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至正十一年的红巾军起义，使元朝的统治陷入败亡危机之中。面临重大的危机，救亡图存成为最重要的政治主题，并且在三个重要时段采用了不同的救亡对策。
至正十一年到至正十四年（1351—1354），为全面镇压红巾军起义，元朝的主政者采用调集重兵主动出击的方法，期望以会战形式击败红巾军等反叛力量，但是在奸臣的破坏下，会战取胜的救危策略以失败而告终。
红巾军起义爆发后，主政的脱脱确定的是集中兵力快速平定叛乱的方案，先于至正十一年五月派遣同知枢密院事秃赤率领侍卫亲军出征，被刘福通击败。当年九月，脱脱又派其弟御史大夫也先帖木儿和卫王宽彻哥统率侍卫亲军十万人出征在河南活动的刘福通。至正十二年正月，脱脱又下令调集云南、陕西、四川、江西、江浙、湖广等行省的军队，联合进攻占领徐州的红巾军芝麻李部和占据武昌的红巾军徐寿辉部。出征军队的主旨都是以会战的方式，消灭红巾军各部。至正十二年闰三月，也先帖木儿临战脱逃，所统侍卫亲军随即溃散，各省联军也纷纷失利，红巾军的势力迅速扩张，战乱很快从中原蔓延到了江南各行省。
为应对突发的乱局，朝廷除了继续调兵出征外，还采用了七项紧急的应对措施。
一是下诏平盗。至正十二年正月，朝廷正式向全国下发了剿捕反贼的诏书。二月，又下诏要求严守江南三省的紧要关隘之地，并诏谕徐州内外之人，“限二十日，不分首从，并与赦原”。闰三月，下诏允许江浙行省官员在讨贼中可以便宜行事：“如今江浙省地面，谋反贼徒烧毁城池，杀掳人民。调兵剿捕之际，行省官凡有轻重事务，若是一一咨禀，诚恐缓不及事。俺省、台、院众人商量来，若不教他每从便行事呵，耽误了勾当有。如今江浙省里一应合行的事，教本省官好生用心行。”
下发一系列的剿捕反贼诏书，一方面是彰显朝廷平盗的决心，另一方面则是对军事行动作出具体的部署。
二是弃城定罪。至正三年三月，“诏定军民官不守城池之罪”，并对临敌脱逃的完者帖木儿给予杖断一百七下、流放海南的处罚。
由于对弃城、逃跑的罪罚过轻，所以难以起到督责官员守土抗敌的作用。
三是劝课农桑。至正十二年正月，中书省官员上言：“河南、陕西、腹里诸路，供给繁重，调兵讨贼，正当春首耕作之时，恐农民不能安于田亩，守令有失劝课，宜委通晓农事官员，分道巡视，督勒守令，亲诣乡都，省谕农民，依时播种，务要人尽其力，地尽其利。其有曾经盗贼、水患、供给之处，贫民不能自备牛、种者，所在有司给之。仍令总兵官，禁止屯驻军马，毋得踏践，以致农事废弛。”这一建议被主政者采纳并付诸实施，礼部尚书王思诚就承担了巡视的任务，“帝以四方民颇失业，命名臣巡行劝课，思诚至河间及山东诸路，召集父老，宣帝德意，莫不感泣”
。朝廷有劝课农桑的要求，地方官员就会有所行动，如张伯玉就在红巾军活动区域内创立了与之对峙的兵农合一机制，“相其山川险易远近，于嵩、汝等州，据险要设立仙人、太平等十有余寨，互为犄角，每寨万户一人，以主栅事。无事民则执耒耕以足食，有事民则荷戈战以自卫，且战且耕，得古寓兵于农之道意”
。
四是举荐守令。至正十二年三月，朝廷特别发出诏书，对荐举守令作了新的规定：“随朝一品职事及省、台、院、六部、翰林、集贤、司农、太常、宣政、宣徽、中政、资正、国子、秘书、崇文、都水诸正官，各举循良材干、智勇兼全、堪充守令者二人。知人多者，不限员数。各处试用守令，并授兼管义兵防御诸军奥鲁劝农事，所在上司不许擅差。守令既已优升，其佐贰官员，比依入广例，量升二等。任满，验守令全治者，与真授；不治者，全削二等，依本等叙；半治者，减一等叙。杂职人员，其有知勇之士，并依上例。凡除常选官于残破郡县及迫近贼境之处，升四等；稍近贼境，升二等。”
这样的规定与以前的不同之处，就在于明确了守令的守土之责，并对在战乱中的试用守令有了明确的要求。
五是选用南官。至正十二年三月，发出了中书省、枢密院、御史台都要参用南人的诏书，特别强调“世祖皇帝时分，不分诸色人等，有才学的选择着，勾当里委付有来。近闻将南人省、院、台不曾委付上头，偏付的一般有。天下四海之内，都是咱每百姓有。如今依着世祖皇帝时分用人例，南人内有才学的好人有呵，省、院、台里教用者”。面对战乱的局势，不能不稍微改变一下对南人的歧视态度，所以才会有这样的规定。
六是纳粟补官。至正十二年三月，中书省正式发出了纳粟补官的命令，规定“凡各处士庶，果能为国宣力，自备粮米供给军储者，照依定拟地方实授常选流官，依例升转、封荫；及已除茶盐钱谷官有能再备钱粮供给军储者，验见授品级，改授常流”
。这样的做法本是为了激励士绅等为国效力，但是在执行中严重走样，成了歧视南人的做法，有人对此有较详细的记录。
天下治平之时，台、省要官皆北人为之，汉人、南人万中无一二，其得为者不过州县卑秩，盖亦仅有而绝无者也。后有纳粟、获功二途，富者往往以此求进。令之初行，尚犹与之，及后求之者众，亦绝不与南人。在都求仕者，北人目为腊鸡，至以相訾诟，盖腊鸡为南方馈北人之物也，故云。及方寇（方国珍）起，濒海豪杰如蒲圻赵家、戴纲司家、陈子游等，倾家募士，为官收捕，至兄弟子侄皆歼于盗手，卒不沾一命之及，屯膏吝赏至于此。其大盗一招再招，官已至极品矣。于是上下解体，人不向功，甘心为盗矣。又获功之官，于法非得风宪体覆牒文，不辄命官，宪使招权，非得数千缗，不与行遣，故有功无钱者往往事从中辍，皆抱怨望。其后盗塞寰区，空名宣敕，遇微功即填给，人已不荣之矣。
七是修造城池。至正十二年四月，“诏天下完城郭，筑堤防”
。由此各地大兴造城之风。如中书省辖区内的平原县（今属山东），即按照朝廷的诏令，修造了新城。
县邑之不修藩屏者，肇自至元十三年平定江南之后。我皇元混一区宇，治教休明，民无奸宄故也。然承平迄今仅七十余年，蕞尔徐方绎骚不宁，国家乃有修理城堑之命。至正改元之十二年，监县文林郎也先不花奉中朝遴选，承驿莅任，及判簿将仕佐郎王庸、典史龙显祖来为僚属，躬督其版筑穿浚之役，循视故基，规划立法。惟役富厚有丁之家，趋事赴功，戒以勿亟，单弱小民，咸得休息。城既高坚，池惟深广，则东西南北安置大门，创建重室，晨启关而夜扃钥，官民安堵如也。
江浙行省内的绍兴（今属浙江），“至正十二年秋九月，越人筑新城，明年春三月告成”，时人特别记录了修城的情况。
淮夷梗化，挺祸于大江之南，狼藉州郡如无人之境，守封疆者始思城郭之所恃。而我绍兴距钱唐仅百里近，钱唐既陷，越人皇皇焉，挈幼扶老，走山浮海以遁，不知长林大数贼之乌合乌钞者尤甚，则又奔播来归，户以数计者，万又五千。时则浙东肃正府分镇于越，而佥事笃满帖穆公劳徕吾民者，实有以为之倚也。既而集父老喻之曰：“城池，大役也，岂易劳吾民，然劳于始而利厥终。钱唐大方面，贼直抵行垣者，以城池之废也。始苏界常湖贼越门而去者，以城池之新固也。汝民所自闻，幸相与惩苟且，思经久之图。”民始难之，公又为条告其赀力，先辍俸金，率郡县吏及郡之民饶于财者，不足则以田为之赋粮，二十石上出若干缗钱，筑若干丈尺，四十石上数倍之，三石五石助赀，办各有差。无田者，佣工而就食。民乃悦来，如子听父事，量功命日，不期月落其成。
广西的桂林，尽管还没有受到红巾军的威胁，也有人明确提出了建城的倡议。
至正十有一年，监宪也儿吉尼公宪副是邦。明年，淮右盗起，湖广不守，贼遂入湖南，衡、永皆警，岭海震动。公谕众曰：“八桂根本一十六州，国保于民，民保于城。”乃议建筑城池，以为设险守国之要。
就连边远地区的贵州，也有了修城的举动，时人特别记录了确定修城方略的过程。
至正十二年，侯君文卿为贵州幕，不三月，政和而理成。文卿复进父老士庶，与之永图曰：“裸裼而战，可乎？”曰：“不可也”。“都鄙郡邑，以囿生民，聚民非城弗可也。城弗完，岂尔民之安哉。由前至今，贵为巨州，宾、象、浔、藤，疆土犬牙。溪猺峒猺，旦发夕至。州城不治，殆将百年，日月受敌，数倾于陷，吾为若等倡大之。”众喜且谢曰：“是足以保我子孙黎民，国家人社之利也，请具畚锸以从。”侯君则出私币，佣军民筑城以卫民。
