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构建公共卫生应急管理体系与推进国家治理现代化密不可分。对于公共卫生应急管理体系与国家治理现代化的紧密联系可以从以下两个层面加以理解：一方面，公共卫生应急管理体系的构建是推进国家治理现代化的一个重要抓手。公共卫生应急管理体系是国家安全治理的重要内容，亦是国家治理体系和治理能力现代化的重要组成部分；另一方面，只有将公共卫生应急管理纳入国家治理的视域，才能更好应对重大公共卫生事件，这也契合了习近平总书记所提到的：“要从顶层设计上提高公共卫生体系在国家治理体系中的地位”。因此，进一步完善公共卫生应急管理体系，必须从国家治理现代化视角出发。
全面构建和完善我国公共卫生应急管理体系，既是全球化疫情防控常态化时期的重中之重，也是学术界面临的重大理论挑战。基于此，本书的核心研究问题确定为：如何以提升国家治理能力为抓手，以人民卫生健康治理理论为主轴，以人类卫生健康发展的共性规律、价值和原则来构建我国公共卫生应急管理体系。具体来说，包括客观评价和总结不同经济、文化和政治制度的国家和地区公共卫生应急管理体系构建的经验教训，提出适合我国国情的公共卫生应急管理体系的价值、原则和理论框架，推动关于中国公共卫生应急管理理论创新和体系构建，并在此基础上通过科学合理的制度设计辅之以有效的制度实践和保障，通过制度创新为完善公共卫生应急管理体系提供技术支撑和创新方向，做好顶层设计和路径规划。
本书沿着“理论基础—制度设计—制度实践—制度保障—制度创新”的逻辑思路展开。
首先，理论基础部分包括国内外研究述评、国家治理能力和治理体系在公共卫生应急管理中的产生和发展的相关理论、突发公共卫生事件防控的相关经验和制度优越性、构建公共卫生应急管理体系的价值和原则。
其次，在以上理论研究基础上，进行以线性化控制为主导的应急管理制度设计，以应对突发性强、传播速度快、致病率高的公共卫生风险事件的挑战。为解决线性化控制中的制度失灵等问题，通过反思既有制度设计的前提与机理等内容，以合作共治为导向，引入“多点触发”机制为优化与再造制度设计提供新的思路、方法与理念，从而实现由“后果控制”“预防控制”到“合作治理”的制度设计转型升级。
再次，在制度设计的基础上，以强化临床研判—公共卫生风险评估—行政管理决策—防控协同能力支撑的突发公共卫生事件的全周期应对机制为目标，并通过基于制度分析与发展框架进行实然性的对比与检验，从权利与救济（操作选择规则）—权力部门（集体选择规则）—政治运作（宪法选择规则）3个层面对公共卫生应急管理体系内的行动者和行动舞台进行分析，提出形成一个包含多因素的全过程的动态决策模型，形成党、政、企、社、民、媒的全领域全方位协调合作、联防联控、群防群控机制，打造时间、空间、人群间和媒体舆论“四维”格局，综合提高突发公共卫生事件的智慧应对能力，进而实现国家治理体系与治理能力现代化在公共卫生领域的实践。
复次，从现实出发，根据“全过程管理”“动态应对”“平战结合”等原则贯穿现行制度保障，在遇到公共卫生风险时能够迅速获得信息，广泛调动专业知识和物质支持网络，迅速调整行为和结构以适应不断变化的环境，增加公共卫生应急管理体系的弹性和复原力。
最后，基于新一代信息技术，以增强公共卫生应急管理体系的韧性为基础，总结在平战结合全流程的应用实践经验，论析其概念和内涵，归纳公共卫生的特点与数字化前沿技术的优势和不足，提出打造公共卫生应急管理的数字化新模式，进行公共卫生应急管理体系的创新与发展研究。
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