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元代是中国历史上一个承前启后的重要时期。随着京杭大运河全线贯通，中国漕运制度亦步入新的发展时期。山东段运河是元代整治航运工程量最大的河段，通过各种措施创造性地开凿会通河、济州河，奠定此后数百年京杭大运河航道的基本格局。
迁都北京以后，明朝在旧道基础上重开会通河，筑戴村坝，将分水枢纽从济宁改至南旺，疏浚沿运泉源，修设闸坝，利用沿运湖泊等方式，确保会通河水源充裕。明代中后期通过新开南阳新河、泇河的方式，避开黄河决溢淤积运道，对旧运道做了局部改线，保证了漕运畅通，使明朝成为京杭运河史上最为畅通的时期之一。
清代沿袭明代治河方略，治理黄河、运河卓有成效，涌现出以朱之锡、靳辅等为代表的一批治运治河名臣。山东段运河管理运作制度趋于完善：运河河道挑浚制度化，闸坝启闭制度化，河银来源固定化，治河人员构成趋于合理化。乾隆后期，随着政治的腐败，河工成为贪污窟穴，每况愈下，最终不可收拾。咸丰五年（1855），黄河铜瓦厢决口后，山东战乱兴起，运道淤塞，海运、铁路等新型运输方式逐渐替代往日的运河漕运，山东段运河漕运功能弱化，最终退出历史舞台。