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随着我国水上运输能力的提升、经贸往来的频繁，水上交通领域人为事故发生率不断提高，行业风险日渐加大，高风险的水上作业与高强度的水上运输给人身、财产和海洋环境造成极大的损害。2016年5月13日8时10分，“浙岱渔11307号”渔船在长江口渔场附近海域失联，疑似沉船，船上17名船员下落不明。2016年5月7日凌晨3时40分，“鲁荣渔58398号”渔船在东海海域被一艘马耳他籍货船撞沉，船上19人中2人死亡，17人失踪。不足半个月，两起船舶肇事，死亡失踪共计36人，这只是浙江水域海上安全事故的缩影。水上交通领域的事故主要是船舶事故，又分为船舶肇事（船舶碰撞）、船舶搁浅、触礁、触损、浪损、风灾、火灾等。其中，船舶肇事涉及的刑事法律关系最为复杂，事故后果也相对严重，除了海上人命、财产损失，还包括海洋环境污染、生态损害。
据不完全统计，2010年至2014年5年间，我国海事行政机关管辖水域共发生船舶事故1731起，其中运输船舶事故1420.5起，死亡失踪1409人，沉船819艘，直接经济损失18.25亿元；非运输船舶事故310.5起，死亡失踪857人，沉船313艘
（见图1和图2）。经过比较分析，可以得出如下结论：（1）运输船舶事故案发率整体在逐年下降，但非运输船舶交通事故的案发率并未得到有效防控；（2）水上交通事故中，沉船往往伴随着大量的人员死亡；（3）非运输船舶交通事故导致人员死亡的概率远远高于运输船舶事故，危害后果严重；（4）水上交通事故造成的直接经济损失数额巨大，远远高于陆地交通事故财产损害后果。尽管近年来我国的水上违法案件数量逐年下降，但是船舶交通事故每年也会造成几百人的失踪和死亡。刑罚的预防功能得不到发挥，同类事故再次案发现象严重。
图1 运输船舶事故统计
船舶因碰撞、触礁、搁浅等引发的重大险情和事故时有发生，水上交通秩序与水域环境逐步恶化的负面效应也日益突出，引起社会各界的密切关注。由于立法、执法、司法等多方面原因，司法实务部门对严重危害水上交通领域涉嫌犯罪的案件很难介入，大部分涉嫌犯罪案件只能在民事和行政诉讼环节定分止争、息事宁人，被追究刑事责任的水上交通犯罪案件寥寥无几。对于严重危害水上交通安全且涉嫌犯罪的行为，民事制裁与行政处罚并不能达到恢复正义与预防再犯的社会功效，相反，刑事责任的缺失不但对犯罪嫌疑人起不到特殊预防的作用，而且，对于受害人也起不到安抚的作用，因此引发出一些群体性上访事件、妨害公务事件、聚众冲击国家机关等恶劣事件，再生的矛盾直接影响了社会经济秩序和生活秩序，不仅给中国航海业敲响了警钟，也暴露出我国水上交通安全刑事法制保障的薄弱之处。
图2 非运输船舶事故统计
重大交通事故逃逸造成人员死伤甚至失踪人数居高不下；船舶碰撞溢油严重污染海洋环境，甚至造成生态损害；以渔民为主体的水上群体恶性事件严重扰乱了国家机关的秩序，“三无”船舶非法采砂，酒后驾驶船舶，伪造、变造船员证书等危害水上公共交通安全、妨害水上交通管理秩序的行为已经达到犯罪程度却难以规制……水上交通犯罪的危害后果及其引发的社会影响，已然成为各界关注的重点。
刑法对于刑事责任的界定多是基于行为社会危害性的考量，具体反映在犯罪构成中即行为所致危害后果的认定。根据我国《刑法》第一百三十三条的规定，道路交通肇事犯罪的危害后果不外乎三种，即人员的重伤、死亡和财产损失。由水上船舶运输的特点所决定的，水上交通肇事犯罪除了具备道路交通肇事犯罪三个危害后果之外，还有一个特殊的后果，就是受害人落水下落不明，即“活不见人，死不见尸”，也可以说其危害结果显现得不如道路交通肇事犯罪那样直接、明确。实践中，人员失踪已经成为了交通事故不可忽视的危害后果，并且呈现出愈演愈烈之势。据不完全统计，2008年至2014年，仅因运输船舶交通事故就导致死亡失踪
