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秦惠文王九年（周慎靓王五年，前316），秦派司马错灭蜀，进而灭巴，其先以蜀治蜀，置蜀侯国，后又废侯置蜀郡、巴郡，下分若干道、县，巴蜀正式进入被中原政权郡县统治的时代，自此巴蜀便成为中央王朝统一全国、抵御外辱、安定全民和振兴中华的重要郡县。
郡县的政区由中央划分，长官由中央任命，制度上由中央决定，即所谓“车同轨、书同文、行同伦、政同制”，思想文化更要遵守中央法令。秦始皇正是统一调度和利用了巴蜀的丰富物产和骁勇士卒，才顺利灭掉六国，完成天下统一。特别是秦朝大力推行的“车同轨、书同文、行同伦”政策，大大加速了巴蜀融入华夏文化的进程。秦治期间，秦国常常将犯人流放到巴蜀，一定程度上改变了巴蜀的文化结构，使巴蜀原有的民风民俗、社会时尚也随之改变。项羽“亚父”——范增曾说：“巴、蜀道险，秦之迁人皆居蜀。” [17] “迁人”即被流放之人。秦人自商鞅变法以来形成的奖励耕战、推崇功利的传统，也随“迁人”带入巴蜀，巴蜀民风遂出现了重商、豪奢等“染秦化”趋向。常璩《华阳国志》说：“秦惠文、始皇克定六国，辄徙其豪侠于蜀，资我丰土。家有盐铜之利，户专山川之材，居给人足，以富相尚。故工商致结驷连骑，豪族服王侯美衣，娶嫁设太牢之厨膳，归女有百两之（徒）（从）车，送葬必高坟瓦椁，祭奠而羊豕牺牲，赠襚兼加，赗赙过礼，此其所失。原其由来，染秦化故也。” [18]
在这些“迁人”中，不乏有知识、有文化者，如商鞅的老师尸佼，帮助吕不韦编《吕氏春秋》的“宾客辩士为游说者众”，以及依附嫪毐的“舍人”千余家，当时“皆没其家而迁之蜀” [19] 。这些人将秦国的文化、法令和功利主义一起带到蜀中。直到西汉初年，虽然已经时隔数十年，这一风气还依然如故。景帝时，入蜀为守的文翁尚见蜀人“读书法令，未能笃信道德，反以好文刺讥，贵慕权势” [20] 。也就是说，蜀人虽然懂得了法令，但是却不相信道德，没有操守，正是孔子所担心“道之以政，齐之以刑，民免而无耻” [21] 的不良效果。当时蜀中虽有文士却无君子，会写文章却不讲仁义，他们互相攻驳，擅兴笔墨官司 [22] ，与贾谊所说“汉承秦之败俗，废礼义，捐廉耻，今其甚者杀父兄，盗者取庙器” [23] 的情形十分相似，而与孔子所提倡的“首孝悌，次谨信，泛爱众，而亲仁，有余力，则学文”的教育理念大相径庭。 [24]
继而秦末农民大起义，楚汉争胜，最后汉定天下，巴蜀都是争夺天下的重要物质基地和战略要地。但巴蜀在秦国统治时的“染秦化”在文化风俗上的结果，仍然没有马上改变过来。直到汉景帝末年，庐江舒人文翁来守斯郡，仍然见成都市面“有蛮夷风”，针对这一情况，他才在蜀中设立学校，派张叔（宽）等18人前往长安从博士学习“七经” [25] 。蜀士学成归来，居学教授，使成都及其附近各县较早地接受了儒家教化。于是巴蜀才士，欣欣向学，史有“蜀地学于京师者比齐鲁焉” [26] ，“巴汉亦化之” [27] 等说。从此蜀地“学徒鳞比”，民智大开，人才济济，文章大雅，不亚中原，涌现出一大批全国一流的学者和文学家，形成了影响深远的蜀学。文翁首开地方学府，不仅促进了蜀地迅速儒化、“华化”，还推动了儒学在全国范围的传播。汉武帝登基后，曾将文翁的办学经验向全国推广，“令天下郡国皆立学校官” [28] ，加速了儒学向地方基层传播的速度。
