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莱布尼茨的逻辑学思想，特别是他的符号逻辑思想虽然在西方逻辑史上享有崇高的地位，但也有一些不容否认的缺失。
首先，莱布尼茨的逻辑学，包括他的符号逻辑思想，总的来说，未能超越内涵逻辑的范畴。诚然，莱布尼茨也曾思考过外延逻辑问题。例如，他在《对逻辑演算的两个研究》（1679年）一文中就曾指出，如果从外延逻辑出发，也就是从构成概念的外延维度，即“个体事物”出发或从“普遍概念的例证”出发，我们不仅可以对概念之间的关系得出完全不同的结论，而且还能够由此“推证出所有的逻辑规则”。
但莱布尼茨本人之所以不愿意采用“外延逻辑”。其理由在于外延逻辑“考虑的不是概念，而是归入普遍概念的例证”。在莱布尼茨看来，普遍字符科学也好，数学科学和普遍科学也好，都“不依赖于个体事物的存在”，都只不过是“普遍概念的组合”而已。莱布尼茨之所以执着于内涵逻辑或他的主谓词逻辑，其根本缘由即在于此。
但既然任何概念既都有内涵也都有外延，既然“个体事物的存在”是一个人人都能感知得到的不争的事实，则内涵逻辑对个体事物的贬低和排拒，自然遭到了经验主义哲学家和逻辑学家的抵制。波兰逻辑学家卢卡西维茨（1878—1956）就曾说过：亚里士多德所开创为莱布尼茨所继承和发展了的内涵逻辑的“最大缺点”就是“单一词项和单称命题在其中没有地位”，
可谓一语中的。而在一定意义上，我们可以说，现代数理逻辑正是在由内涵逻辑向外延逻辑转型的基础上产生和发展起来的。现代的数理逻辑理论，如弗雷格（1848—1925）的“量词理论”以及罗素的“摹状词理论”等，说到底都是为了实现现代逻辑的这样一种转型提出来的。一些西方逻辑史家，如波亨斯基（1902—1995），之所以不肯承认莱布尼茨现代数理逻辑的创始人和奠基人地位，与莱布尼茨之拘泥于内涵逻辑不无关系。
莱布尼茨逻辑学的另一个显著缺陷在于他之拘泥于“内在关系说”。毋庸讳言，莱布尼茨不仅承认关系问题和关系命题，而且还不厌其烦地讨论和阐释了关系命题的主要类型。
莱布尼茨认为存在有“两种关系”：其中一种是“比较的”，另一种是“和谐的”。他所谓“比较关系”，指的是那些“关于相合或不相合的”关系，如“相似、相等、不相等，等等”。他所谓“和谐关系”，指的是“包括有某种联结”的关系，如“原因和结果、全体和部分、位置和秩序等等”。
问题在于在莱布尼茨看来，无论哪一种关系都不过是心灵的观念或观念的组合，其本身都不具有实在性，而都源于心灵的知觉属性，源于“某种具有理性本质的东西”，归根到底都源于“最高理性”。
针对莱布尼茨主张的“两项之间的每种关系”表示的都是“这两项的内在属性”的“内在关系说”，罗素以“外在关系说”批评道：“假定甲和乙是两件事，甲先于乙。我不认为，这意味着甲里有一种东西，使甲（完全不牵涉到乙）具有一种特性，我们若提到乙来表示这种特性，就不正确了。”
罗素自己还特别强调说，他正是在对莱布尼茨内在关系说的反思中，“认识到关系问题的重要性”，达到了“关系外在说”和“关系逻辑”的。他写道：“我第一次意识到关系问题的重要性是我研究莱布尼茨的时候。”因为他正是在阅读和研究莱布尼茨的过程中，认识到了内在关系说的症结所在，使他最终从黑格尔思想的枷锁中“解放”了出来，达到他的逻辑思想中“最重要”并且在他“后来的哲学中占优势”的“外在关系说”。他心情激动地写道：“事实上我觉得这是一种大的解放，就好像是我是从一个暖房里逃出来到一块风吹的高地上去，……我觉得繁星点缀的天空比道德律更为可爱。”
罗素在从“数学方面”讨论《数学原理》时，特别强调了“关系的重要性”，说他在《对莱布尼茨哲学的批评性解释》里就“着重讨论过有关系的事实和命题的重要性，和这些相对立的是由本体和属性组合而成的事实和由主词和宾词组合而成的命题”。他“发现”莱布尼茨、布尔和皮尔士对关系所持的“偏见”“在哲学和数学里是发生了不良影响的”。
在罗素看来，“关系逻辑里重要的东西是与类逻辑不同的东西”，不仅莱布尼茨和布尔，即使皮尔士也未曾注意到这一点。
罗素自信满满地说：“关于关系，我在哲学方面的意见有助于使我着重一种东西，这种东西结果变得极为有用。”
而罗素正是凭借其在对莱布尼茨关系理论的批判性反思中领悟到的“与类逻辑不同的东西”，革新和完善了德摩根（1806—1871）和皮尔士（1839—1914）的关系逻辑，比他们“更严格、更形式、更科学地表达了关系演算”，使数理逻辑“这门年轻的科学由于有了新的工具即抽象的关系理论而丰富起来了”。
在其他方面，莱布尼茨的逻辑思想也有这样那样的缺陷，如在学理结构层面的神学预设以及在其逻辑体系构建进度设计层面的乌托邦倾向等，
但无论如何，拘泥于内涵逻辑和内在关系说，都是莱布尼茨逻辑思想的两项比较基本的缺陷。然而，当我们这样说时，我们是就现代数理逻辑的生成和发展而言的，是说不破除莱布尼茨的内涵逻辑和内在关系说，奠基于外延逻辑和外在关系说的现代数理逻辑就不可能顺利产生和发展。但倘若我们换一个视角看问题，倘若我们用长时段的眼光看问题，便会别有一番天地。就莱布尼茨的内涵逻辑来说，既然凡概念都有内涵和外延两个层面，则内涵逻辑就和外延逻辑一样永远不会过时，如果说作为主外延逻辑的现代数理逻辑必须超越传统内涵逻辑才得以建立和发展起来，则内涵逻辑也同样有望在超越现代数理逻辑的外延逻辑的基础上重新建立和构建起来。
