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医疗保险制度建立之初，存在比较严重的地区分割和城乡分割。一方面，城镇职工基本医疗保险、新型农村合作医疗制度和城镇居民基本医疗保险制度绝大多数以县级统筹为主，统筹层次偏低。较低的统筹层次对社会保险的公平性、统一性和使用效率带来了不利影响。首先，在较低的统筹层次下，各地的社保费率和待遇标准存在较大的差异，难以充分发挥社会保障作用，即通过社会共济来达到预防贫困、减少不平等和增进社会包容的目的。 [17] 其次，随着人口流动性的不断增强，统筹层次较低的社会保险制度很难为流动人口提供保障，阻碍了全国统一劳动力市场的建立，也阻碍了中国的城市化进程。最后，较低的统筹层次不利于控制和化解风险，对社保基金的使用效率也带来了负面影响。另一方面，城乡分割的医疗保险体系固化了地区分割的局面。医疗保险体系的城乡分割不仅体现在待遇和政策上，还体现在管理体制上。城镇职工基本医疗保险和城镇居民基本医疗保险由人力资源和社会保障部主管，新型农村合作医疗制度由卫生部门主管，不同部门之间的管理理念存在较大差异，分割的管理格局又形塑了部门间权力利益格局差异，这些差异则又在一定程度上固化了地区分割和城乡分割的局面。
在此背景下，我国开始了提高医疗保险统筹层次的探索。2009年，在《医药卫生体制改革近期重点实施方案（2009—2011年）》（国发〔2009〕12号）中，国务院对医疗保险的统筹层次提出明确的要求，“建立基本医疗保险基金风险调剂金制度。提高基金统筹层次，2011年城镇职工医保、城镇居民医保基本实现市（地）级统筹”。2012年，国务院印发《“十二五”期间深化医药卫生体制改革规划暨实施方案》（国发〔2012〕11号），对医疗保险的统筹层次提出了更高的要求，“增强基本医保基金共济和抗风险能力，实现市级统筹，逐步建立省级风险调剂金制度，积极推进省级统筹”。不过，各地的实际进度明显滞后于政策要求，迄今为止，基本医疗保险的市级统筹工作尚未全面做实。 [18]
实际上，直到2019年，我国才完成城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗的整合工作，阻碍医疗保险统筹层次提高的一个体制性障碍得以消除。当然，医疗保险统筹层次提高还受到其他因素的制约，财政体制是其中的重要因素之一。其一，21世纪初以来，我国很多地区试行财政省直管县制度，地级市财权仅限于市辖区范围内，以财政支持为主导的新型农村合作医疗制度和城镇居民基本养老保险制度在筹资上由中央和地方分担，其中中央和省的财政补贴一般直接划拨到县，地方补贴往往也由县级财政负担，实现医疗保险地市级统收统支存在制度障碍。其二，即使在财政非省直管县地区，城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗的筹资由各级政府分担，且往往主要由县级财政负担，统筹层次提高到地级市后，医保基金由地级市统一管理，但医保基金的征收、补贴和经办责任还是需要由区县一级政府来承担，财权与事权的分离使市级统筹面临较大的障碍，统筹之后对医疗保险基金的控费也存在较大问题。此外，市级统筹对不同区县的影响也是不同的：不同区县基于自身财力提供的补贴水平不同，因此在保障待遇上存在差异，若采取“就高”的统筹方法，会对财政较弱的县区和市级财政造成不小的压力；若采取“就低”的统筹方法，现有的待遇水平无法得到保证，此前待遇较高地区的居民就会反对。另外，推行市级统筹还面临着“穷帮富”的问题：虽然筹资水平和待遇统一了，但不同区县在城乡居民可支配收入方面存在着差异，收入较低的区县对医疗服务的使用更多地局限在县域范围内，医疗费用较低，使用的医保资金也相对较少，经济较发达地区居民就医“趋高”现象更为普遍，花费的医疗费用和医保资金较多。在这些因素的制约下，提高医疗保险的统筹层次面临着很大的障碍。
基于以上现实约束，虽然医疗保险市级统筹的实际进展缓慢，但在中共中央的努力推动下，各地采取多种形式提高统筹层次，努力扩大医保资金池，以求更好地实现医疗保险分散风险的作用。目前，按照实际情况，各地的医保基金统筹模式可以分为以下四种。第一，仍然实行县级统筹，区县之间没有风险调剂。第二，基于县级统筹，由各区县向市级医保机构缴纳风险调剂金。这两种统筹模式并未改变医保基金“分级管理”的实质，因此从本质上讲，这两种统筹模式都属于县级统筹范畴，但是第二种在地市范围内进行了一定程度的资金调剂，是对县级统筹的改进，经过几年的尝试和完善，能够较容易地过渡到市级统收统支模式。第三，医疗保险基金地市级统收统支，真正做实市级统筹。第四，在市级统筹的基础上，向省级统筹努力。目前，全国70%的地级市已经实现城镇职工基本医疗保险基金和城乡居民基本医疗保险基金的统收统支，除四个直辖市外，海南、福建、宁夏已经实现了城镇职工基本医疗保险的省级调剂金制度，宁夏、青海、广东实现了居民医保的省级调剂金制度，海南更是实现了城乡居民基本医疗保险的省级统收统支，做实了省级统筹。