汉代蜀学产生了一批重要成果，其一便是在“汉赋四家”（或“汉赋五家”）中，蜀人占据了二席（或三席，司马相如、扬雄，或有王褒）。他们既是当时全国著名的辞赋家，也是术业有专攻的学者，对当时世风改变、文明提升具有重大影响。《汉书·地理志》说：“司马相如游宦京师、诸侯，以文辞显于世。乡党慕循其迹，后有王褒、严遵、扬雄之徒，文章冠天下。由文翁倡其教，相如为之师。” [29] 其二，汉代蜀中易学（如胡安传《易》相如，赵宾授《易》孟喜，严遵善《易经》《老子》，扬雄仿《易》著《太玄》） [30] 、“天学”（如落下闳参与制订《太初历》，提倡“浑天说”）、“训诂学”（如司马相如著《凡将》、犍为文学注《尔雅》、林闾翁孺传“輶轩语”、扬雄著《训纂》《方言》），都是全国一流甚至天下首创的成果，初步奠定了“蜀儒文章冠天下”“易学在蜀”“天数在蜀”“小学在蜀”的基础。宋人田况说：“蜀自西汉，教化流而文雅盛。相如追肩屈、宋，扬雄参驾孟、荀，其辞其道，皆为天下之所宗式，故学者相继，谓与齐鲁同俗。” [31] 信然！其三，王褒、严遵、扬雄等人提出的“道德仁义礼”的核心价值观念，在中原“仁义礼智信”的观念外别树一帜，奠定了巴蜀学人的理论框架和核心观念 [32] ；尤其是这种思维所反映出来的儒道兼容（尊道贵德）的包容精神，奠定了后世蜀学诸学并治、集杂成醇的治学特点，对形成博大精深的蜀学风格具有决定性作用。
常璩《华阳国志》指出，由于文翁开办学宫，巴蜀人士文化程度大为提高。特别是通过推行儒家教化（“宣德立教”），使巴蜀所染的秦之陋俗得到根本扭转，“自时厥后，五教雍和，秀茂挺逸，英伟既多，而风谣旁作，故朝廷有忠贞尽节之臣，乡党有主文歌咏之音” [33] 。于是“风雅英伟之士，命世挺生”，这些巴蜀俊彦，成了汉家征召贤才的主要对象。当时朝廷向巴蜀征召人才的“玺书”，时时“交驰于斜谷之南”；礼敬巴蜀贤德的“玉帛”，也“戋戋乎梁益之乡”。以前这些身处僻远、不事表曝的“西秀彦盛”，此时或步入政坛，参预机谋；或隐居乡间，砥砺德行。连作皇帝近习弄臣的蜀人，如杨壮、何显、杨德意等人，也具有忠诚悫确之心、荐贤举德之行，个个是“华岷之灵标、江汉之精华！” [34] 汉宣帝时，益州刺史王襄目睹蜀地济济多士，令王褒作《中和颂》，派何武等贵胄子弟以《鹿鸣》之声歌咏于朝堂之上，宣帝听了十分高兴，便将何武等歌者一起“拜为郎”（近卫侍臣），被史书誉为汉家得人之盛事。西汉是古代蜀学史上的第一个高峰。
这一形势一直延续到东汉。文翁石室仍然是成都的最高学府，依然坚持儒家经典教育，制度健全，规模不小，即使遇到兵荒马乱也没有废弃。宋代发现东汉《学师宋恩等题名碑》，其中“其称师者二十人、史二人，孝义掾、业掾各一人。《易》掾二人、《易》师三人，《尚书》掾、《尚书》师各三人，《诗》掾四人，《春秋》掾、议掾、文学、《孝》掾、文学掾各一人，文学师四人。从掾位及集曹、法曹、贼曹、辞曹史，又三十二人。其漫灭不可辨者十三人” [35] 。掾是经师属官，为行政管理人员；师是经师，专司经典讲授；曹是分科办事机构，为后勤保障人员。总计当时题名的各类教职人员66人，足见其规模之大，制度设施之全。《隶释》于著录该碑后，又说：“成都又有左右生题名一巨碑，盖左学、右学诸生也。” [36] 说明东汉成都的教育机构，还有左学、右学之分。
