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1206—1259年是成吉思汗及其后裔在中国北方确立蒙古国统治的时期。这一时期政治思想的发展有两条重要的脉络。
第一条脉络是以历任蒙古大汗为代表的维系草原帝国的政治观念。由蒙古乞颜部人成吉思汗建立的蒙古国，实行以大汗为核心、以草原贵族和军事将领为支柱、适应游牧经济基础的游牧君主制，与中原“汉地”长期实行的以皇帝为核心、以官僚为支柱、适应农耕经济基础的专制主义中央集权制度有所不同。成吉思汗及其后继者为维系草原帝国的游牧君主制，形成了一套较为完整的政治观念，并显示出了四方面的特征。一是坚持“汗权天授”的天命观，以占卜作为沟通天人关系的重要手段，并将各种宗教的作用“窄化”为替君主“告天延寿”。二是最高统治者的国家观具有两面性，一方面是造福于游牧社会，另一方面是赤裸裸的征服论，以征服他国、他族来保证成吉思汗的亲族等共享征服成果。三是在简朴的国家制度下，以简单的法律体系维系社会秩序，并建立严格的上下隶属关系，以绝对服从的观念，将游牧民营造成维系统治和对外征服的驯服工具。四是与草原游牧社会相适应的道德观，如忠诚、敬老与尊贤、和睦亲族等，以及成吉思汗之后各蒙古大汗强调的“遵从祖宗之法”，成为新兴草原游牧帝国的政治道德规范，制约着蒙古君臣的行为。
第二条脉络是以耶律楚材等人为代表的恢复中原统治秩序的政治观念。蒙古建国之后，发动大规模战争，西夏、金、大理等相继灭亡，在江南立国的南宋亦已成为被攻击目标。在几十年的战乱中，中原地区不仅遭受了重大的破坏，原有的统治体系也被颠覆。在严峻的形势下，北方的僧、道人士和士人等以恢复中原统治秩序为核心目标，在政治观念的表述上主要表现出五方面的特征。一是以“君主修身养命”和规劝君主行为，暗含中国传统治道思想，影响蒙古统治者改变对中原地区的态度和统治方式。二是以北方士人的立场诠释正统的传承，将少数民族建立的王朝纳入中国的“正统”之中，为新王朝的兴起提供理论依据。三是表彰辽、金“行汉制”的成就，指出不彻底奉行“中国法”是金朝灭亡的重要因素，并在一定范围内努力以“治术”恢复“汉制”。四是儒、释、道合流的趋势在经受战乱的中国北方更趋明显，理学尤其是朱熹的学说因赵复在北方讲学开始广泛传播。五是金朝灭亡前后的一批隐士显示出强烈的淡泊功名倾向，但是对于士人应秉持的立道、兴学、修身等依然有强烈的兴趣，并提出了一些重要的政治见解。
蒙古国时期政治思想发展的这两条脉络，分别代表草原帝国统治思想和中国传统的农耕王朝统治思想。在两种不同政治思想的碰撞中，草原帝国统治思想居于主导的地位，带来的是中国古代政治思想发展的一次重大变局。要全面了解元代的政治思想，必须对这样的变局有深刻的认识。