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如前所述，广义上的水上交通犯罪主要包括危害水上公共交通安全类犯罪、妨害水上交通管理秩序类犯罪、水上交通领域渎职类犯罪和水上交通领域侵权类四种。
危害水上公共交通安全类犯罪，是指在水上交通运输环节中故意或者过失的实施危害不特定或者多数人的生命、健康和重大公私财产的安全的行为。危害水上公共交通安全类犯罪是水上交通犯罪中比较典型的一类犯罪，也是社会危害性和危险性较大的一类犯罪。
相较其他两类犯罪，本类犯罪涉及的层面最多，主要包括以下几类：
第一类，以危险方法危害水上公共交通安全犯罪。包括放火罪（第一百一十四条第一款），失火罪（第一百一十五条第一款），非法买卖、运输、储存枪支、弹药、爆炸物罪（第一百二十五条第一款），非法买卖、运输、储存危险物质罪（第一百二十五条第二款）等。
第二类，水上交通重大安全责任事故犯罪。包括交通肇事罪（第一百三十三条），危险驾驶罪（第一百三十三条之一），重大责任事故罪（第一百三十四条第一款），强令违章冒险作业罪（第一百三十四条第二款），重大劳动安全事故罪（第一百三十五条），大型群众性活动重大安全事故罪（第一百三十五条之一款），危险物品肇事罪（第一百三十六条），工程重大安全事故罪（第一百三十七条），消防责任事故罪（第一百三十九条），不报、谎报安全事故罪（第一百三十九条之一款）等。
第三类，破坏水上公共交通工具、交通设施犯罪。包括破坏交通工具罪（第一百一十六条和第一百一十九条第一款），破坏交通设施罪（第一百一十七条和第一百一十九条第一款），过失损坏交通工具罪（第一百一十九条第二款），过失损坏交通设施罪（第一百一十九条第二款），劫持船只罪（第一百二十二条）等。
妨害水上交通秩序类犯罪，是指故意或者过失妨害国家机关对水上公共交通的正常管理活动，破坏水上交通秩序、情节严重的行为。本类犯罪侵犯的法益是水上公共交通管理秩序，不仅包括水上公共交通管理活动，还包括水上公共交通良好的秩序。
妨害水上公共交通管理秩序的行为可以分为如下几类。
一是扰乱水上公共秩序，如妨害公务罪（第二百七十七条），煽动暴力抗拒法律实施罪（第二百七十八条），伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪（第二百八十条第一款），伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪（第二百八十条第二款），聚众冲击国家机关罪（第二百九十条第二款），聚众扰乱公共场所秩序、交通秩序罪（第二百九十一条），聚众斗殴罪（第二百九十二条），寻衅滋事罪（第二百九十三条），赌博罪（第三百零三条第一款）和开设赌场罪（第三百零三条第二款）等；二是妨害司法，如妨害作证罪（第三百零七条），拒不执行判决、裁定罪（第三百一十三条）等；三是妨害国（边）境管理，如组织他人偷越国（边）境罪（第三百一十八条），提供伪造、变造的出入境证件罪（第三百二十条），出售出入境证件罪（第三百二十条），运送他人偷越国（边）境罪（第三百二十一条）等；四是妨害文物管理，如倒卖文物罪（第三百二十六条）等；五是危害公共卫生，如妨害国境卫生检疫罪（第三百三十二条）等；六是破坏环境资源保护，如污染环境罪（第三百三十八条），非法捕捞水产品罪（第三百四十条），非法采矿罪（第三百四十三条第一款）等；七是走私、贩卖、运输、制造毒品罪（第三百四十七条）；八是组织、强迫、引诱、容留、介绍卖淫罪（第六章第八节）；九是制作、贩卖、传播淫秽物品罪（第六章第九节）。
