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城市维护建设税是附加税，其征收管理比照正税的有关规定办理。即城市维护建设税与增值税、消费税（简称两税）同征同管。
纳税人缴纳两税的环节，就是城市维护建设税的纳税环节。具体来说，纳税人只要发生了两税的纳税义务，在哪个环节缴纳两税，就应在哪个环节比照两税的征收办法缴纳城市维护建设税。
纳税人直接缴纳两税的，在两税缴纳地缴纳城市维护建设税。
纳税人采用委托代征、代扣代缴、代收代缴、预缴、补缴等方式缴纳两税的，应当在两税缴纳所在地同时缴纳城市维护建设税。前述所称代扣代缴，不含因境外单位和个人向境内销售劳务、服务、无形资产代扣代缴增值税情形。[见《国家税务总局关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号）]
城市维护建设税的纳税义务发生时间与两税的纳税义务发生时间一致，分别与两税同时缴纳。同时缴纳是指在缴纳两税时，应当在两税同一缴纳地点、同一缴纳期限内，一并缴纳对应的城市维护建设税。[见《国家税务总局关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号）]
城市维护建设税的扣缴义务人在扣缴两税的同时扣缴城市维护建设税。
纳税人应按税法有关规定，在申报缴纳两税的同时办理城市维护建设税纳税申报。申报缴纳的两税除了直接申报的两税外，还包括采用委托代征、代扣代缴（不含因境外单位和个人向境内销售劳务、服务、无形资产代扣代缴增值税情形）、代收代缴、预缴、补缴等方式缴纳的两税。
纳税人自收到留抵退税额之日起，应当在下一个纳税申报期从城市维护建设税计税依据中扣除。对增值税免抵税额征收的城市维护建设税，纳税人应在税务机关核准免抵税额的下一个纳税申报期内申报缴纳。[见《国家税务总局关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号）]
自2021年8月1日起，增值税、消费税分别与城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加申报表整合，启用《增值税及附加税费申报表（一般纳税人适用）》《增值税及附加税费申报表（小规模纳税人适用）》《增值税及附加税费预缴表》及其附列资料和《消费税及附加税费申报表》。[见《国家税务总局关于增值税、消费税与附加税费申报表整合有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第20号）]
城市维护建设税与两税同时征收，查补两税并课征滞纳金或处以罚款时，应同时对纳税人未缴的城市维护建设税进行补税、课征滞纳金或处以罚款。一般情况下，对城市维护建设税不单独课征滞纳金。但纳税人缴纳两税之后，不按规定缴纳城市维护建设税，则可以对其单独课征滞纳金，也可以单独处以罚款。
1.海关对进口产品征收的增值税、消费税，不征收城市维护建设税；对出口产品退还增值税、消费税的不退还已征收的城市维护建设税。即进口不征，出口不退。[见《财政部关于贯彻执行〈中华人民共和国城市维护建设税暂行条例〉几个具体问题的规定》（财税〔1985〕69号）、《财政部关于城市维护建设税几个具体问题的补充规定》（财税〔1985〕143号）]
《城建税法》实施后，进一步明确对进口货物或者境外单位和个人向境内销售劳务、服务、无形资产缴纳的两税税额不征收城市维护建设税。
2.因纳税人多缴发生的增值税、消费税退税，同时退还已缴纳的城市维护建设税。[见《国家税务总局关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号）、《财政部关于城市维护建设税几个具体业务问题的补充规定》（财税〔1985〕143号）]
3.增值税、消费税实行先征后返、先征后退、即征即退的，除另有规定外，不予退还随增值税、消费税附征的城市维护建设税。[见《国家税务总局关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号）、《财政部 国家税务总局关于增值税、营业税、消费税实行先征后返等办法有关城建税和教育费附加政策的通知》（财税〔2005〕72号）]