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相对于对笛卡尔、霍布斯、斯宾诺莎和莫尔的批判，莱布尼茨对牛顿自然哲学的批判在时间上稍微晚一点。就本文集所收录的论文来看，应该说是从17世纪90年代初开始的，更具体地说，是从1690年开始的。在本文集中，有四篇论文（或书信）与此直接相关。这就是：《行星理论：摘自致惠更斯的一封信》（1690）、《论物质的无限可分性与运动的相对性：致惠更斯》（1692—1694）、《物质与无穷的本性：致约翰·伯努利》（1698—1699）和《反对野蛮的物理学》（约1710—1716）。
在《行星理论：摘自致惠更斯的一封信》一文中，莱布尼茨着重批判了牛顿的万有引力定律。在《自然哲学的数学原理》一书中，牛顿宣布“必须承认所有物体普遍有朝着彼此的引力”，
这也就是人们所说的“万有引力定律”。但莱布尼茨却不以为然。他批评道：“不过，我并不理解他是如何设想引力的。依照他的说法，引力似乎只是一种无形的和不可解释的力，这样，你要藉力学规律来解释它便显得非常牵强。”这里涉及两个重大问题：其中一个涉及空间观问题，另一个则涉及宇宙演化论。在牛顿之先，笛卡尔就曾明确地反对过原子论的虚空观。在笛卡尔看来，正因为根本不存在虚空，世界上的物体才能够通过相互接触（或是直接接触或是间接接触）而相互作用。牛顿则强调存在有所谓“绝对空间”，即虚空或空的空间。
这样，如果依照笛卡尔的观点，处于绝对空间中的任何物体由于其不可能接触（直接接触或间接接触）便不可能发生任何形式的相互作用，从而任何“超距作用”都是不可能的，万有引力定律便是一件根本无从设想的东西。此外，笛卡尔在《哲学原理》一书中，还提出了著名的天体漩涡说，以解释宇宙的演化。笛卡尔认为，所有的天体都是由不同元素的漩涡运动形成的。在漩涡运动中，火状元素被卷在漩涡的中心，形成了太阳恒星；土状元素被抛离大中心而形成地球、行星和彗星；气状元素弥漫各处，形成天宇、太空。
牛顿则反对笛卡尔的“充实世界”和漩涡说，其理由是“彗星向一切可能的方向轻盈地划过太阳系，根本不受笛卡尔漩涡的影响”。况且，我们根本“无法用流体力学解释行星运动的规律”。
于是，牛顿便认为，他用万有引力定律取代笛卡尔的漩涡说是完全必要的和完全合理的。这一次，莱布尼茨显然站在笛卡尔一边。他写道：“虽然当人们只考虑一个行星或卫星时，会对牛顿感到满意，但他却不能说明为何同一个体系所有行星总是近似地沿着同一条轨道运行，为何它们都沿着同一个方向运行，只运用与引力结合在一起的动力。这就是我所注意到的情形，不仅是太阳行星的情形，而且还有木星的情形和土星的情形。这有力地证明了有一个共同的理由决定着它们以这样一种方式运转；难道还有什么比某种涡流或公共物质带动它们运转更好的理由来解释这样一种现象的产生吗？”尽管如我们看到的，在自然哲学领域的很多问题上，莱布尼茨都对笛卡尔持批判立场，但在对待万有引力定律问题上，莱布尼茨却坚定地与笛卡尔站到了一起。
《论物质的无限可分性与运动的相对性：致惠更斯》一文，顾名思义，主要包含两个方面的内容：一方面论述物质的无限可分性，另一方面论述运动的相对性。首先，莱布尼茨在这几封书信中之所以要阐述物质的无限可分性，显然意在批判牛顿的微粒哲学。在17世纪的欧洲，主要存在有两种形式的微粒哲学：一种是以笛卡尔为代表的微粒哲学，另一种是以伽森狄和牛顿为代表的微粒哲学。笛卡尔的微粒哲学以“物质=空间”和“几何物理学”一方面排除了虚空存在的可能性，另一方面又强调了物质的无限可分性。而以伽森狄和牛顿为代表的微粒哲学则不仅承认和强调虚空或绝对空间的存在，而且还在物体的“坚固性”或“不可入性”的名义下强调微粒的不可分性。例如，牛顿不仅主张“绝对空间”，而且还强调指出：“整个物体的广延性、坚硬性、不可入性、可运动性和惰性力起源于部分的广泛性、坚硬性、不可入性、可运动性和惰性力；且由此我们得出结论：所有物体的每一最小的部分是有广延的、坚硬的、不可入的、可运动的且具有惰性力。且这是整个哲学的基础。”
