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跨境基础设施作为区域公共产品，其供给中不可避免地遇到“搭便车”问题和集体行动的困境，而合理的组织结构和协调机制就成了形成相对稳定和合法供给主体的根本。为此，根据区域基础设施网络发展定位和目标的不同，欧盟、南美洲及大湄公河次区域的发起人和各成员国分别建立起了不同结构的供给组织以及相应的协调机制。
从当前欧盟、南美洲和大湄公河次区域跨境基础设施供给主体的组织结构来看，虽然其建立的基础和具体结构不同，但其核心功能都基本实现了从区域一体化发展的角度对跨境基础设施利益相关者的治理。以下就分别对它们现行的组织结构进行阐述。
由于跨境基础设施项目由多个成员国合作建设和共同管辖，各成员国还需要对自身的基础设施发展规划和政策做出调整，使其更加符合欧盟基础设施政策并给予这种项目相应的优先权，因此监管分歧、各国及各利益相关者之间利益平衡势必成为挑战。为此，作为欧盟基础设施政策的核心执行者，欧盟委员会在推出TEN-T和TEN-E战略后，亦成了欧盟跨境基础设施发展的领导者。
2013年，由欧盟委员会起草由欧洲议会和欧盟理事会通过并颁布的欧洲交通和能源基础设施条例，从立法的层面成为欧盟跨境基础设施治理的基础性和框架性文件，其中对跨境基础设施供给的参与者及其责任进行了规定。其中，欧盟委员会首先是扮演跨境基础设施发展规则制定者的角色，它从项目选择与决策、成本和效益平衡、管理组织与监管机制等多个方面对如何推进计划提出了方法和路径。但它不是主宰者，成员国国家监管当局在项目许可、关税计算、成本分担、国家间协调方面的自主权仍然受到尊重和保留。
与此同时，根据欧洲基础设施网络规划的内容，次区域小组、运输及输送系统运营商等组织也成为供应主体的一分子。其中，次区域小组主要是在为所在区域提供能源战略引导和政策指导的同时，在既有次区域合作计划的基础上提出跨境基础设施项目及其规划，这既保留了成员国在基础设施发展上相应的自主权，也让其充分履行对项目的监控职责，令欧盟委员会能够通过非专制的形式更好地把控各次区域的互联进展并符合欧盟政策。运输及输送系统运营商是欧盟委员会将欧洲大型基础设施建设企业和成员国公用事业公司进行垂直整合并赋予新责任和权力的跨境基础设施建设的参与者，它负责在给定区域内建设、运行和维护基础设施系统。虽然失去了对国内运输和输送系统运营商的管控，但成员国监管部门仍然是供应主体中的重要成员，并且还加强了其相对于成员国政府在关税计算、投资者激励政策制定等方面的自由裁定权。此外，欧盟委员会还成立了诸如欧盟能源监管合作署（Agency for the Cooperation of the European Regulator，ACER）这样的机构，以消除跨境基础设施在发展和建设中存在的监管漏洞，由此便形成了围绕欧盟跨境基础设施的开发、实施、监管的组织构建。
在南美洲区域基础设施一体化倡议提出之初，该倡议的行动计划成立了三个组织来负责项目的规划和推动，它们分别是行政指导委员会、技术协调委员会和行政技术团队。其中，行政指导委员会（西班牙语缩写为CDE）作为最高级别的组织，集合了12个参与国的部级代表，其负责向倡议的技术实施实体发布一体化和各发展中心、部门一体化推进工作的指令以及倡议的其他行政管理工作。技术协调委员会（西班牙语缩写为CCT）则由美洲开发银行（IDB）、拉丁美洲开发银行（CAF）和拉普拉塔合作基金（FONPLATA）共同选派代表组成，该组织负责倡议的各级运营协调和项目开发技术支持，同时还与各参与国政府的技术负责部门建立密切联系，向外界披露参与项目的私营企业、社会组织和公众的参与情况。行政技术团队则是由CCT负责协调的由参与国技术官员组成的组织，其负责具体的一体化和发展中心和部门一体化推进中的技术工作。 [23] 2000—2008年，上述三个组织会同各参与国政府开展了卓有成效的合作，其合作成果包括开发了项目选择方法论、建立了基础设施部门的工作网络、设立了跟踪倡议推进情况的经理人团队，并且确定了由300余个项目组成的IIRSA项目组合。
