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当明清鼎革之际的中国处于海禁政策最严厉之时，日本则刚刚结束动荡的战国时代，进入德川幕府统治时期。德川幕府建立伊始，国内统治并不稳定。西南大名在战国时代就已经与葡萄牙、英国以及荷兰商人有所接触，基本上控制了当地的海外贸易，并从中获得巨额利润。地方大名实力的增长显然是不利于德川幕府的封建统治的，除此之外，在西南大名的庇护下开展传教活动的葡萄牙传教士成果斐然，不但大量底层人民信仰基督教，甚至一些大名也被发展为教徒，将自己的资金与土地贡献给教会，这严重影响了日本固有的神国观念，也削弱了幕府的权威。德川幕府出于维护其封建统治的需要，也开始逐步走上了“闭关锁国”的道路。
德川幕府延续了丰臣秀吉时代对基督教的态度，于1605年（庆长十年）开始驱逐天主教传教士及日本信徒，又与1623年（元和九年）关闭了位于平户港的英国商馆，驱逐全部葡萄牙商人及传教士。1624年（宽永元年），幕府又与西班牙断交，并禁止其商船来日通商到1633年（宽永十年），幕府正式颁布了第一道“锁国令”，规定：“一、除特许船以外，严禁其他船只驶往外国。二、除特许船以外，不得派遣日本人至外国。如有偷渡者，应处死罪，偷渡船及其船主，一并扣留。三、已去外国，并在外国構屋营居之日本人，若返抵日本，应即处以死罪。但如在不得已之情势下，被迫逗留外国，而在五年以内来归日本者，经查明属实，并系恳求留住日本者，可予宽恕。如仍欲再往外国者，即处死罪。四、如发现有耶稣教蔓延之处，汝二人
应即前往诫谕。五、告发耶稣教教士者，应予以褒赏。告发人之功绩优良者，赏银百枚。其他告发者依其忠行情节，酌量褒赏。六、外国船只到来，应即呈报江户。并应按照往例，通告大村藩主，请其派遣监视舰船。七、如有发现传播耶稣教之‘南蛮人’
或其他邪言惑众者，应即押解至大村藩之牢狱。……一六、……右列诸条，应各遵守查照办理。”
这条禁令主要是针对日本国内出海贸易的船只，禁止奉书船
以外船只渡航，进一步强化幕府对贸易的管制力度。
1634年（宽永十一年），幕府颁布第二道“锁国令”，除重申了第一道“锁国令”的内容之外，长崎长官还根据幕府的指使精神发布长崎港口告示：“一、禁止耶稣教教士进入日本。二、禁止将日本武器运往外国。三、除特许船以外，禁止日本人渡海前往外国。违背右列各条者，当即严惩。”
明确禁止外国传教士进入日本。
1635年（宽永十二年）、1636年（宽永十三年），幕府又连续颁布两道“锁国令”，进一步规定：“一、严禁派遣日本船驶往外国。二、不得派遣日本人至外国，如有偷渡者，应处死罪。船及其船主，一并扣留，并备文呈报。三、已去外国并在外国構屋营居之日本人，若返抵日本，应即处以死罪。……八、搜捕耶稣教教士时，应仔细办理。虽船舱之内，亦须详加检查。九、南蛮人之子孙不得收留，此事务须切实严禁。若有违法收留者，本人应处死罪，其亲属亦须依罪行之轻重，各处刑徒。十、南蛮人在长崎所生之子女，以及接受此等子女作为养子养女之人，一律判处死罪。此外，匿救此等子女之性命，将其交送南蛮人；因而此等子女中，或有再来日本，或与日本通讯往来者。上述匿救者本人，应处死罪，匿救者之亲属，亦须按罪行轻重，各处徒刑。十一、禁止各级武士在长崎码头直接购买外国船之货物。……”
第三次和第四次“锁国令”除重申了禁止日本人未经允许离开日本、禁止传教士踏足日本之外，又进一步增加了对南蛮人子孙的规定，强化了幕府对海外贸易的管制力度。至1639年（宽永十六年），幕府颁布第五道“锁国令”，除之前规定的条款外，又禁止葡萄牙船只入港。随后的1641年（宽永十八年），幕府又将同基督教传教无关的荷兰人迁至长崎出岛，并废止了与东南亚地区进行贸易的朱印船制度。从1605—1639年，德川幕府用了34年的时间，连续颁布多道“锁国令”，最终以长崎“一口通商”的方式，完成了全面的锁国。