对于如何应对战乱，有人为朝廷规划了较完整的策略。如至正十二年，王思诚提出了应对危局的七条建议：“一曰置行省，丞相以专方面。二曰宽内郡征输，以固根本。三曰汰冗兵，以省粮运。四曰改禄秩，以养官廉。五曰罢行兵马司，以便诘捕。六曰复倚郭县，以正纪纲。七曰设常选，以起淹滞。”
朵尔直班则提出了少杀人的建议：“祖宗之用兵，匪专于杀人，盖必有其道焉。今倡乱者止数人，顾乃尽坐中华之民为畔逆，岂足以服人心。”
亦有人终止了可能带来祸患的对策，如至正十一年，“廷议以中原租税不实，将履亩起税”，户部尚书李稷在中书省的议事都堂上明言：“方今妖寇窃发，民庶流亡，此政一行，是驱民为盗也。”主政的脱脱重视李稷的意见，否决了这一动议。
需要注意的是，朝廷推出的各种紧急措施，都是为重大军事行动所做的辅助性措施。为了快速击败叛军，朝廷紧急从各地调动军队，并且以加征赋税徭役的方法为军队提供军需支持，乃是最重要的策略选择。
为了扭转不利的战局，脱脱确定了打击红巾军主力的目标，重点是消灭占据徐州的红巾军芝麻李部。至正十二年七月，脱脱向顺帝提出了由其亲率大军出征徐州的请求，得到顺帝的许可。有人对此提出了异议，明确指出：“大臣天子之股肱，中书庶政之根本，不可以一日离。乞诏留贤相，弼亮天工，如此则内外有兼治之宜，社稷有倚重之寄。”顺帝和脱脱都对这样的言论不予理睬。八月，正式发出了命令中书省右丞相脱脱率军进讨徐州的诏书，
此份诏书由欧阳玄起草，全文如下。
惟天惟祖宗，混一函夏，全付眇躬。朕承丕基，兢兢图治，罔敢逸豫。不谓迩者河南反贼，乘此承平之久，负固弄兵，流毒黎庶。己尝命将讨捕，屡获渠魁，勠以徇众。余党狂猘，尚逋严诛。亦尝肆宥，开以自新，怙终不悛，致烦师旅。太傅、中书右丞相脱脱爰自贼发迄今，屡请董师致讨。朕以心膂之亲，应难其请，而期于自效，诚恳益坚。朕惟事体之大，付托实难，匪资巨济之才，孰胜戡定之任。今命脱脱以答剌罕、太傅、中书右氶相，分省于外，总督诸道军马，水陆并进。其枢密院、御史台各分官属从行，禀受节制，无或有违。务要廓清妖沴，永底隆平。于戏，太傅实左右朕躬，其行在安靖天下，故分总揆之重，属以讨贼之劳。尚克钦承，懋建丕绩。故兹诏示，应宜知悉。
脱脱于至正十二年九月率军围攻徐州，当月攻克徐州，芝麻李逃走，脱脱班师回朝。不久，芝麻李被擒杀。河南、湖广、江浙的元军也主动出击，杭州、常州、湖州、潭州、岳州等地都被元军收复，形势转而对元军有利。
脱脱以会战取胜，朝廷中的逢迎者请求立《徐州平寇碑》加以表彰，顺帝应允。脱脱更关注的，则是以此胜来遮盖也先帖木儿失败带来的丑行。也先帖木儿兵败返回都城后，仍任御史大夫一职。至正十二年四月，陕西行御史台监察御史蒙古鲁海牙、范文等十二人上言斥也先帖木儿丧师辱国，要求罢职处罚，行御史台的御史大夫朵尔直班签署并上报了监察御史的上书，引起脱脱的震怒，不仅将十二名监察御史全部罢黜，还将朵尔直班贬为湖北行省平章政事。由此带来的，就是“人皆莫敢言事”的恶果。
由于方国珍在沿海起兵，海运断绝，朝廷失去了来自江南的粮食供应，不得不在北方筹措粮食。至正十二年十二月，脱脱上言：“京畿近地水利，召募江南人耕种，岁可得粟麦百万余石，不烦海运而京师足食。”顺帝则表示：“此事有利于国家，其议行之。”至正十三年正月，设立分司农司主掌京畿屯田事宜，“命悟良哈台、乌古孙良桢兼大司农卿，给分司农司印。西自西山，南至保定、河间，北至檀、顺州，东至迁民镇，凡系官地及元管各处屯田，悉从分司农司立法佃种，合用工价、牛具、农器、谷种、召募农夫诸费，给钞五百万锭，以供其用”。中书省官员还特别提出了从江南调人帮助屯田的建议：“近立分司农司，宜于江浙、淮东等处召募能种水田及修筑围堰之人各一千名为农师，教民播种。宜降空名添设职事敕牒一十二道，遣使赍往其地，有能募农民一百名者授正九品，二百名者正八品，三百名者从七品，即书填流官职名给之，就令管领所募农夫，不出四月十五日，俱至田所，期年为满，即放还家。其所募农夫，每名给钞十锭。”脱脱不仅采纳了这一建议，还于当年三月兼领大司农司，以显示对京畿屯田的重视。
至正十三年五月，张士诚起兵反元，占领高邮。张士诚的突然起兵，破坏了元军集中兵力进攻徐寿辉的作战方略，不得不分派军队征讨张士诚。朝廷还是采用会战的形式，以淮南行省平章政事达识帖睦迩统率从各省调来的元军围攻高邮。至正十四年六月，达识帖睦迩在会战中大败，所领诸军溃散。
在军情如此紧急的情况下，顺帝依然是荒于政务，还在宣政院使哈麻的唆使下，迷上了“能使人身之气或消或胀、或伸或缩”的喇嘛教秘术“演揲儿法”，并由此表现出了一系列的荒唐行径。
哈麻尝阴进西天僧，以运气术媚帝。帝习为之，号演揲儿法。演揲儿，华言大喜乐也。哈麻之妹婿集贤学士秃鲁帖木儿，故有宠于帝，与老的沙、八郎、答剌马吉的、波迪哇儿祃等十人，俱号“倚纳”。秃鲁帖木儿性奸狡，帝爱之，言听计从，亦荐西蕃僧伽璘真于帝。其僧善秘密法，谓帝曰：“陛下虽尊居万乘，富有四海，不过保有见世而已。人生能几何，当受此秘密大喜乐禅定。”帝又习之，其法亦名双修法。曰演揲儿，曰秘密，皆房中术也。帝乃诏以西天僧为司徒，西蕃僧为大元国师。其徒皆取良家女，或四人、或三人奉之，谓之“供养”。于是帝日从事于其法，广取女妇，惟淫戏是乐，又选采女为十六天魔舞。八郎者，帝诸弟，与其所谓“倚纳”者，皆在帝前相与亵狎，甚至男女裸处，号所处室曰“皆即兀该”，华言“事事无碍”也。君臣宣淫，而群僧出入禁中，无所禁止，丑声秽行，著闻于外，虽市井之人，亦恶闻之。
“倚纳”辈用高丽姬为耳目，刺探公卿贵人之命妇、市井臣庶之俪配，择其善悦男事者，媒入宫中，数日乃出。庶人之家，喜得金帛；贵人之家，私窃喜曰：“夫君颍选，可以无窒滞矣。”
除了修行秘法外，还要照常举行盛大的君主游皇城活动，并装出君主爱民的样子。如至正十四年正月，顺帝特别对脱脱表示：“朕尝作朵思哥儿好事，迎白伞盖游皇城，实为天下生灵之故。今命剌麻选僧一百八人，仍作朵思哥儿好事，凡所用物，官自给之，毋扰于民。”
至正十四年，“京师大饥，加以疫疠，民有父子相食者”。与此形成鲜明对照的是，顺帝亲自设计龙船，以供游乐，根本不顾及百姓的死活。
帝于内苑造龙船，委内官供奉少监塔思不花监工。帝自制其样，船首尾长一百二十尺，广二十尺，前瓦帘棚、穿廊、两暖阁，后吾殿楼子，龙身并殿宇用五彩金妆，前有两爪。上用水手二十四人，身衣紫衫，金荔枝带，四带头巾，于船两旁下各执篙一。自后宫至前宫山下海子内，往来游戏。行时，其龙首眼口爪尾皆动。又自制宫漏，约高六七尺，广半之，造木为匮，阴藏诸壶其中，运水上下。匮上设西方三圣殿，匮腰立玉女捧时刻筹，时至，辄浮水而上。左右列二金甲神人，一悬钟，一悬钲，夜则神人自能按更而击，无分毫差。当钟钲之鸣，狮凤在侧者皆翔舞。匮之西东有日月宫，飞仙六人立宫前，遇子午时，飞仙自能耦进，度仙桥，达三圣殿，已而复退立如前。其精巧绝出，人谓前代所鲜有。时帝怠于政事，荒于游宴，以宫女三圣奴、妙乐奴、文殊奴等一十六人按舞，名为十六天魔。首垂发数辫，戴象牙佛冠，身被缨络、大红绡金长短裙、金杂袄、云肩、合袖天衣、绶带鞋袜，各执加巴剌般之器，内一人执铃杵奏乐。又宫女一十一人，练槌髻，勒帕，常服，或用唐帽、窄衫，所奏乐用龙笛、头管、小鼓、筝、蓁、琵琶、笙、胡琴、响板、拍板。以宦者长安迭不花管领，遇宫中赞佛，则按舞奏乐。宫官受秘密戒者得入，余不得预。
至正十三年以前，顺帝还算是一个中规中矩的皇帝，尽管不太关心朝政，但至少表面上维持了对儒家治道学说的敬重。自从受人蛊惑修习秘术之后，顺帝不仅彻底背离了君主正心的要求，还明显表现出了厌政和信用小人的特征。有这样一位皇帝，加上一堆奸臣和佞臣，只能是对严峻的军事形势起雪上加霜的作用，并不可避免地为朝廷带来了重大的悲剧。