这就表明，牛顿的微粒哲学本质上就是一种原子论。这样一种微粒哲学势必会遭到莱布尼茨的反对和批判。惠更斯虽然在光学上反对牛顿的微粒说而倡导波动说，但对牛顿的微粒哲学的原子论本质似乎尚缺乏充分的认识，莱布尼茨的通信显然意在帮助惠更斯提高觉悟。至于运动的相对性问题，实际上，惠更斯本人也是主张运动的相对性的，他甚至还专门研究过这个问题，在这些书信中，莱布尼茨想要强调的是：所谓运动的相对性首先涉及的是“运动的主体”问题，是运动主体内部即具有“一定等级的力”。莱布尼茨强调说：“在自然中存在有一些几何学能够确定的东西中所没有的东西。除广延及其样式（它们是纯粹几何学上的东西）外，我们还必须承认某种更高级的东西，即力。”莱布尼茨的这样一种强调显然意在一箭双雕，旨在批判牛顿的“绝对运动”观。因为莱布尼茨紧接着说道：牛顿先生“却认为在圆周运动中，这些物体所产生的脱离圆心或旋转的轴心的种种结果将迫使我们承认它们的运动是绝对的”。
《物质与无穷的本性：致约翰·伯努利》，如标题所示，旨在以区分可能事物与现实事物为基础，阐述“物质”的可分性与不可分性。莱布尼茨在这两封信件中所作出的特殊努力在于从连续律和微积分的角度具体深入地考察这一问题。在谈到物质的无限可分性时，莱布尼茨写道：“您的讨论与我的意见完全一致，而且，您还证实了我的一项原则：各种变化不可能藉飞跃而发生。此外，世界上所存在的动物比我们大得多，一如我们比显微镜头下的微生物大得多；这种说法并非一个笑话，而是对我的上述原则的一个坚定的证实。自然并不知道任何限制。因此，在一粒最微末的灰尘里，实际上，在各个原子中，都存在有许多世界，这些世界在美和多样性方面并不比我们自己所在的世界低劣，一方面这是可能的，另一方面这其实也是必要的。”在谈到是否存在有“一个无限小的项”时，莱布尼茨写道：“在给定的无限多的项中，并不能得出结论说：也必定存在有一个无限小的项。其理由为：我们能够设想一个仅仅由有限的诸项构成的无限系列，或者说仅仅由置放进一个不断减小的集合系列中的各项构成的无限系列。我虽然也承认有无限多的项，但这种多本身却并不构成一个数字或一个单一的整体。这实际上也并不意味着别的任何东西，而只是意味着所存在的各项总是能够多于由一个数字指定出来的各项的数值。虽然存在有许多各种数字或存在有所有各种数字的一个丛，但这种复多却并非一个数字或一个单一的整体。”莱布尼茨的这些说法不仅批判了牛顿的原子论式的微粒哲学，而且也为他的泛有机论和有形实体学说进一步提供了理论支撑。
《反对野蛮的物理学》虽然如前面所说，批判了四种形式的“物理学神秘主义”，即“代理神”神秘主义、“救急神”神秘主义、“元素论”神秘主义和“性质论”神秘主义，但其批判的主要锋芒却是牛顿的“野蛮物理学”。莱布尼茨以一种相当严厉的笔调写道：代理神神秘主义“使得其他一些人宁愿回到隐秘的质或经院学者的官能，但既然那些粗鲁的哲学家和物理学家很可能看到这些术语名誉扫地，于是他们便改头换面，称之为力。……这样一种做法在吉尔伯特和卡巴尤斯那里是情有可原的，即使在最近的法布里那里也是情有可原的，因为哲学思考的明白的基础或理据在这些人的时代不是尚未为人所知，就是尚未得到充分的领会。……在我们的时代，人们已经注意到，一些此前的思想家曾经主张各个行星相互吸引，并且相互趋向对方。这使他们作出直接的推论：所有的物体都具有一种上帝赋予的并且是其固有的引力，可以说是都具有一种相互的爱，仿佛物质具有感觉，仿佛某种理智赋予了物质的每一个部分，凭借这样一种方式，物质的每个部分都能够知觉和欲望，甚至能够知觉和欲望最遥远的事物。他们争辩说，仿佛根本没有力学解释的任何余地，凭借着这种解释，显而易见的物体在趋向宇宙中巨大物体的过程中所作出的努力能够通过较小的无所不在的物体的运动得到解释。这些人甚至恐吓我们，说要给予我们其他一些诸如此类的隐秘的质，这样一来，到最后，他们就有可能把我们带回到黑暗王国”。莱布尼茨不仅批判牛顿的万有引力定律具有代理神神秘主义的性质，而且还具有救急神神秘主义的性质。他写道：“这样一些人由成功的发现推导出这一行星体系的大的物体及其可感觉的部分都相互吸引，想象无论什么样的每个物体都由于物质本身中的力而受到每一个其他物体的吸引，不管这是由于一个事物以另一个类似的事物为乐所致，即使事物之间的距离非常遥远亦复如此，还是这是由上帝引起的，都是如此。在后一种情况下，上帝是通过持续不断的奇迹照料这样的事情的，以至于各个物体相互追求，仿佛它们相互感觉到似的。”
