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构建“健康中国指数”评价体系，遵循了以下理论逻辑和实践逻辑。
“理论逻辑”主要突出“全面系统性”和“内恰合理性”的特征。
“五位一体”的健康中国指数，从逻辑起点——“健康资源”到逻辑归宿——“健康水平”，全面系统地反映了健康中国指数的内在逻辑关联，涵盖了健康中国的内容和要求。
这种“内恰合理性”体现在以下三个层面。
一是“健康资源”与“健康服务”的内恰一致性。“健康资源”反映了一个地区的健康设施、政府的健康投入，“健康设施”的效能发挥则与“健康服务”密切相关。如每万人口医疗卫生机构数是各地区的硬件，它与“健康服务”中的每万人口医疗卫生机构健康检查人数”具有内在的逻辑关联。如上海的每万人口医疗卫生机构数在全国31个省区市排在第三十一位，但是上海的每万人口医疗卫生机构健康检查人数在全国31个省区市中排在第四名，这反映了上海医疗卫生机构效能。
二是“健康服务”与“健康保障”的内恰一致性。“健康服务”是一个“服务”的动态过程，如健康检查人数、服务人次数、健康教育活动数等，都是一个动态的过程，是一些“过程性”指标；而“健康保障”中的失业保险参保人数、参加工伤保险人数、基本医疗保险参保人数、城镇职工基本养老保险参保人数在人口中的百分比指标，失业率指标，均是“结果性”指标。在这个意义上说，“服务过程”的绩效要由“结果性”的指标来衡量，所以，“健康服务”与“健康保障”具有严密的内恰逻辑一致性。
三是“健康保障”与“健康环境”的内恰一致性。“健康保障”又直接反映了为人民健康提供医保、养老保险、失业保险的水平，而“健康环境”则是一个地区的人民所享受的环境保障、健康环境水平。世界卫生组织早在20世纪90年代就得出结论，影响健康的自然和社会环境对健康具有决定性意义。所以，“健康环境”在人民生存和发展的层面影响人民健康，决定健康中国的建设水平。
从“健康资源”到“健康水平”，是健康中国建设的逻辑归宿，即健康中国建设的根本目标就是不断提高全民的健康水平。全民健康水平的持续提升，如预期寿命的持续提高，孕产妇死亡率的持续下降，从健康目标追求和健康水平上反映健康中国建设的国际水平，反映健康现代化的水平。
健康中国指数的“实践逻辑”，某种意义上说是一种转化为健康中国行动的“实践逻辑”。所以，对指数评价指标的筛选要具备“一强三可”的特性，即每一评价指标，要具有解释力度强和数据可采集、可比较、可跟踪的特性。即使有的指标设想“再好”“再理想”，由于不可采集，也就不具有可比性，不具有可持续推进健康中国行动的功能。
据此，课题组从《中国统计年鉴》（2018—2020年）、《国际统计年鉴》（2018—2020年）、《中国卫生健康统计年鉴》（2018—2020年）、世界卫生组织（World Health Organization）数据库等中选取的30个评价指标，都经过课题组专家“一强三可”的反复评价、审核，最终确认每一指标均能实现对全国31个省区市以及高收入国家、中等偏上收入国家健康建设水平的评价，进而按照健康中国指数“理论逻辑”与“实践逻辑”相统一的要求，构建起从“健康资源”“健康服务”“健康保障”“健康环境”“健康水平”五大维度来评价全国31个省区市健康中国建设指数体系。
构建中国特色的“健康中国指数”评价体系的“实践逻辑”，既是针对当今全国实施健康中国战略、推进健康中国行动的现状，以及未来较长时间内引导推进“健康中国”行动的需要，也是确保实现“健康中国指数”“理论逻辑”的认知价值能转化为“实践价值”的需要。正因为如此，强调筛选评价健康中国指数的指标，架构健康中国指数的“理论”和“实践”相统一的逻辑，具有科学合理性，评价结果具有“信度”高、“可比性”强、“指导性”好的功能。