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中国特色社会主义制度和国家治理体系包含经济、政治、思想文化、社会治理和生态文明五个子系统（见图4-5），表现出坚持党的集中统一领导、人民当家作主、集中力量办大事、社会主义制度和市场经济有机结合、走共同富裕道路、共同的理想信念、价值理念、道德观念、善于自我完善、自我发展等13个方面的显著优势。新时代，国家治理体系的运行就是充分将制度优势转换为治理效能的过程。从系统运行的角度，推动国家治理体系和治理能力现代化，要关注三方面的重要机制。
图4-5 中国特色社会主义制度体系
党的十八大以来，中共中央提出了全面深化改革的总目标、共富社会建设的重大命题。全面深化改革是新时代我国政治建设、社会建设的系统工程，是百年来马克思主义中国化的系统性发展。“相比过去，新时代改革开放具有许多新的内涵和特点，其中很重要的一点就是制度建设分量更重，改革更多面对的是深层次体制机制问题，对改革顶层设计的要求更高，对改革的系统性、整体性、协同性要求更强，相应地建章立制、构建体系的任务更重。” [25]
以系统观念看待国家治理体系的运行，首先就是要为系统配备不同结构、不同功能的子系统，从横向和纵向上建立组织以及组织间的沟通协调机制，通过控制中枢在宏观上进行社会资源的权威配置。其次，要关注子系统之间的相互关系及作用。于改革系统目标而言，各区位内部运行相似且独立，但是随着改革不断深入，各个层面、各个领域、各个环节的改革举措彼此关联，改革总目标的实现不仅要考虑系统分布式的目标，考查子系统调整后的产出，更要考虑改革举措之间关联性的互动对于系统能量的影响。这其中，涉及顶层设计的制度方案与配套性改革的协同性问题。系统不协同、不匹配就会增加摩擦成本，消耗系统的能量。
顶层设计与配套性改革的匹配度，涉及时间重叠和部门分割两个方面。顶层设计出台的政策法规涉及全局、涉及组织系统的各部分。全面深化改革以来，中央层面上各部门政策出台和调整的密度增加，改革举措不可避免地在时间上重叠。这就应特别关注改革的配套性政策体系，避免一些改革还没有形成配套性政策体系，又叠加新的改革任务，增加矛盾的复杂性。与此同时，体系化制度建构从国家层面推进的，属于一般性要求。由于政策落实中的部门分割，职能部门只能在自身的权责范围内进行有限度的调整，并从部门利益出发来出台各项举措，这就会导致部门推动改革的不彻底以及部门之间的政策摩擦、断档。因此，从系统角度分析国家治理体系的运行，就需要进一步优化系统的协同机制，着眼于系统中各节点的运行畅通，避免出现运行中的堵点和断点，使每一项改革切实可行、落地有效。
系统论的信息反馈律认为，控制离不开信息，信息反馈是系统稳定性的因素。从反馈调节的目的和效应上看，系统信息反馈以正反馈和负反馈为两种基本形式。所谓的负反馈就是使得系统的运动和发展保持向既有目标方向进行的反馈。负反馈是控制系统波动范围保持在既有目标范围内的作用手段。 [26]
全面深化改革是系统工程，是系统自身不断迭代、总体向好向上发展的过程。系统开放性保证了环境对系统信息输入的路径，并且通过信息交换实现系统运行动态的稳定性。在推动改革的系统工程时，信息反馈通路机制是否畅通，往往决定着上层改革路线、政策、举措是否符合基层实际，是否能够在波动中根据实际动态调节、纠偏调平，使系统不断自我更新地稳定发展。
在我国国家治理体系中，信息反馈机制包括纪检监察机关、民主党派、人民群众来信来访、媒体、智库等多个层面。群众路线留存了执政党信息通道的适度开放性，使得基层情况和人民呼声最终能够抵达决策层面。同时，中国特色的政党制度也以民主监督通道将信息输送到决策中枢。整个政策过程就是社会各领域以及基层情况这部分系统的输出信息返回决策中枢，形成对系统参数的调整后再输出，这个过程如此不断循环，实现动态调适和优化。信息通道的速度和质量是系统调节、优化最为重要的因素。
当信息反馈机制受信息的选择性偏差影响，降低信息通路自下而上反馈信息的效率，系统的负反馈作用就在减弱，这实际上抑制了改革系统自我更新、自我纠偏的能力。在整个系统中，正负反馈作用逐渐失衡，长此以往就构成了制度、政策本身的自我复制、强化。辩证来看，这样的情况既可能实现系统创新突破性的发展，也可能带有走向不稳定的风险。
就社会系统而言，成文的制度体系是一种确定性的参数，而制度下人的行为则是选择性的、不确定性的因素。与生态系统和工程系统不同，社会系统、制度系统的运行其中最大的变量就是人的作用。同样的制度体系由不同的人来运行效果也是不同的，这是受到行动主体自身主观能动性的影响。社会系统的运行需要充分激发行动主体的能动性，发挥初心使命的精神激励作用。
系统能动性激发最核心的精神动力在于伟大的建党精神。从革命到建设时期，中国共产党一直是一个纪律严明的行动党，是具有伟大的牺牲奉献精神、斗争精神的政党。“坚持真理、坚守理想，践行初心、担当使命，不怕牺牲、英勇斗争，对党忠诚、不负人民的伟大建党精神，这是中国共产党的精神之源。” [27] 中国共产党人所展示出来的精神力量是赢取民心、赢取国际社会尊重的首要因素。
系统能动性激发还要着眼于行动者的自主性和自我效能感，辩证看待制度约束与自主性之间的消长关系。从微观制度执行的角度看，治理效能是由一系列个体化的行动所构成的。系统行动者以系统目标为导向，是选择为系统运行增加阻力还是减少成本，取决于行动者的态度与精神价值。制度是成文的规定性的文字，并不善于处理社会主体行为的细微差别。即使制度设计再严密，法律也永远不可能穷尽所有的情况。人的自由裁量空间始终是客观存在，而且也是必要的。在制度未能规定的空间、在制度规定性范围内如何执行制度和政策，以及选择判例来丰富制度，都取决于个人的能力和主观意愿。自主性是个体自我效能感的本质来源。制度的本质恰恰是针对自主性的约束和抑制。如此，制度的作用要辩证地分析，并不是无限度地越多越好。简单地把制度建设的数量作为政绩标准，是片面的政绩观。将制度泛化以及唯制度论的观点将会抑制执行过程中的自我效能感和责任意识，一旦形成惯性，就会成为形式主义的体制空转，造成成本空耗、制度僵化。
“政策和策略是党的生命。” [28] 同样的制度下会出现不同的结果，这其中的关键在政治力、领导力，在正确的路线、方针、政策。制度是根本性的、管长远的，制度和方向定下来后，良政善策是赢得先机、拔得头筹的关键。如何将制度转化为现实政策、在制度未能规定的空间、在制度规定性范围内如何执行制度和政策，以及选择判例来丰富制度，从而提高治理能力，这些都取决于制度执行主体的能力和主观意愿，这也提示我们要充分重视系统能动性的激发机制。