水上交通领域渎职类犯罪，是指国家机关工作人员在水上交通领域的公务活动中利用职务上的便利，徇私舞弊、滥用职权、玩忽职守，妨害国家机关管理活动，损害人民对国家机关公务的客观、公正、有效执行的信赖，致使国家与人民利益遭受重大损失的行为。在水上公共交通领域，涉嫌渎职犯罪的大多为涉水国家机关工作人员。这里的“涉水”，主要指公务活动以处理涉及水上公共交通领域的事务为内容，包括水上行政管理与监督、水上行政处罚、水上行政执法等活动与涉水案件的侦查、移送、审判等水上司法活动。
水上交通领域渎职类犯罪主要分布在《刑法》分则第九章，具体包括三大类犯罪。
第一类，一般国家机关工作人员渎职罪。此类涉水渎职犯罪包括滥用职权罪（第三百九十七条），玩忽职守罪（第三百九十七条）等。
第二类，司法工作人员渎职罪。此类涉水渎职犯罪包括徇私枉法罪（第三百九十九条第一款），民事、行政枉法裁判罪（第三百九十九条第二款），执行判决、裁定失职罪（第三百九十九条第三款），执行判决、裁定滥用职权罪（第三百九十九条第三款），枉法仲裁罪（第三百九十九条之一），私放在押人员罪（第四百条第一款），失职致使在押人员脱逃罪（第四百条第二款），徇私舞弊减刑、假释、暂予监外执行罪（第四百零一条），徇私舞弊不移交刑事案件罪（第四百零二条）等。
第三类，特定国家机关工作人员渎职罪。在水上公共交通领域，此类犯罪仅有一个罪名：环境监管失职罪（第四百零八条）。
水上侵权类犯罪，是指发生在水上交通领域侵犯公民人身权利、财产权利的犯罪。主要包括两种类型，侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯财产的犯罪。侵犯公民人身权利的犯罪，是指故意或者过失的侵犯公民的人身权利的行为。侵犯财产的犯罪，是指以非法占有为目的，攫取国有、集体所有或者私人所有的财物，以及挪用、毁坏公共财物、私人财物或者破坏生产经营的行为。
水上侵权类犯罪主要分布在《刑法》分则第四章和第五章，具体包括两类犯罪。
第一类，侵犯公民人身权利罪，此类侵权犯罪包括故意杀人罪（第二百三十二条），过失致人死亡罪（第二百三十三条），故意伤害罪（第二百三十四条），过失致人重伤罪（第二百三十五条），绑架罪（第二百三十九条）等。
第二类，侵犯财产罪，此类侵权犯罪包括抢劫罪（第二百六十三条、第二百六十九条），盗窃罪（第二百六十四条），抢夺罪（第二百六十七条），侵占罪（第二百七十条），故意毁坏财物罪（第二百七十五条）等。
除了上述四种类型，在水上交通领域，还存在其他与水上交通相关的犯罪，散见于《刑法》分则第三章“破坏社会主义市场经济秩序罪”中与水上交通密切相关的犯罪，如走私罪、保险诈骗罪以及毒品犯罪等等。
任何一个行业或领域的刑事犯罪都不可避免要涉猎或途经该行业或领域的行政违法问题，行政违法通常是行政犯罪的轻型反映。当某种行政违法行为达到一定的社会危害程度或其危害结果达到某一量化的数额，便可能进入刑事司法的环节，需要追究刑事责任。换言之，行政犯以行政违法为前提，其犯罪的认定首先必须经历从行政违法到刑事违法的认定过程，因此违法性判断是认定行政犯的核心关键性问题。行政犯的二次违法性特征决定了其在追究刑事责任的过程中，必然遭遇传统刑事犯（自然犯）不曾遇到的问题与争议。
