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科学建构健康中国指数评价体系，要遵循以下两大原则：首先，评价指标数据可采集、可比较、可跟踪的原则，先是分析初选指标。课题组先是初选了55个评价指标，但是，由于指标数量和评价对象的不一致，这样还不能完全确定筛选指标的结果。以“相同性”为原则，进一步精确筛选指标。“相同性原则”是：评价指标的口径相同，评价对象相同，指标出处相同。
根据上述两大原则，最后筛选出评价全国31个省区市的30个指标，进而构建了“健康中国指数”评价体系。
“健康中国指数”：从“健康资源”“健康服务”“健康保障”“健康环境”“健康水平”五大维度进行评价；着重从《中国统计年鉴（2020年）》《国际统计年鉴（2020年）》《中国卫生健康统计年鉴（2020年）》等选取评价健康中国建设的30个客观指标，构建起对中国以及全国31个省区市（不包括港澳台地区）的健康中国指数评价体系。
图1-1 2021年健康中国指数框架结构
以上30个评价中国以及31个省区市的健康中国指数评价体系，以习近平总书记关于构建“人类命运共同体”的重要讲话为价值取向，以引领健康中国建设为使命，从“健康资源”“健康服务”“健康保障”“健康环境”“健康水平”五个维度，计算评价全国31个省区市健康中国建设、健康中国大行动水平的得分，预判中国以及31个省区市健康中国建设发展趋势。