2008年，在既有组织和工作成果的基础上，COSIPLAN的成立进一步将南美洲区域基础设施一体化倡议的管理组织架构进行了调整，同时它也成为南美洲国家跨境基础设施项目的主要规划和管理者，包括API项目在内的所有IIRSA项目均在其领导下开展。截至2019年底，COSIPLAN的组织结构中，最上级为成员国部长委员会（Ministers Council），该委员会由基础设施与规划部长组成，其主要职责是通过每年一次的委员会会议来分析年度倡议实施成果，并且提出下一年度的工作计划。目前，成员国部长委员会下设协调委员会、IIRSA技术论坛和工作组。其中，协调委员会（COSIPLAN Coordinating Committee）是COSIPLAN的执行分支机构，其主要任务是对所有战略行动计划中的行动开展计划和监控，IIRSA技术论坛（IIRSA Technical Forum）作为向南美洲地区基础设施互联互通规划提供技术支持的部门，其下设执行技术组（The Executive Technical Groups，GTEs）、技术协调委员会（The Technical Coordination Committee，CCT）和技术协调委员会秘书处三个机构，其工作内容除了分析年度行动计划的进展情况外，还会同CCT的地区发展机构，对倡议所有方面的工作进行研究。COSIPLAN工作组（Working Groups，WGs）是非技术性的工作小组，其旨在为一体化的推进获得政治层面的推动力，目前分为铁路一体化、电信一体化、融资机制与担保、地理信息系统四个小组。
在吸取了欧盟的发展经验后，亚洲开发银行在大湄公河次区域经济合作项目的推动过程中选择了一批优先项目，这些项目对次区域开发效益与影响巨大，有良好的经济与社会生存能力，并且已经具备国家优先权和融资可行性，其中就包括很多跨境基础设施项目。虽然这些项目对于次区域经济一体化作用巨大，但亚洲开发银行并没有包揽所有的项目组织工作，而是围绕着这些项目开展了维持合作所需的制度安排，其主要安排包括：区域和国家政治层举行的次区域国家领导人峰会，由亚洲开发银行高级官员组织召开的部长级会议，围绕项目计划和运作举行的行业论坛和工作组会议。其中，每年一度的部长会议是项目的最高决策机构，各国每一次都会派一位负责国家经济发展事务的部长级官员出席会议，而与会部长通常会配有一位作为部门代表的高级官员，这些高级官员组成部门工作组负责开展所属部门的次区域合作项目，同时向部长会议汇报工作。从具体的组织设置来看，亚洲开发银行中设置的大湄公河次区域秘书处可谓是整个经济合作项目的中枢组织，该组织除了包括来自亚洲开发银行总部的高级官员外，还包括了次区域各个国家的国家秘书处，其负责向整个项目提供全面的秘书支持。此外，亚洲开发银行在跨境基础设施的规划和建设方面还扮演着项目知识和信息提供者、资金筹措者和供给者的角色。在知识和信息提供方面，亚洲开发银行不但向各参与国提供跨境基础设施项目计划、实施、运营和多边合作方面的技术支撑，同时也承担了参与国构建基本机制的成本，令参与国能够逐渐提升自己的对外合作和国家治理能力。
如上所述，不论是欧盟、南美洲还是大湄公河次区域，虽然其跨境基础设施发展的发起人在组织性质上有很大的差异，但都根据所在区域基础设施一体化发展的需求和成员国的具体情况，完成了组织结构的建立。然而，由于多层次多种类的组织被纳入其中，如何协调就成了令组织能够顺利运转并推动项目的重要问题之一。
