项目提供事前技术鉴定服务。