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运用《商标法》来保护土家族传统知识，与《专利法》《著作权法》对比，在其适用空间方面更为广泛，所遇到的局限性也是较小的。《商标法》所保护的对象是已注册的商标。《商标法》第八条规定：“任何能够将自然人、法人或者其他组织的商品与他人的商品区别开来的可视性标志，包括文字、图形、字母、数字、三维标志和颜色组合，以及上述要素的组合，均可以作为商标申请注册。”下面我们将对商标权保护运用于土家族传统知识的适用性，作进一步的论述：
第一，商标要素符合文化多样理论，其具有多样性，其中土家族传统知识的代表性要素就属于这个范畴。《商标法》第八条规定：“传统标记或技术性传统知识和民间文艺相关的具有代表性或标志性的名称（含简称）、代表作、发源地、词汇、图案、符号、保有社区或群体名称（含简称）、文化称谓等等可视性的传统知识代表性要素，与商标的构成要素契合，符合商标使用和注册的要素条件，那么它也就具备了注册商标的基本条件。”由于土家族传统知识是土家族这个独特的地理环境、自然生存生态条件、人文习俗、传统文化习惯、宗教信仰的影响自然而然形成的，与商标注册的显著性要求是相符合的。那么土家族传统知识代表性要素是可以充分发挥商标应有的功能，为市场经济创造商业价值。
第二，土家族的传统知识历史源远流长，不断连续、缓慢创作而不断创新、连续发展着，期限是无限的。商标专有权的相对永久性是很适合保护土家族传统知识。著作权和专利权保护期限届满之后，所有保护的知识就进入“公共领域”区。而《商标法》规定注册商标有效期届满之后如需要继续使用该商标，可以依法继续为此续展，而且是不限制续展次数的，这就有利于土家族传统知识的可持续保护与发展。
第三，《商标法》保护规定，权利人可以注册集体商标、证明商标、一般的商品商标或服务商标等，土家族传统知识是土家族人民和生活在该区域人民在生产生存实践过程中共同创造的集体智慧结晶，而不是创造智力成果的个体，那么，商标权就归土家族人民集体所有。由于土家族传统知识权利利益归属上的集体性以及它的地域性特征，将其纳入《商标法》保护就可以运用集体商标。这样可以防止土家族以外的人员不正当使用集体商标获得不法利益，也可以使土家族人的精神权利不受到损害。
虽然运用《商标法》可以有效地保护土家族传统知识，现行《商标法》在土家族传统知识保护领域发挥的作用还是有一定局限性的，也不适用于所有类型的土家族传统知识的保护。
首先，根据我国《商标法》第十条的规定：“传统知识要素中的‘带有民族歧视性的’和‘有害于社会主义道德风尚或其他不良影响的’是不得作为商标使用的标志。”虽然有这一法律规定，但条文过粗。在进行商标注册审查过程中，谁先取得在先合法权和对其理解与掌握，谁就拥有商标权。《商标法》第九条要求的“显著性”特征很难确定与推导； [7] 而《商标法》第十一条规定：“不具有显著性特征的标志是不能注册商标的。” [8] 传统知识代表性要素具有多样的广泛性，就不能确定土家族传统知识代表性要素是否具有显著性这一特征。
其次，商标注册审查过程中，限定民族称谓是不能作为商标注册的，土家族是一个拥有着独特群族的传统特色文化、技艺的民族，这些代表土家族特色的称谓和内容无法得到应有的保护。
再次，《商标法》保护的对象也只是关于土家族传统知识表面的一些标志或标记等这些外在要素，那么，通过《商标法》保护仅仅体现的是土家族传统知识外在要素的商业价值，而不能完全包括其内在的文化内涵价值。
最后，有些土家族传统知识不能满足注册商标的要求，诸如土家族的民歌、民间舞蹈、游戏等都不适合《商标法》的保护，注册商标必须具有特定的商品或服务，即使注册了商标，经过一个时期之后，没有运行于经济活动领域，产生不了商业价值，最终会被撤销。同时，土家族传统知识由于其历史特性和种族独特性，其商标权是绝对不允许转让的，那么，这本身也不适合商标权的转让制度。