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虽然增值税优于产品税和营业税，但由于受各种条件约束，我国实施初期的增值税制度还存在多方面局限，有待进一步深化改革。
增值税深化改革目标在于深刻认识增值税机理，全面实施增值税，发挥增值税普遍征收、全面抵扣、中性税制优势。
要在整个经济领域里完全消除重复征税所造成的各种扭曲现象，创造一个更加广泛的税负公平、促进竞争的环境，使税制更加适应商品经济的发展，就必须在整个商品的生产流通领域和劳务服务领域全面实行增值税。同时，也只有全面推行增值税，才能发挥出增值税的最佳效果，使税制达到最大限度的合理和简化。由于当时在工业生产环节对一部分产品试行增值税，另一部分产品试行产品税，流通领域试行营业税的流转税结构，重复征税和税负不平的矛盾大量存在，进出口征退税不足，多税种并存导致税制复杂，互相掣肘。尽管增值税已在部分行业试行，但难以发挥出税制的整体效应，反而使税制难以规范、简化，陷入十分复杂的境地。因此，应该尽快改变我国在商品生产流通领域和劳务服务领域产品税、增值税、营业税三税并存、互不交叉的格局，建立起以增值税进行普遍调节，以消费税进行特殊调节的双层次调节体系。
抵扣制是增值税的核心，如果一个生产者购进货物所支付的增值税不能得到充分的抵扣，就不能彻底消除重复征税对生产所造成的扭曲，也就违背了增值税对生产者不征税的特性，还会造成增值税的规定税率与实际税负不相一致的矛盾，破坏增值税所具有的实际整体税负与规定税率相一致的特征。我国现行增值税在抵扣方面存在着扣税范围窄、扣除税额计算不规范的问题，造成重复征税的弊端未彻底消除，规定税率与实际税负相脱节，进出口征退税不实。因此，应在全面实行增值税的基础上，尽快把固定资产和劳务服务费用等纳入增值税的抵扣范围。
增值税实际上是国家对消费者收入进行普遍调节的一种手段，它的财政职能是第一位的。当然不少国家根据某些需要，也通过对商品制定高低不同的税率，以达到调节消费结构的目的，这种用税收调节消费，由消费反作用于生产的调节，与我国由国家调节市场，由市场引导企业的改革方向是一致的。但是，这种用税收手段直接进行调节的办法是不能够普遍适用的，因为它会导致税制的复杂，使用不当还会对生产产生很大的影响。因此，国外在选择实行差别税率时是很慎重的，实行差别税率的目的主要是出于政治方面的考虑，对不同的消费结构进行调节。我国增值税由于种种条件的限制形成税率档次过多，又由于实行价内税和国家定价的方式，使这种调节直接表现为对生产者的调节，同时由于价格和税负的变化，对生产者的定价、成本和利润的核算常常产生扭曲和影响，因而没有完全达到对消费结构进行调节的目的，反而造成税制的复杂和扭曲。这已经成为我国推行增值税的一个严重障碍。因此，在运用增值税时，要尽量发挥其普遍调节的优势，扬其所长，同时，也要防止夸大其对产业、产品结构的调节作用，避免因为多档税率而使税制过于复杂，我国增值税税率以 2～3档为宜。
增值税在实施过程中必须采取一系列的配套性措施，才能使增值税系统有效运转起来。
发票是计算增值税的重要基础，也是保证增值税真正建立起时纳税人自我控制机制的重要手段。凭发票注明税款进行扣税，使纳税人之间建立起相互制约的机制，如果出售者提供商品时不缴或少缴税款，购买者就不能得到抵扣或不能充分抵扣税款，那他就要负担上一环节未缴或少缴的税款，这样购买者就必然要求出售者如实注明税款。同样的道理，如果在商品生产销售的某一环节进行减免，享受减免税的纳税人不仅不能从减免税中得到好处，反而要负担他购买商品时所支付的增值税，因为免税商品是无权享受抵扣的。在这种情况下，纳税人一般都放弃减免税要求，而选择缴纳增值税对他们更为有利。发票注明税款制度对防止偷漏税，真正建立增值税的自我控制机制具有重要意义。
在价内计征的增值税与国际上通行的价外计征的增值税一样都是由消费者负担的。只不过是在表现形式上有所不同，价外税是把税收加在价格之外向消费者收取，价内税则是把税收含在价格之内向消费者收取，对于消费者来说都表现为他们的实际支付。但实行价外税有以下好处：一是可以提高价格和税收的透明度，避免价税搅在一起互相牵制，也为价格和税制改革铺平了道路；二是可以消除税收对企业定价、成本和利润核算的影响，提高企业的核算水平，硬化企业预算，增强企业对市场供求变化的适应能力；三是可以理顺国家与纳税人以及消费者的利益关系，把纳税人与负担者区别开来，明确企业代国家向消费者收税的身份和义务，真正建立起纳税人的自我控制机制，有效堵塞偷漏税；四是使增值税的任何减免不再会转变为企业利润，反而会因减免税置纳税人于负担者的地位，可以杜绝减免税，有效地防止减免税对公平竞争和国家财政的冲击；五是国家可以通过变动税率达到调节消费结构、抑制通货膨胀和物价上涨的目的；六是可以为建立发货票扣税制度创造条件。