共计2095人。只是因为水上交通事故的社会监督不足、社会影响不大，这类事故一直没有得到学术界及司法界的关注。以我国某省管辖水域为例，自2007年至2011年，共计死亡118人，失踪200人。据不完全统计，2008年至2014年，仅因运输船舶交通事故就导致死亡失踪共计2095人（见图3）。由于我国现行《刑法》并不承认人员失踪是犯罪的后果，所以在罪刑法定原则的要求下，司法机关难以对人员失踪这种危害后果进行直接的法律判断，无论行为人事实上造成了多少人员失踪，也很难与刑事责任挂钩，这既侵害公众的道德情感、有违刑法的公正，也不利于海上人命安全的救助。其次，因为船舶本身的造价远远高于车辆，船舶碰撞的财产损失与车辆碰撞不可相提并论，“造成公共财产或者他人财产直接损失，负事故全部或主要责任，无力赔偿数额在30万元以上的”
作为入刑的标准，对于水上作业的船舶是否公平？
图3 运输船舶交通事故死亡失踪统计
此外，船舶碰撞溢油污染的情形也极为复杂。船舶碰撞溢油导致的环境损害也并非实体法意义上的交通肇事罪的危害后果，因船舶碰撞导致环境损害而追究肇事者刑事责任的案例在实践中较为鲜见。自1998年至2008年，在中国管辖海域共发生718起由船舶事故引发的溢油事件，溢油总量达11749吨，这些事故当中溢油量50吨以上的污染事故就有34起，溢油量高达10327吨。这些污染事故给我国海洋环境造成了巨大的损害。船舶碰撞直接触犯的罪名是“交通肇事罪”，间接涉及“污染环境罪”。在船舶碰撞溢油污染海洋涉嫌犯罪的情况下，溢油污染应被视作交通肇事罪的危害后果还是污染环境罪的危害行为，相关刑事法律规范也没有规定。在刑法的因果关系上，船舶碰撞直接导致的法律后果是船舶破损，之后才会发生船舶的溢油污染海洋的事故。那么，船舶碰撞溢油污染海洋是构成交通肇事罪，还是污染环境罪？能否直接认定为“交通肇事罪”？如果以交通肇事罪定罪处罚，污染海洋的危害后果是否有违刑法直接因果关系理论？“溢油污染造成的直接财产损毁、减少的实际价值以及为防止污染扩大、消除污染而采取必要合理措施所产生的费用”能否纳入交通肇事罪“30万元以上”的危害后果数额标准中加以认定？
另外，虽然《刑法》第三百三十八条“污染环境罪”涵盖了包括海洋环境污染事故在内的所有造成严重污染环境事故类的犯罪形态，但无论是该条法条还是相关司法解释都并未考虑到海上环境污染事故的特征，并没有直接针对海上污染环境事故的犯罪作出单独解释。根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理环境污染刑事案件适用法律若干问题的解释》规定，“严重污染环境”的立案标准是“致使公私财产损失三十万元以上的”，是把包括污染环境行为直接造成的财产损毁、减少的实际价值以及为防止污染扩大、消除污染而采取必要合理措施所产生的费用在内的30万元作为犯罪的起刑点。同样，30万元的数额标准适用于海上大型运输是否合理？为恢复水域环境而支付的财物是否应当计入污染环境罪的危害后果之中？如何认定和量化环境（生态）损害？这些问题，既关涉罪的认定，也影响财产损失数额的确定。诸多问题的产生，无不体现了水上交通犯罪危害后果的严重性和复杂性。这也是水上交通犯罪刑事追责困难的重要原因。
刑事责任的承担必须以合格的犯罪主体为前提，水上交通犯罪主体的特殊性体现在资质取得难、业务分工复杂、工作环境恶劣、责任界定难等多个方面，这也导致其成为实践中水上交通犯罪刑事追诉困难的原因之一。以交通肇事为例，一般而言，道路交通肇事犯罪的主体就是指肇事机动车辆的驾驶员，因为机动车辆通常是由一人驾驶，因此主体相对比较单一。虽然2000年《交通肇事解释》明确了交通肇事罪的责任主体不仅包括从事交通运输的人员（如驾驶员），还包括非交通运输人员即除交通运输人员以外的一切人员，但在司法实践中，交通肇事罪的责任主体主要为机动车驾驶员。而在水上交通领域，船舶一般不是由一人控制和操纵，而是一个由若干人员共同操纵，船长、轮机长、大副、二副、舵工等工作人员须各司其职，密切配合，才能完成驾驶船舶的任务，保证船舶的安全航行。在船舶发生交通事故、构成交通肇事犯罪时，应根据他们在事故中的责任程度，具体确定负刑事责任的人员。因此，水上交通肇事犯罪与道路交通肇事犯罪相比，主体具有相对的复杂性，既包括驾驶船舶的人员和操作船舶设备的人员，如船员，还包括对船舶运输活动的直接指挥和领导人员，如引航员、船舶所有人、船舶承租人和经营人等。单就机动车驾驶员和船员进行比较，无论是在资质取得条件上还是在工作性质、职业环境等方面均有很大不同。