由于张士诚已经成为朝廷的头号大敌，至正十四年九月，顺帝又命脱脱统军出征，围攻高邮，诏书仍由欧阳玄起草，全文如下。
朕承国家隆平之运，四方无虞，民不识兵，士不讲武，于兹有年矣。不谓迩者河南反贼弄兵构难，荼毒蒸黎。用是前岁，大丞相脱脱请自出征，一战平徐。朕惟股肱大臣，宜朝夕在朕左右，亟命召还，分将致讨。岂谓因循迁玩，攸经二年，湖广荆襄虽尝克复，余贼逋诛，负固恣睢，致使军士暴露日久，吾民供给困繁，愁叹怨嗟，彻于朕听。朕不遑宁处，乃命脱脱以答剌罕、太师、中书右丞相，分省于外，总督诸队军马，振其威武，刻日进兵，殄贼安民，以释朕虑。凡将士用命者赏，不用命者诛。贼众来降者赦，旅拒者勠。于戏，朕与丞相共理天下者也，天下多故，朕轸其忧，相任其劳，理所必致。汝往，钦哉。慎厥事，事乃有济；图厥功，功乃有成。往哉，汝谐布朕威德，措安吾民，朕惟汝赖。汝往，钦哉。
脱脱此次出兵，统率的军队号称百万，实际兵力为四十余万人，“西域、西番皆发兵来助，旌旗累千里，金鼓震野，出师之盛，未有过之者”。大军顺利展开全面的进攻，于十一月合围高邮，并在城下大败张士诚军。但是就在高邮指日可下的时候，朝内发生了重大的变故。
顺帝将全国的生力军交给伯颜统率，心有疑虑，十二月初即对朝臣进行调整，以中书省平章政事定住为中书省左丞相，使脱脱不再享有“独相”的位置，并将哈麻、锁南班升为中书省平章政事。脱脱的亲信早已将哈麻视为奸佞之人，但哈麻正被顺帝所宠信，难以下手将其清除。哈麻则抓住脱脱不在京城的机会，采用了扳倒脱脱的三大步骤。
第一个步骤是挑起皇后、皇太子对脱脱的猜疑。爱猷识理达腊于至正十三年六月被立为皇太子，并为其设立了詹事院，但是一直没有举行册立皇太子的仪式，哈麻则对第二皇后奇氏秘言：“皇太子既立，而册宝及郊庙之礼不行者，脱脱兄弟之意也。”奇氏和爱猷识理达腊相信了哈麻的说法，对扳倒脱脱起了暗中帮助的作用。
第二个步骤是弹劾也先帖木儿。脱脱不在京城，其弟御史大夫也先帖木儿失去保护，哈麻乃唆使监察御史袁赛因不花等人弹劾也先帖木儿，指其“庸材鄙器，玷污清台，纲纪之政不修，贪淫之心益著”。对也先帖木儿的弹劾，得到了皇太子爱猷识理达腊的支持。在反复上书之后，顺帝下令收走了也先帖木儿所掌的御史台印，免去其御史大夫之职，任命知枢密院事汪家奴为御史大夫。
第三个步骤是弹劾脱脱。至正十四年十二月，哈麻唆使御史台官员上书弹劾脱脱，指其“出师三月，略无寸功，倾国家之财以为己用，半朝廷之官以为自随”。顺帝乃正式下诏罢黜脱脱，“以脱脱老师费财，已逾三月，坐视寇盗，恬不为意，削脱脱官爵，安置淮安路”。为迅速扳倒脱脱，哈麻还作了精心的准备，“诸大臣子弟领军从行者，哈麻历告其家，阴遣人先来军中白其长曰：诏书且至，不即散者，当族诛”
。
朝廷的诏书到高邮时，参议龚伯遂对脱脱说：“将在军，君命有所不受。且丞相出师时，尝被密旨，今奉密旨一意进讨可也。诏书且勿开，开则大事去矣。”脱脱则表示：“天子诏我而我不从，是与天子抗也，君臣之义何在？”诏书开读之后，脱脱亦表示：“臣至愚，荷天子宠灵，委以军国重事，蚤夜战兢，惧弗能胜。一旦释此重负，上恩所及者深矣。”脱脱交出兵权后，“诸卫铁甲军抱不平者，尽皆散去，或相聚山林为盗”；“大军百万，一时四散”；“其散而无所附者，多从红军”
。脱脱所表现的是大臣的忠君行为，但是结果却是使国家丧失了解除危机的最重要机会。
脱脱被罢黜后，先被安置在淮安路，后又贬往边远地区，被哈麻派人鸩杀。朝廷内斗导致征讨高邮的大军溃散，表面上是哈麻等人构陷脱脱，实际上真正的导演者是顺帝，他更在意的是脱脱成功拿下高邮后对自己的威胁，而不是天下的安危。在愚蠢君主的主导下，元军遭受重创，难以再掌握战场的主动权，以会战取胜的战略性安排，亦以惨败而终止。
至正十五年到至正二十年（1355—1360），在难以压倒各地反叛力量的形势下，主政者采用了扶植地方势力的方法，用借力的方法以求自保，不仅助成了军阀的成长，朝廷中也多次上演了宫廷内斗的戏码。
高邮兵败，元军主力遭受重创，不得不招募“义兵”与红巾军对抗。至正十五年二月，朝廷特别发出旨令，“听富民愿出丁壮义兵五千名者为万户，五百名者为千户，一百名者为百户，仍降宣敕牌面”。至正十七年，又明确下诏，要求“天下团结义兵，路、府、州、县正官俱兼防御事”，并且下令给山东行中书省，强调“团结义兵，每州添设判官一员，每县添设主簿一员，专率义兵以事守御，仍命各路达鲁花赤提调，听宣慰使司节制”
。
在朝廷的倡导下，各地的义兵纷纷崛起。具有影响力的义兵，有陕西的毛葫芦军，淮西的黄军（盐徒军），广西的苗军（又称“猫军”），以及在河南兴起的察罕帖木儿、李思齐军，控制襄阳等地的答失八都鲁军等。
朝廷中的主政者，在脱脱去职后也有所变化。至正十五年二月，汪家奴任中书省右丞相，定住为中书省左丞相。四月，改为定住任中书省右丞相，哈麻为中书省左丞相，哈麻之弟雪雪为御史大夫。定住多次提出辞职请求，顺帝不允。
至正十六年正月，哈麻又开始策划皇帝让位于皇太子的阴谋。他向家人表示：“我兄弟位居宰辅，宜导人主以正，今秃鲁帖木儿（哈麻妹夫）专媚上以淫亵，天下士大夫必讥笑我，将何面目见人，我将除之。且上日趋于昏暗，何以治天下。今皇太子年长，聪明过人，不若立以为帝，而奉上为太上皇。”哈麻的妹妹将其密谋告知秃鲁帖木儿，秃鲁帖木儿担心皇太子即位后被诛杀，乃向顺帝密报哈麻的图谋，并特别强调“哈麻谓陛下年老故耳”。顺帝则明言：“朕头未白，齿未落，遽谓我为老耶。”哈麻的行为触动了顺帝的底线，他立即将哈麻、雪雪罢职，但是并未下令将二人处死，而是准备从宽发落，正如其所言：“哈麻、雪雪兄弟二人虽有罪，然侍朕日久，且与朕弟懿璘质班皇帝实同乳，可姑缓其罚，令其出征。”至正十六年二月，中书右丞相定住和平章政事桑哥失里等人又上书揭露哈麻、雪雪的罪行，顺帝才下令将哈麻贬往惠州安置，将雪雪贬往肇州安置，但未及成行，二人都被杖杀。哈麻、雪雪被处置，并不等于要为脱脱平反昭雪，因为他们被处置的缘由是谋废立。
去除了哈麻之后，定住成为独相，“中书一切机务，悉听总裁”。至正十六年四月，以搠思监为中书省左丞相，又恢复了双相的格局。
为了应付更为复杂的乱局，除了扶植各地的义兵外，朝廷在至正十五年、十六年两年间还先后推出了五方面的措施。
一是在军事方面，要求以黄河为朝廷的重要屏障。至正十五年，任参议中书省事的成遵在上书中明言：“今天下州县，丧乱过半，河北之民稍安者，以天堑黄河为之障，贼兵虽至，不能飞渡，所以剥肤椎髓以供军储而无深怨者，视河南之民，犹得保其室家故也。今贼北渡河而官军不御，是大河之险已不能守，河北之民复何所恃乎？河北民心一摇，国势将如之何。”
主政者认可成遵的看法，特别发出了严守黄河的诏令，期望以此来力保中原地区尤其是都城的安全。
二是在治民方面，要求采用更灵活的选任官员机制。至正十五年四月，中书省官员上言：“江南因盗贼阻隔，所在阙官，宜遣人与各省及行台官以广东、广西、海北、海南三品以下通行迁调，五品以下先行照会之任，江浙行省三年一次迁调，福建等处阙官亦依前例。”这一建议之所以被主政者所采纳，是因为在江南地区的纳粟入官已经失败，如有人所记：“至正乙未（1355年）春，中书省臣进奏，遣兵部员外郎刘谦来江南，募民补路府州司县官，自五品至九品，入粟有差，非旧例之职专茶监务场者比。虽功名逼人，无有愿之者。既而抵松江时，知府崔思诚惟知曲承使命，不问民间有粟与否也，乃拘集属县巨室，点科十二名。众皆号泣告诉，曾弗之顾，辄施拷掠，抑使承伏，即填空名告身授之。平江路达鲁花赤卒不避谴斥，力争以为不可，竟无一人应募者，崔闻之，深自侮赧。”至正十六年二月，又对推荐守令作了新的规定：“六部、大司农司、集贤翰林国史两院、太常礼仪院、秘书、崇文、国子、都水监、侍仪司等正官，各举才堪守令者一人，不拘蒙古、色目、汉、南人，从中书省斟酌用之，或任内害民受赃者，举官量事轻重降职。”
