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水上交通犯罪刑事责任，与民事责任和行政责任相比，无论是立法体系还是司法实践，甚至是理论研究，都相对孱弱得多。既缺乏规范体系上的完整性，也长时间被司法系统所忽视，导致运用刑法规制水上交通犯罪时捉襟见肘，不利于水上交通秩序乃至社会秩序的稳定。
水上交通犯罪刑事责任，是指具有刑事责任能力的行为人由于实施了与水路交通运输有关的刑事法律所禁止的行为，而必须依法承受的由国家司法机关对其犯罪行为进行否定评价的负担。水上交通犯罪的刑事责任应具有如下特征。
（1）引起水上交通犯罪刑事责任的原因是行为人实施了与水路交通运输有关的刑事法律所禁止的行为。
（2）水上交通犯罪刑事责任的大小应当与犯罪的社会危害性和犯罪人的人身危险性程度相适应。
（3）水上交通犯罪的刑事责任是水上交通违法责任中具有最强烈惩罚性的法律责任。
（4）水上交通犯罪的刑事责任反映了国家和社会对水上犯罪行为的否定评价和谴责。
（5）水上交通犯罪的刑事责任是一种严格的个人责任，必须由也只能由犯罪人承担。
（6）水上交通犯罪的刑事责任一经确立，犯罪人和被害人之间不得协商变更。
（7）水上交通犯罪的刑事责任可以由以刑事处罚、非刑罚的处理或者单纯否定性的方式来实现。
（8）水上交通犯罪的刑事责任由代表国家的司法机关强制犯罪人承担。
刑事责任从开始到终结是一个动态的过程，整个过程揭示了某一特定犯罪的刑事责任的产生与形成、刑事责任的确定和追究、刑事责任的承担和终结，以及在整个存续过程中刑事责任的法定变更问题。根据刑事责任在这一过程中不同期间的主要特点，我们将水上交通犯罪的刑事责任分为产生阶段、确认阶段和实现阶段三部分。
第一阶段是刑事责任的产生阶段。刑事责任的产生，以行为人实施犯罪为起点，司法机关（或公安机关）立案为终点。该起始点因为犯罪形态不同，情况也有所差异。对于故意犯罪来说，实施犯罪预备时，刑事责任即行产生；若法律规定不处罚犯罪预备，则刑事责任产生于着手实行犯罪时；过失犯罪中，刑事责任要在犯罪结果发生时才产生。在犯罪未被发现或是告诉才处理的案件而被害人未告诉的情形下，可能刑事责任已经客观存在但司法机关没有进行追究。还有一种情形，刑事责任可能消灭，即没有在法定追诉期限内追诉，这是不产生刑事责任的下个阶段。在司法机关（或公安机关）立案之前，行为人可能出现的自首或立功等情况也会对刑事责任产生影响，这依旧属于刑事责任的产生阶段。
在陆上交通犯罪中，涉嫌犯罪案件的来源通常是受害人或其他民众的报案，第一时间到达案件现场的是公安机关，通常是公安局下属的交警部门。与此不同的是，水上交通犯罪的绝大多数案件最先接收的水上行政执法机关，如海事局。因此，水上交通涉嫌犯罪案件必须首先经过海事部门的案件调查环节，如果海事管理机构认定案件的危害程度或情节达到了刑事立案标准，才将案件移送至交通公安机关或边防海警。而海事部门的案件来源通常是事故现场目击人的举报或者海事监察过程中所发现的案件。因而，在刑事责任的产生这一环节上，海事部门执法对案件的启动起着不可替代的作用。
第二阶段是刑事责任的确认阶段。刑事责任的确认，又叫刑事责任的评价，这一阶段自司法机关（或公安机关）立案时起，到人民法院作出有罪判决生效时止。该阶段主要任务是确认行为人是否实施了犯罪行为，是否负刑事责任，应负怎样的刑事责任以及如何实现刑事责任。国家为保证该阶段工作的顺利进行，由立法机关在刑事诉讼法中规定了必要的程序，公安、司法机关必须严格依法办理，正确确认行为人的刑事责任。就大多数犯罪来讲，刑事责任要得到确认，必须经过侦查、起诉和审判三个刑事诉讼阶段。从司法机关（或公安机关）立案时起，是指由公安机关管辖范围的案件，从公安机关立案侦查时起；由检察机关管辖范围的案件，从检察机关立案侦查时起；人民法院依法直接受理的案件，从人民法院受理时起。公安、检察机关进行侦查时，必须客观、公正、实事求是，严禁以非法方法收集证据，更不能刑讯逼供；不仅要收集犯罪嫌疑人有罪或是罪轻罪重的证据，还要收集能证明其无罪的证据，即必须全面收集。