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解剖学是一门具有悠久历史的传统学科。解剖学的发展受到社会制度、经济、文化、宗教、伦理、迷信等影响，历经沧桑，曲折漫长。
人们有意识地解剖、观察和记录动物体，开始得较早的地方可能在古希腊。公元前四、五世纪正是古希腊文化的繁荣时期。阿尔克米翁（Alcmaeon,约公元前500年）曾解剖过动物尸体，称脑是智力的活动中心，发现了咽鼓管、眼、耳等器官与脑之间的神经联系。希波克拉底（Hippocrates,公元前460—前377年）曾解剖过动物尸体，对头骨作了正确的叙述，但未弄清楚神经和肌腱的区别，他误认为血管内有空气流通。亚里斯多德（Aristotle,公元前384—前322年）曾解剖过许多动物，确认动脉自心脏发出，主张机体与精神同时存在。希罗菲卢思（Herophilus,约公元前330—前250年）曾解剖过人体，研究过脑、脑膜、血管丛、静脉窦，找出神经与肌腱、动脉与静脉的区别。埃罗塞思特斯（Erasistratus,公元前350—前300年）曾解剖过人体，在心血管系统（心、动脉瓣、腔静脉、血管吻合）做了许多工作，但他也误认为动脉内有空气流通。
罗马时代的盖伦（Galenus,130—200年）解剖的动物主要有狗和猿。盖伦的主要工作是骨骼分类、探索关节结构、研究肌肉与神经的关系，进行脑的各部划分、脑静脉的命名等，提出血管里保存血液而不是空气，发现脊神经是按区域分布的。盖伦对解剖学起了很大的推进作用。但他对机体和生命还有许多唯心看法，这与罗马时代的宗教统治、形而上学和经院哲学的影响是分不开的。盖伦的解剖学虽有很多缺点，但仍被落后的封建社会应用一千多年。在此期间，对解剖学贡献最大的是塔吉克人阿维森纳（Avicenna,980—1037年），阿氏医典里有许多解剖生理的资料，对眼的解剖贡献较大。
文艺复兴（15世纪）以后，盖伦在解剖学的错误观点才得到校正。意大利科学家和画家列奥纳多·达·芬奇（Leonardo da Vinci,1452—1519年）反对个人迷信，指出盖伦在解剖学上的错误，他在解剖学方面的主要工作是研究脑脊髓、脑室、神经、心脏、眼、肌肉、骨骼等。他在解剖学的观点和方法对维萨里影响较大。家畜解剖学走向单独分科应当从达·芬奇的马体解剖学开始。
比利时科学家安卓思·维萨里（Andreas Vesalius,1514—1565年）被称为人体解剖的创始人，他批判了盖伦的解剖学，同时奠定了系统解剖学和比较解剖学的基础。
17世纪英国科学家威廉·哈维（William harvey,1578—1657年）在解剖学上有很大贡献，是血液循环的发现者。他在胚胎学方面也做了一些工作；还猜想动静脉之间有毛细血管。
17世纪20年代出现了显微镜，意大利科学家马尔丕基（M. Malpighi,1628—1694年）是显微解剖学的创始人，他用改良的显微镜观察了蛙肺及肠系膜的血管分布，证实了哈维关于动脉与静脉间沟通的学说。自此，组织学从解剖学分离出来，马尔比基是组织学的创始人。
法国学者拉马克（Jean Lamark,1744—1829年）和乔治·居维叶（Georges Cuvier,1769—1832年）对动物比较解剖学做出贡献。德国解剖学家沃尔夫（Caspar Friedrich Wolff,1733—1794年）和迈克尔（Johann Friedrich Meckel,1781—1833年），英国解剖学家理查德·欧文（Richard Owen,1804—1892年）推动了动物比较解剖学在欧洲的复苏。达尔文（C. Darwin,1809—1882年）的《物种起源》和《人类起源和性的选择》，为探索人体形态结构的发展规律提供了理论基础。
俄罗斯在1733年建立了兽医学校，于1862年出版了符谢沃洛多夫（B. И.Всеволодов）的《家畜解剖学》。苏联时期出版了阿甫托克拉托夫（Д. M. ABTOKPATOB）的《家畜解剖学》（1925）和克里莫夫（А.Ф.Климов）、阿卡耶夫斯基（А.И.Акаевский）的《家畜解剖学》（1931—1934年）。
我国远在春秋战国时代（公元前300—200年，大约与希波克拉底同时代），最早的一部医学著作《黄帝内经》就有关于人体形态的记载，“解剖”一词最早出现于《黄帝内经》。秦汉时期，《汉书·王莽传》记载，对死囚的尸体进行实地解剖并进行记录。三国时期东汉末年名医华佗对人体结构有较深的了解，能够用外科手术为人治病。
两宋时期，曾有尸体解剖的记载和《五脏六腑》《存真图》的绘制；宋慈所著《洗冤录》，对人体骨骼及胚胎等有较详细的记载，并附有检骨图。
明朝喻本元、喻本亨兄弟两人所著的《元亨疗马集》（1608年）是祖国兽医学宝库中内容最丰富、明清流传最广的一部兽医经典著作，书中就有病征及解剖结构方面的介绍。
清代王清任（1768—1831年）著有《医林改错》一书，对古医书中错误进行订正和补充，尤其对内脏的记载甚详。中国近代第一代西医黄宽（1828—1878年），第一个将西医解剖学系统引入到国内西医学的教学和临床应用。
但是，由于长期封建社会制度和儒家思想的束缚，国内解剖学的研究未能得到较快的发展，在近代远远落后于欧美。
前清末叶，国内兽医高等教育开始于1904年在保定创办北洋马医学堂，刘葆元先生是最早担任讲授家畜解剖学课程的中国教授，辛亥革命后改为陆军兽医学校;1922年前的兽医高等教育，时任政府借鉴日本学制，效法日本当时的课程设置和教材等。1922年以后，国内主要大学相继成立畜牧兽医系，兽医高等教育则仿效以美国为代表的西方国家。刘葆元和胡祥璧先生在20世纪上半叶对国内家畜解剖学作出较多贡献。
新中国成立后，各省相继建立了畜牧兽医系，兽医高等教育在规模上取得了较大的发展，教育模式借鉴和效仿苏联。张鹤宇、谢铮铭、祝寿康、林大诚、沈和湘、郭和以、田九畴等老一辈科学家对20世纪下半叶我国的家畜解剖学作出了卓越贡献，先后翻译和编撰了多部家畜解剖学教材和图谱，培养了国内家畜解剖学教学和科研队伍。