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冷战的结束改变了世界两极化格局，国际体系中的主要角色间力量对比发生重大变化，对区域政治和非洲之角的军事发展也产生了重要影响。随着1991年苏联解体，世界逐渐由“两极化”向“多极化”发展。非洲之角地区逐渐失去了其战略地缘重要性。但从世界范围来看，冷战后期由主要国际政治矛盾所造成的武装冲突在冷战后仍在延续。 [23] 在冷战结束初期，第三波民主化浪潮 [24] 席卷包括非洲之角在内的撒哈拉以南非洲，多个非洲之角国家陷入了被西方国家所强加的、以“民主化”为目标、争斗不断的内战。这一时期，以美国为首的西方国家在非洲之角的战略政策也以冲突解决和冲突管理为重点，美国在非洲之角已经失去了它主要的存在理由。特别是“黑鹰坠落”和在索马里军事干预的接连失败更迫使美国不得不重塑其外交政策，逐步撤出非洲之角。 [25] 冷战后的埃塞俄比亚、索马里等国家虽然摆脱了所谓的“威权统治”，却未能拥抱“西式民主的胜利”。西方国家的迅速撤出造成了该区域权力真空，非洲之角国家的国内冲突和国家间冲突出现了大幅增长。权力真空主要发生在传统政治秩序迅速瓦解、全国性政治运动缺乏不能够填补政治权力的缺口之时。权力真空必然导致内部矛盾激增或武装冲突频发，并且这种武装冲突丝毫没有轻易结束的可能性。 [26] 受外部关系剧烈变化的影响，非洲之角武装冲突内生性因素在这一阶段突显，武装冲突在冷战后出现了新的演化过程。
苏丹内部政治矛盾和意识形态问题的出现加速了苏丹国内冲突的爆发。早在20世纪80年代末，宗教激进主义在苏丹的迅速兴起造成苏丹国内意识形态冲突快速升温，也最终导致南部苏丹与北部苏丹的彻底分裂。在此之前，苏丹信奉温和且包容的伊斯兰教苏菲派（ Sufi ），但近几十年来，政治伊斯兰（political Islam）在苏丹发展成为一股强大的力量，特别在苏丹内战中成为破坏国家团结、阻碍社会发展的力量。在“第三波”民主化浪潮中，所谓的西式民主并没有给苏丹带来和平与发展，苏丹政府曾多次在军事政变中被推翻。1985年总统加法尔·穆罕默德·尼迈里（Gaafar Mahamed Nimeri）被民众赶下台，苏丹开始了新一轮多党选举。与许多非洲国家一样，苏丹连续举行的多党选举也面临着领导层的缺陷、殖民统治造成的分裂以及族群、宗派和地区政治的制约。此外，伪造选票、恐吓、使用政府资源和管控新闻媒体等一系列行为，都是苏丹“议会民主试验”失败的表现。
长期以来，苏丹南北方 [27] 因宗教和文化等存在巨大差异而经常爆发武装冲突。信奉伊斯兰教的北方阿拉伯人对信奉基督教的南方黑人经常采取暴力手段和实行种族歧视政策。苏丹南北方之间的激烈矛盾在加法尔·穆罕默德·尼迈里（Gaafar Mahamed Nimeri）总统上台后快速激化。1983年，尼迈里政权不顾《亚的斯亚贝巴协定》（ Addis Ababa Agreement ），单方面解散了南方自治政府，并在全国实行伊斯兰教法（Sharia Law）。以约翰·加朗（John Garang）为领导的苏丹人民解放运动 [28] （SPLM）逐渐成为苏丹政府的主要反对派，宣传在南部苏丹建立一个统一的“新苏丹”，导致苏丹内战再起，又称苏丹第二次内战。1989年6月，在喀土穆发生的军事政变使伊斯兰民族阵线（NIF）及其领导人奥马尔·巴希尔（Omar alBashir）的宗教激进主义政权掌握了苏丹政府权力，他们通过“圣战”（ ji had ）政策将阿拉伯化和伊斯兰化强加于整个国家。新的政治发展迫使苏丹人民解放运动在20世纪90年代初开始积极要求南部苏丹的民族自决，“在苏丹建立两个联邦制主权国家” [29] 。
20世纪90年代，苏丹南北交战方陷入僵局，双方都认为胜利在望，不愿意向对方让步。1994年在伊加特调解下双方开始展开谈判并原则上达成了协议，但随着双边关系的紧张又化为泡影。这期间，由美国、英国和挪威为主的西方国家积极介入苏丹第二次内战的调解，并促成了2005年1月《全面和平协议》（ Comprehensive Peace Agreement ）在肯尼亚内罗毕的签署，结束了长达22年的苏丹第二次内战。根据该协议，苏丹南北方组成民族团结政府，双方的权力和财富分享、政教分离、南部苏丹的独立，以及努巴山脉、青尼罗河和科尔多凡省、阿卜耶伊争议等问题都得了安排，并决定苏丹进入过渡期，6年后，南部苏丹将通过公投决定是否独立。 [30]