鉴于此，区别于前述从刑法典角度对水上交通犯罪进行区分的标准，本书拟从行政犯与刑事犯角度对水上交通犯罪进行界分。从行政犯角度划分水上交通犯罪，主要基于以下原因：第一，在水上交通领域中，大部分犯罪都表现为行政犯，而刑事犯所占比重相对较少，刑法对水上交通犯罪的规制主要是对行政犯的预防和惩治。第二，在水上交通犯罪中，刑事犯的客观表现与陆地基本相同，而行政犯因其客观表现具有特殊性就有了专门对其进行研究的必要。在水上交通犯罪中，行政犯违反的前置性行政法规主要是水路交通运输规则和船舶驾驶技术规范，无论是水路交通运输规则，还是船舶驾驶技术规范，相较于公路交通运输规则和机动车驾驶技术，都更为复杂，其所承担的风险也更高，行政犯的客观表现也比刑事犯复杂得多，需要进行深入研究。第三，我国传统刑法更多关注的是对刑事犯的惩处而忽视了行政犯在刑事法律体系中的地位和作用。可以说，近年来我国水上交通犯罪已呈愈演愈烈之势，与水上交通行政犯研究的缺位有着直接的因果关系。在水上交通领域违反法律法规的行为中，究竟哪些行为应当被刑法所规制？理论层面是否有明确标准以供立法者参照？如果存在这种标准，它的具体内容是什么？其对水上交通犯罪的刑法适用又有什么影响？水上交通犯罪中行政犯与刑事犯的边界在哪里？刑事责任如何追究？这些问题必须在行政犯理论层面予以解决。因此，从行政犯角度研究水上交通犯罪，不仅能够拓宽和提高刑事法律理论的研究领域和实践操作性，更好地研究我国当下的刑事立法模式，包括行政犯立法模式存在的问题，更能推动我国水上法律体系的发展和完善，具有深远意义。最后，水上交通犯罪刑事责任的追诉，大多源于水域行政管理机关在行政执法过程中发现的涉嫌犯罪案件的移送，而从行政犯的角度来研究水上交通犯罪，对于水域行政执法工作人员正确认识水上交通犯罪，把握行政违法涉嫌犯罪案件的移送标准，开展水上执法调查，收集、固定违法犯罪证据，有重要的指导意义。
当然，从行政犯角度界分水上交通犯罪并不意味着我们摒弃了传统的刑法典分类模式，两种分类在对水上交通犯罪的类型化分析方面都有其优点，基于研究需要，这两种区分标准都会运用到本书的论述当中。
行政犯，与刑事犯相对，其概念最早来源于法定犯与自然犯。而自然犯、法定犯的区分，来源于古罗马法对于两种不同犯罪类型自体恶和禁止恶的解释。真正在刑事法理论层面正式提出区分自然犯、法定犯主张并赋予其独特的犯罪社会学意义的是著名法学家、刑事人类学派的代表人物加罗法洛（Baron Raffaele Garofalo）。他认为，犯罪不应仅是一个法律概念，同时也应是一个社会学概念，获取社会学的概念要求放弃事实分析而进行情感分析，即犯罪不仅是一种有害行为，它同时又是一种伤害某种道德情感的行为，该种道德情感被某个聚居体所共同承认。在此基础上，加罗法洛对自然犯和法定犯作了区分，“在一个行为被公众认为是犯罪前所必需的不道德因素是对道德的伤害，而这种伤害又绝对表现为对怜悯和正直这两种基本利他情感的伤害。而且，对这些情感的伤害不是在较高级和较优良的层次上，而是在全社会都具有的平常程度上，而这种程度对于个人适应社会来说是必不可少的。我们可以确切地把伤害以上两种情感之一的行为称为‘自然犯罪’”
；“那些未被我们列入的犯罪不属于社会学研究的范畴，它们与特定国家的特定环境有关，它们并不说明行为人的异常……被排除的犯罪常常仅是侵害了偏见或违反了习惯，或者只是违背了特定社会的法律，而这些法律根据国家的不同而不同，且对社会的共同存在并非必不可少”
。因而，加罗法洛将违背人类最基本的道德情感（正直感和怜悯感）的犯罪行为界定为自然犯，这种犯罪得到普遍认同，在任何国家都不会有异议；至于法定犯，则指那些没有违背人类最基本的道德情感，仅因为国家法律的规定而被界定为犯罪的行为，这类行为并未得到普遍的认同，国家、地区间风俗习惯、法律规范等方面的差异都会导致其得到不同评价。在此基础上，加罗法洛独创性地提出“自然犯”概念，并对自然犯与法定犯作出界分：所谓自然犯，是以缺乏人类本来就具有的利他感情中最本质的怜悯之情和诚实的行为为内容的犯罪；而法定犯则只是由立法所规定的犯罪，所以犯罪应该以自然犯为中心。