日本的“锁国”是德川幕府幕藩体制的延伸。也只有在完成锁国之后，幕藩体制才能在与外界基本隔绝的前提下保持稳定，发挥维护幕府封建统治的效能。可以说，锁国体制是以加强对藩国的控制为根本目标的。尽管锁国限制了日本对外交往的范围与力度，但是德川幕府在对外关系方面并非全面而严格的自我封锁。在经济领域，幕府将长崎作为唯一对外开放口岸，以长崎为中心建立了与中国及荷兰的通商关系。在政治方面，幕府利用长崎港建立起海外情报收集制度，掌握海外，特别是邻国的政治局势。在这一背景下，长崎港的地位就显得尤为重要。
长崎港在幕府海外情报收集制度中的意义，主要是通过“唐船风说书”
的采集来实现的。日本现存于世的重要史料《华夷变态》一书中辑有大量的“唐船风说书”内容。
“唐船风说书”所记载，多为中国明末清初的情势记事、诏书、上谕、咨文、檄文、实务论策等。例如，“崇祯登天弘光即位”记载了明崇祯皇帝自缢后，福王朱由崧即位为南明皇帝等状况
；“崔芝请援兵”记载了南明朝廷派遣周崔芝乞师日本一事
；“郑芝龙请援兵”记载了南明将领郑芝龙乞师日本一事
；“吴三桂檄”记录了吴三桂讨满的檄文
；“郑锦舍檄”记录了郑经伐清的檄文等
。正如林春胜在《华夷变态》序中所写：“崇祯登天，弘光陷虏。唐鲁才保南隅，而鞑虏横行中原。是华变于夷之态也。云海渺茫，不详其始末……尔来三十年所，福漳商船，来往长崎，所传说有达江府者，其中闻于公，件件读进之，和解之。”可见幕府对当时中国政治形势变化的关切。虽然德川幕府试图通过朝鲜以及琉球来重建对中国的官方信息渠道，但由于德川幕府始终没有加入以中国为中心的华夷秩序之中而致“云海渺茫”，“不详其始末”。在这一前提之下，通过“唐船风说书”获取中国的政治情报就成了幕府有限的选择之一。
正因为此，幕府将来长崎贸易的中国商人向幕府当局提供“风说书”，作为了“唐船”入港长崎展开贸易的必要程序之一。当时的中国商船入港后，长崎奉行下属专职官员会亲身登船，通过唐通事的翻译向商人询问中国形势，并将中国商人的解说记录下来制作成“风说书”。之后，长崎奉行会将“详细记录之草稿，上交审阅，如无异议，即要求誊清，誊清稿共上交三分。上呈（幕府），有印章一份；在府奉行留底，无印章一份；次方，留底一份”
。“唐船风说书”提交幕府后，“老中呈其大意，先考于御前进读，评议数日。尾张、纪伊两大纳言，水户中纳言亦登城，上述书简，春斋读之。因阿部对马守为当月轮值，故保管上述书简，每日出纳，每次亲自封缄，绝不许外人得见”
。当时有资格了解“唐船风说书”内容的，基本仅限于将军以及同为德川氏的“御三家”家主。也就是说，“唐船风说书”是德川幕府核心决策层才可以掌握的机密文件，是绝不许外人阅览的，是幕府最高层制定内外政策的重要参考，其意义十分重大。而收集“唐船风说书”的长崎港也就成为了德川幕府对外获取情报的重要渠道之一。
长崎在德川幕府建立之前在数个世纪里都是日本西南沿海大名与南蛮商人进行贸易的最主要港口。德川幕府建立之后，特别是1641年（宽永十八年），幕府将平户荷兰商馆迁至出岛，长崎“一口通商”的经济地位得以进一步巩固。幕府下达锁国令之后，长崎对外贸易对象仅限中、荷两国，主要出口商品包括贵金属、俵物、诸色物、粮食等。
这里所指的贵重金属为金、银、铜，而其中以银、铜的输出最多。日本在17世纪进入了大规模开发金银矿山的时期。金银产量的激增，促进了长崎港金银出口量的提高。
据德川家宣时期幕臣新井白石统计，“自德川氏执政，开始海舶互市以来，百余年间（1601—1708），我国宝货（指铜钱）流入外国已及大半。金货失1/4，银货失3/4，此尤指公开所知可以推算者”
。
长崎“一口通商”时期，从事黄金贸易交易的主要是荷兰商人以及中国商人。1640年（宽永十七年）荷兰商人从长崎运出金币大判300枚、小判21000枚。翌年，又“采购黄金20吨以应付哥罗曼勒鲁及士拉德所订购之货物”