尽管如此，该协议并没有解决或缓解苏丹的民族问题及其安全困境。在苏丹南北方进入和谈阶段之时，达尔富尔地区就因苏丹政府对其缺乏长期的发展规划和管理，该地区对政府严重不满而爆发冲突。达尔富尔地区也渴望实现“自治”，与政府分享权力与资源，获得同南部苏丹一样的资源和权力。2003年爆发的达尔富尔冲突证明了苏丹政治暴力的复杂性。位于苏丹西部的达尔富尔地区与苏丹政府的紧张关系可以追溯到20世纪80年代。人口增长和牧场荒漠化所造成的资源紧张，引发了当地阿拉伯牧民与当地黑人族群之间的紧张关系。1984年至1985年的严重干旱造成达尔富尔地区巨大的社会动荡，60000—80000人涌向苏丹首都喀土穆寻求救济。后来随着该地区石油资源的不断开发，达尔富尔地区族群冲突日益严重，自然资源在达尔富尔地区冲突中扮演着至关重要的角色。资源稀缺对达尔富尔地区暴力活动的持续具有政治意义。正当南部苏丹的苏丹人民解放军在协商结束苏丹内战之时，达尔富尔地区冲突爆发。自2003年以来，苏丹政府及其阿拉伯民兵联盟“金戈威德”（Janjaweed），一直在与达尔富尔地区人民组成的反政府武装“苏丹解放运动/军”（SLM/A）和“正义与平等运动”（JEM）作战。这两支反政府武装一直在积极反抗苏丹政府对达尔富尔地区的边缘化政策。不同于南部苏丹的苏丹人民解放军/运动，苏丹解放运动/军和正义与平等运动并未要求独立，只是寻求“公平发展、土地权利、社会和公共服务以及区域自治” [31] 。
达尔富尔冲突的特点是极端暴力、严重侵犯人权并造成大规模的人口流离失所。 [32] 达尔富尔冲突导致超过40万人丧生，550多万人流离失所，约有210万人居住在喀土穆附近的棚户区，约200万人在南方居无定所，另有一些人逃往乌干达、肯尼亚、刚果民主共和国、中非共和国和埃及。联合国将达尔富尔地区的紧张局势称为“世界上最严重的人道主义危机”。2004年4月，联合国和美国都发表声明表示关注达尔富尔问题，并将达尔富尔所发生的事情与卢旺达大屠杀的情况进行了对比。美国更是给苏丹贴上了“无赖国家”和“恐怖主义资助国”的标签。达尔富尔由此成为国际社会关注的焦点。2004年7月，联合国与苏丹政府就人道主义援助达成协议。从秋季开始，在非盟的支持下，达尔富尔反政府武装和苏丹政府代表在尼日利亚首都阿布贾举行和平谈判。《达尔富尔和平协议》（ Darfur Peace Agreement ）最终于2006年5月签署。协议中规定了有关达尔富尔地区永久地位的问题，将由该地区三个州同时举行公投来决定，“关于达尔富尔地位的公投，应在国家过渡宪法规定的全国选举举行后的12个月内进行，最迟不晚于2010年7月”。 [33] 然而，该协议在实施之前就被认为存在缺陷，三名反对派领导人中只有一人签署了协议。不仅如此，该协议的签署在达尔富尔地区几乎没有起到任何作用，反而进一步加剧了各反叛团体之间的内部斗争。法国向联合国递交了第1593号决议草案，该决议于2005年3月31日被提交给国际刑事法院，介绍了达尔富尔的局势。在随后的一段时间里，参与调解达尔富尔问题的西方大国（主要是美国和英国，也包括法国和德国等国）认为，已没有必要通过政治方法来解决该地区武装冲突乱象，而应向该地区派遣一支联合国维和部队。在《达尔富尔和平协议》签署后的一年中，苏丹与联合国及西方大国之间展开了一场拉力赛。西方大国试图让苏丹接受由联合国领导的维和行动，以取代装备落后、由非盟支持的非盟驻苏丹特派团（AMIS）。2007年6月，在国际社会的巨大压力下，苏丹政府最终接受了联合国和非盟关于在达尔富尔部署联合特派团的建议。这为同年7月31日通过联合国第1769号决议铺平了道路，该决议要求联合国和非盟达尔富尔联合特派团（UNAMID）部署26000名士兵。2007年12月31日，联合国和非盟达尔富尔联合特派团正式接管了非盟驻苏丹特派团。在西方国家的压力下，国际刑事法院于2008年夏天宣布决定起诉苏丹总统巴希尔，认为他在达尔富尔冲突期间下令轰炸该地区，犯下了“反人类罪和战争罪”。 [34] 这是国际刑事法院第一次对《罗马规约》的非缔约国——苏丹及其总统进行有关种族灭绝罪指控的相关调查。达尔富尔反政府武装同苏丹政府军以及联合国和非盟达尔富尔联合特派团的武装冲突并没有因此停止。2009年在国际社会的共同努力下，卡塔尔举行了多轮多哈谈判以推进苏丹政府与达尔富尔地区反政府武装之间的和平谈判。2011年6月，苏丹政府与反政府武装联盟——“解放与正义运动”（Liberation and Justice Movement）签署了《多哈协议》，该协议提出了有关苏丹政府与达尔富尔地区权力分享的相关措施 [35] ，但该协议的成果并未得到良好维护，达尔富尔局势仍然持续恶化、武装暴力不断升级。
