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政府补助用于研发形成的研发费用应区别处理。
根据《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第40号）规定，企业取得的政府补助，会计处理时采用直接冲减研发费用方法且税务处理时未将其确认为应税收入的，应按冲减后的余额计算加计扣除金额。
根据《企业会计准则第16号——政府补助》，政府补助有两种会计处理方法：总额法和净额法。净额法是将政府补助确认为对相关资产账面价值或者所补偿成本费用等的扣减。按照《企业所得税法》的规定，企业取得的政府补助应确认为收入，计入收入总额。净额法产生了税会差异。企业在税收上将政府补助确认为应税收入，用于研发活动所形成的费用或无形资产，可按规定计算加计扣除。具体操作如下：
（1）企业按实际发生可加计扣除的研发费用在辅助账登记费用明细；
（2）在年度申报时，在《纳税调整明细表》（A105000表）第11行次收入类调整项目的其他“税收金额”和第30行次扣除类调整项目的其他“税收金额”分别填报，将政府补助确认为应税收入和支出。
【案例3－4】 2023年，某制造企业发生研发支出200万元，取得政府补助50万元（企业选择作不征税收入处理），其税前加计扣除金额为150万元（150×100％）；若该企业取得的50万元政府补助选择按应税收入处理，则税前加计扣除金额为200万元（200×100％）。
根据国家税务总局公告2017年第40号规定，企业取得研发过程中形成的下脚料、残次品、中间试制品等特殊收入，在计算确认收入当年的加计扣除研发费用时，应从已归集研发费用中扣减该特殊收入，不足扣减的，加计扣除研发费用按零计算。
【案例3－5】 2023年，某制造企业研发某工艺技术，发生费用化的研发费用500万元（均符合加计扣除相关规定），当年处置以前年度研发过程中形成下脚料、残次品、中间试制品一批，取得收入100万元。2023年度该企业可加计扣除的研发费用为400万元（500－100），加计扣除额为400万元（400×100％）。
根据国家税务总局公告2017年第40号规定，企业研发活动直接形成产品或作为组成部分形成的产品对外销售的，研发费用中对应的材料费用不得加计扣除。产品销售与对应的材料费用发生在不同纳税年度且材料费用已计入研发费用的，可在销售当年以对应的材料费用发生额冲减当年的研发费用，不足冲减的，结转以后年度继续冲减。
【案例3－6】 某制造企业2021年与其客户签订合同生产某设备。该设备某项关键技术需要进行研发。该企业对该研发项目进行自主研发项目立项（X项目），假设生产周期为3年。当年该企业发生研发支出100万元，其中X项目领用材料30万元（研发成功并交付生产部门）。假设全部费用化，不考虑其他因素。该企业当年可加计扣除的研发费用为100万元。
2022年，假设该企业发生研发支出80万元，其中X项目领用材料20万元（研发成功并交付生产部门）。假设全部费用化，不考虑其他因素。该企业当年可加计扣除研发费用为80万元。
2023年10月，假设设备完工并按合同约定交付给客户，取得设备价款1000万元。当年发生研发支出150万元。假设全部费用化，不考虑其他因素。2023年可加计扣除的研发费用为100万元［（150－30－20）×100％］。
根据国家税务总局公告2017年第40号规定，失败的研发活动所发生的研发费用可享受税前加计扣除政策。
根据国家税务总局公告2017年第40号规定，直接从事研发活动的人员、外聘研发人员、用于研发活动的仪器、设备、无形资产同时从事非研发活动的，企业应对其人员活动情况、仪器设备使用情况、无形资产使用情况做必要记录，并将其实际发生的相关费用按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。
企业开展研发活动中实际发生的研发费用形成无形资产的，其税收上资本化的时点应与会计处理保持一致。《企业会计准则第6号——无形资产》第七条规定，企业内部研究开发项目的支出，应当区分研究阶段支出与开发阶段支出。
（1）研究阶段支出。
研究阶段，是指为获取新的科学或技术知识并理解它们而进行的独创性的有计划调查，主要是指为获取相关知识而进行的活动。
考虑研究阶段的探索性及其成果的不确定性，企业无法证明其能够带来未来经济利益的无形资产的存在，因此，对于企业内部研究开发项目，研究阶段的有关支出，应当在发生时全部费用化，计入当期损益（管理费用）。
（2）开发阶段支出。
开发阶段，是指在进行商业性生产或使用前，将研究成果或其他知识应用于某项计划或设计，以生产出新的或具有实质性改进的材料、装置、产品等，包括生产前或使用前的原型和模型的设计、建造和测试、小试、中试和试生产设施等。
考虑进入开发阶段的研发项目形成成果的可能性较大，因此，如果企业能够证明开发支出符合无形资产的定义及相关确认条件，则可将其确认为无形资产。具体来讲，对于企业内部研究开发项目，开发阶段的支出同时满足下列条件的才能资本化，确认为无形资产，否则应当计入当期损益（管理费用）。
①完成该无形资产以使其能够使用或出售在技术上具有可行性。
②具有完成该无形资产并使用或出售的意图。
③无形资产产生经济利益的方式，包括能够证明运用该无形资产生产的产品存在市场或无形资产自身存在市场，无形资产将在内部使用的，应当证明其有用性。
④有足够的技术、财务资源和其他资源支持，以完成该无形资产的开发，并有能力使用或出售该无形资产。
⑤归属于该无形资产开发阶段的支出能够可靠地计量。
（3）无法区分研究阶段和开发阶段的支出。
无法区分研究阶段和开发阶段的支出，应当在发生时费用化，计入当期损益（管理费用）。费用化的研发支出，按照当年费用化的金额部分加计扣除，资本化的研发费用，按照形成的无形资产当年摊销额进行加计扣除。