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民事责任、行政责任和刑事责任都存在于水上交通领域，只是由于长期形成的行业团体保护意识，刑事责任很少发挥作用，违法行为只能依靠承担民事责任或行政责任来定分止争，息事宁人。民事责任、行政责任、刑事责任都属于法律责任的下位概念。民事责任是指由于违反民事法律、违约或者由于民法规定所应承担的一种法律责任。责任形式包括停止侵害、排除妨碍、消除危险、返还财产、恢复原状、修理、重作、更换、赔偿损失、支付违约金、消除影响、恢复名誉、赔礼道歉等。行政责任是指因违反行政法规定或因行政法规定而应承担的法律责任。责任形式包括行政处分（内部制裁措施）和行政处罚两种，行政处分包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除；行政处罚包括警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物、责令停产停业、暂扣或吊销许可证、暂扣或者吊销执照、行政拘留以及法律、行政法规规定的其他行政处罚。刑事责任是指行为人因其犯罪行为所必须承受的，由司法机关代表国家所确定的否定性法律后果。责任形式分为主刑、附加刑，管制、拘役、有期徒刑、无期徒刑、死刑属于主刑；罚金、剥夺政治权利、没收财产、驱逐出境属于附加刑。尽管民事责任、行政责任及刑事责任以不同的方式发挥着各自的作用，但都具有共同的本质属性，都是国家对违法行为的法律否定性评价和谴责。主要表现在两个方面：一是违法者需要承担不利的后果。不管行为人承担的法律责任是以赔礼道歉、处分财产、限制自由还是其他什么形式体现，其都表现为对违法者的不利后果。二是法律责任的实现具有强制性。不管是民事责任、行政责任还是刑事责任，都是违法者实施违法行为后的必然结果，由国家授权的机关追究其法律责任，具有强制力保障。
行政责任与刑事责任都属于公法上的责任，作为两种性质互异的法律制裁方法，行政责任和刑事责任的区别要比二者的共同点更加复杂，主要表现在以下几个方面。
第一，适用的条件不同。行政责任是对一般违法行为的制裁，即对违法情节、后果较轻或一些特定的违法行为的制裁。刑事责任则是对违法情节、后果严重或一些特定的严重违法行为并且构成犯罪的行为的制裁。在水上交通领域，“以罚代刑”比较常见，行政责任“越位”的情形久禁不止。行政责任和刑事责任之间，在执法方面，责任方式失调严重是不可忽视的现实情况；在社会层面，公众对于两者在水上交通领域中的适用存在难以理解的认知，以高风险行业为由阻却刑事责任的适用已为行业共识，“船员入刑”更是屡遭诟病，本书将在下文着重论述。
第二，作用不同。行政责任的作用在于预防对社会秩序及公共利益的破坏，注重于下次乃至未来；刑事责任着眼过去，预防危害社会的行为，着重排除犯罪恶害、惩治犯罪行为。因而，行政责任以教育功能为重，制裁只是一种教育手段。在教育目的客观地达到时，法律应当允许行政主体免除违法行为人的行政责任；而刑事责任重在惩治，法律不能随意允许法院对罪犯予以刑事责任的免除，即便已客观达到教育的目的。
第三，权利性质不同。行政责任由国家特定行政机关按照法律规定具体实施，属于行政权范畴，严格遵循行政权的运作程序和规则，以追求行政权的价值准则；刑事责任由司法机关依据刑法规定实施，属于司法权范畴，严格遵照司法权运作的规则，遵循刑事诉讼程序，追求司法权的价值目标。
第四，责任承担主体不同。行政责任承担主体是行政管理相对人，包括公民、法人、其他组织，即行政责任有团体责任；刑事责任承担主体一般只能是公民，特殊罪名法人可以作为承担主体，刑事责任通常没有团体责任。
第五，责任实现方式侧重不同。行政责任通常是对轻微违法行为或社会危害性较小的行为进行惩处，以财产性处罚和能力资格处罚为主，人身处罚较少涉及，通过对财产的部分剥夺或对行为的一定限制达到惩戒目的，承担主体为公民时，原则上只有个人承担，禁止牵连其他人，但法人作为承担主体时，某些情况下还会对主管人员和直接责任人进行处罚；刑事责任是法律的最终制裁手段，所惩处的违法行为已经达到犯罪的程度，社会危害性通常比较严重，以人身罚即自由的方式为主，较少的适用能力罚和财产罚。
第一，前提不同。承担民事责任的前提是违反民事义务，没有违反民事义务，就无须承担民事责任；刑事责任与犯罪存在必然的因果关系，承担刑事责任的前提是发生了犯罪行为。
第二，功能差异。民事责任以救济和补偿为主要功能，注重恢复受害人权利，赔偿受害人损失。刑事责任侧重惩罚和报复犯罪人，以威慑和警示为主要目的，惩罚功能和预防功能是其主要特色。
第三，实现方式不同。民事责任实现的基本形式有赔礼道歉、停止侵害、返还财产、恢复原状等，主要以财产性方式为主。刑事责任以限制人身自由、剥夺生命等严重方式来实现。
第四，严厉程度不同。民事责任的强制性最弱，当事人可以对责任内容和承担方式进行协商，因此多被称为“间接强制性”。刑事责任强制性强，国家权力直接介入，犯罪人与国家机关之间不能进行和解。刑事责任还具有最后性，即属于保护社会秩序的最后手段。同时，刑事责任制裁手段最为严厉，甚至可以通过剥夺人的生命的方式去实现。
第五，民事责任和刑事责任承担的主体不同。民事责任是违反民事义务的行为人对被侵害人承担责任，不是向社会或国家承担责任，因此是否实际地追究民事责任，可以被侵害人的意志为转移，民事侵权行为人可因被侵害人的同意而被免除责任，而刑事责任只能由犯罪人对国家承担责任。
第六，民事责任和刑事责任的主观方面不同。民事责任绝大多数是因过失行为所导致的，其责任范围一般也不受主观恶性大小的影响。刑事责任的成立一般以犯罪人的故意为常态，刑事责任的成立及大小受行为意志状态和行为人主观恶性的影响，过失作为另外一种主观方面，只有在法律明文规定时，才能被认定为犯罪。
第七，民事责任和刑事责任的制裁目的不同。民事责任是一种事后补救性质的责任，它主要体现的是一种损害—补救关系，遵循“无损害就无赔偿”的原则。它设立的首要和直接目的是对受害人的经济补偿。而刑事责任的形式主要是剥夺或限制自由，最重要的是剥夺生命；刑事责任也有经济制裁，如没收、罚金，但这些要上交国库，主要实现对犯罪分子的教育和预防作用。
第八，侵害客体不同。民事侵权行为理论并无行为客体和行为对象的区分，民事侵权行为所直接侵犯的就是相对人的利益，而并不是直接指向社会秩序和公共利益。刑事责任的犯罪行为所侵害的客体则更进一步，它既侵犯了特定的人或物，也构成对社会关系和社会公益的侵犯。