中原当“东汉之季，四海板荡，兵火相仍，灾及校舍，弦诵寂绝，儒俗不振”
[37]
，但是成都却在大兴礼乐教化。汉献帝兴平中（194—195）镇守成都的陈留人高
于文翁石室旁“作为庙堂，模制闳伟”
[38]
，“图画圣贤古人像，及礼器瑞物”
[39]
，月祭岁祀，初步形成庙学一体规制。其所绘圣贤古人像，包括周公以下历代圣贤（故称“周公礼殿”），还有孔子及其门人、巴蜀历代乡贤，至此，文翁石室不仅是传道授业、解惑明智的教育场所，还是蜀人缅怀先贤、追慕典型的精神家园。这种礼殿崇祀制度，后来成为全国各地模仿学习的典范，形成中国学校“庙学合一”的特殊形态。
[40]
职是之故，巴蜀在整个东汉时期都“文化弥纯，道德弥臻”
[41]
，巴蜀才士更是济济昌昌，比肩联袂而出。
在《后汉书·儒林传》所列的42位名儒者之中，巴蜀籍贯的就有6人，如绵竹任安、繁县任末、梓潼景鸾、武阳杜抚、阆中杨仁、资中董均，都是当时著名的儒者。另外蜀人之位至公卿者不乏其人，据《华阳国志》所载，赵戒累迁至“三公九卿”的尊位（“三迁台衡”），他的孙子赵谦、赵温也相继做过辅相（“相继元辅”），成就了四世三公的佳话；司空张皓，使皇帝的权威得到树立（“宣融皇极”）；太常赵典，号称“天下材英”；广陵太守张纲，是能使“天下整理”的干才；武陵太守杜伯持，“能决天下所疑”；王涣美名“震名华夏”；常洽事迹“流芳京尹”。此外，还有张俊、秦宓，英才雄辩、博物通达；董扶、杨厚，深明天道，究知历象。一代名师任安，善于教育生徒，与当年孔子教授于洙泗之间同一风采。
在家庭伦常、道德模范方面，巴蜀也是层出不穷，代有其人。如孝悌之人，有姜诗、禽坚、隗通、吴顺等；忠贞之人，有王皓、朱遵、王累、张任等；淑媛贤女，有元常、靡常、程玦，及吴几、先络、郫县二姚（妣、饶）、殷氏两女、赵公夫人等。这些贤士名媛，就像鳞类朝龙、羽类附凤一样，“比肩而进，世载其美”。文人雅士，撰文吟诗，“无不仰其高风，范其仪则”，巴蜀的“忠臣孝子、烈士贞女，不胜咏述”，巴士蜀女“擅名八区，为世师表矣！”常璩感慨地说，纵然是鲁国歌咏洙泗之儒生，齐国礼敬“稷下”之学士，也不过如此啊。 [42]
确实，在两汉时期，巴蜀大地真是一个经济繁荣、人才辈出的地方。汉朝在成都设立“锦官城”“车官城”，专门负责中央“衣”“行”的织造。在人才方面，汉朝曾经征召“八士”，蜀中就推荐了四位；汉朝曾经选举“四义”，蜀中也占据了两名，都居当时天下人才之半！
在经济、荐举之外，巴蜀在两汉时期的宗教事业也非常发达，如张道陵入蜀修道，就在巴蜀正式创立了五斗米道，宣告中国道教的正式诞生。这么多的儒雅名流、高人逸士，必然创作出丰富多彩的精神产品和学术文化，使蜀学的形象得到继续维持并更加发扬光大。