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莱布尼茨在批判笛卡尔和笛卡尔派的同时，也对霍布斯、斯宾诺莎和莫尔的自然哲学观点进行了批判。他的这种批判虽然散见于他的许多自然哲学论文（如《对笛卡尔〈原理〉核心部分的批判性思考》和《论自然本身，或论受造物的内在的力与活动》）中，但在《论两个自然主义者派别》和《反对野蛮的物理学》这两篇论文中却有相当集中的体现。下面我们就依序对这两篇论文的具体内容作出说明。
《论两个自然主义者派别》（1677—1680）的主题在于批判霍布斯和斯宾诺莎的机械论自然哲学。但莱布尼茨却分别冠以“伊壁鸠鲁派”和“新斯多葛派”的名号，断定霍布斯和斯宾诺莎分别“复兴”了伊壁鸠鲁和斯多葛派的意见。莱布尼茨之所以将霍布斯称作伊壁鸠鲁派，乃是因为在莱布尼茨看来，“很久以前有伊壁鸠鲁，当今时代有霍布斯，他们都认为所有的事物都是有形的，他们提供了足够的证据表明，按照他们的观点，根本不存在任何天命”。莱布尼茨之所以将斯宾诺莎称作新斯多葛派，乃是因为斯多葛派宣扬“宿命论”或“命运观”，断言宇宙中的一切“都依照命运而发生”，都严格遵照“因果决定论”行事：这就“好像一条狗被拴在一辆车上，当它情愿遵从时，它拉车；当它不情愿遵从时，它被车拉”。
“新斯多葛派认为，存在有无形的实体，人的灵魂并非物体，上帝乃世界灵魂，倘若您乐意的话，乃世界的原初的力，如果您乐意的话，也可以说，上帝乃物质本身的原因，但一种盲目的必然性决定着他去活动。由于这层理由，上帝之于世界一如弹簧或重量之于时钟。”本文的一个需要特别注意的地方在于，莱布尼茨不是就物性论来谈物性论、就主张绝对必然性的机械论来论机械论的，而是从机械论与目的论、自然界与道德界、自然王国与神恩王国、自然哲学与神学的内在关联中来审视自然王国、机械论和目的论的。莱布尼茨在解析苏格拉底甘愿赴死时既注意到“条件”又注意到“原因”并将“条件”与“原因”区别开来，即是一个明证。莱布尼茨将霍布斯和斯宾诺莎判定为“自然主义者”，其深层原因很可能在此。此文另一个需要特别注意的地方在于，莱布尼茨在讲到伊壁鸠鲁派和斯多葛派宣扬“宿命论”，宣扬“此世今生，除因满足自己的命运而获得生活的宁静再无任何幸福可言”之后，紧接着说道：“其实，这些也就是斯宾诺莎的观点，而且，在许多人看来，笛卡尔似乎也持同样的意见。”这就说明，在这篇论文中，莱布尼茨对霍布斯和斯宾诺莎的批判在很大程度上也是对笛卡尔的批判。
《反对野蛮的物理学》（约1710—1716）一文批判的主要是牛顿的万有引力定律，但其中也广泛涉及其他形式的“物理学神秘主义”。鉴于后面我们将要集中说明莱布尼茨对牛顿的批判，所以在这里我们只打算对莱布尼茨对其他形式的“物理学神秘主义”的批判作出扼要的说明。除牛顿的万有引力定律外，莱布尼茨还枚举了四种物理学神秘主义，这就是：“代理神”神秘主义、“救急神”神秘主义、“元素论”神秘主义和“性质论”神秘主义。
“代理神”神秘主义断言，各种动植物，甚至各种物体之所以能够开展各种活动，乃是因为这些物体和动植物内部存在有各种“无形实体”或“精灵”，这些“无形实体”或“精灵”或是被称作“作为生命原则的地心之火”，或是被称作“内在监护者”，或是被称作“支配物质的原则”，或是被称作“小神”或“准神”。它们是以作为“世界灵魂”的神或上帝的“代理者”的身份存在于动植物内部或其他物体内部并且支配和控制着它们的所有活动。莫尔所谓“自然精神”或“神圣天道伟大的总经理”，即是谓此。
“救急神”神秘主义与“代理神”神秘主义都主张神或上帝支配和操纵各种个体事物的活动，但与“代理神”神秘主义不同，“救急神”神秘主义强调的不是神或上帝通过他安排在个体事物中的一些“小神”或“准神”来间接地支配和操纵各种个体事物，而是他自己直接出面支配和操纵各种个体事物。莱布尼茨写道：“有一些人以异教徒的方式召唤来上帝或各种救急神，异教徒们曾想象朱庇特降雨或打雷，并且曾经以各种小神或准神来充实各种树木和水。一些古代基督宗教徒以及我们时代的弗卢德（《摩西哲学》一书的作者，伽森狄曾经极其得体地批驳过他），以及最近偶因体系的作者和倡导者，全都相信上帝是通过持续不断的奇迹直接作用于自然事物的。”不难看出，莱布尼茨的这段话在一个意义上也是在批判笛卡尔。因为笛卡尔既然主张二元论，则为了解释物体与心灵之间的关系或作用，笛卡尔派主张偶因论体系，搬出上帝作为“救急神”也就在所难免了。
“元素论”神秘主义用各种物质元素来解释各种事物及其变化。莱布尼茨在批判“元素论”神秘主义时，讲到泰勒斯和赫拉克利特，讲到古代希腊的自然哲学。其实，古希腊第一个提出“四元素说”的是恩培多克勒，一般史书上将他的元素学说称作“四根说”。真正说来，亚里士多德也是恩培多克勒的一个信徒，因为他也是主张世上各种事物都是由“火”、“气”、“水”和“土”这四种元素组合而成的，他只是另外还认为“天上的事物”是由“以太”组合而成的罢了。盖伦的“四体液（黏液、黑胆汁、黄胆汁、血液）说”也常常被视为一种“元素论”。莱布尼茨讲古代“元素论”，其目的在于批判近代的炼金术和医学化学。帕拉塞尔苏斯就曾认为人体本质上是一个由汞、硫和盐组成的化学系统。莱布尼茨还写道：“最近的化学家已经将碱和酸作为能动的事物引进到化学当中。”
“性质论”神秘主义则将事物的一些性质“称作官能或功能、美德或功效”。莱布尼茨举例说：“这些也就是恩培多克勒的同情或憎恶、争吵或友好；这些也是逍遥派和盖伦信徒的热、冷、潮湿和干燥等四种原初性质；这些也是经院哲学家的感觉的和意图的种相，以及野蛮时代物理学家所教导的排除、保留和致使变化的官能。比较晚近的特勒肖曾经致力于以操作性的热来直接点燃许多事物，而一些化学家，尤其是范·海尔蒙特和马尔齐的追随者，还引进了在场理念或运作理念。”
莱布尼茨之所以批判这些物理学神秘主义，其根本目的在于表明：“在自然中每一件事物都是以力学的形式发生的。”他的这样一种立场无论是对于批判“代理神”神秘主义还是对于批判“救急神”神秘主义无疑都是有积极意义的，但莱布尼茨因此而把自然事物的所有运动形式（如化学运动和生物运动）都不分青红皂白地归结为“动力学运动”这样一种运动形式，显然有失“简单”和“粗暴”。这就表明，尽管莱布尼茨的动力学系统有出神入化之妙，有精妙绝伦之奇，但他终究也难以完全摆脱他那个时代的“俗气”。