三是在经济方面，要求施行更便利和实用的税粮等征收办法。由于海运已经处于时断时通的状态，至正十五年六月，江浙行省官员提出了就便征粮储粮的建议：“至正十五年税课等钞，内除诏书已免税粮等钞，较之年例，海运粮并所支钞不敷，乞减海运，以苏民力。户部定拟本年税粮，除免之外，其寺观并拨赐田粮，十月开仓，尽行拘收；其不敷粮，拨至元折中统钞一百五十万锭，于产米处籴一百五十万石，贮濒河之仓，以听拨运。”这一建议被主政者所采纳。为保证朝廷的粮食供应，还于至正十五年发出了全面开展屯田的诏令，要求“凡有水田之处，设大兵农司，招集人夫，有警乘机进讨，无事栽植播种”。至正十六年三月，不仅重新设立了酒课提举司，还要求朝臣讨论钞法问题，但并未拿出解决钱币问题的新方法，只是在当年发出了“沿海州县为贼所残掠者免田租三年”的诏书。
四是在礼仪方面，既正式举行了册立皇太子的仪式，也隆重举行了郊祀等仪式。至正十五年三月，“命汪家奴摄太尉，持节授皇太子爱猷识理达腊玉册，锡以冕服九旒，祗谒太庙”。在册立制书中，不仅有“家法曰齐，心法曰正”的要求，还特别强调了对皇太子参与治国的具体要求：“存心养性者，守身为皇亲之大；任贤去邪者，知人为安民之方。勿谓昊穹之高，一诚意而庶征应。勿谓宫廷之奥，一善言而万方知。与治同道，则唐虞之俗可还。主善为师，则舜禹之域斯至。”当年十月，顺帝向右丞相定住等人表示：“敬天地，尊祖宗，重事也。近年以来，阙于举行，当选吉日，朕将亲祀郊庙，务尽诚敬，不必繁文，卿等其议典礼，从其简者行之。”按照皇帝的要求，中书省安排了具体事宜，并于十一月正式举行了郊祀的仪式，以彰显朝廷对礼仪的重视。
五是在收揽人心方面，由皇帝正式发出罪己诏书。至正十五年十二月，顺帝“以天下兵起，下诏罪己，大赦天下”。但是在颁布罪己诏的同时，顺帝下诏疏浚宫廷内的河道，以便游乐，并且将上言“天下多事，不宜兴作”的官员逐出京城，表明他根本就没有把克服时艰的天下大事放在心上，罪己诏对他来说就是愚弄臣民的文字游戏而已。
至正十七年正月，红巾军毛贵部攻入山东，不久即占领山东大部分地区，对河北、山西以及大都造成极大威胁。为应对危局，顺帝不得不启用太平，于至正十七年五月任命搠思监为中书省右丞相，太平为中书省左丞相。
朝臣亦已看到了京城所面临的危机，纷纷提出京城加强守备的建议。如至正十七年四月，监察御史五十九上言：“今京师周围，虽设二十四营，军卒疲弱，素不训练，诚为虚设，傥有不测，诚可寒心。宜速选择骁勇精锐，卫护大驾，镇守京师，实当今奠安根本、固坚人心之急务。况武备莫重于兵，而养兵莫先于食。今朝廷拨降钞锭，措置农具，命总兵官于河南克复州郡且耕且战，甚合寓兵于农之意。为今之计，权命总兵官从宜于军官内选委能抚字军民者，兼路府州县之职，务要农事有成，军民得所，则扰民之害亦除，而匮乏之忧亦释矣。”六月，监察御史脱脱穆而亦上言：“去岁河南之贼窥伺河北，惟河南与山东互相策应，为害尤大。为今之计，中书当遴选能将，就太不花、答失八都鲁、阿鲁三处军马内，择其精锐，以守河北，进可以制河南之侵，退可以攻山东之寇，庶几无虞。”七月，中书省官员上言：“山东般阳、益都相次而陷，济南日危，宜选将练卒，信赏必罚，为保燕、赵计，以卫京师。”监察御史迭里弥实、刘杰也上书指出：“疆域日蹙，兵律不严，陕西、汴梁、淮颍、山东之寇有窥伺燕、赵之志，宜俯询大臣，共图克复之宜，预定守备之策。”集贤学士归旸则针对乱局，于至正十七年提出了振纪纲、选将才、审形势三大对策。
时任监察御史的张桢，更在上书中指出朝廷面临十祸，即六种根本之祸和四种征讨之祸，《元史》摘录了该上书的主要内容。
一曰轻大臣，二曰解权纲，三曰事安逸，四曰杜言路，五曰离人心，六曰滥刑狱，所谓根本之祸六也。其言事安逸之祸，略曰：“臣伏见陛下以盛年入纂大统，履艰难而登大宝，因循治安，不预防虑，宽仁恭俭，渐不如初。今天下可谓多事矣，海内可谓不宁矣，天道可谓变常矣，民情可谓难保矣，是陛下警省之时，战兢惕厉之日也。陛下宜卧薪尝胆，奋发悔过，思祖宗创业之难，而今日坠亡之易，于是而修实德，则可以答天意，推至诚，则可以回人心。凡土木之劳，声色之好，燕安鸩毒之戒，皆宜痛撤勇改。有不尽者，亦宜防微杜渐，而禁于未然，黜宫女，节浮费，畏天恤人。而陛下乃安焉处之，如天下太平无事时，此所谓根本之祸也。”
至若不慎调度，不资群策，不明赏罚，不择将帅，所谓征讨之祸四也。其言不明赏罚之祸，略曰：“臣伏见调兵六年，初无纪律之法，又无激劝之宜，将帅因败为功，指虚为实，大小相谩，上下相依，其性情不一，而邀功求赏则同。是以有覆军之将，残民之将，怯懦之将，贪婪之将，曾无惩戒，所经之处，鸡犬一空，货财俱尽。及其面谀游说，反以克复受赏。今克复之地，悉为荒墟，河南提封三千余里，郡县星罗棋布，岁输钱谷数百万计，而今所存者，封丘、延津、登封、偃师三四县而已。两淮之北，大河之南，所在萧条。夫有土有人有财，然后可望军旅不乏，馈饷不竭。今寇敌已至之境，固不忍言，未至之处，尤可寒心，如此而望军旅不乏，馈饷不竭，使天雨粟，地涌金，朝夕存亡且不能保，况以地方有限之费，而供将帅无穷之欲哉。其为自启乱阶，亦已危矣。陛下事佛求福，饭僧消祸，以天寿节而禁屠宰，皆虚名也。今天下杀人矣，陛下泰然不理，而曰吾将以是求福，福何自而至哉。颍上之寇，始结白莲，以佛法诱众，终饰威权，以兵抗拒，视其所向，骎骎可畏，其势不至于亡吾社稷、烬吾国家不已也。堂堂天朝，不思靖乱，而反为阶乱，其祸至惨，其毒至深，其关系至大，有识者为之扼腕，有志者为之痛心，此征讨之祸也。”
面对“外则军旅烦兴，疆宇日蹙；内则帑藏空虚，用度不给”的危急局面，顺帝依然是“溺于娱乐，不恤政务”，中书省右丞相搠思监所起的则是隔蔽消息的作用，“四方警报及将臣功状，皆壅不上闻”，所以朝臣的各种御敌建议和张桢的言辞激烈上书，都被置之不理。更有甚者，搠思监唆使亲信朵列和妾弟崔完者帖木儿印造伪钞营利，被御史台官员弹劾，搠思监令朵列自杀，希图遮盖此恶行，太平也以“堂堂宰相乌得有此事，四海闻之，若国体何”的说法，为搠思监开脱罪名，只是在至正十八年十月给予搠思监“收其印绶”的轻微处分。
至正十八年三月，毛贵攻陷蓟州，接近大都，朝廷内顿时乱作一团，“廷议迁都以避之，和者如出一口”；“在廷之臣，或劝乘舆北巡以避之，或劝迁都关陕”；只有中书省左丞相太平坚决反对迁都，要求坚守都城。四月，“车驾时巡上都”，实则是顺帝等人以两都巡幸为借口，躲出了形势危殆的大都。六月，在上都避暑的顺帝正式下诏，“命左丞相太平督诸军守御京城，便宜行事”。统领山东、河北元军的蒙古弘吉剌部人太不花对太平为丞相颇为不满，曾明确表示：“我不负朝廷，朝廷负我矣。太平汉人，今乃复居中用事，安受逸乐，我反在外勤劳邪。”他不仅不按照太平的命令攻击毛贵，仅以粮草不继要挟朝廷，还要设计杀死太平。太平策反太不花的部将刘哈剌不花，将太不花逮捕处死，并以刘哈剌不花统军击败了逼近大都的毛贵军，毛贵逃回济南，大都的危险解除，结束上都避暑的顺帝和皇太子等顺利返回大都。但是当年十二月，红巾军的关先生、破头潘部攻陷上都，焚毁宫阙，使得延续多年的朝廷两都巡幸不得不中断。
朝廷解除了红巾军进犯京城的军事危机后，顺帝亦要显示出对匡扶天下的姿态，于至正十九年四月下发了停止天寿节朝贺的诏书，强调“朕方今宜敬天地，法祖宗，以自修省。朕初度之日，群臣毋贺”。为打消皇帝的这一念头，先有中书省左丞相太平率领文武百官上言：“天寿节朝贺，乃臣子报本，实合礼典。今谦让不受，固陛下盛德，然今军旅征进，君臣名分，正宜举行。”随即又有皇太子率领群臣上言：“朝贺祝寿，是祖宗以来旧行典故，今不行，有乖于礼。”顺帝则明确表示：“今盗贼未息，万姓荼毒，正朕恐惧、修省、敬天之时，奈何受贺以自乐。”御史台官员又特别上书指出：“天寿朝贺之礼，盖出臣子之诚，伏望陛下曲徇所请。若朝贺之后，内庭燕集，特赐除免，亦古者人君减膳之意，仍乞宣示中书，使内外知圣天子忧勤惕厉至于如此。”顺帝依然表明了取消朝贺的态度：“为朕缺于修省，以致万姓涂炭，今复朝贺燕集，是重朕之不德。当候天下安宁，行之未晚，卿等其毋复言。”
