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经过15年的实践，特区的行政体制改革已初见成效，并取得了一些成功的经验，为全国的行政体制改革提供了有益的借鉴，起到了示范作用，尤其是1988年成立的海南经济特区，开创了“小政府、大社会”的行政体制改革模式，在全国产生了较大的影响。但是，如果将行政体制改革置于整个特区改革和发展的坐标系中来看，特区行政体制改革总体上滞后，整个体制创新并没有全面展开，行政体制变革推动社会经济发展的积极效应尚未完全、充分地发挥出来。因此，寻求突破目前的困境，探索特区行政体制改革的新思路，以全面推进特区行政体制改革，就成为特区发展政策研究的一项重要内容。
特区行政体制改革进程并不是单线划一的，而是沿着不同轨道，以不同速度多线进行的，这是因为，一是各特区行政体制历史前身的不同导致了改革起点的差异；二是行政体制改革在各特区社会改革大系统中处于不同的位置，受着不同的大系统改革进程的影响和制约。因而最终造成了各个特区的行政体制改革在广度、深度、速度和强度等方面出现了差别，形成了各自不同的改革模式，产生了不同的改革效力。
1.深圳模式——理论与实践同步的外设模式
深圳行政体制改革有两个主要特征：
其一是深圳的行政体制并不是由本土的旧体制演进而来的，而是由外力（中央政府）在短时间升格设立。深圳市在1979年撤销宝安县基础上设立后，在短短三年内连升两格，由县级市变为1981年10月的省辖市。而特区政府也是在1981年10月之后才成立的，同深圳市政府重合一致。由于中央政府的直接干预，使得深圳的行政体制从一开始设立就被赋予了改革试验场的任务，在一定程度上有别于全国体制，带有创新的意味。
其二是尽管深圳的行政体制改革相对于全国整体改革来说，在许多方面先行一步，但是改革指导理论并没有本质性的突破，依然囿于全国范围的理论层次上，而改革的措施尽管超前，却依然在旧体制内修补。因而从总体上看，深圳的行政体制改革进程是在理论与实践同步探索下，以略快于其他地区的速度，同全国改革进程相伴推进的。这种方式的改革进程具体体现在深圳1981年以来六次较大的行政体制改革中。
——1981年年底至1982年年初，围绕简政放权，减少办事环节、手续，提高办事效率的目标，市政府撤并了原有的十余个专业主管局和20多个行政单位，代之以各类公司和经济实体；同时大力精减人员，精干领导班子。
——1984年，改革的重点是加强经济引进以及与引进有关的部门机构，以推进外向型经济的发展。市政府设立了经济发展委员会、工业委员会、进出口委员会、城市规划委员会等咨询审议机构和基建、财贸、交通、农牧、文教五个办公室，加强政府的宏观调控作用；同时加强了计划、财政、银行、税务、工商、统计、审计等综合经济职能部门建设，并率先恢复了行政监察制度，组建了全国第一家行政监察局。
——1986年，改革的重点是减少行政管理层次，行政领导体制由原来的三级（市、委办、局）改为两级（市、委办局）。
——1988年年底，按照党的十三大要求，将改革重点放在党政分开、理顺各种关系上；同时调整机构，成立文化委员会、教育委员会等大系统管理机构。
——1992年年初，以邓小平南方谈话为契机，把改革目标放在转变职能、理顺关系、精减机构人员上。采用“定职能、定机构、定编制”的方法，对经贸系统、城建系统、国有资产管理部门、文教体育部门的一些机构，以及临时机构进行了必要的调整。
——1992年年底以来，随着党的十四大对全国行政体制改革目标的确立和行政体制改革全国范围的展开，深圳特区行政体制改革的重点放在如何进一步转变政府职能，提高行政效率和反腐倡廉，充分发挥行政体制在“再造香港”中的积极作用上。
2.海南模式——理论先行的外设模式
