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（1）“三会制”法人治理结构对社员权利的影响。目前，国外学者主要从决策权和剩余分配权两个方面来进行分析。关于决策权对成员权利的影响，学者们认为合作社在异质性的结构中会花费较高的决策成本（Cook，1995；Cook and Iliopoulos，1999；Gripsrud et al.，2000），因此合作社在核心成员和普通成员的能力具有差异的情况下，尤其是认知能力的差异决定了他们不同的决策控制，合作社会形成一种特殊的平衡的决策结构，即中心—外围结构，核心成员比普通成员有更多的决策权，而普通成员由于对成功影响决策的预期较低，也会放弃一些对决策权的控制（Rousseau and Shperling，2003；Hojman and Szeidl，2008）。关于剩余分配权对社员权利的影响，学者们已经将剩余分配而引起的机会主义所带来的代理问题作为衡量机会主义行为的标准方法（Holmstrom and Milgrom，1991；Waterman and Meier，1998）。在此基础上，学者们对剩余分配权对成员权利的影响进行了进一步分析。如：Vitaliano（1983）认为，作为经济组织的合作社，其剩余分配权被限定在合作社契约框架下的惠顾代理群体中，而且这些选择性权利不能在市场上进行交易，这就会使具有资本市场特征的信号不能向合作社传递，合作社的成员难以保证管理层人员按照其利益运作，合作社具有非常明显的代理成本。Staatz和John（1985）指出，合作社管理成员的行为不会通过市场价值的反映而获得有效监督，也不会有其他收购者来挑战；由于缺少二级市场，合作社限制了成员（惠顾者）优化其投资的组合方案，合作社的成员因此更趋于规避风险；成员（惠顾者）只有在其惠顾时才能体现所有权。由Staatz的分析可知，合作社由于一些方式的限制（如不能使用股权认购和股权激励），成功的管理者不能得到相应的酬劳，决策管理因此难以有效执行；随着合作社不断扩大其组织规模，合作社管理人员逐渐偏离于合作社价值，成员间不明晰的角色分工和成员监督管理人员的有限能力，合作社比其他组织有更加突出的代理问题（Malo and Vzina，2004）。Royer（1999）指出，由于合作社没有股份交易市场和股权激励机制，委托—代理问题在合作社内会更加严重。缺乏股份交易市场使成员难以有效监督合作社管理者的行为，以及对合作社的价值进行评价，同时缺乏股权激励机制会使合作社难以吸引、留住杰出的管理者，并且使管理者拥有将合作社变为企业（投资者所有）的动力。他还指出，随着合作社规模的不断扩大以及合作社消费者导向特征的呈现，生产者导向型的理事会将失去监督合作社管理者的效力。
国内学者主要从所有权、决策权两个方面来分析合作社的法人治理结构对社员权利的影响。关于所有权对社员权利的影响，主要从剩余控制权和剩余索取权两个方面来予以分析。林坚、黄胜忠（2007）通过研究发现，合作社形成的核心成员和普通成员的异质性社员结构使核心成员拥有合作社生产经营上的自然控制权和主要的剩余控制权，而普通成员的剩余控制权相对有限。邵科、徐旭初（2013）指出，我国合作社由于缺乏长久的民主治理实践，以理事长为首的少数能人掌握着核心的稀缺资源，使核心成员拥有绝对的剩余控制权，普通成员难以通过管理参与获得足够的权利。关于决策权对社员权益的影响，马彦丽、孟彩英（2008）通过合作社的双重委托—代理关系的研究发现，合作社的大股东通常是实际的经营者，他们做出各种管理决策，处于合作社的核心地位，而以中小农户为代表的普通成员则处于依附、被控制的地位，因而形成了核心—外围的决策结构。张雪莲和冯开文（2008）也注意到现阶段我国合作社成员间的异质性问题，在这样的异质性结构下，核心社员掌握多数决策权，而多数普通成员没有参与决策，应在后期发展中促进普通社员参与决策。颜华、冯婷（2015）指出，作为合作社其中之一的所有者，普通成员应该对核心成员采取部分委托，而不是完全委托的方式，成员代表应由普通成员选出并参与合作社实际运营管理中的重大决策，而核心成员在代理合作社事务时，应该把重大决策在成员大会上进行公开讨论并作出决策，从而保持普通成员与核心成员之间的信息对称。陆倩等（2016）认为合作社的主要负责人（理事会成员或监事会成员）通常由主要的出资人发展而来，这些核心成员掌握着合作社的主要决策权，因此普通成员难以参与合作社的决策。