自然犯、法定犯的区分概念由此逐渐形成，后来逐渐演变为刑事犯和行政犯之分，成为刑法学中不容忽视的一对基本研究范畴。
大陆法系国家对于自然犯和刑事犯一般作同一认识：自然犯指的是本身具有罪恶性，无须通过法律规范的规定就成立犯罪的行为，如放火、杀人、强奸、盗窃、抢劫等。法定犯与行政犯也通常作同一理解：法定犯是指本身不具有罪恶性，只是由于法律规范的规定才成立犯罪的行为，如伪造证件类犯罪、走私类犯罪等。德国法将这种分类称之为刑事犯与行政犯，法国法中则定义为自然犯与法定犯。日本学者野村稔认为：“自然犯又称刑事犯，是指即使不由刑罚法规定为犯罪，行为本身就会受到社会伦理的非难。法定犯又称为行政犯，是指根据刑罚法规作为犯罪处罚时才受到非难的行为。”
本书亦是在此种意义上来认识问题。
所谓行政犯，是指违反行政法律规范，严重危害社会正常行政管理活动，依法应当承担刑事责任的行为。目前我国用依附性立法模式来规范行政犯，在刑法典或者单行刑法法规中规定了行政犯的全部基本罪状和法定刑，而在行政法规中并无单独的罪刑规定，只是在处罚罚则中对追究刑事责任做出笼统的宣告式表述，如“构成犯罪的，依法追究刑事责任”或“构成犯罪的，根据有关法律规定追究刑事责任”。
关于行政犯的特征，概括为以下几点。
1.以违反行政法规为前提。行政犯首先违反的是行政法规，其次违反的才是刑事法规。行政违法性是行政犯犯罪认定的前提，如果一个行为在行政法规上是合法的，即使其符合形式上的犯罪构成要件，也因缺乏实质的违法性而不构成犯罪。有学者所言，“刑法不能充当前锋，越过行政法规定，直接完成对一个行为从行政违法性到刑事违法性的双重判断。第一层次的行政违法性不满足，就不能进入刑事违法性判断的第二个层次”
。
2.构成要件上具有行政依附性。行政犯由行政违法行为转化而来，这决定了其在构成要件上具有一定的行政依附性，具体表现在：第一，概念上有依附性。如刑法第一百四十一条规定：“本条所称假药，是指依照《中华人民共和国药品管理法》的规定属于假药和按假药处理的药品、非药品。”第二，空白刑法规范在解释上对行政法规有依附性。如刑法第一百三十三条规定：“违反交通运输管理法规，因而发生重大事故……”，至于哪些行为可以构成交通肇事罪，还得以道路交通安全法等交通运输法规为前置性的判断依据。第三，违法阻却事由上对行政法或行政机关具有依附性，即因行政机关的许可或核准而阻却行政犯的犯罪构成要件。
3.法律责任上具有双重可罚性。行政犯既有行政违法性又有刑事违法性，因而在法律后果上表现出行政处罚和刑事处罚的双重可罚性，这并不违反一事不再罚原则。如醉酒驾驶的，既要承担被吊销驾驶执照等行政处罚的后果，也要承担危险驾驶罪的刑事责任。不可否认，实践中存在不少有案不移、以罚代刑的现象，这与行政执法与刑事司法的衔接机制不畅通有关，也与行政机关对行政犯的法律规定及行政犯在法律责任上的双重可罚性不理解有关。
所谓行政违法行为，是指“公民、法人或其他组织故意或者过失实施的违反行政法律规范，侵犯国家、社会公益，或者个人、组织的合法权益，危害国家安全或社会秩序，但尚不构成犯罪的行为”
。从行政违法行为与行政犯的概念可知，二者都发生在行政管理活动中，都违反了行政法规，破坏了正常的行政管理秩序，相关责任人都要承担相应责任。但是，二者又存在本质差异，关涉罪与非罪的界限，因此，界分行政犯与行政违法行为就尤为必要，具有重要意义。
