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晚清的“鸦片战争”“太平天国”等战乱，使长江中下游和东南地区遭受重创，四川远离战争中心，波及较小。于是人流进川，衣冠入蜀，财富和文化再度聚焦于巴蜀大地，四川于是成为近代中国经济发达、文化繁盛的区域。如果说，东南学界以鸦片战争为界，战前普遍存在“古今”之辩，战后又存在“中西”之争的话，而在相对平和包容的巴蜀地区，则既无“古今”较量，也无“中西”对垒，而是在彼此接触、磨合中，达到互鉴和互容，从而生出“古今兼容，中西合体”的“开新”模式。
特别是洋务派名臣张之洞入蜀，经他在教育和科举等方面一系列的举措，蜀学不振的局面迅速得到扭转。尊经书院建立后，张之洞为之倡、王闿运为之师，促成了蜀学的近代复兴和转型，蜀中学术绍汉继宋，呈现出“返本开新”的蓬勃局势。其重要特征是摒弃八股时文，回归经典，回归孔孟，甚至回归古史，注重儒家元典、古史文化的讲习和时政时务的讲求。在动荡多变的时局中，“博古通今”“通经致用”“中体西用”“返本开新”成为蜀学的突出表现。晚清蜀学曾以出思想、出人才著称全国，即以尊经书院一校论，就培养和聚集了许多时代精英：为维新变法英勇献身的“戊戌六君子”之中的杨锐、刘光第；出任英法领事馆参赞、力主新学的四川维新派核心人物宋育仁；博综古今、学凡“六变”的经学大师廖平；才思敏捷、擅长书法诗文的蜀学大师吴之英；海内以书法闻名的顾印愚；清代四川仅有的状元骆成骧；领导群众发动保路运动进而走向革命的蒲殿俊、罗纶、尹昌衡；有“川北孔子”之称的一代大儒张澜；为建立中华民国舍身杀敌的同盟会会员彭家珍；“一辈子做好事”的老革命家吴玉章；宣传新文化，号称“思想界清道夫”的吴虞。此外，还有邹容、岳森、刘子雄、胡从简、刘洙源、杜翰藩、方鹤斋、黄芝、林思进、傅增湘、刘咸荥、徐炯、夏之扬、张森楷、颜楷、邵从恩等一大批四川知识界和文化界的名流人物。 [79] 清代巴蜀所拥有的3000余种文献，主要就是晚清民初产生的。其中尤以廖平的《今古学考》（俞樾称为“不刊之书”）、“十八经注疏”构想，以及他所提出的“托古改制”理论，最具特色和影响。
清末民初，在成都还建有存古学堂（又称国学院、国学学校，后并入四川大学），也是出人才、出思想的重要阵地，曾经聚集谢无量、刘师培、廖平、吴之英、骆成骧等名师，培育出郭沫若、蒙文通、向宗鲁、周太玄、王光祈、刘子华、李劼人、李源澄等学术大家。此外，还有其他乡塾、书院培养的赵熙、龚道耕、庞俊、向楚、刘咸炘等人，经史辞章，日新又新。四川近代史上，真是英才荟萃，群星灿烂！学人将晚清蜀学与湘学同称为中国近代学术的两大重心 [80] ，诚非虚誉。