由于苏丹国内局势依然充满变数，达尔富尔问题至今没有完全解决，低烈度冲突仍然存在。2019年4月，苏丹发生军事政变，总统巴希尔下台。4月11日，苏丹当局以腐败罪逮捕了巴希尔，并将其关押在喀土穆的一间监狱里。同年11月，苏丹当局又对巴希尔增添了有关其1989年政变上台的相关罪名指控；12月，根据苏丹法律，年过七旬的老人不得坐牢，76岁的巴希尔最终以腐败罪被判在苏丹一家社会改革机构服刑两年。巴希尔政权崩塌后，军事委员会执政，苏丹主要反对派联盟“自由与变革力量”（FFC）同过渡军事委员会间的矛盾却一度紧张，并且苏丹与南苏丹交界地区仍存在爆发武装冲突的可能性。在非盟、伊加特和埃塞俄比亚政府的调解支持下 [36] ，苏丹军事委员会与反对派于2019年8月17日签署了“宪法宣言”，为随后的39个月制定了过渡框架，这意味着向成立苏丹过渡政府又迈进了一步。8月21日，由5名军事人员和6名文职代表组成的新的主权委员会宣誓就职。同日，总理阿卜杜拉·哈姆多克（Abdalla Hamdok）就任，新内阁于9月8日成立。9月11日，主权委员会与包括达尔富尔地区在内的苏丹各地反政府武装签署了《关于建立信任程序和谈判准备的朱巴宣言》（简称“朱巴宣言”）。朱巴宣言为解决苏丹境内的武装冲突制定了一个全面的路线图，并以签署和平协议为最终目标。不仅如此，苏丹境内的武装冲突地区，包括达尔富尔地区，都同意停火并允许人道主义救援进入。2019年9月下旬，哈姆多克总理在法国巴黎会见了达尔富尔反政府武装苏丹解放军的分支领导人。同年11月，哈姆多克访问达尔富尔地区，并探视了该地区流离失所者的营地。 [37] 2020年2月11日，苏丹当局表示会把前总统巴希尔转交给国际刑事法院，巴希尔可能面临“种族灭绝罪和战争罪”的指控。 [38] 10月3日，苏丹过渡政府与反政府武装“苏丹革命阵线”（SRF）在朱巴签署了最终和平协议，结束了敌对状态。11月25日，苏丹成立“过渡伙伴委员会”以协调各方分歧，为接下来组建新内阁开展相关工作。12月31日，在苏丹过渡政府、俄罗斯和尼日尔、南非等非洲国家的压力下，联合国安理会宣布正式结束联合国和非盟达尔富尔联合特派团在达尔富尔地区的维和任务，特派团将在6个月内完成撤离工作，而苏丹过渡政府将担负起平民的保护工作。此举引起了身处难民营的达尔富尔妇女和儿童的担忧并遭到他们的强烈抗议。 [39] 尽管有关达尔富尔问题的和平进程释放出了一些积极信号，主要战斗已经停止，但低烈度冲突仍时有发生。随着国际维和部队的撤出，未来苏丹国内和平稳定与热点地区的安全局势仍有待观望。
2011年7月，南苏丹在经过公投后从苏丹分离，正式宣布独立并成立南苏丹共和国。作为世界上最年轻的国家之一，独立后的南苏丹并未迎来长久和平。2005年7月9日，苏丹南北方签署和平协议，同意组建权力分享政府，南苏丹从苏丹获得独立，并结束了苏丹第二次内战——非洲持续时间较长的内战之一。但是内战所造成的冲突后遗症仍在继续威胁着这个新成立的国家，很快南苏丹也陷入内战泥淖。南苏丹内战的持续对整个非洲之角地区，特别是邻国苏丹的稳定构成了很大威胁。自2013年12月南苏丹丁卡族和努尔族间发生武装冲突从而引发内战至今，南苏丹内部各方的权力和石油财富之争造成大量民众流离失所，国家陷入了严重的人道主义危机。
南苏丹的武装冲突主要发生在两个集团之间：南苏丹政府及由丁卡族的萨尔瓦·基尔·马亚尔迪特（Salva Kiir Mayardit）总统领导的盟友，和由前副总统、努尔族的里克·马沙尔（Riek Machar）领导的苏丹人民解放运动/军—反对派（SPLM/A-IO）及努尔白人军队。尽管内战主要发生在丁卡族和努尔族之间，但在全国各地冲突形势差别极大，反对派团体呈现出分裂化和地方化的态势。再加上苏丹和南苏丹关系恶化，2012年至2013年，南苏丹关闭油田、停止石油生产与输出，苏丹与南苏丹对盛产石油、水资源丰富的阿卜耶伊地区的争夺共同激化了南苏丹的内部矛盾。2014年，南苏丹交战双方在签署了停火协议后再次开战，使联合国、欧盟、非盟、伊加特、中国 [40] 等对南苏丹内战的调解停滞，这也给西方大国介入南苏丹问题提供了机会。为了推动南苏丹的和平进程，伊加特于2015年3月推出了“伊加特+”（IGAD-Plus）机制以加强与国际社会的合作，将联合国、非盟及非洲区域和次区域组织、中国和西方“三驾马车”纳入其中。 [41] 并且，比利时、加拿大、法国、德国、意大利等西方大国也作为“伊加特伙伴论坛”（IGAD Partners Forum）成员参与伊加特活动，给了西方国家又一次主导非洲和平与安全事务的机会。