欧盟方面，基于跨境基础设施成本分配方法，欧盟委员会作为区域机构设计了两个层次的协调机制，努力让受项目积极影响的国家能够开展合作。第一层次是为了确保PCIs获得国家许可而开展的国家内部协调，与项目相关的每个成员国指定一个国家主管当局负责促进和协调项目的许可证发放过程，该主管当局是项目发起人在项目实施过程中向上进行信息提交和做出决定的唯一联络点，主管当局也是就项目与欧盟委员会联络的唯一机构。在不违反欧盟法规和成员国法规的情况下，该主管当局可以通过设立一个由国内所有相关机构代表组成的工作组，根据拟定的许可证发放时间表，协调并监控工作组做出针对项目实施的综合性许可决定，并且和其他成员国主管当局开展合作和协调，在适当情况下开展联合工作，例如项目的环境评估。 [24] 然而，限于各国主管当局之间立场和利益的不同，可能无法就项目达成一致并给予项目许可，欧盟建立了第二层次的协调制度——协调员制度，即经有关成员国同意，欧盟委员会将指定一名协调员就项目遇到的重大执行困难进行协调。该协调人将采取一系列积极措施推动项目，包括开展项目发起人与所有相关利益相关者之间的跨境对话以便让项目获得所需的许可证、在适当的情况下向项目发起人提供项目融资方面的建议、对成员国提供项目筹备和实施方面的技术支持和战略指导、向欧盟委员会提交报告说明项目的进展以及可能遇到的重大困难和障碍，而欧盟委员会将报告提交欧盟议会，进而进行区域层面的协调工作的决策和安排。协调员开展工作期间，有关成员国政府和主管当局必须予以充分配合。 [25]
从当前南美洲基础设施一体化倡议推进的情况来看，其组织协调主要是由协调委员会、IIRSA技术论坛和工作组来协同完成的。作为成员国部长委员会的下级组织，协调委员会是COSIPLAN的执行分支机构，其主要任务是对所有战略行动计划中的行动进行计划和监控，其成员是来自各成员国的部级代表，这样的成员构成确保了所有项目和成果不仅满足了多数国家的基础设施发展需要，也尊重了所有国家的主权和参与意愿。该协调委员会由成员国轮流主持工作，2017年4月至2018年4月，由阿根廷联邦规划公共投资和服务部部长担任临时主席来主持工作，其他成员国代表则在本国就职机构履行职责。IIRSA技术论坛下设执行技术组（The Executive Technical Groups，GTEs）、技术协调委员会（The Technical Coordination Committee，CCT）和技术协调委员会秘书处三个机构，其工作内容除了分析年度行动计划的进展情况外，还会同CCT的地区发展机构，对倡议所有方面的工作进行研究。技术协调委员会的主要任务是向IIRSA年度工作计划的所有国家提供技术和融资支持，并且同时担任项目促进者、联合行动协调员和IIRSA报告的监督者，其工作重点是IIRSA中定义的优先领域。CCT秘书处与美洲开发银行的拉丁美洲和加勒比地区一体化研究所（INTAL）联合办公，该技术协调委员会秘书处负责向所有UNASUR国家在COSIPLAN-IIRSA框架中的年度工作计划中确定为优先事项的行动提供技术和业务支持；同时还负责编写、翻译、出版和分发每次会议报告，提交IIRSA技术论坛开展活动的年度报告，以及关于COSIPLAN项目组合和API报告。此外，该秘书处还负责CCT各单位、国家协调员和协调委员会之间的联络和沟通，以及IIRSA年度工作计划框架内举行的会议后勤工作。执行技术组（The Executive Technical Groups，GTEs）是IIRSA的技术工作小组，其成员是来自各国政府的官员或技术专家，他们负责分析工作计划、一体化和发展中心以及一体化产业进展的八个专项内容，同时还是国家协调员，负责向各自国家政府通报有关议程、工作成果和行动。CCT及其秘书处通过提供技术、后勤和财政支持，促进GTE会议的组织，以帮助实现预期目标。
