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1984年 1月，随着第二步“利改税”的实施，我国工商税收制度进行了全面的改革。这次改革从适应经济体制改革的新形势、有利于宏观经济的调节和控制出发，建立和恢复了 11个税种，加上原有的税种共有 21个税种，从而改变了过去税制过于简单的局面，初步建立起以商品流转税和所得税为主体的复合税制，使我国的税制结构趋于合理。这种以商品流转额征税和所得额征税为主体的税制基本适应我国经济情况，对于保证国家财政收入的稳定增长和促进国民经济的发展发挥了积极作用。
产品税和增值税是从原工商税中对工业产品和农林产品征税的范围里划分出来的两个税种。其中，产品税是工商税收制度改革后税收体系中的一个主要税种，其税源居各税种之首，既是组织国家财政收入的重要手段，又与商品生产密切相关，是国家运用税收手段影响经济的重要经济杠杆。增值税是在总结国内外税制建设历史经验的基础上，结合我国实际情况实施的一个新税种，为解决原有税制存在的重叠计税的弊病开拓了道路，平衡了全能厂与非全能厂税负，适应了工业改组布局，有利于专业化协作生产，同时也保证了国家财政收入。
从工商税中分离出增值税，建立起增值税制度，是我国税制改革建设中的一件大事，对财政和经济都起着重要作用。虽然增值税的实施顺应了专业化协作分工发展改革趋势，但随着城市经济体制改革还在继续深入进行，特别是随着计划、价格、工资等项的改革涉及各方面的经济利益的相应变化，客观经济形势要求进一步完善税收制度，以保证税收预期经济杠杆作用能够真正发挥。而产品税、增值税和营业税三税并存，存在以下四个有待解决的问题。
1.需进一步消除重叠计税因素。在原有工商税基础上设立产品税时，设立了增值税，将一部分重叠计税矛盾较为突出的工业产品改为征收增值税。这为克服原有税制重叠计税的弊病开拓了道路。而由于主客观等原因，增值税的征收范围相对有限，已经征收增值税的 12类产品只占工业总产值的 1／6左右。还有大量征收产品税的产品依然存在着重叠计税的矛盾。
2.需逐步取消对中间产品征税。在对工业产品还不能普遍实行增值税的情况下，为了解决某些全能厂与非全能厂税负不平的矛盾，对纱、布、白酒、黄酒、糖、皮革等产品暂时沿用过去的习惯做法，对连续生产的全能厂自产自用的上述产品，征收中间产品税，以平衡税负、稳定财政收入。这种措施只能作为过渡性办法，部分解决全能厂与非全能厂税负不平的问题。
3.需逐步消除对工业协作减税。为了促进工业协作生产，相对缩小全能厂与非全能厂税负不平的矛盾，保留了过去的习惯做法：对部分有固定协作关系、订有协作合同的产品协作双方，以低于出厂价格提供给对方作为原材料、零配件的行为给予减征税款的照顾；对工业企业将一部分自产产品或零件给其他企业生产，提供给本企业用于连续生产产品的，在具备一定的条件下，采取定期免税等措施。而这种做法需逐步消除。
4.需改进对消费品包装物计税。产品税根据产品销售收入额作为计税依据计算征税。产品销售收入额中包含了包装物的价值，且产品税为价内税，这样就产生了一个问题，即包装物的价值越大，该项产品负担的税金越大，加上包装物的重叠计税等因素，对企业改进包装提高产品质量、对产品进行更新换代形成一种制约。当时对个别产品允许扣除包装的价值金额计税，只是缓和了矛盾，并非根治之策，应当进一步研究改进。存在上述种种问题，最根本的原因是增值税征收范围小，不能对原有税制作根本改革。要根除这些弊病，出路在于积极扩大增值税征收范围，合理安排产品税和增值税的结构和实施范围。
1984年通过“利改税”和工商税制改革建立起来的税制，虽基本上适应了经济发展和经济改革的需要，但是仍然明显保留着计划经济模式中国家用行政手段管理经济的做法，已难以适应市场经济发展要求。在社会主义市场经济条件下，政府的财政收入将更多地依靠税收筹集，税收调节经济的范围将进一步扩大，调节方式也需不断完善。因此，要适应市场经济的要求，促进市场发育，规范市场秩序，进一步处理好国家、集体、个人的分配关系和中央与地方的分配关系，必须对原有税制进行改革。