在西方大国的领导下，联合国安理会于2015年3月通过了第2206号决议，决定建立一个委员会来推进南苏丹的和平进程。同年7月，联合国安理会又对南苏丹政府和苏丹人民解放运动—反对派的6位将军实施了旅行禁令，并冻结了他们的海外资产。 [42] 之后8月17日，美国以制裁的名义，连同英国、挪威和意大利，共同促使南苏丹冲突各方签署了和平协议。 [43] 但是随后再次发生激烈冲突。2017年2月，由于持续的武装冲突和经济崩溃，联合国宣布南苏丹陷入饥荒。截至2017年4月，不同派系之间的冲突已导致190多万人流离失所，其中22.4万人逃往南苏丹联合国特派团（UNMISS）的基地，同时还有160万难民逃往邻国。这是20年来撒哈拉以南非洲地区发生的最大规模的难民危机。
2017年5月，基尔总统宣布单方面停火，并启动全国对话进程。但是美国坚持表示，南苏丹政府仍在对联合国维和人员和援助人员进行持续抵抗和袭扰，为此美国于同年9月对三名南苏丹高级官员实施制裁，并在11月威胁要对南苏丹实施更多严厉制裁。联合国安理会内部却无法就对南苏丹实施联合国武器禁运问题达成一致。2016年10月，联合国负责维和行动的副秘书长让-皮埃尔·拉克鲁瓦向联合国安理会表示，南苏丹正在滑向混乱和暴力升级的深渊。2017年12月，当国际调解人员在埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴举行另一轮和谈之时，南苏丹政府部队占领了赤道省中部的拉苏镇，那里正是苏丹人民解放军—反对派的南方总部。拉苏的沦陷，令本就节节败退的反对派树倒猢狲散。冲突硝烟还未完全散尽，在英国、挪威和美国组成的“三驾马车”监督下，南苏丹政府和反对派武装于12月21日在亚的斯亚贝巴签署了停火协议 [44] ，但冲突仍持续蔓延。2018年8月，在苏丹、乌干达和伊加特的斡旋下，南苏丹总统基尔与该国最大反对派领导人马沙尔在埃塞俄比亚签署和平协议，同意分享权力、组建过渡联合政府。双方自签署和平协议以来，虽然遵守了停火协议，但一直陷入政治僵局，过渡联合政府的组建被多次推迟。南苏丹内战的持续对整个非洲之角地区，特别是周边邻国的稳定性构成了很大威胁。在伊加特的调解和施压下，基尔和马沙尔分别做出了让步。双方需要妥协的一个关键点，就是南苏丹国内行政区的重新划分，这事关南苏丹国内的权力分配。基尔在内战期间为了满足国内丁卡族的要求，重新划定了南苏丹的行政区划，最多时曾划定了32个州。为了促成南苏丹和平进程，基尔最终同意在最大程度上恢复战前的国内行政区划，划定了10个州，并创建了3个行政区。 [45] 2020年2月22日，马沙尔宣誓就任南苏丹过渡联合政府第一副总统，将与基尔共同合作落实2018年的和平协议，为实现南苏丹和平安全而努力 [46] ，但南苏丹境内仍面临部队能否顺利统一、其他反对派能否妥协等方面的挑战。12月11日，南苏丹过渡联合政府与各方就组建州政府和重组全国立法会议事宜达成共识，南苏丹和平进程又向前迈进了一步。12月30日，在与各党派磋商后，基尔共任命了6个州的副州长。
索马里内战于1991年全面爆发并延续至今，据统计约造成该国50万人丧失生命。索马里内战战事的发展演化主要分为五个阶段。第一阶段从1986年至1992年，属于内战源起和全面爆发阶段。索马里内战源于20世纪80年代索马里武装叛乱团体对巴雷军政府的抵抗。以宗族为基础的索马里武装叛乱团体联盟，主要包括索马里救世运动（SSM）、索马里救世解放阵线（SSLF）、索马里民族运动（SNM）、索马里联合大会（USC）和索马里民主运动（SDM） [47] ，于1991年共同推翻了巴雷军政府的统治。然而，索马里并未因此迎来和平，参与推翻巴雷军政府的武装叛乱团体联盟内部爆发宗族间权力之争，各地军阀激烈混战最终演变为一场严重的人道主义危机。 [48] 索马里随即陷入无政府状态，位于西北部的“索马里兰共和国”趁南部摩加迪沙地区混战宣布独立。1991年末在索马里南部，索马里联合大会的指挥官穆罕默德·法拉赫·艾迪德（Mohamed Farah Aidid）将军和阿里·马赫迪·穆罕默德（Ali Mahdi Mohamed）将军双方的武装派系发生冲突，以争夺对索马里首都摩加迪沙的控制权。直到1992年，在经过4个月的激烈战斗之后，双方才同意停火，但双方都未能夺取首都的控制权，而是选择将摩加迪沙划分南北以“分而治之”。
