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企业办理年度汇算清缴享受研发费用加计扣除政策，应在年度汇算清缴完成后，将留存备查资料归集齐全并整理完成，以备税务机关核查。企业对留存备查资料的真实性、合法性承担法律责任。按照《国家税务总局关于发布修订后的〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2018年第23号），企业留存备查资料应从企业享受优惠事项当年的企业所得税汇算清缴期结束次日起保留10年。
企业享受开发新技术、新产品、新工艺发生的研发费用加计扣除政策应留存备查以下资料：
（1）自主、委托、合作研究开发项目计划书和企业有权部门关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件；
（2）自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和研发人员名单；
（3）经科技行政主管部门登记的委托、合作研究开发项目的合同；
（4）从事研发活动的人员（包括外聘人员）和用于研发活动的仪器、设备、无形资产的费用分配说明（包括工作使用情况记录及费用分配计算证据材料）；
（5）集中研发项目研发费决算表、集中研发项目费用分摊明细情况表和实际分享收益比例等资料；
（6）“研发支出”辅助账及汇总表；
（7）企业如果已取得地市级（含）以上科技行政主管部门出具的鉴定意见，应作为资料留存备查；
（8）委托境外进行研发活动发生的研发费用，需留存委托境外研发银行支付凭证和受托方开具的收款凭据和当年委托研发项目的进展情况等资料；
（9）科技型中小企业取得的入库登记编号证明资料。
企业享受为获得创新性、创意性、突破性的产品进行创意设计活动而发生的相关费用加计扣除政策留存备查资料包括：
（1）创意设计活动相关合同；
（2）创意设计活动相关费用核算情况的说明。
企业应当按照税务机关要求提供留存备查资料，以证明其符合税收优惠政策条件。企业不能提供留存备查资料，或者留存备查资料与实际生产经营情况、财务核算、相关技术领域、产业、目录、资格证书等不符，不能证明企业符合税收优惠政策条件的，税务机关将追缴其已享受的减免税，并按照《中华人民共和国税收征收管理法》的规定处理。
企业享受研发费用加计扣除优惠政策采取“真实发生、自行判别、申报享受、相关资料留存备查”办理方式，由企业依据实际发生的研发费用支出，自行计算加计扣除金额，填报《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）》（A200000）享受税收优惠，并根据享受加计扣除优惠的研发费用情况填写《研发费用加计扣除优惠明细表》（A107012）。《研发费用加计扣除优惠明细表》（A107012）与规定的其他资料一并留存备查。