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在北京，同仁堂药店几乎家喻户晓，它与杭州的胡庆余堂、广州的陈李济、汉口的叶开泰，并称中国四大药店。
同仁堂创办于清初，为乐尊育所创。乐氏原姓岳，祖籍浙江绍兴。明朝末年他孤身一人来到北京，以走街串巷、行医卖药为业。长期栖身于前门外大栅栏的一个客栈。客栈主人姓乐，山西人，身边无子女，仅有老妻相伴，靠招待来往贩卖药材的客商为生。岳某每次到京，便在此处落脚，如此二十余年，与乐老夫妻相处甚好，颇受老夫妻的信任。清朝初年，乐老夫妻回籍省亲，乃将店铺委托岳某代为照料。乐老夫妻一去不返，杳无音信。岳某遂改姓乐氏，继承了这个客栈，并取名“同仁堂”。康熙己酉年（1669年），同仁堂由单纯的客栈改为兼带行医卖药。
乾隆十八年（1753年），同仁堂失火，被烧成一片灰烬。在此之前，乐尊育的孙子乐礼因病亡故。失火后，乐礼长子亦故去，只剩下张世基的女儿乐张氏和她的幼子。张世基原姓程，因过继给清宫御药房领班张清一而改姓。张清一死后，张世基承袭了御药房领班的职务，每年代收代购送往宫中的药品。当时供奉的药品用的是育宁堂药店的名义。自从张世基将女儿嫁给乐尊育的孙子乐礼以后，张乐两家的关系变得密切起来。同仁堂失火后，张世基为了维持同仁堂这块招牌，也为了接济自己的女儿（乐张氏）和外孙，在官府的支持下，招商承办同仁堂，他出资两万两银子，重新修建了同仁堂。同仁堂由此易手。
道光十四年（1834年），同仁堂第二次失火，张家又奏请宫中预支药银四万两，重新修建同仁堂。这时，张姓尚存股金一股半，乐姓有一股。后来，其他的几股逐渐折损，由乐家收买，出现了乐氏重掌同仁堂的趋势。
同仁堂靠张家在御药房的关系，渐渐地向宫中渗透，但宫中供药的主要来源，还是育宁堂。咸丰皇帝奕詝继位，凡带“宁”字的均要避讳。育宁堂因犯圣讳，不准再由它供给宫内所需药品。从此御药房用药改由同仁堂供给，同仁堂就此兴旺起来。
北京早年民间流传着这样一种说法：“要吃丸散膏丹，请到同仁堂；要吃汤剂饮片，请到鹤年堂。”鹤年堂总店设在今宣武门外菜市口，相传创办于四百多年前的明代嘉靖末年。据说，鹤年堂原来是严嵩花园内的一个厅堂的名字，堂悬漆匾，为严嵩亲手所书。严嵩败落后，这块匾流于民间，后来成为药店的名字，至今还悬挂在鹤年堂内。
从清代起，菜市口被封建统治者作为处决犯人的刑场。据说，鹤年堂因位于菜市口，所以曾经担负过一项非常奇特的职责，那就是负责设宴招待行刑的刽子手和监斩的官员。每逢官家行刑杀人，鹤年堂都在头一天得到这样的通知：“明日有差事，进备酒菜，日后付款。”鹤年堂接到通知后，不敢怠慢，马上准备美酒佳肴。第二天，监斩官刽子手们在未杀之前，先齐集鹤年堂大吃大喝。吃喝时把刑具、大刀陈列在柜台上。酒足饭饱后，便大摇大摆地走上断头台。开斩那天，街市两旁商店闭门停业。地上、房上人头攒动，观者如堵。死者家属多向刽子手馈以厚礼，请他们在人头落地时，用一个大馒头塞住脖腔，以防鲜血喷出。鹤年堂为此还曾被人误认为卖过人血馒头，或用人血馒头制药。这当然是好事者杜撰出来的。
鹤年堂在四百多年的历史中，股东多次易人，其最后一位股东是刘一峰。刘是在1927年从王、于二位股东手中把鹤年堂购买过来的，经过整顿，生意极为兴旺。刘的父亲刘辅庭曾任过同仁堂经理，所以鹤年堂的丸散配方和炮制，与同仁堂大致相同。
清末民初，北京流传着这样一个顺口溜：“三伏热，您别慌，快买闻药长春堂，抹进鼻内通肺腑，清暑祛火保安康。”所谓闻药，就是长春堂药店生产的避瘟散。避瘟散是一种消暑清热的凉药，为红、白粉面，使用者只要用手捻一点，往鼻孔里一揉，闭口深吸气，立刻觉得一股清凉气息从鼻而入，沁人肺腑，顿感周身凉爽舒适。长春堂也便因出售这种闻药而闻名于世。
清朝乾隆末年，有个名叫孙振兰的游方郎中，从山东老家来到北京走街串巷，行医卖药。由于为人精明和气，不久便在前门外长巷头条开了一家小药铺。当时以卖闻药为主，生意日渐兴隆。小药铺传到孙振兰的孙子孙崇善手中经营时，由于孙崇善研制出一种新的闻药——避瘟散，而使长春堂名声大振。
约在1914年前后，日本商品大量倾销我国市场，其中就有祛暑的仁丹和清凉闻药宝丹。对长春堂出售的闻药冲击很大。孙崇善暗想：“偌大的中国，难道就造不出类似仁丹、宝丹之类的药吗？”他日思夜想，潜心摸索，决心要创出一种新药来与日货争夺市场。
孙崇善，号之明，因曾在房山县顾册娘娘庙受戒，做了火居道士，故经常出入庙宇。一天，他猛然间发觉佛像前烧的香味儿很好闻，于是他便把香条研碎试闻，觉得香面又粗糙又干燥，很不理想。为此，他专门去请教在日本人开设的川田医院里工作的华人药剂师蔡希良先生，请他帮助研制。几经试验，在香面中陆续加入多种药物，终于试制成功了一种新的闻药——避瘟散。
1925年五卅运动抵制日货，避瘟散也起了作用。到1933年左右，避瘟散终于取代了日货宝丹而独霸市场。
七七事变以后，北京沦陷，日本人限制避瘟散向各省邮寄，长春堂闻药销售量骤减，由每年二百五十万盒，下降到六十四万盒。日本人并未以此为满足，又将经理张子余绑票，强迫长春堂以二百两黄金赎身。事后不久，长春堂因不慎失火，而付之一炬。日本投降后，军统特务马汉三，又以莫须有罪名将张子余关押，张家花了三百两黄金才将张子余赎出。长春堂屡遭劫难，从此不振。
解放后，长春堂枯木逢春，重放异彩。