在解说莱布尼茨对牛顿自然哲学的批判时，还有一个文献是不能不提的，这就是《莱布尼茨与克拉克书信集》。因为与莱布尼茨通信的克拉克所代表的正是牛顿及其自然哲学。在与克拉克的通信中，莱布尼茨特别批判了牛顿的空间观。尤其值得注意的是：莱布尼茨在这里主要是从他的充足理由律和不可分辨者的同一性原则的高度来批判牛顿的绝对空间观的。在通信中，莱布尼茨批评牛顿的绝对空间观违背了充足理由原则这样一条根本的哲学原则。他在致克拉克的第三封信（1716年2月25日）中写道：“人家承认我这条重要原则，即要是没有一个为什么事情是这样而不是那样的充足理由，则什么事也不能发生。但他只是口头上同意，而实际上则加以拒绝。这使人看出他并没有很好理解这原则的全部力量。因此他用了一个例子，恰恰落到了我反对绝对实在空间的一个证明之中，这绝对实在空间是有些现代英国人的偶像。”
莱布尼茨驳斥说：“为了驳斥那些把空间当作一种实体，或至少当作某种绝对的存在的人的想象，我有好多个证明。但我现在只想用人家在这里为我提供了机会的那一个。所以我说，如果空间是一种绝对的存在，就会发生某种不可能有一个充足理由的事情，这是违反我们的公理的。请看我怎么来证明。空间是某种绝对齐一的东西，要是其中没有放置事物，一个空间点和另一个空间点是绝对无丝毫区别的。而由此推论，假定空间除了是物体之间的秩序之外本身还是某种东西的话，就不可能有一个理由说明，为什么上帝在保持着物体之间同样位置的情况下，要把那些物体放在这样的空间中而不是别样放法，以及为什么一切都没有被颠倒放置，（例如）把东边和西边加以掉换。”
莱布尼茨在致克拉克的第四封信（1716年6月2日）中还进一步明确地用不可分辨者的同一性原则驳斥牛顿的绝对空间观。他写道：“没有两个个体是无法分辨的。我的朋友中有一位很精明的绅士，在赫伦豪森花园中当着选帝侯夫人的面和我谈话时，相信他准能找到两片完全一样的叶子。选帝侯夫人向他挑战要他去找，他徒然地跑了很久也没有找到。两滴水或乳汁用显微镜来观察也会发现是能辨别的。这是反对原子的一个论据，这些原子也和虚空一样受到了真正形而上学原则的打击。”
牛顿将其自然哲学的著作称作《自然哲学的数学原理》这个事实本身即表明其自然哲学的根本意图在于“发展数学”，对自然现象及其规律作出定量的分析和数学的解释。
在莱布尼茨看来，对自然现象及其规律作出定量的分析或数学的解释是一回事，对它们作出哲学的或形而上学的解释则又是一回事。这是因为：“照通常的说法，数学原理是那些在纯数学的东西如数、形、算术、几何中的原理。而形而上学原理是关于更一般的概念的，例如原因与结果。”
莱布尼茨在与克拉克的通信中之所以执意从形而上学的根本原则出发，即从充足理由原则和不可分辨者的同一性原则出发来批判牛顿的绝对空间观，究其根据即在于此。
正因为如此，我们将《莱布尼茨与克拉克论战书信集》放到了莱布尼茨的形而上学文集之中，而不是放到他的自然哲学文集之中。但毫无疑问，《莱布尼茨与克拉克论战书信集》既然讨论到牛顿的“绝对空间”，甚至讨论到牛顿的自然宗教，它就同时也是一部自然哲学著作。事实上，莱布尼茨也正是在与克拉克的论战中进一步发展了他的相对空间观。例如，莱布尼茨在致克拉克的第三封信中，就首次明确宣布空间是“某种纯粹相对的东西”，断言“我把空间看作某种纯粹相对的东西，就像时间一样；看作一种并存的秩序，正如时间是一种接续的秩序一样。因为以可能性来说，空间标志着同时存在的事物的一种秩序，只要这些事物一起存在，而不必涉及它们特殊的存在方式；当我们看到几件事物在一起时，我们就察觉到事物彼此之间的这种秩序。”