。此后，荷兰东印度公司为维持其中转贸易的发展势头，开始长期从长崎赚取黄金以支付其在印度哥罗曼勒鲁及士拉德等地所订购之货物。1664年（宽文四年），郑氏控制下的台湾船及奥船也开始从长崎交易中获取大量黄金。在不到十年的时间，中国商人输出的黄金总额为59万7102两4步
。这些黄金中的绝大部分被用于南洋地区的商品交易，中国商人在这一系列贸易中“获得比黄金价格高出20%的利益”
。从17世纪后半期开始，日本经由长崎港出口的黄金数量开始下降，而白银则超过黄金，成为出口贵金属中的第一位。
白银在长崎乃至在整个东亚区的贸易体系中有着举足轻重的地位。日本、中国、朝鲜以及东南亚很多国家的货币体系在很长时间里都以银本位为基础的。白银不但是衡量进出口商品价值的重要标准，也是进出口贸易的最主要支付手段。日本的白银曾一度大量输送到中国台湾、巴达维亚等东南亚及南亚地区，成为当地的流通货币。从事日本白银出口贸易的主力是当时郑氏台湾的商人。从1648年（庆安元年）至1667年（宽文七年）的20年间，长崎贸易中唐船货物的总输出额为30万8895贯，而其中白银的输出额为18万0340贯，占到输出商品总额的60%。
除了中国商人之外，荷兰商人为缩短转口贸易的货币支付流程，也会从日本获取白银用以支付荷兰东印度公司在巴达维亚、锡兰、波斯等地商馆所采购货物的货款。“1644年12月12日，夫雷德船田·采爱尔号于日本采购‘士回德’银25000两运至巴达维亚”
，“1645年12月15日，长崎商馆长爱鲁舍拉克于日本运送‘士回德’银81箱作为订货之补足银款转载于勒·诺尔多士达号开往哥罗曼勒鲁”
。当时经由长崎港流出的白银数额巨大，甚至成了长崎港出口商品的主力，以至于德川幕府不得不颁布“贞享贸易令”，限制唐船及荷兰船的白银贸易额，然而“幕府针对白银流失海外所采取的一系列控制措施又促进了铜贸易的发展”
。
从某种意义上来说，江户初期的铜贸易是随着白银的限制输出而逐渐发展起来，贞享至元禄年间，长崎铜的输出量大为增加。清朝初建之时，由于铸币的要求，铜的需求量极大，但当时中国国内产铜甚少。1684年（康熙二十三年）铜价腾贵，按法定比价“每钱一千值银一两”，而“今每一两仅得钱八九百文”。
时任布政使王士祯言：“近自洋铜（日本铜）不至，各布政司皆停鼓铸，钱日益贵、银日益贱，今岁屡经条奏，九卿杂议，究无良策，即每银一两抵钱一千之令，户部再三申饬，亦不能行，官民皆病。”
日本铜对清初钱价稳定的作用极为重要，中国与日本间的“生丝—铜贸易”建立起来，日本铜开始大量输入中国。
与此同时，鉴于“欧洲及亚洲各地铜贸易的景气”
，荷兰商人亦发现商机，开始从日本大量进口铜。1655年，荷兰本国铜价由每斤36盾涨至56盾，荷兰东印度公司开始加大了从日本采购铜出口至欧洲的规模。到18世纪初，日本出产的铜在阿姆斯特丹市场上仍起着重要的作用。当时欧洲采用铜本位货币体系的瑞典开始向南发展，荷兰就利用由东印度公司从日本进口的铜来操纵作为欧洲交易中心的阿姆斯特丹市场上商品价格，从中牟利。
正是因为铜的货币属性，中国与荷兰对日本铜的需求量在17—18世纪始终保持在高位。
俵物，是指用草袋包装的煎海鼠（干海参）、干鲍、鱶鳍（鱼翅）等三种海产品的统称，是专供出口的高级别的海产品。长崎贸易时期俵物贸易的发展，与德川幕府对贵重金属流失海外的控制有极密切的联系。作为幕府将军德川家宣最重要的经济顾问，新井白石对日本贵金属的流出极其担忧。他认为金、银、铜的输出不似五谷粮食的出口，五谷粮食等商品可以不断生产，而贵金属“则似骨骼，不复重生”，以大量贵金属出口换取民生并非必需之物，是“以我有用之材，易彼无用之物，非我国万世之长策”
。在他的主持下，幕府开始进一步加大了对金银铜等贵金属的出口管制，进一步“抑制兴盛一时的铜输出，转而促进如‘指甲毛发一类’有再生可能的渔业加工物（草袋包装等各种物品）的输出”
