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前面，我们在概述莱布尼茨自然哲学学术背景的基础上，从莱布尼茨自然哲学生成的角度依序考察了莱布尼茨对笛卡尔、笛卡尔派、自然主义及野蛮哲学（即泛活力论）和牛顿的批判，下面我们将从逻辑层面对莱布尼茨自然哲学的宏观架构、动力学思想、物质观、有形实体学说及其理论得失作出考察。
当我们立足17世纪，考察莱布尼茨自然哲学的宏观架构时，我们便会发现其最重大的特征在于它的理论深度，在于它具有自己的形而上学维度。
相形之下，笛卡尔和牛顿的自然哲学虽然也间或论及本体论问题，但却基本上滞留在物质现象界。就笛卡尔来说，一如他自己所言，其自然哲学或“物理学”主要包含四个方面的内容：（1）自然的“第一规则或原理”；（2）诸天、恒星、行星、彗星以及一般来说整个宇宙的“组成”；（3）“地球的本性”，以及地球上最常见的一切物体，如空气、水、火和磁石的本性；（4）在地球上最常见物体中观察到的“各种性质”，如光、热、重等。
不难看出，其后三个方面的内容无疑属于形而下学的范畴或自然科学的范畴。即使就第一个方面的内容来看，也很难说完全跳出了形而下学的界域。因为笛卡尔所说的自然的“第一规则或原理”无非关涉两个层面的问题：一个是物性论，强调物体的本性只在于广延；另一个是运动观，强调“物质的全部花样，或其形式的所有多样性，都依赖于运动”。
所有这些虽然都与形而上学相关，但总的来说，至少从莱布尼茨的眼光看来，都属于理论自然科学或物质现象界的范畴。事实上，笛卡尔既然将他的哲学区分为“形而上学”（树根）、“物理学”（树干）及“医学、机械学和伦理学”（树枝）三个部分，在他的哲学体系里，就已经明白无误地将他的自然哲学或物理学排除在形而上学的界域之外，而成为一种“前形而上学”或“形而下学”的东西了。如果说笛卡尔的自然哲学处于他的形而上学的界域之外，则牛顿的自然哲学就更其如此了。黑格尔在谈到牛顿的“自然哲学”时，曾经写道：“‘物理学，要谨防形而上学呵’！这就是他的口号。”“从这时以来，实验科学在英国人那里就叫作哲学；数学和物理学就叫作牛顿哲学。”
而且，既然牛顿将其自然哲学的代表作称作《自然哲学的数学原理》，既然他的这部著作的宗旨在于“使自然现象从属于数学的定律”，既然他在这部著作中“拒绝任何假设”，断言“凡不能由现象导出的，被称为假设；且假设，无论是形而上学的，或者是物理学的，无论是隐藏的属性的，或者是力学的，在实验哲学中都是没有地位的”，
则牛顿便根本不可能将自己的理论自然科学置放在形而上学的基础之上。
鉴此，在本文集中，莱布尼茨曾反复批评笛卡尔和牛顿自然哲学的浅薄性。例如，在《对笛卡尔〈原理〉核心部分的批判性思考》一文中，莱布尼茨就曾明确无误地批评了笛卡尔，说道：“为解释自然现象，除那些取自抽象数学或取自大小、形状和运动的学说的原则外，根本无需任何别的原则，而且除几何学这个科目的问题外，他不承认其他任何别的问题。”他强调说：“我完全赞同，所有特殊的自然现象只要我们对之作出充分的探究，我们便都能够对之作出机械论的解释，我们不可能依据任何别的基础理解物质事物的原因。但我还是坚持认为，我们还必须进而考察这些机械原则和自然的普遍规律本身是如何来自更高的原则而不可能仅仅藉量的和几何学的考察得到解释；毋宁说在它们之中有某种形而上学的东西。”