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随着改革开放的进一步深入，国民经济持续高速增长使中国政府的财政状况有了较大改善，应对增值税转型改革可能产生的收入减少效应具备了一定的承受能力。这无疑为增值税转型改革提供了有利条件。增值税由生产型转为消费型，核心内容是允许企业购进机器设备等固定资产的进项税额在销项税额中抵扣。增值税转型既可以避免重复征税，最大限度地减少税收对市场机制的扭曲，又能鼓励企业设备更新和技术升级，有利于提高企业整体竞争力。增值税转型改革采取分步实施推进办法，具体有以下三方面内容。
2003年 10月，中共中央、国务院出台了《关于实施东北地区等老工业基地振兴战略的若干意见》（以下简称《若干意见》），明确提出在东北地区优先推行从生产型增值税向消费型增值税的改革。但是，从 2003年底开始，我国经济出现了局部过热趋势，并在 2004年上半年有愈演愈烈之势。在投资过度膨胀的情况下，增值税转型将加剧投资过热、不利于经济稳定运行的担忧日盛，因而增值税转型的实施有所滞后。增值税转型的延期启动，与考虑到转型后给中央和地方带来的财政压力也有一定关系。随着宏观经济调控措施的实行，经济过热的势头有所缓解。同时，2004年上半年全国的税收收入增速明显，也为增值税转型创造了条件。
2004年 9月 14日，财政部、国家税务总局印发《东北地区扩大增值税抵扣范围若干问题的规定》（财税〔2004〕156号），相关政策于 2004年 7月 1日开始实施，在东北三省和大连市的装备制造业、石油化工业、冶金业、船舶制造业、汽车制造业、农产品加工业等六个行业启动增值税转型改革试点，试行扩大增值税抵扣范围，准予纳入试点行业范围的增值税一般纳税人扣除购进机器设备和工具、器具等固定资产的进项税额，但不包括不动产和自用的应纳消费税的小汽车、摩托车。同时规定，纳税人当年准予抵扣的进项税额不得超过当年新增增值税税额，当年新增增值税税额是指当年实现应缴增值税超过2003年应缴增值税部分。2004年 12月 27日，财政部、国家税务总局发布《关于进一步落实东北地区扩大增值税抵扣范围政策的紧急通知》（财税〔2004〕226号），将原固定资产增值税的增量抵扣方式转变为全额抵扣，即无论企业有无新增增值税额，应首先用固定资产进项税额抵减增值税欠税，仍有余额的可在 2004年实现并入库的增值税收入中计算退税。对仍未抵扣完的固定资产进项税额留待下年抵扣。2005年 2月 24日，财政部、国家税务总局发布《关于 2005年东北地区扩大增值税抵扣范围有关问题的通知》（财税〔2005〕28号），把购进固定资产增值税的抵扣方式从全额回归到增量，同时规定，2005年新增增值税按照 2005年实现应缴增值税超过 2004年应缴增值税部分计算。这种办法也称为环比方式。
东北地区增值税转型政策有如下基本特点：一是实行环比增量抵扣。即允许抵扣的固定资产进项税额限于当年新增增值税税额以内，超过部分当年不予抵扣，且纳税人有欠缴增值税的，应先抵减欠税。新增增值税税额，是指当年按老办法计算的应缴增值税累计税额（即进项税额中不含本期固定资产税额）超过上年应缴增值税部分。二是按季度均衡办理退税。为保证年度内扣税的均衡性，实际操作时采取逐期计算新增增值税税额、按月抵扣、年底清算的办法。即对 2004年下半年和 2005年购进固定资产实行过渡办法，其应抵扣的进项税额不直接抵扣，而是通过按季度退税，将税款退还给纳税人。三是限定固定资产范围，主要体现在时间和种类两个方面。在时间方面，只有 2004年 7月 1日以后新购的固定资产进项税额才允许抵扣，此前的存量固定资产税额不允许抵扣。在种类方面，并非所有固定资产都属于抵扣范围，只有《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第十九条所规定的固定资产所含进项税额才允许抵扣，纳税人外购和自制的不动产，如房屋等所含税额不在抵扣范围之内；另外，对购置应征消费税的汽车和摩托车所含增值税也不允许抵扣。这意味着属于抵扣范围的固定资产主要是机器设备和工器具。四是限定行业范围。本次增值税转型试点并不是对所有行业都适用，已经明确适用的是装备制造业、石油化工业、冶金业、船舶制造业、汽车制造业、农产品加工业等六大行业，且必须是增值税一般纳税人。