第二阶段从1992年至1995年，属于外部介入和人道主义救援阶段。索马里爆发激烈内战造成大量人员伤亡，无数人流离失所，使索马里全国陷入人道主义危机。1992年索马里又暴发严重饥荒，这不仅仅是内战造成的，而是自巴雷政权统治以来，国家政治和经济退化的必然结果。饥荒使得索马里陷入了全面困境。 [49] 早在巴雷政权垮台之前，联合国曾参与了索马里境内的人道主义救援，但在1991年中期，联合国逐渐撤出了救援组织只留下少数非政府组织，为此还受到了国际社会的批评。1992年，联合国安理会终于根据第733号决议和第746号决议，决定向索马里派出第一期联合国索马里行动（UNOSOM I）组织以帮助索马里恢复秩序并提供人道主义救援。1992年12月3日，联合国通过第794号决议批准成立以美国为首的联合特遣部队（UNIFAF），该特遣部队于12月9日抵达索马里，这也是联合国首次以《联合国宪章》第七章为理由向爆发内部冲突的国家部署特遣部队。然而，该联合特遣部队完全不在联合国的控制之下，而是直接听命于美国军事指挥部。美国对索马里的直接干预反而导致索马里内部冲突愈演愈烈。为此，1993年3月，改组后的第二期联合国索马里行动（UNOSOM II）组织计划取代美军以帮助无政府状态的索马里迅速恢复秩序。然而，索马里局势更加恶化了。1993年6月至10月，摩加迪沙地方军阀同联合国维和部队之间进行了多场激战。其中，联合国派出了巴基斯坦特遣队以武器检查为由对索马里地方军阀发起袭击，双方人员严重伤亡。1993年10月，美军在摩加迪沙战役中抓捕当地武装派系领导人艾迪德时发生了“黑鹰坠落”事件，联合国维和部队、美军和索马里地方军阀伤亡惨重，联合国和美国决定撤出索马里。联合国对索马里的干预成为联合国维和行动史上的巨大失败。最终，联合国维和部队于1995年3月全部撤出索马里。这一时期，索马里军阀混战和域外国家介入进一步造成社会无序、民众苦不堪言，也造成索马里海盗的产生和横行。 [50]
第三阶段从1995年至2000年，属于地区寻求自治阶段。1995年6月，艾迪德宣布自己为索马里总统但没有得到各方认可，在此之前其竞争对手阿里已在吉布提的一次会议上宣布当选为索马里临时总统，并得到了国际社会的承认。艾迪德的武装派系只得继续在索马里南部地区同阿里的部队作战、寻求地区霸权。1996年3月，阿里当选为摩加迪沙北部地区的索马里联合大会/索马里救赎联盟（USC/SSA）主席。同年8月，艾迪德在一场战斗中身亡。1998年，位于索马里东北部的邦特兰宣布“临时独立”，成立自治州。同年，位于南部的朱巴兰地区也宣布独立。艾迪德死后，其子侯赛因·法拉·艾迪德（Hussein Farrah Aidid）于1999年在厄立特里亚和乌干达的支持下，领导索马里民族联盟（Somali National Alliance）部队，同新成立于邦特兰地区的拉汉文抵抗军（Rahanweyn Resistance Army）进行对抗。到1999年底，拉汉文抵抗军实际控制了索马里南部海湾和巴科勒省，其领导人哈桑·穆罕默德·努尔·沙迪盖杜德（Hasan Muhammad Nur Shatigadud）随后建立索马里西南州并实行行政上的自治。2000年，索马里过渡国民政府（TNG）成立，与此同时各方和平调解行动也在不断努力。但索马里内部军阀、族群间的武装冲突仍然在持续。
第四阶段从2000年至2009年，属于过渡联邦政府组建、域外势力介入阶段。在伊加特的大力支持下，索马里过渡联邦政府（TFG）于2004年在肯尼亚内罗毕成立。2004年10月，阿卜杜拉希·优素福·艾哈迈德（Abdullahi Yusuf Ahmed）被选为临时总统。然而，2005年3月，因在维和部队部署和临时首都选址问题上意见不合，索马里过渡联邦政府议会内部发生分裂，议会议长带领部分成员前往摩加迪沙，而总统和其他成员仍留在内罗毕。2005年6月，在肯尼亚的压力下，总统和其他成员离开了内罗毕到达索马里的城镇乔哈尔（Jowhar）。2006年2月，双方终于在城镇拜多亚（Baidoa）再次会晤，并将过渡联邦政府移至此处。2006年初，受美国支持，一个武装团体——“恢复和平与反恐联盟”（ARPCT）成立，以对抗日益崛起的、推行伊斯兰教法的伊斯兰法院联盟（ICU）。2006年6月，伊斯兰法院联盟取得了与恢复和平与反恐联盟之间的摩加迪沙战役的胜利。随后，它迅速扩大并巩固了在索马里南部的势力。到2006年8月，过渡联邦政府被限制在埃塞俄比亚保护下的拜多亚。强硬派伊斯兰主义者随后在伊斯兰法院联盟内部获得了权力，引发了外界对伊斯兰法院联盟“塔利班化”的担忧。