COSIPLAN工作组旨在为一体化获得政治层面的推动力，目前分为铁路一体化、电信一体化、融资机制与担保和地理信息系统四个小组。其中，铁路一体化小组的建立是各国为了实现经济和社会发展而促进铁路部门政策和项目一体化的结果，目前该小组根据API建立了Paranaguá-Antofagasta洋际铁路通道（涉及阿根廷、巴西、智利和巴拉圭四国）和中心洋际铁路通道（涉及玻利维亚、巴西和秘鲁三国）两个子工作组，其工作主要是为了铁路一体化起草行动计划、为子工作组的工作提供指导、为倡议参与国提供铁路项目的共享信息并且识别其他双边或多边铁路项目。融资机制与担保工作与铁路一体化工作组同年成立，其成立的目的是为更有效地推进API项目而寻找适合的融资方案，其工作内容包括为每个国家的API项目开展融资条件分析、运用API项目跟踪监控系统、评估和提高API前期投资水平、评估项目融资机制的可行性、为COSIPLAN和经济金融委员会之间建立协调战略。电信一体化工作组成立的目的在于构建能够连接南美洲各国的光缆网络，并进一步提高信息和通信技术的综合运用水平，该工作组设计了南美洲一体化的通信网络互联互通路线图，并且正在围绕路线图开展一系列具体工作。地理信息工作组的成立则主要有两个目的，其一是为南美洲区域一体化提供国土规划的地理信息，其二是确保COSIPLAN实施的透明度，建立一个各国共享的网站和信息库。
作为区域开发机构，亚洲开发银行在亚太地区的制度权限和话语权、促进各国合作的战略和策略、对各国发展所起到的特殊作用、各国对其的信任水平以及本身的组织设置共同决定了其可以向次区域各参与国提供高效而易于被接受的协调，而亚洲开发银行也充分担当起项目发起人的职责，从区域内对话、协议计划与谈判、援助落后经济体三方面构建了协调机制。亚洲开发银行鼓励并支持开展区域内对话，并积极创造对话机会和对话平台以此促进与会国家达成共识和项目合作协议。例如，在南北运输走廊计划实施时，亚洲开发银行不仅就项目提供了信息、技术和融资支持，并且组织沿线各国进行项目专项讨论，在国家之间进行斡旋，推动会议讨论进程，促进国家间就议题达成一致结果，建立国家间的信任。更重要的是，通过具体项目的协调，大湄公河次区域经济合作项目逐渐转化为了各参与国进行坦诚和公开讨论的平台。亚洲开发银行在大湄公河次区域经济合作项目开展的整个过程中都致力于形成各类区域内的协议，因为其相信，如果这样的区域合作没有任何国际或区域协议和机制作为公共产品，那么区域合作所产生各种公共产品可能出现供给不平衡和不理想的状况，而这种状况可能导致合作的失败。为此，亚洲开发银行承担了建立项目建设标准、传播信息和搭建具有高度透明度的谈判平台的职责，在尊重各国意愿的同时，充分展示各类协议对参与国的好处，促成各国之间达成次区域协议，最大限度地降低合作失败的风险，并确保各国利益的获得。
由于历史原因，柬埔寨、老挝等大湄公河次区域国家不论在国家经济实力还是对外合作能力上都存在不足之处。作为区域开发机构，亚洲开发银行在项目信息与数据传播、组织项目各类利益相关者进行对话和咨询、基础设施建设技术与管理机制、项目投融资方面都给予了这些欠发达国家以充分的援助。例如，在开发南北经济走廊跨境公路（中国云南至泰国）的老挝段时，亚洲开发银行帮助老挝政府同时从中国政府和泰国政府获得优惠贷款，令老挝政府以同样的建设标准、环保标准建成了全部路段，并取得了相应的经济和社会效益。此外，在开发登欣本（Theun Hinboun）水电项目过程中，亚洲开发银行帮助老挝同泰国方面进行电力输送和购买的谈判，并最终促成了跨境电力交易协议的达成。