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1918—1928年，北洋军阀统治时期，政治腐败，战乱频仍，民不聊生。京师图书馆更是经费短绌，难以为继，十年间更换了14位馆长，其间经历了由中华文化教育基金董事会（1924年成立的保管和处置美国第二次退还庚子赔款机构）与教育部合办、分办而又合办的曲折过程。
1928年，国民党政府定都南京，另设国立图书馆于南京，京师图书馆改称国立北平图书馆，馆址由方家胡同迁往中南海居仁堂，1929年1月对外开放，马叙伦一度任馆长。
居仁堂在皇家禁苑中海西岸。光绪十二年（1886年），慈禧“撤帘归政”前夕，乘机修葺西苑三海，大兴土木，新建仪銮殿，作为她颐养天年的寝宫。1901年夏，八国联军进占北京，慈禧携光绪等皇族大臣仓皇外逃，仪銮殿成了联军统帅瓦德西的住所，他挟名妓赛金花在仪銮殿居处半年之久。不久之后，深夜火起，仪銮殿及福昌殿和东西配殿化为灰烬。光绪二十八年（1902年），签订丧权辱国的《辛丑条约》后，回到北京的慈禧不惜斥巨资500万两，在原址废墟上重建一组两层洋楼的建筑群，为讨好洋人，取名海宴堂，作为接见、宴享外国女宾之地。辛亥革命后，海宴堂更名居仁堂。1915年12月13日，袁世凯在居仁堂登极称帝，做了83天皇帝梦，于1916年6月6日在居仁堂一命归西。延至1928年，历经太多政治风云变幻的居仁堂改作国立图书馆，终于能为文化事业服务了。
当时，除国立北平图书馆外，还有一所由中华文化教育基金会1926年创办的北京图书馆，地点在北海，租借庆霄楼、悦心殿、静憩轩、善安殿等处，馆长由京师图书馆馆长梁启超兼任，李四光为副馆长。1929年8月，国立北平图书馆与北海的北京图书馆合并，仍名国立北平图书馆。馆长蔡元培，直至1940年蔡去世后，由副馆长袁同礼接任。当时开始编纂全国书刊联合目录，进一步履行国家图书馆的职能。