同年12月，埃塞俄比亚军队进入索马里，协助过渡联邦政府打击不断发展的伊斯兰法院联盟，最终赢得了拜多亚之战，并且索马里政府军从伊斯兰法院联盟手中夺回了首都摩加迪沙。埃塞俄比亚的介入帮助过渡联邦政府暂时巩固了政权。2007年1月，艾哈迈德自当选临时总统以来首次进入摩加迪沙，过渡联邦政府也搬迁回首都。然而，过渡联邦政府寻求埃塞俄比亚“外援”的行为引发当地民众不满。纵观历史，埃索关系长期处于不稳定状态，时常爆发冲突 [51] ，索马里民众因此将这种寻求“外援”的行为视作背叛。几周后，摩加迪沙爆发了针对过渡联邦政府及其埃塞俄比亚盟友的武装叛乱。 [52] 除了埃塞俄比亚，美军也于2007年1月对索马里地区实行了空袭，打击伊斯兰法院联盟，非盟于同年3月在索马里部署非盟驻索马里特派团（AMISOM，简称“非索特派团”）。随着伊斯兰法院联盟接连溃败，其内部分裂成包括极端组织“青年党”“伊斯兰党”（Hizbul Islam）在内的几个不同派系继续同索马里过渡联邦政府战斗。2008年5月，索马里过渡联邦政府同反政府武装“索马里再解放温和联盟”（ARS）在吉布提举行和平谈判，ARS要求埃塞俄比亚撤军以换取武装对抗的停止，并要求扩大议会席位，与过渡联邦政府组成联合政府。由于联合国对索马里的武器禁运，索马里很难重建其国家安全部队，再加上缺乏资金和人力资源，艾哈迈德自感无力对抗继续活跃的反政府武装、结束索马里混乱而复杂的内战，于2008年12月宣布辞去临时总统一职。2009年2月，埃塞俄比亚军队撤出索马里，标志着其对索马里的有限军事干预结束。
第五阶段从2009年至今，属于打击恐怖主义、极端组织和稳定国内局势阶段。2009年2月，在非索特派团的帮助下，索马里联合政府发动反攻，全面控制了索马里南部。同年3月，按照停火协议，索马里联合政府宣布将重新实施伊斯兰教法，并将其作为国家司法体制的基础。然而，索马里南部和中部的武装冲突仍在继续，几个月后，联合政府就将大片争议地区拱手让给了反对派。2011年8月，“青年党”被迫撤出摩加迪沙大部分地区。2011年因索马里遭受严重干旱，并且“青年党”高层官员被暗杀，“青年党”领导层内部出现了裂痕。2011年10月，索马里武装部队与肯尼亚国防军合作开始在索马里南部打击“青年党”叛乱分子。2012年1月，索马里政府军及非索特派团对“青年党”在摩加迪沙北部郊区的最后据点发起了攻击。2012年6月初，肯尼亚军队正式加入了非索特派团。2012年9月底和10月初，肯尼亚军队、非索特派团从“青年党”手中夺取了战略重镇基斯马尤，这座索马里南部城市不仅是该叛乱组织财政收入的重要来源，也是其在索马里市区的最后一个据点。2012年9月，索马里联邦政府正式成立。此时“青年党”仍然控制着索马里部分农村地区。2013年10月，美国非洲司令部开始在摩加迪沙建立协调小组，该小组于12月下旬全面投入运作。这个小组是应索马里政府和非索特派团要求而成立的。2014年1月，在联合国授权下，埃塞俄比亚军队正式加入维和行动，与索马里政府军并肩作战，负责盟军在巴科勒和沿海等地区的行动。埃塞俄比亚部队是非索特派团继吉布提、布隆迪、塞拉利昂、肯尼亚和乌干达部队之后的第六分遣队。2014年3月，联合国安理会一致通过决议，将部分解除对索马里的武器禁运延长至10月。该决议允许索马里政府购买轻型武器，但要防止向索马里安全部队以外的个人或实体直接或间接供应、转让或出售武器和军事装备。2014年3月初，非索特派团在索马里民兵的支持下行动，将“青年党”从索马里南部地区赶走。2014年8月，索马里政府领导的“印度洋行动”（Operation Indian Ocean）启动，旨在清理农村剩余的极端分子。2014年9月，美国发动了无人机袭击，击毙了“青年党”领袖穆克塔·阿里·祖拜尔（Moktar Ali Zubeyr）。
2017年，索马里联邦政府、非盟、欧盟、联合国和美国，都在试图稳定索马里政治局势、改善安全状况，并抵制伊斯兰武装暴力组织，尤其是索马里“青年党”的恐怖袭击。与此同时，包括索马里兰分离地区和邦特兰自治区在内，整个索马里仍然受到族群间冲突、相互竞争的族群与联邦政府以及一些州政府之间暴力冲突的严重影响。