。长崎俵物贸易就是在这样的背景下逐渐发达起来。
俵物贸易主要在日清之间展开，荷兰商人虽亦出口俵物，但规模较小且次数有限。清初上海、宁波、南京等地对煎干海参的需求量很高
，当时人们将煎干海参视作人参的替代品，用于小孩身体虚弱。此外，中国江浙沿海一带对日本出产的昆布（海带）、鯣（乌贼类干制品的总称）、鶏冠草（草药的一种）、鲣节（鲣鱼）、千切干鲍（切片干鲍）、藤海鼠（藤海参）、干海老（干虾）等产品的需求量也很大。
中国商人大约是在1683年（天和三年）开始从长崎购入各类俵物的。当时一艘广南船一次购入俵物近300丸
；在此之前，1666年（宽文六年）也有暹罗船来到长崎购买鲣节及鯣。
1696年（元禄九年），长崎俵物出口总额大致在银240贯到250贯，幕府见俵物出口利润很大，开始有意识地推动俵物贸易。1711年（正德元年）幕府开始控制经由长崎出口的贵金属总量，俵物贸易额由此进入高速增长时期。仅1711这一年，俵物及诸色物的出口额就超过了2300贯，是五年前出口额的近10倍。享保年间，俵物出口额继续提高，1734年（享保十五年）幕府在长崎设立了专门从事俵物贸易的杂物替会所。
俵物贸易也成为长崎港口主要贸易输出品之一。
诸色物原本泛指种类繁多的杂货。从元禄年间开始，诸色物中的海产品交易额开始增加，昆布、鶏冠草、天草、鯣等出口大增，因而被划分为广义上的俵物。在这之后诸色物一般多指艺术作品或装饰物。其中多以莳絵品、铜制品及锌铜合金制品等装饰品、生活用品以及摆件居多。据《唐蛮货物帐》记载，1711年（正德元年）长崎输出诸色物品目最为丰富，其中莳絵类制品49件；铜制品17件，含赤铜制品6件；锌铜合金制品16件；塗制品18件，含黑塗制品5件、赤塗制品2件、朱塗制品2件；焼物9件；此五类占输出诸色物的大多数，另包括其他物品30件，共130件。长崎港口诸色物的输出，从数量上来说，远不及贵重金属、俵物及粮食，但诸色物以其多样的输出种类成为长崎贸易中又一主要输出品。
德川幕府初年，在长崎港从事粮食贸易的主要是荷兰商人。从日本购买粮食是荷兰东印度公司“中转贸易”中的关键一环。“中转贸易”需要能够构成贸易网链的多个商业据点，通过维持不同货物在各个商业据点的中转流通来获得巨额收益。17世纪的荷兰商人能够成为“海上马车夫”，与其在日本、南亚、东南亚、中东波斯等地区建立众多商业据点，并维持货物在各个商业据点之间舒畅流通不无关系。若想维持各个商业据点的正常运作，补给是必不可少的。而从荷兰本土向遍及亚洲的商业据点进行补给无异于天方夜谭，因此从亚洲本地的产粮区采购粮食，运送到各地商业据点进行补给就成了荷兰商人的唯一选择。也因此，长崎港的粮食贸易对荷兰商人的的意义就显得尤为重要。
1661年5月，荷兰印度参事会在讨论物资供应时提出，为维持其在巴达维亚及印度等地商馆的贸易运转，日本之“米及小麦，可无限采购”
。同年7月，夫罗伊特船纽波特号在运送巴达维亚订购的货物之外，又尽可能购入了白米及小麦超过300包。
12月，亚哈特船胡格兰德号及夫罗伊特船卢斯比宁号、白鹭号自长崎出发开往台湾，载有“米1000袋、小麦1600袋、硬面包30000斤、蚕豆1000袋、Cadian豆150袋、稻谷50袋、盐800袋”
。同月6日，又有亚哈特船霍夫兰德号及夫罗伊特船卢斯比宁号、白鹭号满载运往台湾的粮食，包括食米200袋、蚕豆100袋、豆150袋、稻谷50袋、大麦50袋、盐800袋、咸鱼100袋、火腿270袋、酱油20桶、活猪77头、活鸡200只、鸭子100只、山羊9头
。同日，又有荷兰商船运载粮食开往马六甲，其中“夫罗伊特船Buyenskerke号载有食米300袋；Goeree号载有小麦1220袋；Hert号载有小麦1400袋；Nieupoort号载有食米200袋、小麦1430袋”
。从1661年开始，每年均有大量荷兰商船自长崎搭载所采购之日本食品运往台湾、巴达维亚等地。