增值税转型试点，既是实施中央为振兴东北老工业基地振兴战略而采取的重大措施，也为全国范围内推行增值税转型改革积累经验。2007年 5月11日，财政部、国家税务总局印发《中部地区扩大增值税抵扣范围暂行办法》（财税〔2007〕75号），该文件于 2007年 7月 1日起实施，增值税转型挺进中原，选择中部地区 26个老工业基地城市的八大行业实行增值税转型扩大抵扣范围的试点。与东北地区试点相比，中部地区试点内容的主要差异在于：首先，行业抵扣范围不同。中部地区的试点抵扣行业将电力业和采掘业纳入抵扣范围，将船舶制造业和军品工业剔出抵扣范围，这与中部地区的主要优势行业有关。中部地区优势行业涉及电力与采掘，而东北地区优势行业以船舶制造和军工为主。其次，中部地区试点新增了总分支机构抵扣固定资产进项税的规定。中部地区增值税转型试点政策规定，设有统一核算的总分支机构，实行分支机构预缴税款、总机构汇算清缴的纳税人，符合一定条件的，可由总机构抵扣固定资产进项税额。最后，中部地区试点新增了纳税人可放弃固定资产进项税额的抵扣权的规定，选择放弃固定资产进项税额抵扣权的纳税人应向主管税务机关提出书面声明，并自提出声明的所属月份起将固定资产进项税计入固定资产原值，不得再计入进项税额抵扣。中部地区试点扩大抵扣增值税范围政策，既是中部地区经济振兴的良好契机，也是进一步推进增值税税制改革的有利时机。这不仅为全国普遍推行增值税改革积累了经验，而且作为一项优惠政策，直接减轻了中部地区企业投资负担，提高了企业技术投资、技术改造的积极性，有利于促进产业结构调整提升，增强经济发展后劲。
为了加快东北地区振兴步伐，促进区域经济协调发展，国务院于 2007年8月 20日批复的《东北地区振兴规划》将内蒙古自治区东部呼伦贝尔市、兴安盟、通辽市、赤峰市和锡林郭勒盟纳入整体规划范围。根据《若干意见》的精神，经国务院批准，东北老工业基地扩大增值税抵扣范围试点政策适用于上述内蒙古东部地区的五个盟市，财政部、国家税务总局于 2008年 7月 2日印发《内蒙古东部地区扩大增值税抵扣范围暂行办法》（财税〔2008〕94号），该文件于 2008年 7月 1日起实施。
2008年，为支持汶川地震灾区灾后恢复重建，财政部、国家税务总局印发《汶川地震受灾严重地区扩大增值税抵扣范围暂行办法》（财税〔2008〕108号），将汶川地震受灾严重地区纳入增值税转型改革试点的范围。汶川地震受灾严重地区试点取消了进项税额增量扣除的限制，允许企业新购入的机器设备进项税额全额在销项税额中计算抵扣；同时取消了行业限制，除国家限制发展的特定行业外，其他行业全部纳入增值税转型范围。另外将计算退税办法调整为正常抵扣办法，转型办法趋于规范化，征纳双方操作简便。对统一核算的总分支机构制定更为优惠的政策，规定总机构不在受灾严重地区，但由总机构购进并用于受灾严重地区分支机构的固定资产，可由总机构抵扣固定资产进项税额。汶川地震受灾严重地区是继东北老工业基地、中部 26个老工业基地城市、内蒙古东部五盟市之后，第四批纳入增值税转型改革试点范围的地区。此举措既是支持汶川地震灾区灾后恢复重建的一项重要税收政策，也是增值税转型改革全面推开前又一次重要的改革试点。
2008年 10月 29日，第十一届全国人民代表大会常务委员会召开立法工作会议，增值税等若干单行税法和税收征管法（修改）被列入该届全国人大的立法规划。财政部、国家税务总局于 2008年 12月 19日印发《关于全国实施增值税转型改革若干问题的通知》（财税〔2008〕170号），规定于2009年 1月 1日起，在全国所有地区、所有行业全面实施增值税转型改革，鼓励企业进行技术改造，促进企业技术进步，有利于产业结构调整和进一步促进经济增长方式转变。至此，我国完成了由生产型增值税转向消费型增值税的全国性范围改革，从而完成了工商业的增值税试点、扩围、转型改革。