2017年1月，索马里“青年党”袭击摩加迪沙酒店，造成至少28人死亡；袭击肯尼亚军队位于索马里南部非索特派团的军营，超过50名肯尼亚军人身亡。同年2月，穆罕默德·阿卜杜拉希·法马约·穆罕默德（Mohamed Abdullahi Farmaajo Mohamed）击败时任总统哈桑·谢赫·马哈茂德（Hassan Sheikh Mohamud）当选为总统，任期四年。法马约当选被认为是索马里朝着稳定政局和化解国家安全危机所迈出的重要一步。法马约就联邦政府和各州政府新的安全架构提出方案，宣布对“青年党”武装分子进行为期60天的大赦，并提出与“青年党”领导人公开讨论有关重建索马里国民军事宜，以便分阶段撤出非索特派团。2017年5月在伦敦召开的一次会议上，索马里与国际资助者达成一项安全协定，根据该协定，国际社会将为训练索马里军队和警察提供支持。9月，土耳其在摩加迪沙开设了一个军事训练基地，这也是土耳其规模最大的海外军事基地，其职能是为索马里国民军训练士兵。并且，2017年4月，美国曾在索马里部署了大约500名士兵，以支持索马里政府打击“青年党”。这是自1994年以来美国首次向索马里派驻正规军。除了地面部队，美国也加大了对“青年党”的空袭力度，美国在索马里军事活动日渐频繁。虽然“青年党”对索马里政府构成的威胁最大，但是“伊斯兰国”也不容小觑。2017年，“伊斯兰国”正在索马里扩大其势力范围，特别是在邦特兰地区。 [53] 2018年12月，总统候选人、“青年党”曾经的高级成员——穆赫塔尔·罗博（Mukhtar Rowbow）遭索马里政府军逮捕并被转移至摩加迪沙，其支持者在索马里拜多亚市举行了示威抗议活动。2020年12月4日，美国时任总统特朗普宣布，美国将撤出在索马里的驻军，并转移至肯尼亚等周边国家。美国国防部也表示会减少中央情报局反恐任务的支持。这引发了各界对美国及其盟友对支援索马里抗击“青年党”态度的猜疑，和对索马里局势的担忧。
1998年至2000年，埃塞俄比亚和厄立特里亚之间因边界争端爆发战争，这场战争造成埃厄两国巨大的人员伤亡，估计70000—100000人死亡，100万人流离失所。但边界争议依然存在，在之后的近20年间，两国依然保持敌对状态，时常因边界管辖权而爆发小规模武装冲突。直至2018年7月在海湾地区等域外国家的帮助下，埃厄两国签署了《和平与友谊联合宣言》（ Joint Declaration of Peace and Friendship ），恢复邦交关系。埃厄之间关系的走势不仅关乎两国民众福祉，更关乎整个非洲之角区域安全态势的发展。2019年，埃塞俄比亚总理阿比·艾哈迈德·阿里（Abiy Ahmed Ali）也因调解埃厄边界冲突而被授予2019年诺贝尔和平奖。 [54]
冷战结束后初期，埃塞俄比亚和厄立特里亚之间维持着表面关系。1993年举行全民公决后，厄立特里亚于同年5月正式独立。埃厄于7月签署《友好合作条约》（ Treaty of Friendship and Cooperation ），建立双边外交关系。埃厄在建交初期，埃塞俄比亚由提格雷人民解放阵线（TPLF）为首的执政联盟——埃塞俄比亚人民革命民主阵线（EPRDF）掌权，厄立特里亚则由厄立特里亚人民民主和正义阵线（PFDJ），即厄立特里亚人民解放阵线（EPLF）的前身领导，双方基于政治和经济利益维持了一段时间的和平关系。一方面，厄立特里亚从埃塞俄比亚脱离出去后，埃塞俄比亚失去了出海口，因此埃塞俄比亚利用位于红海南部、厄立特里亚的港口城市阿萨布（Assab）作为其货物运输的重要通道，双方建立了关税同盟。另一方面，厄立特里亚建国初期仍然使用埃塞俄比亚货币，双方商定实行贸易免税。但是双方因领土争议问题而始终不能达成一致意见，再加上1997年11月厄立特里亚发行新货币“纳克法”，埃塞俄比亚对厄立特里亚实施经济制裁，双方关系急剧恶化。 [55]
在位于埃塞俄比亚提格雷省北部的巴德梅（Badme）地区双方发生了几次短期的武装冲突之后，1998年5月，厄立特里亚率领机械化部队进入巴德梅地区、入侵埃塞俄比亚，埃厄战争随即爆发。战斗迅速升级为火炮和坦克交火，激烈作战持续了四周之久。两国从俄罗斯、保加利亚、乌克兰等国家购买了大量武器，厄立特里亚的米格-29战斗机和埃塞俄比亚的苏-27战斗机都是从俄罗斯购买的。埃塞俄比亚还从保加利亚购买了T-55坦克。厄立特里亚也从保加利亚和其他东欧国家获得武器和弹药。同年6月，埃厄互相发动空袭，造成了边界地区大量人员伤亡，联合国安理会随即通过第1177号决议，谴责埃厄使用武力，并呼吁双方停止空袭。随后，双方在边界地区挖了大量战壕，保持了暂时的平静。尽管非统、美国、卢旺达、意大利、埃及等国际组织和域外国家都在努力促进埃厄双方进行和平谈判，但进展甚微。美国和卢旺达提出了所谓的“四点和平计划”，要求将埃厄的部队撤回到1998年6月之前的阵地，但厄立特里亚拒绝接受美国和卢旺达的和平计划。1999年2月22日，埃塞俄比亚发动了大规模的军事进攻，以夺回巴德梅。2月23日，埃塞俄比亚发动“日落行动”（Operation Sunset），最终突破厄立特里亚防线，将厄立特里亚人赶出争议地区。厄立特里亚于2月27日接受了非统的和平计划，但是埃塞俄比亚并没有停止进攻的步伐，并要求厄立特里亚必须撤出所占领的领土作为停火的条件。5月17日，由于双方的持续敌对行动，联合国安理会通过了第1298号决议对埃厄两国实施武器禁运。5月25日，厄立特里亚根据非统的要求，开始从战时占领的领土撤出，埃厄战争结束。 [56]