各种询问、检查、勘验、搜查等都必须符合法律规定。对侦查终结的案件，需要提起公诉的，一律由检察机关审查决定。《刑诉法》第一百三十七条规定：“人民检察院审查案件的时候，必须查明：（一）犯罪事实、情节是否清楚，证据是否确实、充分，犯罪性质和罪名的认定是否正确；（二）有无遗漏罪行和其他应当追究刑事责任的人；（三）是否属于不应当追究刑事责任的；（四）有无附带民事诉讼；（五）侦查活动是否合法。”经过审查，如果认为犯罪事实已经查清，证据确实、充分，需要追究刑事责任的，检察机关应当作出提起公诉的决定；如果认为不构成犯罪或者有其他法定不起诉情形的，检察机关应当或者可以作出不起诉的决定。审判机关对提起公诉的案件进行审查后，符合开庭审判条件的，应当决定开庭审判。在审判中主要解决如下问题：行为人的行为是否构成犯罪？是否承担刑事责任？在承担刑事责任的前提下还得在综合考虑有关情节的基础上确定承担什么程度的刑事责任？判处何种刑罚？（即如何实现刑事责任？）要解决这些问题必须坚持以事实为根据，以刑法为准绳。刑事责任最终的确认必须经过这三个刑事诉讼阶段。
确认水上交通犯罪刑事责任最大的障碍并非存在于案件的公诉与审判阶段，而是存在于立案环节中。相较于陆上交通犯罪中公安机关的立案侦查与移送，水上交通犯罪在这一环节障碍较多。不仅在案件侦查责任认定方面存在着从海事管理机构优先侦查认定到公安机关后续侦查并认定的重复性执法，在涉嫌犯罪案件的移送中也由于证据固定难、移送依据不明确、移送程序粗放化等带来各种问题，影响着追究水上交通犯罪的刑事责任，在案件的审判与执行中也存在问题。
第三阶段是刑事责任的实现阶段。该阶段自人民法院作出有罪判决生效时起，直至刑事制裁措施执行完毕或赦免时止。作为刑事责任的最后阶段，刑事责任的实现也是刑事责任阶段的核心。刑事责任实现主要方式是执行刑罚。司法机关是刑罚执行主体，不同刑种和不同判决刑期决定了刑罚持续时间的长短。对于犯罪情节轻微无须判处刑罚的案件，法院仅宣告有罪而免予刑罚处罚。这种免予刑罚处罚的判决，一经发生法律效力，刑事责任即刻实现，没有时间上的持续过程。
刑事责任的终结与实现密切相关，或者由于刑事责任得到实现而终结，或者由于刑事责任消灭而终结。实现方式是刑罚的，刑罚执行完毕或赦免是为终结；实现方式是非刑罚的，非刑罚处理方法执行完毕是为终结；实现方式是免予刑罚处罚的，有罪判决生效是为终结。因刑事责任消灭而终结的情形，如犯罪已经超过追诉时效，刑事责任就自行消灭无法进行追究，犯罪人的刑事责任已告终结。
刑事责任的解决，是指对已经产生的刑事责任进行处理使刑事责任能够终结。在当今社会，刑事责任的实现形式已经不再单纯地表现为刑罚处罚，还表现为非刑罚处罚，甚至是仅仅宣告有罪。
对于刑事责任的解决方式，我国刑法学界一般概括为四种，包括定罪判刑、定罪免刑、消灭处理和转移处理。按照性质的不同，这四种刑事责任的解决方式可以分为两类，第一类包括定罪判刑和定罪免刑，属于刑事责任的实现方式；而消灭处理和转移处理包含在第二类中，属于刑事责任的其他解决方式。这两类解决方式具有本质的不同，第一类解决方式是依法已经追究行为人的刑事责任，完全实现了刑事责任的内容，而第二类解决方式是在不允许或者不能追究行为人的刑事责任的情况下做出的处理方案，实际上并没有追究刑事责任。因此，本书将对这两类解决方式分别展开论述。
刑事责任的实现方式，又称为刑事责任的承担方式，是刑法规定的以犯罪为前提的由犯罪人承担的法律后果，是国家制裁犯罪人的方法和犯罪人承担制裁的方法。刑事责任的实现方式共计有以下三种。