首先，陆上驾驶机动车辆一部分是进行客货运输，但更多的以车代步，作为家用。因此，机动车辆驾驶员只要拥有相应车辆驾驶执照即可驾驶机动车辆，因而陆上交通肇事罪的主体就具有了普遍性和相对随意性，大多机动车驾驶人员并不以从事交通运输为其职业。而由于船舶操作的复杂性，除了内河上部分小船是单人操作，大部分内河船舶都是2人以上甚至多人共同操纵的，而海船几乎都是团队操作。水上交通运输受气候、航道、水流、潮汐、季节变化等自然因素的制约较大，船舶驾驶的复杂性和风险系数又远远超过了陆路上的汽车驾驶。因此，从事水上交通运输业务的人员都是职业的船员，这一群体具有固定性。
其次，驾驶机动车辆的操作方法比较简单，驾驶员对车辆可以实施个人有效控制和操纵，无须依赖他人的配合。而船舶驾驶通常不能仅由一人完成，需要各个部门不同船员按照操作程序完成。对于驾驶船舶这样一个分工精密、高度机械化的工作，自然需要一个分工合作、令行禁止的团队，团队中包括各类船员，船长、大副、轮机长、舵工等。依据职务的高低，权责范围不同，他们之间具有明确的操作分工，各自在职权范围内完成驾驶船舶的任务，保证船舶安全航行。
再次，从业资质的取得方面，机动车驾驶证的获得较为容易，只要年满18周岁依法取得相应车辆机动车驾驶证的人即可。而因航线的船员级别、业务内容的不同，对船员资质的要求也有所不同。因为水上运输具有较高风险，船员须具有较高的技术性。实践中，从船员的入行培训，到考试、发证都有一套严密的规章制度。高级船员要经过正规的大专以上的学历教育，对于船舶的操控系统和机械设备都要有全面的了解和掌握，同时，针对不同专业的船员，还要求达到行业的标准化技术要求，体现出高度专业性。
最后，工作环境不同。一方面，船员的职业特殊性决定了船员要经常面临高强度的日常工作，人员相对固定，封闭狭小的活动空间，噪声、震动大，频繁的船舶检查、机械维修、专项活动、单一的工作环境，远离大陆和家人朋友，信息较为闭塞；另一方面，工作环境决定了船员要面临恶劣的自然条件、频繁水上风险等，船员始终处于比较紧张的精神状态，使日常生活经常体验的感觉、知觉严重匮乏，这种感觉、知觉负荷不足的心理状态，导致船员容易出现焦虑、抑郁、恐慌或情绪紧张过度等心理应激现象。此外，在船时间过长、矛盾心理、职业危机等因素交互作用，也都在客观上影响着船员群体的心理状态。
由此，在水上交通运输行业内部长期形成了一种共识：船员是一个高风险的行业，船员长期处于特殊的船舶环境中，较长时间在此种环境下容易产生恐惧、郁闷的心理，进而发生心理以及生理上的疲劳，因而在工作中难以集中精力以致发生意外事故也是不可避免的。但是，这些问题仅可作为船员法律责任的参考因素，并不能因此免去船员的法律责任。
因此，我们可以这样说，从事水上交通运输的人员是一个由若干船员组成的职业化团体，其中从事海上运输的海员团体更为固定和高度专业化，团队之间的协作也是陆上交通运输业务无法存在的。船员之间分工明确，只有各司其职、密切配合，才能完成驾驶船舶的任务，保证船舶的安全航行。按照工作的水域范围不同，可把船员分为内河船员和海员两大类，二者综合在一起可称为最广义的船员。海员是在海船上从事交通运输业务的船员，由于海船的复杂性与危险性较大，海员的适任条件较内河船员要严格得多。根据职务层次的高低，船员可分为高级船员和普通船员。根据职能技术要求的不同，船员又可进一步细分为管理级、操作级和支持级。高级船员分为管理级和操作级。