海南模式是全国行政体制改革进行到一定层次后出现的。它的两个显著特征是：其一，海南的行政体制也是在外力（中央政府）的推动下，随着1988年海南省和海南经济特区的同时设立而建立起来的。尽管原有的海南行政区的机构人员被保留下来，但是由于外力的介入，整个行政体制并不是原有体制翻版和放大。其二，海南行政体制是在“小政府、大社会”理论指导下设立起来的。这种理论先行的改革方式是海南行政体制改革与其他四个特区行政体制改革的最大区别。因而，相对于其他特区，海南的行政体制改革起点高，行政机构设置更显得清晰、系统。
——按照“四职能”说，将政府机构分为政治保障、行政事务管理、经济发展与组织、经济杠杆四个系统，分别设置了25个厅、局和一个事业单位。
——取消地区一级管理层次，实行省直接领导市县的体制。
——转变政府职能。将原海南行政区的8个专业管理局和8个行政性公司，改为集团公司或专业公司等经济实体，使之直接变成“大社会”中的成员，行政管理职能移交省政府相应部门。
——政事分开。原有的7个群众团体不再使用行政编制，经费来源由过去的拨款改为地方财政“全额”或“差额”补贴，并逐步向自筹过渡。
——发展和培育社会中介组织，以增强社会自治能力。
从1988年改革以来，随着海南社会经济发展，根据实际情况，海南行政体制也在不断地调整和改革。其间虽然增设了一些机构，增加了人员，但是整个行政体制格局并没有重大变动。
3.厦门模式——附着于全国体制上的内调模式
尽管厦门在1980年就设立了经济特区，但是其行政体制改革并没有在全国先行一步，而是随着全国体制改革的进程亦步亦趋，进展不大。因而，附着于全国行政体制上，同步于全国的改革进程是厦门模式的特征之一。厦门模式的另一个特征是厦门的行政体制改革一直处在对原有体制不断调整的过程中，是一种旧体制内的调整。究其原因，一是厦门在成立特区之前，已经有了一套完整的、层次稳定的行政体制，这套体制在成立特区之后，被完全保留下来；二是厦门特区的管辖权在初期一直不稳定，一直在市与省之间转移，使得特区行政体制先天地拘束于旧的行政体制之内；三是厦门在1984年就将特区范围扩展到全岛（包括鼓浪屿），做到了短时间内特区与市区行政区域的重合，使得原有体制可以被完整地嫁接到特区体制之中。
4.珠汕模式——特区外展模式
相对于其他三个特区，珠海、汕头模式也有两个突出特征：其一，珠海、汕头的特区行政区域一直处在不断扩大中，由局部向全市扩展。珠海特区在创办初期为6.7平方公里，1988年扩大为121平方公里，以后又开放了100多个岛屿；汕头特区在初期只有1.6平方公里，1984年扩大为52.6平方公里，1991年特区扩展总面积达234平方公里；其二，珠海、汕头特区在一开始就由市直接管辖，成立了专门的特区管理委员会，由市政府领导兼任。以后随着特区行政区域的扩大，特区管理机构同市政府合一，形成了特区与市政府“一套人马两块牌子”的行政管理体制。
尽管五个特区的行政体制改革有着各自的特色，彼此之间在改革步伐和力度上存在着差异，但是经过十几年的改革，特区行政体制改革仍然取得了一定的效果。这体现在：
1.整个特区行政体制通过改革，在一定程度上摆脱了旧体制中的弊端
——职能转变。为了配合特区外向型市场经济的发展，特区政府职能在向宏观管理、间接管理、行业管理方向转变。各特区政府职能转变在程度上并不一致，其中步伐迈得最大的是海南特区，其政府机构一开始就是按四种不同职能设立的。
——机构人员精减。通过撤销、合并等方式减少机构数目，减少办事环节。而对于人员则实行定编管理，使多余人员进入社会，以防止人员数量的膨胀。经过改革，各特区机构人员都有不同程度的精减，其中海南的机构比全国其他省份减少1/3至2/3，成为全国各省份中机构人员编制最少的一个。
——减少管理层次，实行少层次的直接领导。例如，海南特区取消地区一级中间管理层次，实行省直接领导市、县的体制。汕头、珠海等实行市政府直接管理特区，中层次只是派出机构；深圳则将三级管理变为二级管理。
——制度化建设。为加强制度化建设，一方面，特区行政改革加强了法制化建设，设立专门机构（法制局等）来专门负责有关法规、条例的制定，同时培养工作人员的法制意识。另一方面各项改革措施都以制度的形式固定下来，如干部制度、劳动用工制度、监察制度等。
