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排污收费制度演变为环境保护税法经历了 40 年。1978 年，国务院环境保护领导小组提出了“向排污单位实行污染物收费”的制度设想，并于1979 年 9 月确立了排污收费制度，明确了“谁污染谁治理”的管理原则。2003 年，国务院发布《排污费征收使用管理条例》，进一步完善了排污收费制度，这是现行环境保护税制度设计的基础。2007 年 10 月，党的十七大报告提出“实行有利于科学发展的财税制度，建立健全资源有偿使用和生态环境补偿机制”。2014 年和 2015 年，国务院总理李克强连续两年在《政府工作报告》中要求做好环境保护税相关立法工作。2015 年 6 月，《中华人民共和国环境保护税法（征求意见稿）》公开向社会公众征求意见。经修改完善后，2015 年 12 月，《中华人民共和国环境保护税法（草案）》上报国务院，2016 年 5 月 4 日国务院常务会议审议通过。2016 年 8 月 29日至 9 月 3 日，第十二届全国人大常委会第二十二次会议对《中华人民共和国环境保护税法（草案）》进行了初次审议。2016 年 12 月 25 日，走过6 年立法之路、历经两次审议，《环境保护税法》在第十二届全国人大常委会第二十五次会议上获表决通过，并于 2018 年 1 月 1 日起施行。
2017 年 12 月 25 日中华人民共和国国务院令第 693 号公布《环境保护税法实施条例》，并明确自 2018 年 1 月 1 日起施行。环境保护部于 2017 年12 月 27 日发布了《关于发布计算污染物排放量的排污系数和物料衡算方法的公告》（环境保护部公告 2017 年第 81 号），明确了环境保护税排污系数、物料衡算的具体计算方法。财政部、税务总局和生态环境部于 2018 年3 月 30 日发布了《关于环境保护税有关问题的通知》（财税〔2018〕23号），解答了计算四类应税污染物排放量、应纳税额等相关问题。2018 年10 月 25 日财政部、税务总局和生态环境部发布了《关于明确环境保护税应税污染物适用等有关问题的通知》（财税〔2018〕117 号），进一步明确了污染物适用、税收减免适用等问题。2018 年以来，多数省、自治区、直辖市税务机关会同生态环境主管部门发布了适用于当地的《环境保护税核定征收管理办法》，明确了适用于当地的抽样测算方法。2021 年 4 月 28 日生态环境部、财政部和税务总局发布了《关于发布计算环境保护税应税污染物排放量的排污系数和物料衡算方法的公告》（生态环境部 财政部 税务总局公告 2021 年第 16 号），进一步规范因排放污染物种类多等原因而不具备监测条件的排污单位应税污染物排放量计算方法，并废止了之前的计算方法。
1.“税负平移”原则
从排污收费制度到环境保护税的立法体现了“税负平移”原则，是排污收费制度向环境保护税法的平稳转移，而不是按原先缴纳的排污费费负完全相等地转成环境保护税税负。“税负平移”具体表现在四个方面：一是将排污费的缴纳人转变为环境保护税的纳税人，二是根据排污收费项目设置环境保护税的税目，三是根据排污费计费办法设置环境保护税的计税依据，四是以排污费收费标准为基础设置环境保护税的最低税额标准。从“税负平移”的表现来看，短期内企业的成本负担会出现稍有增长的状况，但是总体来说长期效果可期，有利于促进企业节能减排，推动经济增长方式的转型。
2.税费差异
（1）税额与收费标准不同。
环境保护税与原排污费虽然是通过“税负平移”进行的，即环境保护税的纳税主体、课税对象、计税依据等税收要素，基本平移自原排污费制度下的缴费主体、收费对象、计费依据等收费要素，但与排污费不同的是，环境保护税大气污染物、水污染物的税率最低标准较排污费提高了一倍。排污费改环境保护税，主要目的是以税收手段督促企业重视和加强环境保护。环境保护税征税不以收钱为目的，而是为了刺激环境保护意识、增强环境保护的自觉性。基于本地区环境承载能力、污染物排放现状和经济社会生态发展目标等多方面因素，各省份在大气污染物、水污染物的具体适用税额上有一定的自由裁量权，这不是给予地方以经济发展和环境生态的权衡博弈机会，也不是地方招商引资的税收优惠砝码。“多排多缴，少排少缴，不排不缴”是环境保护税征收原则，其中“多排多缴”体现出的环境责任不代表“多缴”就可以有“多排”的合法性授权。
（2）管理依据不同。
