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1937年卢沟桥事变以后，馆长袁同礼与十余名职员秘密南下参加抗日。与日方交涉由中华文化教育基金董事会、燕京大学校务长司徒雷登出面。1942年太平洋战争爆发后，司徒雷登被日军逮捕，日伪政府的教育总署接管了新馆，易名为国立北京图书馆，一度由附逆下水的周作人任馆长。八年沦陷期间物价飞涨，经费匮乏，职工生活艰难，图书工作陷于半停顿状态。南下的袁同礼及其随行职员们历尽艰辛，坚持在大后方派出机构的工作，先后在长沙、香港、昆明、重庆设立了北图办事处和中日战事史料征辑会，艰苦备尝，工作卓有成效。
1945年10月，国民党政府教育部派沈兼士接管北图，原馆长袁同礼也于11月赶回北京，主持馆务工作。
国民党政府日趋腐败，物价飞腾，民不堪命，北图陷入前所未有的困境，日趋萎缩，惨淡经营，藏书仅140万册，维持而已。