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莱布尼茨在其自然哲学论著中，不仅批判了笛卡尔，而且还批判了笛卡尔派。所谓笛卡尔派，顾名思义，指的是由笛卡尔的追随者所组成的哲学学派。其成员主要有法国的科德莫瓦（约1620—1684）、德国的克劳伯（1622—1665）、荷兰的格林克斯（1625—1669）、法国的拉福格（1632—1666）、荷兰的雷吉斯（1632—1707）和法国的马勒伯朗士（1638—1715）等。莱布尼茨不仅在批判笛卡尔自然哲学的同时不时附带地论及笛卡尔派，而且还先后写出《论一项对藉考察上帝智慧来解释自然规律有用的普遍原则》（1687）、《论物体和力：反对笛卡尔派》（1702）和《斐拉莱特与阿里斯特的对话》（1715）等论文，对笛卡尔派作出专门批判。为节省篇幅计，我们在这里将只对这三篇专论加以说明。
《论一项对藉考察上帝智慧来解释自然规律有用的普遍原则》最初发表在《文坛新闻》1687年7月号上，旨在接着《简论笛卡尔等关于一条自然规律的重大错误》（1686）继续批评笛卡尔的自然哲学。这篇论文原来的标题是《莱布尼茨先生一封论一项对藉考察上帝智慧来解释自然规律有用的普遍原则的信——对尊敬的马勒伯朗士神父的答复的答复》。由此可见，莱布尼茨这篇论文的批判对象从形式上看，已经从笛卡尔转向了马勒伯朗士。在这篇论文中，莱布尼茨指责马勒伯朗士“违背”了他“一向恪守的普遍秩序的原则”，即连续性原则。莱布尼茨不仅强调了他的这项原则对于自然哲学的效用，断言“这项原则在无限者中有其根源，对几何学有绝对的必要性，但在物理学中也同样有用”，而且还强调了机械哲学与神学和目的论的“协调一致”，断言“机械哲学或微粒哲学”非但不会“使我们疏离上帝和非物质实体”，只要我们对之“作出正确的理解”，“它反倒引导我们达到上帝和非物质实体”。
《论物体和力：反对笛卡尔派》无论对我们理解莱布尼茨的物性论还是对我们理解莱布尼茨的动力学都至关紧要。从物性论的角度看，“笛卡尔派将物体的本质仅仅置放到广延之中”，与此不同，莱布尼茨则声称：（1）“在物体中存在有某种超越受动的东西，也就是某种抵抗渗透的东西”；（2）“物体中有一种能动的力或隐德莱希”。但既然莱布尼茨所说的物体中所存在的“某种抵抗渗透的东西”不是别的任何东西，而无非是一种“受动的力”，而莱布尼茨所说的物体中所存在的隐德莱希也不是别的任何东西，而无非是一种“能动的力”，我们便能够说：物体“不在于任何别的东西，而无非是一种动力，或者说是变化和持续存在的一种内在原则”。这样一来，在莱布尼茨这里，物性论与动力学就是一而二二而一的东西了。离开了动力学，莱布尼茨的物性论或物质观便变成了一种无从理解的东西了。也正是从这样一种理论高度，莱布尼茨得出结论说：“物体的所有性质也就是除形状外，它们所有实在的和稳定的偶性……只要将分析进行到底，到最后都可以还原为力。”也正是从这样一种理论高度，莱布尼茨断言：笛卡尔派之所以在自然哲学方面犯下比笛卡尔本人还多的错误，最根本就在于他们比笛卡尔本人更加不理解“力的本性”。如果说笛卡尔在拒绝物体中存在有形式和力方面尚“比较克制”（因为“他只是声称他找不到运用它们的任何一个理由”），“许多笛卡尔派人士”则不分青红皂白，“贸然拒绝物体中存在的形式或力”。
在《斐拉莱特与阿里斯特的对话》中，斐拉莱特实际上是莱布尼茨的化身，而阿里斯特则是马勒伯朗士的化身。因此，《斐拉莱特与阿里斯特的对话》实际上是莱布尼茨与马勒伯朗士的对话，是莱布尼茨对笛卡尔派的批判。《对话》的新意首先在于：它从广延的抽象性出发，推演出了“有形实体”概念。莱布尼茨写道：“广延只是一种抽象的事物，而且它也要求一些有广延的事物。它需要一个主体；它和绵延一样，也是某种相对于这一主体而存在的东西。它甚至在这个主体中预设了先于它而存在的某种事物，这个主体（它是有广延的）中的某种性质、某种属性、某种本性与这一主体一起扩展，并且持续存在。”他还写道：“各种物体都被赋予了某种能动的力，从而各种物体都是由两种本性组成的，即原初的能动的力（亚里士多德称之为第一隐德莱希）和物质或原初的受动的力，这种原初的受动的力，似乎就是反抗型式。……尽管有人将由灵魂与物质团块组合而成的物体称作有形实体，我倒是愿意与之一起称之为物体，不过这只是用语方面的差异而已。”该文的另一个亮点在于其对马勒伯朗士所系统化的偶因论进行的批判。莱布尼茨写道：“偶因论”“这样一种假说将所有的外在活动都仅仅赋予上帝，是在诉诸奇迹，而且甚至是在诉诸一些不可理喻的奇迹，根本配不上上帝的智慧”。最后，该文对马勒伯朗士的“在上帝之中看一切”的观点也进行了反驳。莱布尼茨诘问道：“为何我就不能在我身上看到这些事物呢？”
由此看来，莱布尼茨对笛卡尔派的批判不仅进一步促进了他的物质观和有形实体学说的生成和完善，而且也进一步促进了他的动力学系统的生成和完善。其所以如此，看来主要是由笛卡尔派的理论特征决定的。既然笛卡尔派在许多方面都把笛卡尔的自然哲学思想进一步推向极端，这就一方面进一步放大了笛卡尔自然哲学思想中的一些弱点或缺点，更有利于莱布尼茨深入批判笛卡尔的自然哲学，另一方面也更加有利于莱布尼茨通过对笛卡尔派自然哲学的批判来阐述他自己的自然哲学思想。例如，莱布尼茨对马勒伯朗士“偶因论”和“在上帝之中看一切”的观点的批判，便非常有利于他对其“个体实体”和“有形实体”学说以及动力学系统的阐述。也许莱布尼茨之所以在批判笛卡尔自然哲学的同时也积极开展对笛卡尔派的批判，其用意正在于此。