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实行增值税，是为了着重解决重复征税导致税负不平的问题，从而更好地贯彻合理负担的原则。增值税计算方法从理论上讲可分为扣额法和扣税法两种方法。
增值税扣额法以增值额为依据计征增值税，增值额以销售额扣除允许抵扣的外购或消耗的项目金额计算得出。
产品销售收入金额减去扣除额即增值额，这是运用扣额法征收增值税的基本原则。根据《增值税暂行办法》第四条的规定，允许从销售额中扣除的项目仅限于用于生产的外购原材料（包括原料及主要材料、辅助材料、外购件、修理用备件）、燃料、动力和计入产品售价的包装物。
扣额法所规定的扣除范围是根据中国特定情况所作的规定，其主要目的在于排除导致税负不平的主要因素，使税制适应工业朝着专业化的方向发展的需要。这个扣除范围虽然没有将全部物化劳动转移的价值包含在内（如固定资产折旧、低值易耗品等），但并不影响按增值征税的实质。把构成重复征税和导致税负不平的原材料、燃料、动力、包装物等主要因素列入扣除范围，在当时条件下有利于达到平衡税负、贯彻合理负担的要求。
增值税的计算取决于两个因素：一是产品销售收入额，二是扣除额。由于产品销售收入额在会计核算方面有单独的科目反映，因此扣额法所要解决的中心问题实际上是扣除额的计算。关于扣除额的计算，《增值税暂行办法》规定了两种方法：一是实耗扣额法，二是购进扣额法。纳税人采用哪种方法，则由当地税务机关根据企业的具体情况予以核定。
1.实耗扣额法。在实耗扣额法下，从产品销售收入额中扣除的金额既不是购进额也不是生产耗用额，而是销售产品中实际耗用的外购原材料、燃料、动力和包装物的金额。
2.购进扣除法。根据《增值税暂行办法》的有关规定，如果企业购入的原材料、燃料、动力和计入产品售价的包装物有用于非生产和销售的，未用于生产缴纳增值税的产品，则其购入金额不能计入扣除额。这样，应计入扣除额的实际上是原材料、燃料、动力和包装物的购入金额减去用于非生产和销售部分的余额。在购进扣除法的具体运用上，有以下两种做法。
（1）以当月销售产品实际销售额减去当月外购货物剔除用于非生产部分的实际购入额，求出实际销售额与实际外购额之间差额的增值额据以征税。
（2）按年定率征收，年终结算。即以上年购入额（指减去用于非生产和销售部分的余额）占产品销售额的比例确定扣除率，再以“1－扣除率”求出增值率，按企业各期产品销售额计算增值额征税。年度终了，再按本年度实际发生的购进额进行结算，退还多缴或补收短纳的税款。
征收增值税的另一种办法，是税金扣除法，简称扣税法。扣税法与扣额法不同，它不直接以增值额计征增值税，而是以企业按销售商品全值计算的应征税金，减去购入商品的已纳税金，作为企业销售商品应纳增值税金。由于这种间接计征增值税的办法既能够避开直接计算增值额的麻烦又能达到排除重复征税的效果，执行起来比较简便，所以它是国际上普遍采用的办法。
当时，机器机械、农业机具适用扣额法，缝纫机、自行车、电风扇三项产品一律试行扣税法，从事生产这三项产品的单位，不论是国营企业还是集体企业，也不论是设在大、中城市还是设在县、镇，都必须按照扣税法征收。
试行扣税法的三项产品缴纳增值税的税率，本着基本保持产品原有税负总水平而确定，规定农业机具为 6％、机器机械为 10％、缝纫机为 12％、自行车为 16％、电风扇为 25％。从各地调查情况看，缝纫机原平均税负约为12.31％，自行车约为 16.7％，新税负略低于原有税负水平；电风扇原征收工商税的税率为 25％，改为征收增值税后采取扣税法，在允许扣除外购零配件已纳税金的情况下，仍将税率定为 25％，新税负较大幅度低于原税负。
以扣税法征收增值税的三项产品，计算增值税应纳税额时，允许抵扣已纳税金的外购商品只限于为生产这三项产品所购入的零配件。自行车的内外胎和各项产品的机外配件、工具件，虽然也是外购，但是其已纳税金不在扣抵之列。为什么先选择这三项产品的整机环节试行扣税法，而又把扣抵税金的范围限于外购零配件，主要有以下三个原因。
1.这三项产品过去重复征税、税负不平的问题，突出地反映在整机组装环节。在整机组装环节试行增值税，可有效地排除税负不平的问题，有利于工业改组发展。
2.生产这三项产品的企业，其产品的型号虽有不同，但产品结构则基本相同，均以零配件组装而成。因此就这三项产品来说，形成税负不平的主要因素不是购入原材料的多少不一，而是购入零配件的多少不一。把扣抵税款的范围限定在外购零配件，可以有效地排除税负不平问题。
3.企业以协作关系购入的零配件税率一般为 5％，以零配件为扣抵对象也便于执行。但扣税法要在较大范围运用，还有待进一步改进和完善。如果在改进和完善扣税法的过程中，扣抵税金的范围有所扩大，原定的税率也应作相应调整。
扣税法计税方法是以产品销售收入全额依率计算税额，再减去购入零配件所负担的已纳税金为企业的应纳税金。其计算公式为：
应纳税金＝产品销售收入全额×税率－购入零配件的已纳税金
上述计算公式包含以下三点主要内容。
1.以产品销售收入为计税基础。企业的产品销售收入一旦实现，即发生纳税义务，企业应当按照税务机关核定的纳税期限，将这一时期的产品销售收入汇集起来计算税额。如果企业在这个时期没有购入零配件的已纳税金需要扣抵，那么，依据销售金额计算的税金，就是这一时期的应纳税金。
2.当期应纳税额具体计算办法。企业购入零配件的已纳税金可从企业按产品销售收入乘以适用税率计算的销项税金中扣抵，扣抵税金以企业实现产品销售收入、发生纳税义务为前提。如果企业在购入零配件当期没有产品销售收入，这部分购入零配件的已纳税金就无从扣抵，只能延至以后各期企业发生纳税义务时再行扣抵。同样，如果在当期购入零配件的已纳税金大于当期按产品销售收入计算的税金，其不足扣抵之数也必须延至以后各期扣抵。
3.扣税法实行购入扣抵法。扣税法扣抵税金数额，不以销售产品实际耗用零配件所纳税金数额为扣抵依据，而以购入零配件已纳税金的数额为扣抵依据。购入扣抵法对两类不同企业会产生不同影响，其中：对于产品销售和零配件购入在各期比较均衡的企业来说，各期的应纳税额会比较均衡。而对于产品销售和零配件购入不均衡的企业，由于产品销售和零配件的购进不能很好衔接，各期的应纳税额会很不均衡；当产品销售进度大于零配件购入进度时当期会增加缴税，而当产品销售进度小于零配件购入进度时当期会减少缴税。当然，从月度来看可能各月之间缴税额差异会大些，但从年度来看月度之间波动会相互抵销而趋于稳定。