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由于“宫调”在今天已经没有现实意义，本选集不采取按“宫调”分类编排的传统办法，而是按照曲牌末字的韵目和拼音音系排列；但在曲牌之后，用括号注明其所属宫调，以便查考。
每类作品按照曲牌末字韵部排列时，以《新诗韵》的韵目为序，即一麻、二波、三歌……十八东。末字相同时，按首字的韵目与音系排列；首字也相同时，按次字韵目与音系排列。曲牌一般为三字，断无次字又相同之理。
每首作品之前均加以一个拉丁字母和五位数字的编号。拉丁字母仅A、B、C三个，表明其所属类别：A为小令，B为带过曲，C为套数。其后五位数字，前两位表明曲牌所属韵部次序，即一麻到十八东，等等；其后三位数为该作品在本类中出现的顺序。如A01001马致远《天净沙》，意即小令一麻和本曲为小令之第一首。C01006奥敦周卿《一枝花》，意即套数一麻和本曲为套数中之第六首，作者奥敦周卿。余类推。但是表曲牌韵部的前两位数字，有时会因为同曲异名之曲牌被归并后的原因而发生错乱，例如张养浩《朝天曲》本属A11+，但因其为《朝天子》之别名被归并于王元亨A05083《朝天子》之后，而作A11084；汤舜民的《谒金门》本为A15+，也因其为《朝天曲》之别名被归并于薛昂夫A11087《朝天曲》之后，而作A15088。因此只有拉丁字母和最后三位数字，才能准确反映该曲在本作品选中的具体位置。此点务请特别留意。
某些曲牌有多种异名，例如《折桂令》又名《蟾宫曲》《蟾宫引》《步蟾宫》《广寒秋》《天香引》《秋风第一枝》等。在此种情况下，不能列为多种曲牌，而只能选定其常用者为代表，并将其他异名附后。比如上面所举例子，以《折桂令》为代表，而将《蟾宫曲》《天香引》等附于其后。这时在表示类别之拉丁字母“A”不变，而表示曲名韵部之二位数字以异名所属韵部为主，后三位则表示本作品在本部类中出现的顺序。例如赵善庆之《折桂令·湖山堂》编号为A17391，紧接其后刘秉忠之《蟾宫曲·四时游赏联珠四曲其四》之编号则为A11392。余类推。