在《反对野蛮的物理学》一文中，针对牛顿的物理学神秘主义，莱布尼茨也强调指出：“在自然中每一件事物都是以力学的形式发生的，但力学的原则却是形而上学的。”由此看来，强调自然哲学的形而上学维度实在是莱布尼茨自然哲学的一个典型特征，实际上，莱布尼茨的自然哲学，无论是他的有形实体学说还是他的动力学，都是在批判笛卡尔和牛顿的自然哲学的浅薄性的基础上逐步形成和完善起来的。莱布尼茨在谈到自己的自然哲学系统时，强调了自己的自然哲学系统不仅“介于形式哲学与物质哲学的中途”，而且“同时保留了两者并且将它们正确地结合在一起”；正是因为如此，他的自然哲学系统才是一个“充满生机的系统”。
《大乘起信论》讲“一心二门”，断言：“依一心法有二种门。云何为二？一者心真如门，二者心生灭门；是二种门，皆各总摄一切法。此义为何？以是二门不相离故。”
莱布尼茨的自然哲学与此颇有几分相似。这是因为他的自然哲学也同时蕴含两个层面，其一是理论自然科学层面，其二是形而上学层面。其中，理论自然科学关涉的是物质现象界，大体相当于《大乘起信论》中所说的“心生灭门”，形而上学关涉的是精神本体界，大体相当于《大乘起信论》中所说的“心真如门”。而且在这里，莱布尼茨也正是藉物质现象界与精神本体界的体用关系，将机械论与目的论、派生的力与原初的力、有形实体与简单实体、自然界与道德界等自然哲学的这些要素统一协调起来，从而搭建起了他的比较严谨、基本自足的自然哲学的宏观架构。
物质现象界与精神本体界、理论自然科学与形而上学不只是莱布尼茨自然哲学的两个基本层面，而且在一定意义上，也体现了莱布尼茨自然哲学生成的理论进路。因为如上所述，莱布尼茨是在批判笛卡尔等人的理论自然科学，特别是在批判笛卡尔理论自然科学的过程中逐渐建构起其自然哲学体系的。既然笛卡尔的理论自然科学最基本的内容不是别的，即是他的物性论和运动观，也就是他的“几何物理学”（“位置哲学”）和“运动哲学”，对笛卡尔“几何物理学”和“运动哲学”的批判考察自然而然地便构成了莱布尼茨自然哲学的逻辑起点和历史起点。事实上，莱布尼茨的自然哲学也正是从对笛卡尔“几何物理学”和“运动哲学”的批判起步，逐步形成他自己的物性论、有形实体学说和动力学的。莱布尼茨在1671年致阿尔诺的信件中就明确地表达了他的自然哲学的这一逻辑进路。他写道：“几何学或位置哲学是达到运动和物体哲学的一个步骤，而运动哲学又是达到心灵科学的一个步骤。”后来，莱布尼茨在《对笛卡尔〈原理〉核心部分的批判性思考》一文中又进一步解释说：“因为除广延及其变形外，在物质中还有一种力或活动能力，我们就是藉这种力或活动能力从形而上学过渡到自然，并且从物质事物过渡到非物质事物的。”由此看来，如果说“一体两面”或“一心开二门”构成了莱布尼茨自然哲学静态结构基本特征的话，从对笛卡尔“几何物理学”和“运动哲学”的批判到莱布尼茨动力学和心灵哲学的构建便构成了莱布尼茨自然哲学动态结构的基本特征。
追求真与善、美和圣的统一，也是莱布尼茨自然哲学宏观架构的一项重要特征。毫无疑问，莱布尼茨所主张的自然哲学最根本的就在于追求一个“真”字：从实存事物的层面（或者从理论自然科学层面）说，追求的是事实真理的真；从可能事物的层面（或者从形而上学层面）说，追求的是永恒真理的真。但“真”在莱布尼茨的自然哲学系统中却并非一个孤立的选项，而是与“善”、“美”和“圣”紧密联系在一起的。真与善、美和圣的统一乃莱布尼茨自然哲学宏观框架的最高意境。