排污收费的管理依据主要是《排污费征收使用管理条例》《排污费征收标准管理办法》。《排污费征收使用管理条例》是为了加强对排污费征收、使用的管理而制定的条例，《排污费征收标准管理办法》则制定了征收标准与污染当量值。排污费是行政事业性收费，征收工作由原环境保护部门负责核定。排污单位对核定的污染物排放种类、数量无异议后，由负责污染物排放核定工作的环境保护部门，根据排污费征收标准和排污单位排放的污染物种类、数量，确定并公告排污单位应当缴纳的排污费数额。排污费数额确定后，由负责污染物排放核定工作的环境保护行政主管部门向排污单位送达《排污费缴费通知单》，作为排污者缴纳排污费的依据。
环境保护税的管理依据是《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《税收征收管理法》）、《环境保护税法》，采用了全新的“企业申报，税务征收，环保监测，信息共享”的多部门协作税收征管模式，污染物排放种类、数量由纳税人自行核定，并对申报的真实性、准确性承担责任。环境保护税收入全部归地方政府。
环境保护税相比于排污费，税收执法的强制性明显增强。在环境保护方面，排污单位达标就符合相关法律规范。但是作为环境保护税纳税人，排污要求不仅仅是达标排放，而是只要直接向环境排放应税污染物就有义务缴纳税款，即达标排放也要按税法要求缴纳环境保护税，提高了纳税人环保意识和税法遵从度，强化了企业治污减排的责任。
（3）征管模式和责任主体不同。
“费改税”使行政执法依据发生了变化，征管模式、责任主体等方面也截然不同。排污费是否征收与征收准确性由生态环保部门负责，排污单位的责任在于是否正确缴纳排污费用；而环境保护税要求纳税人有自主申报纳税的义务，且要求纳税人对税额准确性负责。并且对于排污费的征收，地方政府会结合地方经济发展情况，有一定的权限出台地方环保及排污费政策。“费改税”后，地方政府的权限移交到了国家，规范了政府分配秩序，优化了财政收入结构，最终促进生态环境保护，实现我国社会主义生态文明建设的目标。
开征环境保护税是我国通过税收手段来促进环境与经济协调发展，这是我国向绿色税制改革迈出的重要一步。环境保护税的目标，是为了促进我国生态文明建设，保护环境并减少污染物排放。“多排多缴、少排少缴、不排不缴”的绿色税制设计，遵循了“污染者付费”的原则，即谁排污谁就要缴纳环境保护税。依据绿色税制设计理念，排污单位可以通过减少污染物的排放，来达到降低或者不缴纳环境保护税的目的，有利于增强排污单位“谁排污，谁缴税”的意识，进而推动排污单位不断减少污染物排放行为，起到保护生态环境的作用。
目前，环境保护税的征收与缴纳处于不断完善阶段。开征 5 年多来，从官方统计数字看，环境保护税征收的税额与排污费征收的金额基本持平，见表 1-1、表 1-2。
表 1-1 2013—2017 年排污费征收数据 单位：亿元
表 1-2 2018—2022 年环境保护税征收数据 单位：亿元
环境保护税开征以来，环境保护税制运行平稳顺畅，环境保护税体现的导向性作用突出，有效地引导和鼓励了排污单位重视并加强生态文明建设，主动开展节能减排和绿色生产，税收绿色效应明显。国家税务总局公布数据显示，2018—2020 年，纳税人申报的主要大气污染物二氧化硫、氮氧化物排放量年均降幅分别达 3.5%、3.1%，主要水污染物化学需氧量、氨氮排放量年均降幅分别达 3.8%、3.3%。每万元GDP产值对应的污染当量数从 2018 年的 1.16 下降到 2020 年的 0.8，降幅达 25.8%。
关于环境保护税的计税依据，应税大气污染物和应税水污染物的计税依据是污染物排放量折合的污染当量数，应税固体废物的计税依据是当期固体废物的排放量，应税噪声的计税依据是当期超标的分贝数。可以看出，环境保护税课税对象中的应税大气污染物、应税水污染物和应税固体废物最终应纳税额的多少都与应税污染物的排放量息息相关。若排污单位在满足达标排放后，进一步投入更加先进的污染治理设备，来减少直接应税污染物的排放量，不仅能减少环境保护税的应纳税额，而且能进一步起到保护生态环境的作用。例如，山西全省涉煤企业对煤炭装卸堆存场所进行全封闭改造，并改进污染治理设施，一般性粉尘排放量持续减少。正向激励作用下，山西越来越多的企业纷纷加大环保设施场所投入，改进生产技术工艺，转型发展绿色生产。
从环境保护税法的立法和实施看，共设立了两档减税机制和五种免税情形，对低于排放标准的应税污染物给予减税优惠政策，对污水集中处理、固体废物综合利用等给予免税优惠政策。这种“多排多缴、少排少缴、不排不缴”的设计理念贯彻于环境保护税法的执行过程中，进一步激发了排污单位绿色生产的积极性，引领排污单位由被动减排向主动作为转变，自觉采用更加先进的污染治理手段减少直接向环境排放污染的情况。
环境保护税的绿色税制设计是我国生态环保领域一个极大的进步，有助于发挥税收杠杆的绿色调节作用，引导排污单位提升环保意识，加大环保治理力度，加快转型升级，减少污染物排放，助推生态文明建设。