这次天寿节朝贺之争，看似顺帝要改弦更张，以天下为己任，但实际上是一次形式主义的政治表演，其要旨是警告图谋帝位者，因为他已经意识到了又有人在打“内禅”的主意。
第二皇后奇氏以顺帝荒于朝政为由，与爱猷识理达腊密谋皇帝让位于皇太子，并希望得到太平的支持。奇氏派宦官朴不花向太平陈告“内禅”的图谋，太平不予理睬。奇氏召太平进宫，向其表明内禅的意向，太平依然不为所动。顺帝得知奇氏主导内禅密谋后大怒，两个月不与奇氏见面。奇氏和爱猷识理达腊密谋失败，乃迁怒于太平。奇氏明确向爱猷识理达腊表示：“太平既不允内禅之事，不可使居相位，兀良哈台其人与汝无所可否，今以总兵居真定，宜劝上召还京师，当以代之，庶几汝事可求也。”爱猷识理达腊更棋高一着，先对太平的亲信下手，以孤立太平，于至正十九年十二月唆使监察御史买住、桑哥失理以受贿罪弹劾中书省左丞成遵和参知政事赵中，将成遵、赵中下狱并杖杀。爱猷识理达腊随即质问太平：“我所用者，汝皆沮之而止，汝所用者，今皆以赃败，何也？”太平则答道：“所知者，才也，故用之。所不知者，心也，故父子之间，亦不能保其无私也。”在爱猷识理达腊的威逼下，太平自知难保，乃上书请辞相位，并于至正二十年二月被罢为太保，出守上都。
朝廷内部权斗不息，外部形势也日趋恶化。扶持义兵的庞大支出，大多被人贪污，正如至正十九年二月御史台官员所言：“先是召募义兵，费用银钞一百四十万锭，多近侍、权幸冒名关支，率为虚数。”各地官员的便宜行事，更变成了官员随意索求的便宜作恶，至正二十年正月，御史大夫老的沙、御史中丞咬住上言：“今后各处从宜行事官员，毋得阴挟私仇，明为举索，辄将风宪官吏擅自迁除，侵扰行事，沮坏台纲。”当年八月，朝廷不得不发出“诸处所在权摄官员，专务渔猎百姓，今后非朝廷允许不得之任”的诏令。更为令人不安的是，朝廷的扶持地方势力举措，培育出了察罕帖木儿、孛罗帖木儿（答失八都鲁之子）两大对立的军阀势力，前者控制关陕、河南，后者控制山西北部地区，相互之间冲突不断，朝廷不得不于至正二十年八月明确划分各自的势力范围，命令孛罗帖木儿驻守石岭关（今山西忻县南）以北，察罕帖木儿驻守石岭关以南。孛罗帖木儿不听约束，越过石岭关进攻冀宁（今山西太原）。两大军阀势力之间的混战，在朝廷的不断调解下，到至正二十一年六月才进入停战状态。
令人稍感欣慰的是，江南地区出现了暂时依附于朝廷的张士诚和方国珍两股势力。他们之所以要借用朝廷的名义，是要对抗迅速崛起的朱元璋势力。在达识帖睦迩、贡师泰等人的努力协调下，以张士诚出粮、方国珍出船的方式，恢复了由江南向大都输送粮食的海运。但是“方、张互相猜疑，士诚虑方氏载其粟而不以输于京也，国珍恐张氏掣其舟而因乘虚以袭己也”，所以至正二十年五月通过海运送达京城的粮食只有十一万石。至正二十一年到二十三年，每年海运到京的粮食也是十几万石，只能对京城略有帮助。至正二十三年后，海运全面断绝，朝廷只能依靠河北等地的粮食供应了。
至正二十一年到二十八年（1361—1368），内耗政治成为元朝朝政的基调。内有越演越烈的权斗，外有朱元璋派出的明军北上进攻，最终摧垮了元朝的统治，并带来了对王朝末世危机的沉重思考。
至正二十年，阳翟王阿鲁辉帖木儿（窝阔台后王）以“国事已不可为”为由，不愿再发兵南下助朝廷攻讨红巾军，乃拥兵数十万，屯于木儿古彻兀（今阿尔泰山西北），胁迫西北蒙古宗王反叛，并派遣使者告知顺帝：“祖宗以天下付汝，汝已失其太半；若以国玺付我，我当自为之。”顺帝对阿鲁辉帖木儿的答复是“天命有在，汝欲为则为之”，并且派出军队前往西北平叛，被阿鲁辉帖木儿击败。至正二十一年，阿鲁辉帖木儿率军南下，逼近上都，朝廷派出大军迎战，并以太平坚守上都。当年九月，元军大败阿鲁辉帖木儿军，阿鲁辉帖木儿被擒，送到大都处死。
西北叛王的威胁虽然解除，京城的形势依然不容乐观。为挽救危局，枢密副使李士瞻于至正二十二年上时政书，提出了二十条建议：“一曰悔己过，以诏天下。二曰罢造作，以快人心。三曰御经筵，以讲圣学。四曰延老成，以询治道。五曰去姑息，以振乾刚。六曰开言路，以求得失。七曰明赏罚，以厉百司。八曰公选举，以息奔竞。九曰察近幸，以杜奸弊。十曰严宿卫，以备非常。十一曰省佛事，以节浮费。十二曰绝滥赏，以足国用。十三曰罢各宫屯种，俾有司经理。十四曰减常岁计置，为诸宫用度。十五曰招集散亡，以实八卫之兵。十六曰广给牛具，以备屯田之用。十七曰奖励守令，以劝农务本。十八曰开诚布公，以礼待籓镇。十九曰分遣大将，急保山东。二十曰依唐广宁故事，分道进取。”
在局势如此紧急的情况下，朝廷依然有频繁的宫廷造作，所以李士瞻特别强调了罢造作的要求。顺帝还要修复上都被焚毁的宫殿，至正二十二年五月，中书省参知政事陈祖仁特别上书，要求停止上都的建造工程。
自古人君，不幸遇艰虞多难之时，孰不欲奋发有为，成不世之功，以光复祖宗之业。苟或上不奉于天道，下不顺于民心，缓急失宜，举措未当，虽以此道持盈守成，犹或致乱，而况欲拨乱世反之正乎。夫上都宫阙，创自先帝，修于累朝，自经兵火，焚毁殆尽，所不忍言，此陛下所为日夜痛心，所宜亟图兴复者也。然今四海未靖，疮痍未瘳，仓库告虚，财用将竭，乃欲驱疲民以供大役，废其耕耨，而荒其田亩，何异扼其吭而夺之食，以速其毙乎。陛下追惟祖宗宫阙，念兹在兹，然不思今日所当兴复，乃有大于此者。假令上都宫阙未复，固无妨于陛下之寝处，使因是而违天道，失人心，或致大业之堕废，则夫天下者亦祖宗之天下，生民者亦祖宗之生民，陛下亦安忍而轻弃之乎。愿陛下以生养民力为本，以恢复天下为务，信赏必罚，以驱策英雄，亲正人，远邪佞，以图谋治道。夫如是，则承平之观不日咸复，讵止上都宫阙而已乎。
在李士瞻、陈祖仁等人的合力劝阻下，顺帝最终放弃了修复上都的工程，因为朝廷的钱粮也确实难以支撑浩大的工程。但是此时朝政又出现了新问题，主要表现为皇太子沉溺秘法和奸臣的恣意妄为。
皇太子爱猷识理达腊本来学习儒学，已有一定的造诣，顺帝则以“太子善，不晓秘密佛法，秘密佛法可以益寿延年”，引导爱猷识理达腊修习秘法。至正二十二年，皇太子在清宁殿分布长席，列坐西番、高丽诸僧，并明确表示：“李好文先生教我儒书多年，尚不省其义。今听佛法，一夜即能晓焉。”
爱猷识理达腊的顿悟，实则是由此陷入了邪道。
太平去职之后，搠思监任中书省右丞相之职，在皇太子的支持下，与宦官朴不花、宣政院使脱欢（橐驩）勾结，威慑群臣，骄恣不法，将守上都有功的太平贬职，并逼其自杀。至正二十三年，监察御史也先帖木儿、孟也先不花、傅公让等上书弹劾朴不花、脱欢，皇后奇氏公开庇护朴不花、脱欢，向皇太子明言：“朴不花是我资政院老火者看家资人也，台家何无情而欲逐之，汝不能与我主张耶。”皇太子即下令将上书的监察御史全部贬职。
时任治书侍御史的陈祖仁随即上书皇太子，要求终止贬斥监察御史的行为。
御史纠劾橐驩、不花奸邪等事，此非御史之私言，乃天下之公论，台臣审问尤悉，故以上启。今殿下未赐详察，辄加沮抑，摈斥御史，诘责台臣，使奸臣蠹政之情，不得达于君父，则亦过矣。夫天下者祖宗之天下，台谏者祖宗之所建立，以二竖之微，而于天下之重、台谏之言，一切不恤，独不念祖宗乎。且殿下职分，止于监国抚军、问安视膳而已，此外予夺赏罚之权，自在君父。今方毓德春宫，而使谏臣结舌，凶人肆志，岂惟君父徒拥虚器，而天下苍生，亦将奚望。
皇太子的行为遭到挑战，极为愤怒，乃通过御史大夫老的沙警告陈祖仁：“台臣所言虽是，但橐驩等俱无是事，御史纠言不实，已与美除。昔裕宗为皇太子，兼中书令、枢密使，凡军国重事合奏闻者，乃许上闻，非独我今日如是也。”陈祖仁则再次上书，明指皇太子的话毫无道理。