首先，莱布尼茨的自然哲学不仅追求真，而且还进一步追求善。在《论自然科学原理》一文中，莱布尼茨在谈到“自然科学”的“功用”或“价值”时，曾经指出：“关于各种物体的知识由于下面两点理由而最为重要：首先，是使我们的心灵因理解各种事物的目的和原因而得以完满；其次，是藉增进身体健康、减少身体受到的伤害而保存和营养我们的身体，而我们的身体乃我们灵魂的器官。”在《对笛卡尔〈原理〉核心部分的批判性思考》一文中，莱布尼茨不仅提出和阐述了“形而上学的顶峰和伦理学的顶峰”的“合二而一”问题，而且还强调指出：“在我们对个别自然现象的考察中，我们将既有助于我们的人生幸福，也有助于我们心灵的完满，既有助于智慧，也同样有助于虔诚。”在《反对野蛮的物理学》中，莱布尼茨不仅提出了建立“一种更为高尚的形而上学和伦理学”的问题，而且还指出：“由事物的已知原因中，我们便可以获得关于真正幸福的知识。”
其次，莱布尼茨不仅追求真和善，而且还进一步追求美。既然莱布尼茨将美界定为一种和谐的秩序，或是由和谐的秩序产生出来的东西，既然自然界在莱布尼茨看来是上帝按照前定和谐原则创造出来的，则他的自然哲学之注重美和强调美就是一件非常自然的事情了。在《物质与无穷的本性》中，莱布尼茨从连续律的高度强调说：“在一粒最微末的灰尘里，实际上，在各个原子中，都存在有许多世界，这些世界在美和多样性方面并不比我们自己所在的世界低劣，一方面这是可能的，另一方面这其实也是必要的。”在《论自然本身，或论受造物的内在的力与活动》一文中，莱布尼茨针对斯特姆关于“有形实体根本不可能具有任何能动的运动能力”的说法，批评斯特姆的这样一种说法从根本上违背了“事物的秩序、美和合理性”。在《论物体和力》一文中，莱布尼茨进一步强调指出：“物质的必要性和形式的美”之所以能够“有机地结合到一起”，乃是上帝这个“自然建筑师”“卓越谋划”的结果。
最后，莱布尼茨不仅追求真、善和美，而且还进一步追求圣。这也是不难理解的。因为既然上帝是自然的建筑师，既然自然是上帝依照其前定的和谐原则建造出来的，既然上帝不仅是人的造主，而且还是人类共和国的君王，则人类在追求真、善、美的同时也追求圣就是一件比较自然的事情了。在《论两个自然主义者派别》中，莱布尼茨之所以批判霍布斯、斯宾诺莎和笛卡尔，一个根本原因就在于在莱布尼茨看来，他们三个都程度不同地缺乏“虔诚”。在《论自然科学原理》一文中，莱布尼茨明确指出：“探究事物原因和目的的理论自然科学的最大功用在于促进心灵的完满和对上帝的敬拜。”在《论一项对藉考察上帝智慧来解释自然规律有用的普遍原则》中，莱布尼茨不仅提出了“使哲学神圣化”的口号，而且，还发誓说：“我要使哲学神圣化，由上帝各项属性的源泉形成它的一道道河流。”他强调说：“机械哲学或微粒哲学”非但不会“使我们疏离上帝和非物质实体”，“只要我们作出必要的矫正并对之作出正确的理解，它反倒引导我们达到上帝和非物质实体”。在《反对野蛮的物理学》一文中，莱布尼茨明确地指出：“一种更为高尚的形而上学和伦理学也就是一种更为高尚的自然神学及一种永恒的和神圣的法理学。”
总之，“一心开二门”，强调作为自然哲学两个基本层面的理论自然科学与形而上学的渗透和贯通，强调真、善、美、圣的统一，乃莱布尼茨自然哲学宏观架构的基本特征。