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程德全、应德闳认为本案由租界公堂移解到上海地方审判厅，已搁多日，亟待开庭审理，此案一日不结，人心一日不安，故致电袁世凯，要求饬令赵总理亲身来沪受审。又考虑到由地方审判厅审理，以后上诉到北京大理院，难免不被行政干涉，故电呈北京政府司法部，要求在沪组织特别法庭审理。
北京司法总长许世英不同意组织特别法庭，电告江苏高等审判厅负责人陈福民，说：“今宋案关系颇大，更宜尊司法独立之制，以得其真相，请与上海地方厅共同办理。”
程德全、应德闳与江苏高等审判厅有关人员商议，审理宋案的手续由地方厅承办，审理的主裁，在预审时由检察厅厅长任之；提起公诉后由审判厅厅长任之。另请陪审员数位，以此组织变相的特别法庭。程都督曾电呈武昌黎元洪副总统。黎副总统认为，国务院总理赵秉钧处于嫌疑地位，国务院未便派人陪审，故愿意以副总统名义派夏维乔、杨震恒两君起程来沪参加陪审。
袁世凯得到程德全、应德闳联名呈送的电报后，起初置之不理，继则百般为赵秉钧强辩。袁特地打电报给黄克强。电报大意是说，据程都督、应民政长电呈各种证据，其中3月15日以前发出的函电，应认为与刺宋均无关系。15日以后的函中，应夔丞有“如不去宋”一语始有谋宋之意，将来人证齐集，审判公开，自能水落石出。至于赵君与应直接往来之函，只在1月14日致应密电码一本，声明有电直接寄致，并无可疑之处，据此欲指赵君为主谋暗杀之要犯，不合法理……近年来谋……革命者，无不假托伟人为嫁祸之谋，故需邀集法学家将各项证据详细研究……
黄克强收阅上述电报后立即电复袁世凯说：钧座解释证据，与鄙见颇有异同，铁案如山，万目共睹，非一手所能掩饰。赵君为大总统左右侍近之人，是否与宋案有关，终当由法官判断。至于你电中说，近一年来，凡谋……革命者，无不假托伟人，词近影射，我殊不解。我主张此案交特别法庭，实由于北京法院陷入行政盘涡之中，恐怕不能正确进行审判，我才有此主张。这对于司法独立，正是一种支持的表现。你说我摧抑司法独立，这不是我能接受的。你如有办法使政治工作与法律审判均能公正，我当然可听尊命。
4月29日，上海地方检察厅票传赵秉钧到案受审。赵以组织特别法庭未经司法总长许可，拒绝到案。但他在全国强大舆论的压力下，不得不请求辞职。袁世凯则让他请假，以段祺瑞代理国务院总理。
5月3日，逃到青岛租界的洪述祖，发出一个通电，声明他在与应夔丞联系过程中，假借了中央名义，为的是欲毁宋教仁的名誉，并无谋杀之意。不仅为自己罪行辩护，而且把袁、赵罪责开脱得一干二净。
5月6日，上海地方检察厅第二次发出传票，委托北京地方检察厅传赵归案。赵对北京地方检察厅表示，洪述祖通电已承认假托中央名义，足以证明他与宋案无关，故无应传到厅之理。
袁世凯为抵制南京组织的特别法庭，又挖空心思搞了个诬陷案。5月11日，被袁党收买的女学生周予儆到京畿军政执法处“自首”，说现有血光党在京、津进行暗杀官员、颠覆政府的活动，诬称黄兴是血光团的团长，把黄兴摆到一个阴谋颠覆政府的罪犯地位。这是袁世凯玩弄的以审判对付审判的诡计。
5月22日，国民党再次电促北京检察厅速提赵秉钧到案受审。
5月31日，北京检察厅根据周予儆的不实之词，认定黄兴犯有组织谋炸要人之罪，由上海交涉使陈贻范转饬租界会审公堂审理。
6月11日，会审公堂票传黄兴受审，黄兴立即来到公堂。终因缺乏证据，没有原告，无法开审。黄遂离去，袁世凯的阴谋破产。
袁世凯脑子里根本没有法律二字，他认为金钱可以收买一切，武力能够压制一切。宋案发生后，袁世凯与国民党的矛盾日益激化，愈演愈烈。他见自己的狐狸尾巴已经露出，索性一不做，二不休，准备发动内战，武力消灭南方的革命力量。
孙中山看清袁世凯的反动面目，从日本回国，力主武装讨袁，但因国民党内部意见分歧，未能及时发动。
6月，袁世凯借口江西都督李烈钧、安徽都督柏文蔚、广东都督胡汉民曾通电反对“善后大借款”，是不服从中央的表现，下令予以免职，并派兵南下，进驻江西，步步进逼，发动内战。
国民党人忍无可忍，让无可让，深深感到光靠法律不行，被迫起兵讨袁。7 月12日，李烈钧在江西湖口组织讨袁军，发布讨袁檄文；15日，黄克强在南京促使江苏都督程德全宣布讨袁；18日陈炯明在广东宣布独立；上海、安徽、福建、湖南、四川等省区也先后宣布独立。国民党七省讨袁联军约10万人，但因国民党缺乏明确的纲领，内部涣散，在袁军的大举进攻下，陷于被动应战，各省先后取消独立。不到两个月，江西、江苏等地的国民党军队被袁军击溃。史称“二次革命”，又称“赣宁之役”。
“二次革命”失败，国民党在国内势力被袁世凯摧残严重。10月10日袁世凯在北京正式就职大总统，就职五天后，袁就全国通缉“二次革命”的首要人物孙中山、黄克强、陈其美等几十人，迫使他们不得不出走海外，江苏都督程德全在声明取消江苏独立之后，也下了台。