我国刑法理论通说认为，行政违法行为与行政犯的界限主要在于社会危害性程度的不同。行政违法行为是一般违法行为，仅具有一般的社会危害性，而严重的行政违法行为即构成犯罪。行政犯是具有严重危害社会性的违法性行为，其社会危害性较之行政违法行为更为严重，因而属于犯罪的一种。由于行政违法行为的社会危害性较小，因而社会公众对于行政违法行为仅持一般的否定性态度，并未达到社会不能容忍的地步，行政违法行为的责任人也仅需承担法律上的行政责任。相对而言，行政犯具有严重的社会危害性，人们对行政犯罪持强烈的否定和谴责态度，认为该行为罪过严重，不能容忍，其行为人理应受到刑罚的苛责，承担刑事责任。因而，行政违法行为和行政犯的界限主要在于对社会危害性程度的把握。
行政违法行为与行政犯的界分，不仅表现在社会危害性程度的不同上，还表现在行为程度的不同上。例如“刑法与治安管理处罚法的行为类别，治安管理处罚法规定的很多行为是某种刑法规定之行为的轻微部分，情节轻微的构成行政违法，可处以治安罚，而情节一般或情节严重的就构成犯罪，判处刑罚”。以行为程度的不同来界分行政违法行为与行政犯作为以危害行为程度界分二者关系的补充，具有一定意义。
区分刑事犯与行政犯，不仅具有理论意义，更体现为立法和司法的实践意义，这种区分在水上交通犯罪领域就显得尤为必要。
如前所述，与传统刑事犯有所不同，水上交通犯罪以行政犯为主。由于行政犯是前置性地违反国家行政经济管理法规，达到一定的程度，需要进行刑事评价的行为，所以行政犯是一种法定犯。实践中，行政犯通常最先由行政机关介入，进而移送至公安机关；刑事犯则由公安机关直接介入。在法律责任的承担方面，行政犯不仅要承担行政责任，还要承担刑事责任；而刑事犯仅承担刑事责任。但是，行政犯与刑事犯也不是决然对立、永久分明的。其一，从本质上讲行政犯和刑事犯都是犯罪行为。其二，传统刑法理论认为，犯罪的危害程度主要体现在社会危害性、人身危险性，应受伦理非难的程度等方面。但无论从哪个角度来讲，行政犯并不必然低于刑事犯的危害程度。实务界和学术界有时也会因为某些犯罪到底是归入行政犯还是刑事犯而产生争议，如危险驾驶罪、交通肇事罪，尤其是肇事逃逸的行为，都先违反了道路交通安全法等行政法规，然后构成犯罪，然而就此种犯罪的社会危害性、人身危险性、社会公众对其行为的危害感知度以及行为应受伦理非难的程度而言，它会超过一般刑事犯许多。
一般来讲，刑事犯的社会危害性比较大，行政犯的社会危害性则相对较小；刑事犯的反伦理性也较强，而行政犯的反伦理性则相对较弱。整体而言，行政犯的社会危害性低于刑事犯，行政犯的反社会性、反伦理性相对刑事犯也要要弱一些。从这个意义上说，行为社会危害性越大，反伦理性越强，行为的刑法评价属性也就越高，其性质就越接近于刑事犯，在行政犯中就属于不典型的行政犯。行为的社会危害性越小，反伦理性越弱，行为的刑法评价属性越低，行政法评价属性就越高，其性质就越接近于行政犯，就可能更可以归入典型的行政犯的范畴。由此，本书将行政犯又进一步区分为不典型行政犯和典型行政犯。
在水上交通犯罪中，不典型行政犯主要包括交通肇事罪、重大责任事故罪、强令违章冒险作业罪等危害公共交通安全的犯罪。从这些罪名的危害后果来看，事故的发生往往伴随有人员的伤亡、巨额财产损失以及对公共交通安全的危及，因而其在社会危害性、应受伦理非难层面都接近于刑事犯；而典型行政犯主要包括污染环境罪，妨害公务罪，伪造、变造国家机关公文、证件、印章罪，非法采砂罪等，其社会危害性和反伦理性较之刑事犯和不典型行政犯都低。