2.特区行政体制改革对于特区的经济社会发展起了积极的促进作用
可以说，特区十几年发展取得的瞩目成就同特区行政体制是密不可分的。尤其在经济发展、维护社会的稳定，推进特区精神文明建设等方面，特区政府扮演了举足轻重的角色。
3.特区行政体制改革在一定程度上为全国的行政体制改革提供了借鉴
特区的一些改革措施先于全国展开，为其他地区改革提供了示范。例如，海南的“小政府、大社会”模式发展和丰富了行政体制改革理论，成为目前全国行政体制改革的目标；深圳的监察制度、公务员制度改革；特区在办理外商投资时采用的“一站式”“一条龙”服务等都开创了全国的先例。
尽管特区行政体制经过十余年的改革，但是从整体上看，特区行政体制改革的现有进程还不尽如人意，并没有充分发挥出改革试验场的示范效应。面对迅猛发展的社会的政治与经济，特区行政体制的压力与日俱增，改革处于困境之中。
1.间接管理的前景忽明忽暗
虽然特区政府应该由传统直接管理、干预职能向间接管理、服务职能转变的理论在特区初创时期就已见轮廓，但是特区政府职能转变的道路显得十分漫长。政企分开作为特区政府转变职能的重要内容在特区创立后10年之中并没有得到很好解决。早期将交通局、商业局、外贸局等部分经济管理部门改为企业公司，结果有的公司又出现了新的“政企不分”，这些企业公司在发展中重新代行政府部门职能；由专业厅局而不是单独国有资产管理委员会对国有企业的持续对口管理，本身就意味着行政管理同国有资产管理没有分开。此外，每当遇到全国性的治理整顿，特区政府也相应回收、扩大自己的权力，使间接管理的前景忽明忽暗。特区政府在很长一段时期内未能对其职能作出科学界定，削弱了特区政府调控宏观经济的能力。特区内一直存在的国有资产大量流失现象，就是因为缺乏有效管理所致。
2.难以跳出的“怪圈”
“精简”是特区机构设置与改革一贯奉行的原则，但特区行政机构依旧不能免受膨胀的侵袭。“膨胀—精简—再膨胀—再精简”这一中国行政体制的怪圈，在特区行政体制内照样有反映。深圳特区20世纪80年代中先后进行了四次机构改革，每次都得为精简撤并机构大伤脑筋。机构膨胀的压力相当一部分来自政府内部，在机构设置上堪称精简的海南特区一度出现了干部希望增加编制的要求，有的把“小政府”同内地政府情况作比较，从中找“差距”，以说明其要求的合理性。这无形中成为“小政府”向“大政府”回归的理论依据之一，混淆了是非，给改革造成不小的危害。
3.“对象性效率”因由何在
由于特区政府机构职能不明，设置不合理，造成了工作环节过多、审批手续烦琐、缺乏规章制度等问题，严重影响了行政效率。以外商投资项目审批为例，除个别特区外，从项目申请到批准建立公司需要1—2个月，而海外一些发达的经济特区只需要1—2周。同时，办事推诿、互相扯皮等官僚主义现象的存在，也在降低特区政府的行政效率，损害特区声誉。特区行政中甚至存在“内外有别”的效率，对于不同的服务对象，有不同的办事速度。如属外商要求，可能就会快些，如属内地企业则可能一再拖延。这种“对象性效率”实际上是整体效率低下的一种反映，因而，不能简单地就某些行政方面的高效率而对整个行政体制作出总评价。
4.“寻租”助长腐败
特区政府在市场中应该具有的地位没有得到端正，加上受旧体制因素干扰，“寻租”现象较为普遍。一些特区政府官员在观念上也把寻租视为建设资金积累的重要手段，助长了腐败的滋生。特区出现了贪污受贿超过千万元的震动全国的大案要案，部分腐败案件甚至涉及特区省、市一级个别高级行政领导。特区的反腐倡廉的任务相当艰巨，然而在现行特区行政体制内还没有形成健全有效的反腐败机制。深圳特区曾率先在全国第一个建立了地方政府的监察局，随后珠海、厦门等其他特区也先后恢复了行政监察制度。但监察局被赋予的权力（尤其是行政处分权）实在太小，难以完成监察使命。拥有立法权的特区也未能及时制定出一套完整、适合特区实际的反腐败法律法规。
5.同内地比较，特区行政体制改革步伐并没有明显超前