御史所劾，得于田野之间。殿下所询，不出宫墙之外。所以全此二人者，止缘不见其奸。昔唐德宗云：“人言卢杞奸邪，朕殊不觉。”使德宗早觉，杞安得相，是杞之奸邪当时知之，独德宗不知尔。今此二人，亦皆奸邪，举朝知之，在野知之，天下知之，独殿下未知耳。且裕宗既领军国重事，理宜先阅其纲，若至台谏封章，自是御前开拆。假使必皆经由东宫，君父或有差失，谏臣有言，太子将使之闻奏乎，不使之闻奏乎。使之闻奏，则伤其父心，不使闻奏，则陷父于恶，殿下将安所处。如知此说，则今日纠劾之章不宜阻矣，御史不宜斥矣。斥其人而美其除，不知御史所言，为天下国家乎，为一身官爵乎。斥者去，来者言，言者无穷，而美除有限，殿下又安所处。
陈祖仁再次上书皇太子之后即辞职，“台臣大小皆辞职”，皇太子难以平息众怒，不得不呈报皇帝，陈祖仁则又给顺帝上书，要求严惩朴不花、脱欢二人。
祖宗以天下传之陛下，今乃坏乱不可救药，虽曰天运使然，亦陛下刑赏不明之所致也。且区区二竖，犹不能除，况于大者。愿陛下俯从台谏之言，摈斥此二人，不令其以辞退为名，成其奸计，使海内皆知陛下信赏必罚自二人始，则将士孰不效力，天下可全，而有以还祖宗之旧。若犹优柔不断，则臣宁有饿死于家，誓不与之同朝，牵联及祸，以待后世正人同罪。
同为侍御史的李国凤也向皇太子上言，特别要求严惩弄权作恶的宦官朴不花。
不花骄恣无上，招权纳赂，奔竞之徒，皆出其门，骎骎有赵高、张让、田令孜之风，渐不可长，众人所共知之，独主上与殿下未之知耳。自古宦者，近君亲上，使少得志，未有不为国家祸者。望殿下思履霜坚冰之戒，早赐奏闻，投之西夷，以快众心，则纪纲可振。纪纲振，则天下之公论为可畏，法度为不可犯，政治修而百废举矣。
顺帝和皇太子完全听不进陈祖仁、李国凤的劝诫之言，不仅将陈、李二人贬出朝廷，还将老的沙以下的台臣全部左迁。以君主之恶、皇后之恶、太子之恶的结合，彻底粉碎了儒臣匡扶正义的幻想。
皇太子爱猷识理达腊和奇氏密谋的内禅失败之后，爱猷识理达腊另辟蹊径，在朝廷内部与搠思监、朴不花结盟，对外则寻求军阀势力的支持。察罕帖木儿至正二十二年六月遇刺身亡，其养子扩廓帖木儿（王保保）继统其军，爱猷识理达腊很快与扩廓帖木儿建立了相互支持的关系。顺帝所依靠的，则是孛罗帖木儿的支持。
至正二十四年三月，爱猷识理达腊鼓动扩廓帖木儿大举进攻孛罗帖木儿，不仅迫使顺帝下诏削夺孛罗帖木儿官爵，爱猷识理达腊还要亲征孛罗帖木儿，被臣僚劝阻。蒙古宗王不颜帖木儿、秃坚帖木儿等人都站在孛罗帖木儿一边，与其合军抗旨。顺帝立刻表明了自己的真实态度，下诏书指受到了搠思监、朴不花的蒙骗，并恢复了孛罗帖木儿的官职，诏书的主要内容可转引于下。
自至正十一年妖贼窃发，属尝选命将相，分任乃职，视同心膂，凡厥庶政，悉以委之。岂期搠思监、朴不花夤缘为奸，互相壅蔽，以致在外宣力之臣，因而解体；在内忠良之士，悉陷非辜。又复奋其私仇，诬构孛罗帖木儿、老的沙等同谋不轨。朕以信任之专，失于究察，遂调兵往讨。孛罗帖木儿已尝陈词，而乃寝匿不行。今宗王不颜帖木儿等，仰畏明威，远来控诉，以表其情，朕为恻然兴念，而搠思监、朴不花犹饰虚词，簧惑朕听。其以搠思监屏诸岭北，朴不花窜之甘肃，以快众愤。孛罗帖木儿等，悉与改正，复其官职。
由于有爱猷识理达腊的庇护，朝廷并没有将搠思监、朴不花贬出京城。至正二十四年四月，孛罗帖木儿发兵直驱大都，务要得到搠思监、朴不花二人，爱猷识理达腊带卫军逃出京城，顺帝即下令将搠思监、朴不花交给孛罗帖木儿处理，孛罗帖木儿将二人处死后，召回进攻大都的军队，外逃的爱猷识理达腊也返回了京城。御史台官员上言：“搠思监矫杀丞相太平，盗用钞板，私家草诏，任情放选，鬻狱卖官，费耗库藏，居庙堂前后十数年，使天下八省之地，悉致沦陷，乃误国之奸臣。究其罪恶，大赦难原。曩者，奸臣阿合马之死，剖棺勠尸，搠思监之罪，视阿合马为有过。今其虽死，必剖棺勠尸为宜。”顺帝采纳了这一建议，不仅抄没搠思监家产，还将其儿子流徙远方。
爱猷识理达腊不能坐视如此的失败，怂恿扩廓帖木儿加强对孛罗帖木儿的攻势。作为反制的手段，至正二十四年五月孛罗帖木儿亲自率军向大都进发。七月，爱猷识理达腊率军在清河迎击孛罗帖木儿军，手下军士均无斗志，爱猷识理达腊逃回京城，不久即逃亡到冀宁的扩廓帖木儿军中躲避。孛罗帖木儿进入大都，被任命为中书省左丞相。八月，孛罗帖木儿又被任命为中书省右丞相，他不仅诛杀了一批奸臣，还采用了一些善政的措施，如罢三宫不急造作、沙汰宦官、减省钱粮、禁止西番僧人滥作佛事等。
躲避在冀宁的爱猷识理达腊准备一举而击溃孛罗帖木儿的势力，特别让扩廓帖木儿问计于已经隐居于山西的张桢，张桢则向扩廓帖木儿陈上了保君救国的对策。
今燕赵齐鲁之境，大河内外，长淮南北，悉为丘墟，关陕之区，所存无几。江左日思荐食上国，湘汉荆楚川蜀，淫名僭号，幸我有变，利我多虞。阁下国之右族，三世二王，得不思廉、蔺之于赵，寇、贾之于汉乎？京师一残，假有不逞之徒，崛起草泽，借名义，尊君父，倡其说于天下，阁下将何以处之乎。守京师者，能聚不能散，御外侮者，能进不能退，纷纷籍籍，神分志夺，国家之事，能不为阁下忧乎。《志》曰：“不备不虞，不可以为师。”仆之惓惓为言者，献忠之道也。然为言大要有三：保君父，一也。扶社稷，二也。卫生灵，三也。请以近似者陈其一二。卫出公据国，至于不父其父。赵有沙丘之变，其臣成、兑平之，不可谓无功，而后至于不君其君。唐肃宗流播之中，怵于邪谋，遂成灵武之纂。千载之下，虽有智辩百出，不能为雪。呜呼，是岂可以不鉴之乎。然吾闻之，天之所废不骤也，骤其得志，肆其宠乐，使忘其觉悟之心，非安之也，厚其毒而降之罚也。天遂其欲，民厌其汰，而鬼神弗福也，其能久乎，阁下览观焉。谋出于万全，则善矣。询之舆议，急则其变不测，徐则其衅必起。通其往来之使，达其上下之情，得其情，则得其策矣。孔子曰：“君君，臣臣，父父，子子。”今九重在上者如寄，青宫在下者如寄，生民之忧，国家之忧也，可不深思而熟计之哉。
扩廓帖木儿虽然赞赏张桢的看法，但是并未采纳其对策，而是积极准备对京城的进攻。至正二十五年三月，爱猷识理达腊在扩廓帖木儿军中正式发布了进军大都的命令：“孛罗帖木儿袭据京师，余既受命总督天下诸军，恭行显罚，少保、中书平章政事扩廓帖木儿，躬勒将士，分道进兵，诸王、驸马及陕西平章政事李思齐等，各统军马，尚其奋义勠力，克期恢复。”孛罗帖木儿则囚禁了皇后奇氏，以示报复。当年七月，孛罗帖木儿在大都被刺杀，其属下纷纷逃出京城。九月，扩廓帖木儿扈从爱猷识理达腊返回京城，顺帝乃以伯撒里为中书省右丞相，扩廓帖木儿为中书省左丞相。闰十月，“诏封扩廓帖木儿河南王，代皇太子亲征，总制关陕、晋冀、山东等处并迤南一应军马，诸王各爱马应该总兵、统兵、领兵等官，凡军民一切机务、钱粮、名爵、黜陟、予夺，悉听便宜行事”。扩廓帖木儿接受出征的命令后，于至正二十六年二月率部返回河南，秉持的是按兵不动、观望形势变化的态度。
扩廓帖木儿之所以不愿意留在京城，是怕成为皇族内斗的牺牲品。在他扈从爱猷识理达腊还京时，奇氏特别派人与其联络，让他以重兵逼迫顺帝禅位给皇太子，扩廓帖木儿不予理睬，既得罪了皇太子，也得罪了皇后（奇氏于至正二十五年十二月被正式册立为皇后），原来的联盟关系解体，只能是各作打算。
扩廓帖木儿虽然被授予统管全体元军的权力，但是张良弼、李思齐、关保、貊高等新军阀不服从扩廓帖木儿的号令，各路军阀之间又展开了混战。看到扩廓帖木儿已经难以成为朝廷依赖的力量，至正二十六年三月，监察御史玉伦普上书，特别强调了朝廷自保的八条建议：“一曰用贤，二曰申严宿卫，三曰保全臣子，四曰八卫屯田，五曰禁止奏请，六曰培养人才，七曰罪人不孥，八曰重惜名爵。”
至正二十七年八月，为应对明军的北征，顺帝发出了以皇太子总天下兵马的诏书，主要内容如下。