（2）“三会制”法人治理结构对社员利益的影响。国内学者主要从剩余分配权来分析法人治理结构对社员利益的影响，如：大部分合作社从成立伊始就具有少数的核心成员占有大多数股份、多数的普通成员占有小部分股份甚至没有股份的现象，大股东（关键性生产要素的持有者）在合作社中拥有绝对话语权，使核心成员获取的利益远大于普通成员（黄祖辉、邵科，2009）。占有合作社多数股份的少数核心成员（如理事长）在进行合作社的盈余分配时，可以按照入股比例分到合作社大部分的经营利润（周春芳、包宗顺，2010）。孙亚范（2011）通过对江苏省205个合作社的实证研究发现，在合作社股金集中于少数大股东和团体成员的前提下，合作社的盈余分配呈现过度向资本倾斜的特征，核心成员作为资本的主要贡献者需要获取更多的合作收益。应瑞瑶等（2016）指出，我国合作社的成员异质性使合作社在盈余分配中采取按股分红的比例较高，而按交易量返还的比例较低，但是目前多数合作社采取按股分红的利益分配方式有现实的合理性，在一定程度上可以让合作社核心成员获得其对合作社资本贡献的回报，而这种资本在农村具有稀缺性和难以替代性。崔宝玉等（2016）提出，合作社的发展路径以股权相对集中、成员呈异质性为主要特征具有一定的合理性，这两种特征并不能说明合作社在利益分配上会损害普通社员的利益，核心成员收入的提高并不意味着普通社员的收入一定降低。
从已有的对合作社组织结构对社员权益的影响研究可以看出，在普通成员的权益保护上一直存有争议。从合作社的所有权和决策权对社员权益的影响来看，学者们认为合作社应该保护普通社员的权益，表现为在现阶段我国合作社的发展主要依靠核心成员，应该首先保证他们的权利，在合作社发展的中后期应该对普通成员的权益予以保护。而从合作社的剩余分配权对社员权益的影响来看，学者们认为合作社实际运行中的向核心成员倾斜的利益分配具有现实的合理性，因此不应过多关注于普通成员的权益保护。
关于经济组织结构对社员权益的影响，学者们主要从合作社的规模和专业分工两个方面予以研究。关于合作社的规模对社员权益的影响，学术界一直存有争议。一些学者认为，合作社的规模越大，越有利于保障成员利益。如：樊丽明、解垩（2010）指出当合作社规模扩大时，可以吸引更多的企业等团体成员加入，有利于提高合作社的生产经营水平，并有助于农产品销售，更好地起到带动社员增收的效果。杨光华、朱春燕（2014）提出，随着合作社的规模扩大，合作社的任务和目标得到细化，并根据现有条件设置相应组织机构，在成员数量方面进行严格控制，从而稳定组织绩效，有利于保障社员经济利益。另有一些学者认为，合作社扩大规模并不利于成员利益的保护。如：国鲁来（2005）提出，扩大合作社的规模可以对合作社的绩效起到积极的促进作用，但是增加了成员数量，会弱化社员的民主和监督权。王军（2010）提出，合作社扩大规模会使成员数量增加，从而导致成员间更多的利益冲突。李丽、徐明峰（2014）指出，合作社要保持适当的规模，因为社员数量过多会对合作社经济效益产生负面影响，从而对社员的经济利益产生不利的影响。
关于专业分工对社员权益的影响，少数学者对此进行了研究。如：刘自敏、杨丹（2013）通过对我国六个省的农户调查数据进行分析，发现合作社可以促进农户参与农业生产环节上的分工，通过参与分工使农户获得更高的分工净收益；谢琳、钟文晶（2016）指出，我国大多数合作社由于没有对职业经理人等后续的交易型分工进行发展，使其在社会化分工上有较高的交易成本，从而不能分享分工经济，对农户的经济利益产生了一定的影响。