特区行政体制改革不像其经济体制改革那样成功地发挥着示范作用，改革一直缺乏超前、有效的举措。相反，一些内地地方政府，在进行行政体制改革、突破旧体制框架上却积累了许多值得特区乃至全国借鉴的好经验，走到了特区前面。如内蒙古自治区卓资县自1983年起以“全面改革、分解职能”为中心，出色地精简了机构；湖南华容县1985年确立了委下无局、局上无委、委局平行的机构设置方案，精简了编制，并通过“转轨变型”增强了县政府机构的服务功能。
6.特区现行行政体制同市场经济发展不相适应
经济特区市场经济逐渐走向完善，但适应这种变化的“小政府”未最后形成。特区政府对于社会经济发展的要求来说，还只是一个“弱政府”，不能得心应手地使用各种有效的管理调控手段。特区行政体制相对其经济发展来说已经滞后，并制约着特区经济的进一步发展。近年来，各特区要求建设成自由港（或自由贸易区）的呼声日益高涨，可是，根据国际经验，缺乏高度开放、灵活有力的行政体制，自由港是不能正常运行的。世界银行的专家们在对中国经济特区进行考察后也认为，自由港的设立对政府的管理能力要求很高，对于一些特区要求成为自由港的呼吁，目前应予以否决。
特区行政体制改革多年来没有重大的突破，原因主要来自以下方面：
1.在指导思想上，对政治—行政体制缺乏正确、全面的认识，甚至将两者混为一谈
囿于中央关于“经济特区不是政治特区”的定性，各特区怕行政体制改革会超出“经济特区”应有的范围，从而限制了大胆探索。迫于现实，特区的行政体制不得不作出一定的调整改革，但多是零零碎碎的修补工作，没有真正涉及整个行政体制，系统改革也就无从谈起。思想观念上的保守性，使改革只能小步走。同时，受全国政治大气候的影响，特区行政体制改革走走停停，与经济高速增长不相适应。
2.旧体制环境的制约
在单一制国家中，从中央到地方的行政体制一体化程度极高，任何局部的变动，都会受到中央及相邻地区的制约，地方行政体制的独立性很小。无疑，特区行政体制改革一方面对整个旧体制产生压力，另一方面它也不可避免地遭受来自旧体制各部分的压力。中央不动，特区怎么动？省里不动，特区怎么动？周围地方都没动，特区怎么动？这是特区行政改革中人们习惯提出的问题。本来，“实事求是”就是回答这些问题的最佳答案，可惜我们又恰恰处于一个中央、地方权力配置不合理，“一放就乱、一抓就死”，吃惯“大锅饭”的体制之中，特区能否先动也就成了未知数。
3.本位主义的抗拒
如果说旧体制环境对特区行政体制改革产生来自外部的阻力，那么，地方本位主义则产生了来自体制内部的阻力。改革的目的是破旧立新，势必会影响、削弱部分行政人员的既得利益，因此受到他们的阻拦。本位主义以公开或隐蔽的形式出现：其一，由于特区行政体制改革正处于转型过程之中，政府人力资源价格不合理，加上隐含的“寻租”可能性以及丰厚的福利回报等因素的影响，使人们认定政府职位存在十分巨大的潜力，导致政府工作人员直接表示不愿轻易离开原工作岗位；又由于政府富余人员的流动问题一直得不到圆满解决，在本位主义作用下，“退而不休”“离职但不脱钩”等现象泛起，这在以老城市为依托建立起来的特区中尤为严重。其二，过去一直实行的是上下对口的编制管理，特区原有对口厅局相对独立性较其他机构大，这些对口机构背后有中央部委“撑腰”，精简或撤并的难度也比其他机构大，部分对口机构成了搬不动、移不得的“钉子户”。
4.行政人员素质不高
特区行政人员中相当一部分并不能被认为具有现代行政理论、方法素养，他们缺乏行政人员的主体责任感，不清楚行政工作的性质、目的，工作方式落后、被动，对行政危机感觉麻木；对待行政体制改革态度不积极，办事效率低下；在改革过程中，不做细致调查，“头痛医头、脚痛医脚”，短期行为多，行政改革措施流于形式。并且，行政人员中部分只顾自己，没有全局观念。特区的发展吸引了大量的外来新干部，但由于特区的地域性，本地原有干部仍占有不小的比重，而对有限的职位，一些行政人员忙于内耗。
5.特区市场经济体制尚不完善
