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巴蜀地区指以今四川、重庆辖区为主体，北及天水、汉中区域，南至滇东、黔西，东至鄂西、湘西，西接康藏、安多等广大区域，几乎包括长江上游流域各个地区。巴蜀文化源远流长，史称“巴蜀同囿”“肇于人皇” [2] ，说明巴蜀地区早在物类繁滋、人文肇始的上古时代，就已经有人类生存并生产于这一广袤的区域。这一传说，目前已为距今203万年的巫山人和距今约5万年的资阳人等文化遗迹所证实，李白“蚕丛及鱼凫，开国何茫然，尔来四万八千岁，不与秦塞通人烟”（《蜀道难》）的咏叹，并非无谓的夸诞。随着中原文明的不断发展和扩散，特别是各地经济文化交流的频繁，巴蜀的学术文化也与中原文明互动，在各个历史时期都有特别表现，呈现耀眼夺目的奇异光芒。毫无疑问，巴蜀的学术文化，一直是中华文化宝库中富有特色、最为厚重的一部分。据学人考察，在夏、殷、西周、春秋战国时期，在今四川盆地及其周边地区，曾经建立过近百个酋邦或部族 [3] ，其中又以在今成都平原为中心形成的“蜀”、在今盆地东部的重庆为中心形成的“巴”两大酋邦，最为雄长，故古来四川盆地就被称为“巴蜀”。
据人类学家研究发现，人类社会经历了氏族、部落、酋邦、国家等发展形态，“酋邦具有一种贵族统治性质的集权趋势和世袭的等级地位排序，但没有武力压迫的正式法定机构。它似乎普遍是神权型的结构，而且对权威的服从形式与宗教信众服从祭司——酋长如出一辙” [4] 。贵族、集权、神权、世袭是酋邦的主要内核，这与史书称蜀人“椎髻左言，不晓文字，未有礼乐”，蜀王“各数百岁皆神化不死”（《蜀王本纪》，未必全是，然无大非），“今夫蜀，西辟之国而戎狄之长” [5] ，以及三星堆、金沙出土的大量礼神器物、青铜神坛和祭司铜像等，十分吻合。酋邦的相对独立性、紧聚性和神秘性，极易产生自己的独特的文化和信仰。蜀人以成都平原为中心，北面辐射汉中、甘南、陇南，南面势力及于南中（今云南）、黔中（今贵州）等地区，与西南各族（西南夷）人民同生共处，形成了一个庞大的多民族的文化共同体，以及自己独特的文化模式和文献传承。
关于巴蜀学术，谢无量的《蜀学会叙》 [6] （又名“蜀学原始论”“蜀学发微”）中有“蜀有学，先于中国”之说。此处“中国”即中原，是说巴蜀学术先于中原而产生。接着谢先生主要从儒学的理论、道学的仙源、文学的发轫等方面，进行了论证。虽然这个命题还需要进一步探讨，但是历史已经显示，巴蜀文明至少与中原同步进行，并行发展，直到战国时期，秦国于公元前316年兼并了蜀国，进而灭巴，设立蜀郡、巴郡，才结束了酋邦的历史进程。无论是历史记载，还是考古发现，巴蜀地区在先秦时期就已经产生较高的学术和文化，诸如距今5000—3000年的成都古城遗址群（宝墩文化）、三星堆祭祀坑及青铜器、金沙玉器和金器，都显示出极高的科技水平、生产力水平、建筑水平、艺术造诣和精神诉求，表明巴蜀地区很早就进入了高度发达的文明状态；在巴蜀及其附近地区出土的春秋战国兵器、陶器、印章所带的刻符（“巴蜀图语”），表明巴蜀地区早在至少2500年前就已拥有自己的文字，可惜这些文字至今无法释读。