而这样的内涵逻辑无疑将是莱布尼茨所主张的内涵逻辑的一种“复辟”或“新生”，尽管这样一种“复辟”或“新生”并不是对它的简单重申，而是增添了各色各样的新的合乎时代的内容。毋庸讳言，也许有朝一日，当代的内涵逻辑也会重蹈莱布尼茨内涵逻辑的覆辙，但同样可以相信的是，总有一天，更新形态的内涵逻辑终将再次复辟和新生。由此看来，莱布尼茨所主张的内涵逻辑作为逻辑的一种存在形态，也是永远消灭不了的，是永远有其存在依据和逻辑价值的。
对莱布尼茨所主张的内在关系说，也可以作如是观。因为“关系”从来不可能是无缘无故的，关系固然必定涉及两个关系项（两个主体或两个事件）的外在关联，但也必定涉及具有外在关联的两个关系项，必定与这两个关系项的某种性质或属性有一定的关联。就罗素和莱布尼茨所共同讨论过的那对夫妻而言，
他们既然结为伉俪，他们两个人本身就必定各自具有某种使他们得以成为伉俪的某种规定性。因此，内在关系说和外在关系说一样，也具有一定程度的合理性。现代数理逻辑所主张的外在关系说或关系逻辑固然具有片面的真理，但莱布尼茨所主张的内在关系说也同样具有一种片面的真理。因此之故，正如现代数理逻辑在一段时间里可以用它自己的“外在关系说”取代莱布尼茨所主张的“内在关系说”一样，可以预见，他们所主张的“外在关系说”有朝一日终将为一种新的形态的“内在关系说”所取代。从这个意义上，我们可以说莱布尼茨所主张的“内在关系说”是永远消灭不了的，也同样具有某种永恒的意义。
尤其值得注意的是，莱布尼茨高人一筹的地方在于：即使在其主张内涵逻辑和内在关系说的情况下，他也同时在一定意义上认可外延逻辑和外在关系说。一如前面所指出的，莱布尼茨在《对逻辑演算的两个研究》（1679年）一文中，就曾明确指出：经院派从外延逻辑出发说“金属大于黄金”和他从内涵逻辑出发说“黄金大于金属”，虽然演算方向“相反”，但这两种说法“相互之间却并不矛盾”（do not contradict each other）。
而他之所以坚持内涵逻辑，无非是他自己因取主张概念优先和概念自足的唯理论立场而无法“执两用中”，调和内涵逻辑和外延逻辑。而这就意味着，西方逻辑的未来发展既不可能只是简单地以外延逻辑取代内涵逻辑，也不可能只是简单地以内涵逻辑取代外延逻辑，而是有望在理性论与经验论相互借鉴和相互吸收的基础上，或是内涵逻辑越来越多地借鉴和吸收外延逻辑，或是外延逻辑越来越多地借鉴和吸收内涵逻辑，正如极端的唯理论和极端的经验论没有出路一样，极端的外延逻辑和极端的内涵逻辑也是如此。倘若事情果真如此，则主内涵逻辑的莱布尼茨对待外延逻辑的这样一种宽容立场无疑为内涵逻辑和外延逻辑的相互借鉴和相互吸收提供某种可能，内蕴了和预示了未来逻辑发展的一种值得期待的美好愿景。
如果说在内涵逻辑与外延逻辑的关系上，莱布尼茨的兼容立场还不够鲜明的话，则他在内在关系说与外在关系说方面的兼容立场就鲜明得多了。如前所述，莱布尼茨曾提出过存在有“两种关系”的观点，即不仅存在有“比较”关系，而且还存在有“（前定）和谐”关系。不难看出，莱布尼茨在这里所说的“比较”关系正是经验派哲学家和经验派逻辑学家持守的“外在关系”。实际上，莱布尼茨在《人类理智新论》里谈论“比较”关系时，正是接着经验派哲学家洛克的话说的。在洛克看来，所谓“关系”就是由心灵对“一个观念和另一个观念”（one with another; une idée avec l'autre）“就其范围、程度、时间、地点或某种其他情况方面（in respect of extent,degrees,time,place,or any other circumstances; par rapport à l'etendue,aux degrés,au temps,au lieu,ou à quelque'autre circonstance）来做比较”时所产生的“观念”，而莱布尼茨则将两个观念的“相合或不相合”（agreement and disagreement; la convenance ou disconvenance）的“关系”称作“比较”（comparison; de comparaison）关系。而这样一种关系分明是一种“外在关系”。
由此看来，莱布尼茨在强调“内在关系”的同时也是承认“外在关系”的，尽管他对外在关系的解释终究既有别于洛克也有别于罗素等数理逻辑学家。因此，如果以长时段的眼光看问题，在内在关系说与外在关系说的问题上，未来西方逻辑将沿着两者兼容互补的方向发展，则莱布尼茨的“两种关系说”就将发挥愈来愈重要的作用，至少具有某种指导意义。
因此，我们有理由相信，莱布尼茨在西方逻辑的未来发展中完全有望扮演一个先知的角色。西方逻辑越是向前发展，莱布尼茨的广阔视野和兼容精神就将愈加显得弥足珍贵，他的先知的角色就将愈加鲜明和突出。