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反馈是系统论中的重要内容，通过正负反馈的调控，使系统能够有效运行。善恶报应作为一种思想体系和行为指南，其思想架构中蕴涵着反馈的内容，即通过后果来对行为人进行引导和约束。善恶报应实质上相当于一个行为控制系统，这个系统通过行为输入、反馈输出来影响人的认知和行为，并把认知用于继续、调节或改正自己的行为方式。善恶报应中的反馈并不像生物系统中的反馈那样是建立在本能基础上的反馈，而是一种人为形成的反馈。
善恶报应主要是通过奖励和惩罚来对人们的思想和行为进行反馈。奖励和惩罚是两种非常普遍的手段，在人类早期社会中就已经被普遍应用。亚里士多德说过：“私人与立法者都惩罚和报复做坏事的人——除非那个人的行为是被迫的或出于他不能负责的无知的——并褒奖行为高尚[高贵]的人，以鼓励后者，遏止前者。”
奖励和惩罚在人类社会中是很普遍的操控人的行为的手段方式。一个孩子从小到大，都会受到或看到很多奖励或惩罚的事件；一般认为奖励和惩罚是有效的反馈手段，在社会生活中广泛应用。奖励是善恶报应系统中的正反馈，鼓励人们继续做出有利于系统运行的行为；惩罚作为负反馈，对抗和阻止系统中正在进行的行为。奖励和惩罚反馈的伦理和实践意义在于告诉行为者什么样的行为是社会赞许的，应该继续下去；什么样的行为是社会不允许或禁止的，应该改正，否则就会受到惩罚。
善恶报应系统反馈机制的运行模式是这样的：
在善恶报应系统中，反馈是个人与他人、社会之间的信息交流和能量交换过程。在系统论中，反馈的作用主要是把个人所做行为的信息传达到系统（社会）中，系统（社会）把对这种行为的肯定或否定的信息通过奖惩的方式传输回去，让人们知道什么是应该做的、什么是不应该做的。理性行为者会根据反馈信息对自己的行为做出继续或调整改正的决定，这是一个动态的过程。这种信息交换过程不仅客观上有利于帮助人们形成社会所要求的道德行为，而且能够影响人们的认知。反馈同时也是能量交换的过程，个人对他人、社会的行为，即能量输出，决定了社会对个人进行奖惩的能量反馈。对于个人的认知和行为系统而言，与作为环境的社会的交流反馈有助于个人认识哪些行为是应该做的，哪些行为是社会禁止的，做出符合社会要求的行为，实现人的社会化。对于社会系统而言，信息交流和能量反馈是社会与其内部组成部分之间的互动，有利于约束和引导社会成员的行为，有利于社会的和谐稳定。无论是作为系统的个人还是作为系统的社会都需要交流反馈；没有了信息与能量的交流反馈，个人认知系统或社会系统就会因为内部的无序而走向混乱崩溃。
在善恶报应系统中，反馈不仅包括物质方面，也包括精神方面。就道德行为而言，对其奖励和惩罚既可以是物质利益，也可以是荣誉名声等精神方面的赞誉。特别是荣誉，作为一种名誉上的奖励，被很多人视为比珍宝更可贵的东西，它不仅意味着对行为者个人德行的高度肯定，也意味着社会推崇的价值引领方向。戴维·罗斯指出：“大多数直觉主义者可能会持有这样的观点：有一种基本的和非派生性的义务，就是酬劳有德者，并惩罚恶人。……在我看来，酬劳和惩罚的义务似乎在这个意义上是派生性的。它能被归于尽我们所能地产生更多的善的义务中去……”
在他看来，酬劳和惩罚的工具性价值是派生的，其本质性意义在于促进善、产生善、实现善。善恶报应中的赏罚事实上是把道德置于更为根本的地位，通过反馈赋予道德以外在和内在的权威，体现出价值理性。
在反馈系统中，既有奖励之类的正面的引导，形成前面的拉力，也有惩罚之类的威慑，形成后面的推力，最终形成合力促使人们做出符合社会要求的行为。在善恶报应机制中，奖励和惩罚作为外在的牵引力和推动力引导着人们去遵循道德，不过，它也没有排除内在的主动的认同和遵从。也就是说，善恶报应中的行为既可能出自被动的服从，也可能出自对善恶报应中的道德要求的认同和肯定，也可能是二者的结合。相对于单纯的推动力和牵引力而言，这种推动力和牵引力的结合，应该更能够起到对人的行为的引导和约束作用。
善恶报应系统并不是一个机械的硬系统，而是掺杂着人的自由意志的软系统。与硬系统的一次性完成不同，“软系统方法论不指望像硬系统方法论那样一次完成，而强调在实施过程中不断发现问题、不断变革，这和我们常说的实践、认识、再实践、再认识的辩证唯物论思想也是一致的”
。因而，善恶报应系统对人的影响也不仅仅是行为的约束，也有认知和道德的完善。作为对人的行为控制的系统，善恶报应反馈机制并不能精准预测人的行为，因为人的行为具有复杂性，但是相对于没有反馈，反馈机制使得人们从事符合系统要求的行为的可能性相对较大。反馈系统是把动力系统、计算理论和统计推测结合在一起，试图操控、引导具有复杂性的人的思想和行为。