元良重任，职在抚军，稽古征今，卓有成宪。曩者障塞决河，本以拯民昏垫，岂期妖盗横造讹言，簧鼓愚顽，涂炭郡邑，殆遍海内，兹逾一纪。故察罕帖木儿仗义兴师，献功敌忾，汛扫汴洛，克平青齐，为国捐躯，深可哀悼。其子扩廓帖木儿克继先志，用成骏功。爱猷识理达腊计安宗社，累请出师。朕以国本至重，讵宜轻出，遂授扩廓帖木儿总戎重寄，畀以王爵，俾代其行。李思齐、张良弼等，各怀异见，构兵不已，以致盗贼愈炽，深遗朕忧。况全齐密迩辇毂，傥失早计，恐生异图，询诸众谋，佥谓皇太子聪明仁孝，文武兼资，聿遵旧典，爰命以中书令、枢密使，悉总天下兵马。诸王、驸马、各道总兵、将吏，一应军机政务，生杀予夺，事无轻重，如出朕裁。其扩廓帖木儿，总领本部军马，自潼关以东，肃清江淮；李思齐总统本部军马，自凤翔以西，与侯伯颜达世进取川蜀；以少保秃鲁为陕西行中书省左丞相，本省驻扎，总本部及张良弼、孔兴、脱列伯各枝军马，进取襄樊；王信本部军马，固守信地，别听调遣。诏书到日，汝等悉宜洗心涤虑，同济时艰。
貊高上书顺帝，请求征讨不听命于朝廷的扩廓帖木儿，并特别强调：“人臣以尊君为本，以尽忠为心，以爱民为务。今总兵官扩廓帖木儿，岁与官军仇杀，臣等乃朝廷培养之人，素知忠义，焉能俯首听命。乞降明诏，别选重臣，以总大兵。”顺帝听从貊高的建议，下诏罢黜了扩廓帖木儿的兵权，允许貊高等军进攻扩廓帖木儿。李国凤等人向皇太子建议：“向者诏令各将将本部，分道进兵，而不立大将以总之，宜其不从也。古者，太子入则监国，出则抚军，太子何不奏主上，立大抚军院以镇之。凡指挥各将，皆宜出自抚军院，然后行使权归于一，而自内制之，庶几可为。而貊高一部，背扩廓而向朝廷，此宜别作名号以旌异之，然后可也。”皇太子采纳这一建议，向顺帝请准设立了大抚军院，以右丞相完者帖木儿、翰林承旨答尔麻、平章政事完者帖木儿等出任知大抚军院事的职务。完者帖木儿则特别强调了大抚军院与枢密院的分工：“大抚军院专掌军机，今后迤北军务，仍旧制枢密院管，其余内外诸王、驸马、各处总兵、统兵、行省、行院、宣慰司一应军情，不许隔越，径行移大抚军院。”
尽管明军已经攻入山东，形势危殆，皇太子依然致力于攻讨扩廓帖木儿，陈祖仁乃于至正二十七年十一月向皇帝上书，特别强调了当前用兵要分清主次的问题。
近者南军（明军）侵陷全齐，不逾月而逼畿甸，朝廷虽命丞相也速出师，军马数少，势力孤危。而中原诸军，左牵右掣，调度失宜，京城四面，茫无屏蔽，宗社安危，正在今日。臣愚等以为驭天下之势，当论其轻重强弱，远近先后，不宜胶于一偏，狃于故辙。前日南军僻在一方，而扩廓帖木儿近在肘腋，势将窃持国柄，故宜先于致讨，则南军远而轻，而扩廓帖木儿近而重也。今扩廓帖木儿势已穷蹙，而南军突至，势将不利于宗社，故宜先于救难，则扩廓帖木儿弱而轻，南军近而重也。陛下宽仁涵育，皇太子贤明英断，当此之时，宜审其轻重强弱，改弦更张，而抚军诸官，亦宜以公天下为心，审时制宜。今扩廓帖木儿党与离散，岂能复振，若止分拨一军逼袭，必就擒获。其余彼中见调一应军马，令其倍道东行，勤王赴难，与也速等声势相援。仍遣重臣，分道宣谕催督，庶几得宜。如复胶于前说，动以言者为扩廓帖木儿游说，而钳天下之口，不幸猝有意外之变，朝廷亦不得闻，而天下之事去矣。
至正二十七年十二月，陈祖仁又上书皇太子，要求朝廷放弃对扩廓帖木儿的进攻，以保留对朝廷颇为重要的一支军事力量。
近日降诏，削河南军马之权，虽所当然，然此项军马，终为南军之所忌。设使其有悖逆之心，朝廷以忠臣待之，其心愧沮，将何所施。今未有所见，遽以此名加之，彼若甘心以就此名，其害有不可言者。朝廷苟善用之，岂无所助。然人皆知之而不敢言者，诚恐诬以受财游说罪名，无所昭雪也。况闻扩廓帖木儿屡上书疏，明其心曲，是其心未绝于朝廷，以待朝廷之开悟。当今为朝廷计者，不过战、守、迁三事。以言乎战，则资其掎角之势。以言乎守，则望其勤王之师。以言乎迁，则假其籓卫之力。极力勉厉使行，犹恐迟晚，岂可使数万之师，弃置于一方。当此危急之秋，宗社存亡，仅在旦夕，不幸一日有唐玄宗仓卒之出，则是以祖宗百年之宗社，朝廷委而弃之，此时虽欲碎首杀身，何济于事。故今不复避忌，惟以宗社存亡为重，奉疏以闻。
陈祖仁的建议可能起了一定作用，至正二十八年正月，顺帝发出了诏谕扩廓帖木儿的诏书，对扩廓帖木儿表示了抚慰的态度：“比者也速上奏，卿以书陈情，深自悔悟，及省来意，良用恻然。朕视卿犹子，卿何惑于憸言，不体朕心，堕其先业。卿今能自悔，固朕所望。卿其思昔委任肃清江淮之意，即将冀宁、真定诸军，就行统制渡河，直捣徐沂，以康靖齐鲁，则职任之隆，当悉还汝。卫辉、彰德、顺德，皆为王城，卿无以貊高为名，纵军侵暴。其晋宁诸军，已命关保总制策应，戡定山东，将帅各宜悉心。”由于扩廓帖木儿不为所动，至正二十八年二月即发出了各军合攻扩廓帖木儿的诏书，表明的是既灭之而后快的决心：“扩廓帖木儿本非察罕帖木儿之宗，俾嗣职任，冀承遗烈，畀以相位，陟以师垣，崇以王爵，授以兵柄，顾乃凭藉宠灵，遂肆跋扈，构兵关陕，专事吞并。貊高倡明大义，首发奸谋，关保弗信邪言，乃心王室，陈其罪恶，请正邦典。今秃鲁、李思齐，其率兵东下，共行天讨。”当年七月，貊高、关保在晋宁兵败，被扩廓帖木儿擒杀，顺帝即下命罢大抚军院，杀知院、同知等院官，恢复了扩廓帖木儿中书省左丞相等职务。
在朝廷依然激烈内斗的时候，北征的明军已经逼近大都。至正二十八年闰七月二十八日，顺帝在大都清宁殿召集三宫后妃、皇太子、皇太子妃和群臣议事，讨论是否北行上都，以避兵锋。中书省左丞相失列门和知枢密院事黑厮明确表示：“贼已陷通州，若车驾一出都城，立不可保，金宣宗南奔之事可为殷鉴，请死守以待援兵。”顺帝则回答：“也速已败，扩廓帖木儿远在太原，何援兵之可待也。”宦官赵伯颜不花则恸哭上言：“天下者，世祖之天下，陛下当以死守，奈何弃之。臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战，愿陛下固守京城。”顺帝去意已决，于当晚率皇太子等人开健德门北逃。八月三日，明军攻入大都，留守大都的淮王帖木儿不花、中书省左丞相庆童、中书省左丞丁敬可以及陈祖仁等人均死于兵乱之中。
逃出大都的顺帝一行，在通过居庸关时看到的景象是“道路萧条，关无一兵，车驾至，亦无供张”。顺帝乃发出了“朕不出京师，安知外事如此”的感叹。逃亡的君臣抵达上都后，讨论恢复之计，监察御史徐敬熙特别提出了十条建议：“一戒酒。一勿令宫掖干预政事。一选将。一宰相非人，请择贤者、能者。一明赏罚。一严军律。一汰军中老弱。一征兵西北诸藩。一征饷于高丽。一开言路。”这样的建议虽得到顺帝的赞赏，但是已经难以实施，因为皇后和皇太子还打着以辽东兵攻高丽的主意，西北蒙古宗王自阿鲁辉帖木儿叛乱后已经与朝廷离心，宫廷中依然内斗不止，使人不得不发出“时事至此，犹有朋党之见存”的感叹。至正二十九年六月，明军北上进攻上都，顺帝一行逃出上都，准备前往漠北的和林，但是抵达顺昌后顺帝患病，并于次年死于顺昌。
顺帝在位三十六年，是元朝在位时间最长的皇帝（在位时间比元世祖忽必烈多一年）。忽必烈把元朝推向了鼎盛，顺帝则把元朝推向了衰亡。对于在自己手中崩溃的元朝统治，顺帝至死也没有愧疚之意，更不用说深究为何败亡的道理。参照权衡、孔齐、叶子奇、陶宗仪等人对顺帝的评价，可以对顺帝所具有的五种政治观念作概要性的说明。
一是宽平观念。宽平是顺帝在位前期秉持的主要政治观念，如权衡所言：“帝在位三十六年，当元统、至元间，帝受制权臣，其后权臣相继或死或诛，帝恐惧之心弛，而宽平之心生。故至正改元之后，复兴科举，行太庙时享，赐高年帛，蠲天下民租，选儒臣欧阳玄等讲五经四书，译《贞观政要》，出厚载门耕籍田，礼服祀南郊，立常平仓，因水旱、贼盗下诏罪己，尽蠲被灾者田租，又命使宣抚十道，凡此皆其宽平之心之所为者也。”“向使庚申帝（顺帝）持其心常如至正之初，则将终保大位，何至于远遁而为亡虏哉。”