2000年6月，在联合国、非统、欧盟、美国等的调解下，埃厄同意根据《阿尔及尔协定》（ Algiers Agreement ），达成全面和平协议，并同意将争端问题提交由海牙常设仲裁法院设立的两个委员会——埃塞俄比亚—厄立特里亚边界委员会（EEBC）和埃塞俄比亚—厄立特里亚赔偿委员会（EECC）进行仲裁。同年7月，联合国安理会通过第1312号决议，在厄立特里亚设立临时安全区，由60多个国家组成的联合国埃塞俄比亚和厄立特里亚特派团（简称“埃厄特派团”）负责巡逻。2000年底，双方正式签署了和平协议。2002年4月，根据埃塞俄比亚—厄立特里亚边界委员会的裁决结果，埃厄战争的争议地区巴德梅被判归厄立特里亚，该裁决结果造成两国严重不满，双方对该委员会有争议的边界划定表示不接受，和平谈判再次陷入僵局。埃厄无视边界委员会的裁决，严重损害了国际仲裁制度的信誉。 [57] 2008年7月，联合国安理会一致通过第1827号决议，终止了埃厄特派团的任务。安理会的这项决定是为了回应厄立特里亚对埃厄特派团施加的严格限制，以及厄立特里亚切断燃料供应造成埃厄特派团无法继续执行联合国授权的任务，危及联合国人员的安全。 [58]
在此之后，埃厄一直处于“没有战争，没有和平”的状态，除了小规模的边界冲突不断以外，两国还被指控向对方反政府武装派别提供军事支援。因埃塞俄比亚阻挠厄立特里亚恢复伊加特成员国身份 [59] ，按照“敌人的敌人就是朋友”的说法，厄立特里亚开始武装和训练埃塞俄比亚武装叛乱团体，如“欧加登民族解放阵线”（ONLF）和“奥罗莫解放阵线”（OLF），以便通过索马里向埃塞俄比亚进行渗透以破坏其国家安全。并且自独立以来，厄立特里亚同也门作战、跟刚果民主共和国和南苏丹的军事行动也有关系。厄立特里亚对索马里极端组织“青年党”的支持也被埃塞俄比亚视为安全威胁，它还同吉布提发生边境冲突。为此，2009年12月，联合国安理会通过第1907号决议，对厄立特里亚实施包括武器禁运在内的一系列制裁。作为报复，埃塞俄比亚暗中支援厄立特里亚民主联盟和其他较小的团体，如“红海阿法尔民主组织”（Red Sea Afar Democratic Organization），与厄立特里亚政权进行斗争。2013年9月，红海阿法尔民主组织和萨侯人民民主运动（Saho People's Democratic Movement）在埃塞俄比亚达成协议，将发动军事袭击推翻厄立特里亚政权。自2015年以来，埃塞俄比亚国内安全局势恶化，政府宣布从2016年10月到2017年8月进入紧急状态。但是厄立特里亚仍然向埃塞俄比亚和吉布提反政府武装提供帮助，造成非洲之角区域的不稳定，破坏了区域成员国之间关系的正常化。2017年11月，联合国安理会通过第2385号决议，扩大对厄立特里亚武器禁运的制裁。 [60]
不同于以往的提格雷人民解放阵线领导人，作为埃塞俄比亚奥罗莫族首位总理，阿比自上台以来，就一直致力于对内推动改革、对外同周边邻国改善关系，特别是改善埃厄关系。由于埃塞俄比亚内部权力变化，以及沙特和阿联酋的积极斡旋，厄立特里亚看到了转机， [61] 埃厄关系改善出现了新的契机。2018年6月，阿比宣布完全接受《阿尔及尔协定》的条款以及2002年埃塞俄比亚—厄立特里亚边界委员会关于争议边界的裁决结果。随即厄立特里亚代表团展开“破冰之旅”，访问了埃塞俄比亚。同年7月，厄立特里亚总统伊萨亚斯·阿费沃基（Isaias Afwerki）同埃塞俄比亚总理阿比发表宣言，双方恢复邦交关系。自2018年7月双方签署和平协议以来，埃厄两国开放了边境，重新开通了边境贸易、直航航班、电话通信和允许港口停靠，并允许双边人员往来，很多因战争而失散的亲人得以团聚。埃厄关系的改善更促成了同年9月吉厄就红海沿岸杜米埃拉山脉（Dumiera Mountains）地区边界争端达成和解。 [62] 但是，埃厄关系走向依然面临埃塞俄比亚国内民族冲突、提格雷人民解放阵线获取权力受阻、埃厄经济政策差异性较大等多方面的严峻挑战，仍有待进一步观察。 [63]