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信仰是一种文明和文化的精神家园，古代巴蜀人也有系统的信仰体系。中华民族的古老信仰往往与古史传说结合，如“三皇五帝”就是中华民族圣贤崇拜和祖先崇拜的集中体现，不过关于“三皇五帝”的具体人选巴蜀与中原所指并不一致。儒家经典《周礼》最早提到“三皇五帝”一词，当时却无具体指向，至汉以后乃生各种解释。关于“三皇”，中原是伏羲、燧人、神农（《尚书大传》），另外还有其他说法，如：伏羲、女娲、神农（《春秋运斗枢》），或伏羲、神农、祝融（《白虎通义·号》），或伏羲、神农、黄帝（《帝王世纪》），但皆出现于西汉及其以后。巴蜀的“三皇”，却是天皇、地皇、人皇。人皇见于战国史书《世本》和扬雄的《蜀王本纪》；天皇、地皇见于西汉的纬书。可见，巴蜀的“三皇”与中原的“三皇”是有区别的。《华阳国志》既明言“蜀之为国，肇于人皇”，是人皇原在蜀地矣。《路史》卷2“天皇氏”又说：“天地成位，君臣道生。粤有天皇，是曰天灵。”还说：“被迹无外，无热之陵。”罗苹注引《遁甲开山图》：“天皇出于柱州，即无外山也。”郑康成注：“无外之山，在昆仑东南万二千里。”说明天皇出于昆仑山东南（“万二千里”盖极言其远，非实指），正当巴蜀之地。又“地皇氏”：“天皇氏逸，地皇氏作，出于雄耳、龙门之岳。”（注：见《遁甲开山图》）。雄耳，《古微书·春秋命历序》又作“熊耳”，在蜀地。《华阳国志》谓蜀王杜宇“自以功德高诸王，乃以褒斜为前门，熊耳、灵关为后户，玉垒、峨眉为城郭，江、潜、绵、洛为池泽，以汶山为畜牧，南中为园苑”。刘琳《校注》考证，熊耳即今四川青神县南岷江上之青神峡，在蜀国南境。三国蜀人秦宓有曰：“三皇乘祗车出谷口，今之斜谷是也。”裴松之注：“《蜀记》曰：‘三皇乘祗车，出谷口。’”褒斜谷既然是“三皇”乘车出入之口，则此“龙门”当即今汉中境内褒斜谷口。“雄耳、龙门之岳”，即北起汉中，南至雅安境内的广大地域，俱为古蜀人领地，也为“地皇氏”的出生之地。可见上古巴蜀自是“三皇”（天皇、地皇、人皇）神话的产生与流行之区。
“五帝”亦如此。中原的“五帝”是：宓戏（虙羲）、神农、黄帝、尧、舜（见《战国策·赵策》）；或神农、黄帝、颛顼、帝喾、尧（舜）（见《吕氏春秋·尊师》）。另外有其他说法，如：黄帝、颛顼、帝喾、尧、舜（《大戴礼记·五帝德》），或少昊、颛顼、帝喾、尧、舜（见伪孔安国《尚书序》）。巴蜀的“五帝”，除了《蜀王本纪》讲“五主”（蚕丛、柏濩、鱼凫、蒲泽、开明）的传承外，还有“五色帝”信仰，《华阳国志·蜀志》称开明王朝“未有谥列，但以五色为主，故其庙称青、赤、黑、黄、白帝也” [12] 。可见，“青帝、赤帝、黑帝、黄帝、白帝”等系统原是蜀人的“五帝”信仰。
中原的“三皇”以生产方式命名，且以单个人名出现，是“三人皇”；巴蜀的“三皇”则以“三才”命名，即天、地、人一统，是“三才皇”。此后道教将中原的“三皇”与巴蜀的“三皇”相结合，视中原“三皇”为“后三皇”，巴蜀“三皇”为“中三皇”，前面再加上“前三皇”，包括盘古、混沌等，就构成了“九皇”，成为名副其实的宗教信仰。此信仰不仅道教有，也流行于俗间，唐玄宗为倡导天下一统、三教合一，还在中央设立祭祀中原“三皇”和巴蜀“三皇”的寺庙，如此一来，诸种文化信仰便融为一体了。
“五色帝”代表的是一种五行观念。巴蜀尚“五”，有许多“五”的组合。相传大禹所传、箕子所述的《洪范》，讲到政教设施时也多是“五”的组合。三星堆出土的青铜神坛做五层，最上层配四方的神灵各为五位，后世文献甚至将四方改为五方，四季改为五季等。由汉中王称帝的刘邦，也采用了巴蜀“五色帝”的概念，针对秦人黑帝、白帝、赤帝的残缺祭祀体系，声称“待我而五” [13] ，于是建五庙来祭祀“五色帝”。这些都和巴蜀特殊的古史传承、信仰体系，特别是三才观念、五行观念有密切关系。 [14]