其一，定罪判刑方式，即通过给予刑罚处罚的方法来实现。定罪判刑方式，是人民法院对犯罪人认定有罪作出定罪判决的同时宣告适用相应的刑罚，这是刑事责任实现的基本方式。刑罚是指刑法规定的，由国家审判机关对犯罪分子适用并由专门机构执行的限制或剥夺其某种权益的强制性制裁方法。限制或者剥夺犯罪人的某种权益，使其遭受一定的损失和痛苦，是刑罚的本质属性，所以说，刑罚是惩罚犯罪行为人最为严厉的国家强制措施。它不仅可以剥夺犯罪人的财产、政治权利，而且可以剥夺其人身自由甚至是生命。适用刑罚必须贯彻执行罪刑责相适应的原则。在适用刑罚时，应当根据犯罪的事实、犯罪的性质、情节和对社会的危害程度，依照刑法的规定判处，要做到宽严无误，不枉不纵，使犯罪人承担应负的刑事责任。我国《刑法》规定的刑罚方式包括主刑和附加刑。主刑是一种主要的刑罚方法，包括五种，即管制、拘役、有期徒刑、无期徒刑、死刑，其特点为仅可独立适用而不能附加适用，对犯罪人只能判处一种主刑，一个罪也只能判处一种主刑。附加刑是对主刑的补充，又称为从刑，既可独立适用判处一个或多个附加刑，也能在主刑之后附加适用一个或多个刑种。附加刑有三种，分别是罚金、剥夺政治权利和没收财产。外国人在我国犯罪，可独立适用或附加适用驱除出境。鉴于水上环节的特殊性以及远洋运输的高风险性，水上交通犯罪的刑事责任在人身制裁上要进行一定的限制，可在财产刑上加大力度以不失刑罚的公正性。
其二，辅助方式，即作出定罪判决虽免除刑罚，但给予非刑罚处理方法的处理，是定罪免刑方式的一种。定罪免刑，即法院对犯罪人认定有罪作出定罪判决而免除刑罚。除了主刑和附加刑，我国刑法中还有对非刑罚的处理方法的规定，即通过适用刑罚之外的其他方法追究刑事责任。非刑罚处理方法的特点是：对犯罪分子适用却不具有刑罚的性质，即非刑罚处理方法的适用以行为人的行为已经构成犯罪为前提。如果行为人的行为并不构成犯罪，那么就不能适用非刑罚处理方法。非刑罚处理方法包括三类：第一类是判处赔偿经济损失和责令赔偿经济损失，适用于因犯罪行为导致被害人遭受经济损失的情形，在给予刑事处罚之外判处赔偿经济损失；第二类是训诫、责令具结悔过和责令赔礼道歉；第三类是由主管部门给予行政处罚或行政处分。后面两类处罚主要适用于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的情况。
其三，特殊方式，即通过宣布行为是犯罪、行为人是犯罪人的方法实现刑事责任。此种方式是作出定罪判决但免除刑罚处罚而不给任何处分，因而也属于定罪免刑方式。无论是给予非刑罚处罚方法的处理，或者是免除处罚，都没有否定行为人的刑事责任的存在。他们都是以有罪宣告为前提，而宣告有罪，就意味着存在刑事责任；宣告有罪的判决，是对犯罪行为的否定和对犯罪人的谴责，从而定罪免刑也就成为解决刑事责任的一种方式。这两种方式是解决刑事责任的次要方式。
对于水上交通犯罪刑事责任的实现，还要特别注意以下几点：一、刑事责任的实现方式不包含刑事诉讼强制措施。刑事诉讼强制措施并非在实体上对犯罪进行制裁，而是确保刑事诉讼程序正常进行的措施，主要发生在刑事责任确认阶段。认为刑事诉讼强制措施是刑事责任的实现方式，是把诉讼法上的强制措施与刑法上的刑事制裁方法混为一谈了。二、刑罚和非刑罚处理方法之外的其他强制措施也不是刑事责任的实现方式。例如，运用外交手段解决有豁免权或外交特权的外国人的刑事责任问题，是特殊办法而不属于刑事责任的实现。因为此时还处于刑事责任的确认阶段。三、刑罚并非刑事责任实现的唯一方式。刑法除规定刑罚外，还规定了非刑罚处理方法，同时免予刑罚处罚的有罪判决，也是对犯罪的否定和对犯罪人的谴责，这些都构成对犯罪人的法律负担。这些刑事责任实现的方式不应被否定。
刑事责任的其他解决方式包括消灭处理方式和转移处理方式。消灭处理方式的含义是，行为人构成犯罪应该负刑事责任，但法律规定的阻却刑事责任事由的存在，使刑事责任归于消灭。这时行为人不需要承担刑事责任，同时国家也不追究行为人的刑事责任。比如，犯罪行为已过追诉时效的期限，犯罪人死亡或者经特赦予以释放，基于以上原因，行为人刑事责任已经归于消灭。这在客观上使得刑事责任终结，属于刑事责任解决方式的一种。转移处理方式的含义是行为人的刑事责任不由我国司法机关解决，而是通过外交途径解决。这种解决方式，是根据国际惯例和国家之间的平等原则采用的，可以说是极为特殊的解决方式。