恰是因为顺帝早期具有一定的文治观念，并且确实体现出了懦弱性的宽平特征，才有了朝廷的更化政治举动。但是有宽平之心就不会亡国，只是权衡的假设，只要坚持儒家治道学说就可以保证万世太平，不过是儒者的政治幻想，不能以此来衡量顺帝的是非对错。
二是荒政观念。顺帝即位之初的不理政务，是权臣政治下的无奈选择，但是清除权臣之后，依然忽视甚至厌烦政务，沉溺于秘法，就是将荒政观念贯彻到底了，所以权衡对顺帝的评价是：“始曾留意政事，终无卓越之志，自惑溺于倚纳大喜乐事，耽嗜酒色，尽变前所为。又好听谗佞，轻杀大臣，致使帝舅之尊，帝弟之亲，男女猱杂，何殊聚尘。其后祁后谏己，强其子使学佛法。”“堂堂人主，为禽兽行，人纪灭亡，天下失矣。”
由此所要关注的问题，是佛法中的邪术确实可以起到改变心智的作用，不仅顺帝被改变，皇太子爱猷识理达腊也被改变，尊儒重道的政治观念一旦被长生不死的秘术观念所取代，就会成为十足的政治低能儿，导出令人瞠目结舌的各种政治悲剧。元朝中后期的多数儒者将佛教视为异端邪说，一个重要的理由就是历史上已经有过佞佛亡国的教训，没想到在现实中又出现了同样的事例。荒政与佞佛结合所产生的“君主脱世”观念，确实起了加速元朝败亡的重要作用。
三是嗜杀观念。有人认为顺帝失于昏庸或优柔寡断，权衡不同意这样的论点，而是明确指出顺帝是一个表现得相当明显的嗜杀君主，并且以其阴毒导致了元朝的灭亡。
或曰：“庚申帝以昏愚而失天下。”非也，庚申帝岂昏愚者哉。其欲杀是人也，未尝不假手于人，外示优客之状，内实行其欲杀之意，至于死而有不知者，此岂昏愚者之所能为哉。
或曰：“帝以优柔不断失天下。”亦非也，庚申帝岂优柔不断者哉。自至正改元以来，权臣之跋扈有名者，皆死于其手，前后至杀一品大官凡五百余人，皆出指顾之间，而未尝有悔杀之意，此岂优柔不断者之所为也。然则何者而失天下，由阴毒是也。且自古有天下之君，履九五之位，惟秉阳刚之惠、总揽阳刚之权者，为能居之。若操阴毒之性者，适足以亡天下耳。故《大易》称圣人之惠也，必曰“聪明睿知，神武不杀”而后已。夫外有聪明之闻见，内有睿知之机运；外有神武之雄威，内有不杀之仁慈。外聪明而内知惠，外神武而内不杀，然后为圣人之全惠，而后可以居九五之大位。彼庚申帝者，何足以语此，而其为亡虏也，不亦宜乎。呜呼，杀之为言，岂为人上之心哉。杀一恶人而使天下为恶者惧，使天下之为善者喜，如此而后杀之，是天下杀之也。杀一善人而使天下为恶者喜，使天下之为善者惧，则为人上者，宁不杀可也。古之圣人不杀者，其斯之谓夫。
应该承认，即便在修习秘术之前，顺帝已具备了多疑的性格，由多疑而阴毒，则是畸形性格的合理发展，所以他不但不信任大臣，也不信任皇后和皇太子，不信任就要杀人，所以就有了大量的冤死者，当然也有少数的该杀者。从这一点上看，顺帝并未修成“脱世者”，而是一个地地道道的“帝位眷恋者”，为保住帝位而嗜杀，恰是他的成功秘诀所在。
四是厌儒观念。在元朝的统治陷入危亡之际，儒者承担起了抗盗救国的重要责任，不仅向朝廷提出了各种救亡主张，还有突出的尽忠守节表现，正如时人所言：“国家以经术宣治化，取人才，兵兴以来，凡死节效命，举进士、知经学者为多，先王之教，不既著哉。”
尤其是与贪生怕死之辈相比，儒臣、儒士的死节更值得尊重：“天下之事战争，十有余年于兹矣。为臣辱国，为将辱师，败降奔窜，不可胜计。甚者含诟忍耻，偷生冒荣，以为得志，名节大闲，一荡去弗顾。求其忠义英烈，于千百之中莫克什一。噫，忠义英烈虽出于天性，要亦讲之有素，处之甚安。故于造次颠沛之际，决然行之而无疑，如李总管黼、王州尹伯颜、樊参政执敬、张御史桓、林教授梦正、萧处士景茂之杀身成仁，视死如归，是必讲之熟而处之当。一旦出于人所不肯为，遂以惊动天下，而精英忠烈之气在宇宙间，与嵩华相高者，自不容泯。”
但是当朝的君主并不重视儒者，甚至具有强烈的厌儒倾向，恰如孔齐所言，元朝之所以灭亡，就是因为不能像忽必烈一样重用真儒：“世祖能大一统天下者，用真儒也。用真儒以得天下，而不用真儒以治天下，八十余年。一旦祸起，皆由小吏用事。自京师至于遐方，大而省、院、台、部，小而路、府、州、县以及百司，莫不皆然。纵使一儒者为政，焉能格其弊乎，况无真儒之为治者乎。故吾谓坏天下国家者，吏人之罪也。”
叶子奇也明确指出：“大抵北人性简直，类能倾心以听于人。故世祖既得天下，卒赖姚枢牧庵先生、许衡鲁斋先生诸贤启沃之力。及施治于天下，深仁累泽，浃于元元。惜乎王以道文统行吏道以杂之，以文案牵制，虽足以防北人恣肆之奸，而真儒之效，遂有所窒而不畅矣。”
应该看到，在政治观念上顺帝确实有过由敬儒、重儒向轻儒、厌儒的转变，在战乱中也从未将“真儒治国”视为匡扶天下的良策，但是用真儒就不会亡国，同样是儒者的政治幻想，不能就此作出过度的解读。
五是民族歧视观念。元朝后期，不仅仅是伯颜明确表现出了歧视汉人、南人的政治态度，顺帝也对汉人、南人表现出极度的猜疑，太平的遭遇就是一个典型的例证。正如权衡所言：“惜乎元朝之法，取士用人惟论根脚，其所与图大政为将为相者，皆根脚人也。而凡负大器、抱大才、蕴道艺者，举不得与其政事。所谓根脚人者，徒能生长富贵，脔膻拥毳，素无学问。内无侍从台阁之贤，外无论思献纳之意，是以四海天下之大，万民之众，皆相率而听夫脔膻拥毳、饱食煖衣、腥膻之徒，使之坐廊庙，据枢轴，以进天下之人士。呜呼，是安得而不败哉。”
叶子奇也就此留下了三段评价。
治天下之道，至公而已尔。公则胡越一家，私则肝胆楚越。此古圣人所以视天下为一家，中国为一人也。元朝自混一以来，大抵皆内北国而外中国，内北人而外南人，以至深闭固拒，曲为防护，自以为得亲疏之道。是以王泽之施，少及于南，渗漉之恩，悉归于北。故贫极江南、富称塞北，见于伪诏之所云也。
古之圣贤立心，至公无我。其官人之道，必曰禄罔及私，官惟其能，爵罔及恶，德惟其贤。此其所以能为天地立心，为生民立命也。元朝天下，长官皆其国人是用，至于风纪之司，又杜绝不用汉人、南人，宥密之机，又绝不预闻矣。其海宇虽在混一之天，而肝胆实有胡越之间，不过视官爵为己私物，其视古圣立贤无方之道果何如哉。不知天位天禄，天以命有德，岂能屯膏吝赏，久蔽于汉人、南人哉。是以不及百年，大乱继踵，而爵禄皆归中原之人。盖祸福乘除，其数然也。由是观之，人谋岂能夺天造哉。孰若均平天施，无有南北之分，惟才是任，惟贤是使。譬之水泽，使百川分流，则大有所潴，小有所泄，滔滔汩汩，庶为悠久。若使壅并防遏，蓄而不泄，及其溃决，小则为灾，大则致败，必然之理也。
治天下者，不使利遗一孔，亦必致败，岂惟名爵独然。末流之竭，当穷其源。枝叶之枯，必在根本。元朝末年，官贪吏污，始因蒙古、色目人罔然不知廉耻之为何物。其问人讨钱各有名目，所属始参曰拜见钱，无事白要曰撒花钱，逢节曰追节钱，生辰曰生日钱，管事而索曰常例钱，送迎曰人情钱，句追曰赍发钱，论诉曰公事钱。觅得钱多曰得手，除得州美曰好地分，补得职近曰好窠窟，漫不知忠君爱民之为何事也。
元朝后期的社会矛盾，既有阶级矛盾，也有民族矛盾，主政者的民族歧视观念，确实起到了加深民族矛盾的作用。但是需要注意的是，导致元朝灭亡的根本矛盾是阶级矛盾，不是民族矛盾，因为南人和汉人的上层人士尤其是儒者实际上是元朝统治的支持者和维护者。放大元朝时期的民族矛盾，是明朝初期人士的较普遍做法，治政治思想史的学者显然不应被这样的做法所迷惑，只是认识到顺帝存在民族歧视的观念即可。
元朝的败亡，还有其他的因素，此处只是列出受顺帝政治观念所影响的重要败亡因素。至于皇太子爱猷识理达腊，就是一个只想着上位的政治废物，既无军事才干，也无文治观念，只能充当玩弄权术的丑角。元朝后期危机的加重，在很大程度上是由皇帝和皇太子促成的，所以尽管有臣僚的各种应对危机对策，也难以起到挽大厦于既倒的作用。主政者之恶，带来的是国家的悲剧，元朝后期政治为此提供的重要例证，确实发人深省。