普通船员为支持级。管理级包括船长、轮机长、大副、大管轮、政委（仅中国部分国企航运公司存在）；操作级包括二副、二管轮、三副、三管轮，现在国内沿海的船上绝大部分还有管事一职，又称为船东代表，属于管理级；支持级包括水手长、机工长、一水、二水、技工等，还包括厨师、事务员等等。按照船员的工作性质不同，又可分为船舶驾驶类船员、轮机类船员和其他类船员。驾驶类船员包括船长、大副、二副、三副等高级船员和普通船员（如水手）；轮机类船员包括轮机长、大管轮、二管轮、三管轮等高级船员和普通船员（如机工）；其他类船员也分为高级船员和普通船员两类，由于各类船员工作性质不同，其岗位职责也各有分工。当然，非从事水上交通运输的人员也可以是（水上）交通肇事罪的主体。
综上，水上交通肇事犯罪的主体既不能仅仅局限于船长、大副、二副等直接操纵船舶的人员，也不能无限制地将船上的所有船员都涵括在“水上”交通肇事罪的主体范围之内。具体来说，水上交通肇事罪的主体分为如下四类：第一类，船舶驾驶人员，通常指在甲板部工作的海员，按职务由高到低分为大副、二副、三副、值班水手。第二类，船舶设备操作人员，通常被认为是在船舶轮机舱内工作的海员，按其级别分为：轮机长、大管轮、二管轮、三管轮和机工。第三类，船舶运输活动的直接领导和指挥人员，一般指对于船舶的航行运输能够领导和指挥的人员，包括船长、船舶的所有人（船公司或者船东）或出租人、承租人等。我国台湾2002年“船舶法”规定，以船长（也有同时规定以船舶所有人的）为法定负责人，不问其违法的状态，由何人的行为，其罚则均规定由船长负责。可见，就“船舶法”而言，行政犯的负责任者，不限于违反行政法规的行为人，对于违法状态的发生，负有注意监督义务者，也应负其责任。
其中，船长是船舶上最高长官，对船上的行政和航行事务行使管理、统率和指导的权力，船员的法定义务只限于听从指挥，服从分配。第四类，其他类船员，主要指在船舶上工作的大厨、事务员等。需要注意的是，2000年《最高人民法院关于审理交通肇事刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第五条第二款指使逃逸的规定和第七条强令违章驾驶的规定由于明确限定在机动车辆的范围，故不适用于水上领域。可见，水上交通肇事犯罪的主体范围相对于陆上交通肇事犯罪，范围更窄，业务要求也更为精细和专业，操作上更具复杂性。因而在船舶发生交通事故涉嫌犯罪时，应根据他们在事故中的责任程度，具体确定负刑事责任的人员。
水域的广阔性和流动性决定了水上交通犯罪基本没有固定的犯罪现场，尤其是水域复杂多变的自然环境更使得执法机关难以采取陆地上常见的交通管制、围追堵截、设卡盘查等措施，不利于证据的收集、固定和保存。水域的开放性又在一定程度上便于犯罪分子逃窜，这导致水上交通犯罪更加难以控制和防范。依据我国《刑法》第一百三十三条的规定，交通事故导致人员死亡通常作为追究肇事者刑事责任的事实依据，但是这一条适用在水上交通领域却出现诸多的困难。与陆路的车辆事故不同，船舶碰撞翻沉或自沉事故的起因相对复杂，天灾与人祸很难鉴别，因果关系的疏理工作需要大量的航运技术支持，如果不懂航海技术和水上运输管理制度，刑事诉讼所需要的逻辑进程和证据链条基本上无法设置与提炼；责任主体难以界定也是实践中水上交通犯罪刑事追诉难的重要原因。同理，其他刑事责任条款在水上交通领域的运用也面临着相同的窘境。囿于上述原因，目前我国海事违法涉罪案件的刑事司法追诉率不到百分之十。
通过对我国水上交通行政执法部门的实地调研
，笔者发现了我国水上交通违法案件与刑事追诉案件的一些特点。目前水上交通行政执法机关移送刑事司法追诉的案件主要包括以下几种：1.伪造证件类案件。这类案件发案数较高，移送司法机关追究刑事责任并受到刑事制裁的比率也很高，因为其案情相对简单，证据也易于掌握，所以基本上都能做到及时移送，及时处理。仅某市海事管理机构5年里就处理伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪类案件39起。