在行政体制改革中，政府转变职能将一部分权力还给社会，这同时也要求社会具有较强的自治能力。在市场经济体制不完善的情况下，市场自我调节不能使市场走向成功，需要政府的干预和介入。特区目前市场经济体系还有待完善，社会自治能力弱，突出表现为行业协会、中介组织以及其他社会自治团体数量很少，发育不全。政府放权后，社会无法行使这些权力，致使出现“真空”地带，市场产生放任自流与混乱的现象，政府不得不再行干预介入。这造成一些政府职能部门无法立即精简，政府机构调整上有“大政府”的趋势。
进入20世纪90年代，特区面临着严峻的挑战：一是中国全方位、多层次开放局面的形成，造成了特区优惠的内移，出现了所谓的“特区不特”“特区内地化”等现象。二是“复关”进程的加速，从国际角度为特区进一步发展增加了更大的压力，提出了更高的要求。三是随各特区市场经济体制的建立和完善，行政体制不相适应的矛盾越来越突出。在内外双重压力下，特区如何增创体制优势，尤其是行政体制优势，摆脱旧的行政体制的束缚，建立起一个新的、适应于市场经济发展需要的行政体制，便成为特区发展的一项大事。
理论是行动的指南。系统、全面、成功的改革必须以思想解放作为先导。要摆脱现有特区行政体制改革的困境，必须首先解放思想，在理论上有所突破和创新，对特区行政体制改革加以理论上的再认识。我们提出下列四点：
1.特区行政体制改革必须以高度开放的外向型市场经济为基础
经济基础决定上层建筑，上层建筑必须为经济基础服务；随着经济基础的变革，上层建筑或迟或早必须作出相应的改变，这是历史唯物主义的最基本原理。特区的行政体制必须遵循历史唯物主义的这个基本原理，紧紧围绕特区的高度开放型的市场经济体制的发展和完善而进行。特区一开始就强调以市场为取向的外向型的经济体制。经过十几年的实践，特区率先在全国建立起社会主义市场经济体制框架，并建立起一种不同于全国其他地区的高度开放的外向型经济发展模式。这也是特区继续保持其在全国整体改革中的特殊地位的一个重要方面。特区行政体制改革应该紧紧伴随市场经济体制发展的步伐，围绕着这种高度开放的外向型市场经济，来界定和规范改革的内容、目标、手段和方式。
2.特区要更好地发挥排头兵的示范作用，行政体制改革现在应放在突出地位
特区行政体制改革应是全国改革的试验场，可以不断突破传统的“禁区”，全方位地进行超前改革。必须充分认识到，特区的行政体制改革不会改变特区的社会主义性质，不会危及根本的政治制度。明确强调特区行政体制改革的试验场功能不仅能够保持特区行政体制改革的一致性和历史继承性，而且更重要的是目前迫切需要将特区行政体制改革在全国整体改革中的地位明晰化。这是特区行政体制改革理论突破的制度动力，它保证特区行政体制改革在更大范围和程度上享有特区“优惠”的权利。
3.加快改革，使特区成为两种不同行政体制的“缓冲地带”
深圳、珠海和厦门等经济特区是祖国统一的前沿阵地，必须加快改革，使之成为两种不同行政体制的“缓冲地带”。1997年和1999年，香港、澳门分别回归祖国，台湾问题的解决也提上议事日程。为了保证香港、澳门在过渡阶段和回归后保持繁荣与稳定，为了使两岸的统一顺利解决，特区除了在经济体制改革方面继续努力之外，还可以在行政体制改革方面进行积极探索，按照国际惯例，吸收香港等地政府管理体制的某些合理因素，建立起灵活高效的现代化政府管理体制。
4.特区行政体制改革应遵循特定的模式
我们认为，这一模式可以表述为：特区行政体制=合理的结构+齐全的功能+廉洁高效的运行。这里，合理的结构指的是特区行政体制在机构设置和人员组成上要达到最合理的规模，这不仅有利于降低政府成本，而且是整个体制良性运转的基础；齐全的功能指的是特区政府功能必须是完整的，而不能是残缺零乱的，这些功能不仅包括适应高度开放的外向型经济要求的结构功能（即政府职能），也包括推动特区从旧模式向新模式转型的过程功能；廉洁高效的运行是就特区行政体制的动态而言的，是合理的结构和齐全的功能的最终体现，也是检验特区行政体制改革是否成功的根本标准。
基于上述关于特区行政体制改革的理论再认识和特区行政体制改革十几年的实践，我们认为今后的特区行政体制改革应遵循下述原则：
1.“两职能”原则
现在，关于特区政府职能有不同的根据，如“三职能”“五职能”等。