酋邦时期的巴蜀，在长期相对独立的发展进程中，形成了与中原不一样的古史传承体系和神话传说系统，呈现独特有趣的精神信仰。如文献记载的“三皇五帝”，中原文献多以伏羲、女娲、神农为“三皇”，以黄帝、颛顼、帝喾、尧、舜为“五帝”；而巴蜀地区则以天皇、地皇、人皇为“三皇”（即“三才皇”），以青帝、赤帝、黑帝、白帝、黄帝为“五帝”（即“五色帝”），表现出“三才合一”的形上思考和“五行相生”的哲学思维 [7] ；三星堆出土“青铜神坛”所象征的地界、人界、天界“三才一体”的结构；“通天神树”（建木，十鸟同株）所表现的“十月古历”遗法；金沙出土“太阳神鸟”所代表的四季十二月的“阴阳合历”，无不表现巴蜀地区特有的文明形态、高超的冶炼技术、精美的艺术造诣和形上的精神诉求。
“生于石纽”（《孟子》佚文）、“兴于西羌” [8] 的大禹，一方面奠基和推动了中国第一个“家天下”国家——夏王朝的诞生；另一方面也创造了许多文化成果，成为中华三代文明的重要基石。传说他曾得《洪范》“九畴”用于平定水土、画畴九州：“初一曰五行，次二曰敬用五事，次三曰农用八政，次四曰协用五纪，次五曰建用皇极，次六曰乂用三德，次七曰明用稽疑，次八曰念用庶征，次九曰向用五福、威用六极。” [9] 其中具有丰富的执政思念和治理章法，也创造性地总结和完善了“五行”观念，这也许是上古巴蜀最早，也最系统的哲学理念和学术文献。相传禹还继承“伏羲氏《河图》”，演绎为《连山》之易 [10] ，《连山》是“三易”之首，其中“阴阳”观念奠定了《归藏》《周易》共同的哲学基础。《连山》之“阴阳”，《洪范》之“五行”，形成了中国哲学的基本概念和共同范畴，为儒家、道家及阴阳家、医家等所共同遵守。禹所娶涂山氏（在古江州，今重庆南岸）之婢女曾作“候人兮猗”的“南音”，周公、召公取法此音“以为《周南》《召南》” [11] ，屈原则据之演为“楚辞”文学。 [12]
西周“江阳（今泸州）人”尹吉甫善作诗颂，相传今《诗经》中“《大雅·崧高》《韩奕》《江汉》《烝民》四篇，尹吉甫作也” [13] 。这些传世文献记载的真实性，虽然尚待研究和证实，但于此依稀可见巴蜀与中原在文化上互相影响和交流互鉴。如周、秦时期入蜀的“迁客”苌弘、尸佼等，他们终老于蜀，著作也留传蜀中，他们所擅长的“天数”“权谋”和“杂霸”之学，也深深地影响和重塑着巴蜀的历史。 [14]
西汉以来流传有《山海经》系“禹使益疏记” [15] 的说法，前辈学人（蒙文通等）根据书中涉及的地理方位和空间概念（以巴、蜀为“天下之中”，又特别详于岷江中上游）、历史人物的关系和世次（以帝俊、颛顼为主，与中原传说以黄帝为中心者异）、器物发明（舟车琴瑟等发明者，俱与《世本》所载异）、分“黄帝”“轩辕”为二（中原文献则以二者为一人）、计数方式（以十万为亿，与中原以万万为亿不同）、方位顺序（以南西北东为序，与中原以东南西北异），都与中原文献，如《世本》、《竹书纪年》、《大戴礼记·帝系姓》、《韩非子》、“六经”等所记不同，而与《楚辞》《庄子》相似，说明《山海经》不是中原文化的产物，而是南方文明的代表——“《山海经》就可能是巴蜀地域所流传的代表巴蜀文化的古籍”。并具体分析说，《海内经》4篇可能是古蜀国的作品，《大荒经》以下5篇可能是巴国的作品，《五藏山经》和《海外经》4篇可能是接受了巴蜀文化以后的楚国的作品。 [16]
直到公元前316年秦灭巴蜀前，巴蜀作为“西辟之国而戎狄之长”，在文化上几乎都是独立发展的，有着自己的文化传统和学术造诣；但在与中原文化的接触和交流中，也呈现出向中原输入文明，同时向其靠拢融合的趋势，上面所举的早期汉文文献（及出土甲骨文）记载的巴蜀活动就是证明。不过在先秦时期，巴蜀文献尚处于孕育萌芽阶段，巴蜀文献的大量产生是秦汉以后的事情，这与巴蜀地区大量地接受中原文化、形成新的学术特征（史称“蜀学”）有莫大关系。