1992年 10月，中国共产党第十四次全国代表大会确立了我国经济体制改革的目标是建立社会主义市场经济体制。1993年 11月，党的十四届三中全会通过了《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》，将建立社会主义市场经济的改革目标和基本原则具体化和系统化，描绘了继续深化改革的总体蓝图。根据建立社会主义市场经济体制的要求，提出并制定税收制度改革的总体设想和实施方案。
作为我国税制结构中的主体部分，流转税的改革是此次税制改革的重要内容。为适应市场经济的要求，参照国际流转税改革的基本趋势，我国对按产品分设税目、分税目制定差别税率的传统做法进行改革。改革内容有：在生产和流通环节普遍征收增值税，在此基础上选择少数消费品再征收一道消费税；对提供劳务、转让无形资产和销售不动产继续征收营业税。1993年，第八届全国人民代表大会常务委员会第五次会议决定废止工商统一税，从 1994年 1月 1日起，外商投资企业和外国企业也实行全国统一的增值税、消费税和营业税等税种。新的流转税制统一适用于内资企业和外商投资企业，这既是出于公平税负、鼓励竞争的需要，也是实际规范化的增值税所必需的。
为了适应社会主义市场经济发展的需要，解决中央财政收入增长乏力等问题，我国于 1994年进行了以分税制为核心、工商税制改革为配套的财税体制改革。流转税是工商税制的关键，而在流转税改革中，增值税改革是核心。1993年 12月 13日，国务院颁布《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令第 134号），同时废止《中华人民共和国增值税条例（草案）》《中华人民共和国产品税条例（草案）》，这标志着产品税退出我国税制舞台。1993年 12月25日，财政部发布《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》，与暂行条例同时于 1994年 1月 1日起开始施行。暂行条例规定：“在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳增值税。”同日，国务院批准国家税务总局报送的《工商税制改革实施方案》，方案自 1994年 1月1日起施行。方案中关于流转税制改革的主要内容是：“改革后的流转税制由增值税、消费税和营业税组成。……新的流转税制统一适用于内资企业、外商投资企业和外国企业（以下简称外资企业），取消对外资企业征收的工商统一税。”至此，我国进入较为规范的增值税制度的实施阶段。在 1994年之后相当长一段时间内，增值税的税制比较稳定，只是针对运行过程中出现的问题和情况进行了一些微调。
1994年的增值税改革，遵循了普遍征收原则、中性原则和简化原则，对原有的增值税进行了全面彻底的改革，按照国际通行的做法建立了规范化的生产型增值税，并以增值税改革为核心建立了新的流转税制格局。此次改革对我国增值税制度进行了较为彻底的重构。
1.拓展增值税征税范围。将增值税征税范围由生产领域扩大到货物的生产、批发、零售、进口四个环节，以及加工和修理修配劳务，涵盖了商品流通的全部环节，从而形成对货物、劳务销售全面实施征收增值税、提供服务全面实施征收营业税的分工格局。
2.优化增值税计税方法。实行价外计税办法，使得成本、价格和利润均不含增值税，能够较为真实地反映企业的经营业绩，并在此基础上根据年应税销售额和会计核算水平将纳税人划分为一般纳税人和小规模纳税人。对采用一般计税方法的纳税人实行凭增值税专用发票注明的税款进行抵扣的制度，在计算本环节销售货物和提供劳务的应纳税款时，允许将购进货物和应税劳务的已纳税款扣除，即实行以票扣税法，较好地解决了重复征税矛盾；而对不符合一般计税方法条件的纳税人采取按固定比例征收率、实行简易征收计税办法。
3.简化增值税税率档次。由改革前的 8％～45％共 12个税率档次减为17％基本税率、13％优惠税率，以及一般出口货物的零税率。与此同时，在普遍征收增值税的基础上对少数消费品征收消费税，构建起了增值税与消费税相配合的分层调节机制，淡化了增值税的调节职能，强化了增值税的中性特征。