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虽然理论上生产型增值税整体上不如消费型增值税优越，但我国在相当长的时期内，仍选择生产型增值税，这与我国经济形势和经济运行模式密切相关，生产型增值税在我国增值税改革实施初期有其独特优势。
由于生产型增值税外购固定资产（资本品）已纳增值税不允许抵扣，其课征基数包括资本货物和消费货物。这使得生产型增值税具有抵扣额小、税基宽的特点，在同样的税率条件下可以取得较多的税收收入，或者说同样税收收入可以在较低的税率条件下取得，从而保证了财政收入的稳定。在 1978年实施改革开放以来的一段时间内，我国财政收入占GDP比重、中央财政收入占全国财政收入比重不断下降，由此导致中央财政赤字压力陡增、国债规模不断扩大、中央宏观调控能力被削弱。为此，1994年分税制财税体制改革的重要目标之一便是提高财政收入占GDP比重和中央财政收入占财政收入比重，以增强中央宏观调控能力。正是在这样的背景下，生产型增值税应运而生，成为合理的选择。
生产型增值税不允许抵扣固定资产已纳增值税，虽存在重复课税，一定程度上抑制了固定资产投资，但在特定的经济环境下，生产型增值税的制度缺陷却转化成为优点。我国长期存在由于软预算约束而引发的投资过热，导致严重的投资总量膨胀和结构失衡。针对经济过热，通常采用限制投资的“一刀切”办法，使经济膨胀在短时期内能迅速降温，实现硬着陆，但行政措施也会造成国民经济的巨大损失和资源浪费。虽然我国对投资体制也推行诸如项目资本金制度、项目备案登记制度等一系列改革举措，但是仍未能从根本上改变投资软约束状况，以及与软约束相伴而生的投资饥渴下的非理性投资。进入 20世纪90年代中期，我国出现了新一轮经济过热，抑制投资膨胀成为经济工作重点。在此背景下，1994年的税制改革选择生产型增值税，顺应了我国实现经济软着陆的内在制度要求。
20世纪 90年代，随着国企改革力度加大，我国经济转型和结构调整中的失业率迅速爬升，大量失业人口的存在加剧了社会的不稳定，再就业已成为政府工作的重中之重。而生产型增值税对扩大就业有其独特意义。由于生产型增值税不允许抵扣固定资产所含税金，从而有利于资本有机构成低的产业扩张。从资本有机构成与劳动就业关系看，资本有机构成高的更多使用资本而较少使用劳动；反之，资本有机构成低的更多使用劳动而较少使用资本，从而使生产型增值税相对于消费型增值税更有利于扩大就业。同时，生产型增值税为解决下岗职工再就业，缓解就业压力也提供了制度性保障，与我国扩大再就业工程要求相吻合。
在改革开放初期，经济发展水平和管理水平相对落后。税收征管采用专管员管户，征管模式落后，征管效率低下，相关配套措施跟不上。同时，经济小规模化运营特点明显，单个企业规模不经济，效益低下，特别是很多企业会计核算不健全、纳税意识淡薄，更增加了征管难度。选择消费型、收入型增值税，税款抵扣业务相对复杂，征管水平难以应对。而生产型增值税适应了当时增值税对征管水平的要求。
由于纳税人外购资本品部分已缴纳的税额得不到抵扣，这部分税额便资本化为固定资产价值的一部分，并分期转移到货物的价值中去，该货物的销项税额中还是包含一部分购进环节的增值税，货物流转次数越多，对已征税款的重复征税也就越严重。因而这种类型的增值税与现代化大生产专业化、协作化的要求还有一定的距离，对企业组织结构的选择和投资方向的选择具有非中性的影响，即越是专业化、协作化生产的产品，其流转的环节越多、商品价值中外购的生产资料部分（包括资本品）的价值越大，相应地，重复征税也越严重，税负也就越高。这在一定程度上鼓励了大而全、小而全的企业组织结构，对经济效率产生了负面影响，阻碍市场经济的发展。
增值税采用统一的购进扣税法，对允许抵扣的外购项目可以一次全部扣除，有利于对发票的统一管理，加强了整个抵扣链条中的一致性和统一性。但生产型增值税对外购资本品部分已缴纳的税额不允许扣除，使纳税人在计算增值税时必须分清允许抵扣和不允许抵扣的项目，并要对相应的发票进行专门区分，客观上使统一的抵扣链条显得不完整。对税务机关来说，由于外购项目扣除待遇不同，为监督纳税人是否依法纳税，保证增值税税源不流失，必须加强对扣除标准的检查和监督，这就加大了工作量和征管工作的复杂性，也增加了征收增值税的税务行政成本。
产品成本的不真实，是导致成本推进型通货膨胀的一个重要因素。在实行消费型增值税的情况下，最终消费品的价格是每个环节新增价值的总和，同种产品只要售价相同，其最终税负是一致的。而生产型增值税，由于产品生产组织形式的不同，同种产品即使售价相同，其总税负也不一定相等。这样，在产品均衡市场上，供需双方在决定价格形成的过程中对成本出现了信息不对称的情况，使产品价格形成的正常机制受到破坏，从而对价格形成产生扭曲。其直接表现是增值税税金的一部分成为产品成本的组成因素之一，它不体现在价外，而直接体现在成本内，直接成为成本增加的一个因素，影响到商品零售价格及物价总体水平。
从产业角度看，多数基础产业和高新技术产业的资本有机构成较高，其货物成本中的长期资本投入的费用所占比重较大，而原材料等中间产品的投入费用所占比重较小。实行生产型增值税，使外购的资本品（包括无形资产）所负担的增值税得不到抵扣，加重了这部分产业的税负，不利于基础产业和高新技术产业的发展，客观上加重了产业结构的失衡。从技术角度看，科学技术是第一生产力，科技在现代经济增长中起着越来越重要的作用，技术开发和引进是提高企业生产能力和效率的重要因素，但发展科技往往需要巨额的资金投入。我国在实行生产型增值税时，企业销售无形资产缴纳营业税，而购买无形资产又不属于增值税可扣除项目范围之列，从客观上限制了企业加大技术开发方面的资金投入，也限制了高新技术企业的发展，从而影响产业结构优化、产业层次提升及产业竞争能力增强。
对出口产品实行零税率是各国的通行做法。实行消费型增值税能够做到彻底退税，使出口产品以不含税价格进入国际市场。但生产型增值税对外购资本品部分不允许扣除其已缴纳的税额，导致出口产品虽然实行了零税率，但仍不能做到彻底退税。因为出口企业在产品出口后得到的退税中还没有包括为生产该产品而外购的资本品部分已经缴纳的税额，等于出口产品背负着未被抵退的“投资税”与人竞争，不利于扩大产品出口。同样，从实行消费型增值税国家进口的产品，由于在生产国已经得到了彻底的退税，而我国的同类产品中还包含外购资本品部分已经缴纳的税额，则我国产品在国内市场上同样处于不利地位。