2.破坏交通设施类案件。这类案件多以侵占、破坏航道或者航道设施为表现形式，如破坏灯塔、灯桩、灯浮及无线电指向标等各类航标，盗窃航道设施蓄电池等，给船舶航行带来极大的安全隐患。这类案件和伪造证件类案件一样，一旦破获，刑事追诉也比较容易。3.事故类案件。在水上交通行政执法中，事故类犯罪较为频发，但在涉嫌犯罪案件移送上却屈指可数。以我国某省为例，当地海事管理机构在5年间共处理水上交通事故313起，事故共计造成人员死亡156人，失踪49人，重伤7人，然而移送司法机关的只有4起，得到刑事判决的仅有2起，移送案件数量仅占涉罪案件数量的1.27%。渎职类等案件的移送更是鲜见。实际上，我国水上交通事故发生频繁且数量较大，比较容易进入刑事司法环节并得到最终判决的案件通常是具有逃逸致人死亡情节以及死亡人数较多的案件。甚至在海事系统具有一个不成文的认识：船员职业风险大，如果按照陆上的入刑标准追究刑事责任，便是对船员的不公平，因而个别海事管理机构在执法中提高了入罪的门槛，比如案发于陆上的交通肇事罪以死亡1人或重伤3人作为入罪的标准，而海事机关却把死亡人数提高至3人。
此外，水上交通系统内部对于船舶违法犯罪的主观罪过形式、共同犯罪的认定标准、渎职犯罪的入罪标准都有不同的认识。
水上交通犯罪刑事追诉难，一方面是因为实体法对于罪量标准界定不明导致立案标准在实务操作中陷入困境，另一方面是水上交通行政执法与刑事司法衔接不畅所致。理论上讲，水上交通行政执法过程中发现的涉罪案件称为“行政犯”，此类案件如果要进入刑事追诉程序必须经由行政机关的移送，行政机关如果不移送案件，便阻断了案件的正常流程，使司法权落空，进而导致刑法的预防作用得不到发挥。由于水上交通环境多变，水上（尤其是海上）交通的风险远远高于陆地，交通责任事故类案件的责任认定相对陆上也显得复杂得多，因而在执法过程中发现涉罪案件与移送涉罪案件都是一个比较棘手的问题。
在我国刑事诉讼中，立案是刑事诉讼活动开始的标志。但是在水上交通违法涉嫌犯罪案件的发现上，侦查机关管辖具有被动性。根据《中华人民共和国内河交通安全管理条例》的规定，内河交通安全监督管理的主体是海事管理机构，内河水上交通事故由海事管理机构负责调查处理，公安机关没有管辖权。按《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，只有当海事管理机构经对水上交通事故调查取证认为构成犯罪并移送公安机关时，公安机关才能依法立案侦查。如果海事管理机构发现不了或不移送涉嫌水上交通犯罪案件，公安机关无法也无权进行侦查。而公安机关要立案追究涉嫌水上交通犯罪行为人的刑事责任时，必须先等海事管理机构出具《海上交通事故调查报告书》查明事故原因、判明当事人责任；海事管理机构进行了事故责任认定，公安机关才能进一步开展工作。内河水域广阔，海洋自然环境复杂，对水上航行的船舶难以像对道路上通行的车辆那样实施有效的监控；水的流动性使得犯罪现场极易受到破坏，而且一旦现场遭到破坏，很难加以恢复，特别是肇事船舶逃逸后，水面很快平静如初，一切痕迹荡然无存；受取证能力和手段的限制，海事管理机构对已查处事故中的犯罪行为的发现、证实能力相对较弱，难免发生漏罪现象；而公安机关侦查管辖的被动性，带来了侦查的滞后和困难。即使公安机关提前介入案件，也需要借助海事部门对案件的调查结论来决定是否立案，以及立案后是否移送案件至检察机关。然而，海事部门对案件的鉴定结论周期远远超过公安机关的立案期限和对犯罪嫌疑人变更强制措施的期限。海事部门的案件调查结论未出具之前，既没有证据证明案件符合刑事立案标准而可以向司法机关移送案件，侦查机关也难以继续维持原有刑事强制措施，从而导致涉嫌犯罪案件被动息诉放人的现象比比皆是。这些都给水上交通犯罪的现场勘查和现场取证工作带来了极大的困难，严重影响着刑事责任的追究。