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首先根据对民营医药企业实地调查，辅以文献资料的研究，界定了本书研究的主要问题，然后分析了民营医药企业研发面临的内外部环境，确定民营医药企业要进一步提升创新绩效需要提升和改进的企业内部管理要素。然后在综合企业创新和协同创新的理论基础上界定了民营医药企业内部协同创新机制的内涵和特征，分别从动力机制、实现机制、保障机制和运行策略四个方面分析民营医药企业内部协同创新机制，采用灰色关联分析模型和线性规划模型对民营医药企业内部协同创新的协同效应构建测度和优化模型，最后对山东TY医药有限公司的协同创新管理进行了实证分析，从而进一步验证本书提出的民营医药企业内部协同创新机制。
本书共分为十个部分：
第一部分，绪论。内容主要包括文章研究背景与意义、国内外相关研究、研究思路与内容、研究方法与路线以及论文的主要创新。
第二部分，相关支撑理论。阐述了创新理论及协同创新理论，为分析民营医药企业内部创新管理要素，建立企业内部协同创新管理机制奠定理论基础。
第三部分，我国民营医药企业创新的现状与趋势。内容主要包括我国医药企业创新的发展概况、我国医药行业的分类、我国医药企业的发展状况、我国民营医药企业发展特点、我国民营医药企业创新发展中的问题及面临的挑战、我国民营医药企业创新发展问题、我国民营医药企业创新不足问题产生的原因、我国民营医药企业创新发展面临的挑战、我国民营医药企业协同创新的现实需求及我国民营医药企业内部协同创新的必然趋势。
第四部分，民营医药企业内部协同创新的机理。主要内容包括民营医药企业内部协同创新的内涵与特征、民营医药企业内部协同创新的内涵、民营医药企业内部协同创新的特征、民营医药企业内部协同创新的影响因素、民营医药企业内部协同创新机制的形成、民营医药企业内部协同创新机制与其他创新机制的关系及民营医药企业内部协同创新的机理模型。
第五部分，民营医药企业内部协同创新的动力机制。主要内容包括民营医药企业内部协同创新动力机制的内涵与特征、民营医药企业内部协同创新动力机制的内涵、民营医药企业内部协同创新动力机制的特征、民营医药企业内部协同创新的动力因素、民营医药企业内部协同创新动力因素的相互作用及民营医药企业内部协同创新动力的综合集成。
第六部分，民营医药企业内部协同创新的实现机制。主要内容包括民营医药企业内部协同创新的实现条件、民营医药企业内部协同创新体的形成过程、民营医药企业内部协同创新体的协作方式、民营医药企业内部协同创新的实现形式、民营医药企业内部协同创新效应的测度及民营医药企业内部协同创新系统的优化。
第七部分，民营医药企业内部协同创新的保障机制。主要内容包括民营医药企业内部协同创新的环境保障、民营医药企业内部协同创新的组织保障、民营医药企业内部协同创新的投入保障、民营医药企业内部协同创新的人才保障及民营医药企业内部协同创新的资源保障。
第八部分，民营医药企业内部协同创新的运行策略。主要内容包括营造内部协同创新的企业文化、强化内部协同创新的绩效评估、优化内部协同创新的激励机制、均衡内部协同创新的利益分配及完善内部协同创新的支撑体系。
第九部分，实证研究。内容主要包括山东TY医药公司的发展历程及其现状、山东TY医药公司的内部创新管理概况、山东TY医药公司内部协同创新的动力机制、山东TY医药公司内部协同创新的实现机制、山东TY医药公司内部协同创新的运行策略及山东TY医药公司内部协同创新的保障机制。
第十部分，结论与展望。总结归纳了本书的研究结论，提出了本书的研究不足之处，并对今后的研究方向进行了展望。