根据特区的实际情况，以及国外市场经济发展及政府干预的经验，我们认为特区政府的管理职能有两个基本的方面，即市场经济运行的外部保障职能和市场经济运行的调节职能。外部保障职能指的是特区政府要提供高度开放的外向型经济运行所需的公共服务，创造良好的外部环境，包括社会秩序的维持、社会自由和安全的保障、人力资源的培养等。调节职能指的是特区政府要利用有效的手段在合理的程度和范围内调节市场运行，有效弥补“市场失灵”（Market Failure）。“两职能”原则构架了特区政府同高度开放市场的关系，因为市场是资源配置的主体，政府的一切活动要尽量围绕市场进行，以达到市场运行的“帕累托最优”；又强调了特区政府在经济生活中的积极作用，政府可以通过改革自身，提高自我能力，寻找政府与市场的最佳接合点，积极影响经济的运行。
2.法制原则
法制原则是各国行政体制改革所通行的一条原则。尽管在以往特区行政体制改革过程中，法制原则被反复强调，但一直都没有落实，这不仅不利于整个行政体系的构建，也削弱了政府在改革中的权威性。法制原则的主要含义是：（1）要以法律形式确定行政体制改革咨询和推进机构的法律地位。在以往的特区行政体制改革中，真正意义上的改革咨询机构或者不存在，或者不正式，没有一个具有法律地位的权威的咨询机构对整体改革的内容、目标、方式和手段等加以科学、全面地论证和指导。因此，在今后的行政体制改革中，一定要大力加强咨询和推进机构的法律地位。要制定相关法律界定这些机构的职责、权限，尤其要保证它们在改革中的独立性和权威性。（2）要以法律形式确定改革方针、步骤，以保证整个改革进程有法可依，提高改革方案的权威性，避免半途淡化、虎头蛇尾。应该考虑以行政法规和人大法案的形式来确定一定时限的改革大纲和重点部门的改革方案，将特区的立法权充分运用到行政体制改革的过程中。（3）要以法律形式巩固改革成果。以法律文件形式确定改革成果已取得了较大的成效，但还不够，必须保证这些文件的法律严肃性，一旦确定，不经法定程序不得更改，否则就要依法制裁。
3.统一性原则
这是指要对特区行政体制中所有机构进行无一例外的统一的全面的改革。这项原则是针对特区行政体制改革中本位主义和投机主义严重性而提出的，目的是彻底打破部门主义对本部门的保护，对改革的阻挠。它有两个方面的基本内容：一是所有机构、人员都要精简，不论是应削弱的部门，还是要加强的部门。这种一律精简并不是一刀切，而是要依据改革前论证得出的合理比例和指数进行。这样一方面可以阻止部门之间的攀比和互找借口，另一方面也可以禁止所要加强的部门出现编制失控、再膨胀。二是任何阻挠改革的行为都必须予以禁止，必要时采取强制措施。行政体制改革实质上也是一种利益再分配的过程。在这一过程中，一些被弱化的部门（尤其是经济部门）不愿放弃既得利益，对改革采取拖延和抵制，一些被强化的部门也存在着本能扩张冲动，利用改革出现的制度“真空”来扩大本位利益，一些个人甚至会浑水摸鱼，滥用权力。所以应该从全面的角度来审视改革中出现的阻挠行为，采取强有力的措施来规范部门和个人的行为。
4.配套原则
这项原则最基本的出发点就是将特区行政体制改革看作一个系统，各方面的改革是这个系统中的子系统。各子系统之间的关系是互补的、互相支持、互相联系和相互作用的。只有各子系统之间耦合成功，才能发挥出整体的效应。配套改革原则的主要含义是：（1）在一项改革措施出台后，辅助性措施要相应及时跟上；（2）在一些重大的、有难度的改革措施出台前，必须先实施必要的铺垫措施；（3）一些实现功能或时效到期的改革措施要及时取消，或代之以新的、更高的措施；（4）各项改革要注重同步性和协调互补性。
5.连续改革原则
特区行政体制改革是一个连续的过程，贯穿于特区发展的始终。这不仅是因为高效、廉洁的行政体制不可能一蹴而就，而且也因为行政体制本身具有发展性。不改革就不能适应特区社会经济发展的需要。连续性改革原则特别强调将行政体制的根本性变革与平时的渐进调适有机地结合起来，不断修正体制的缺陷，根据实际需要增加体制的新功能。在关键时候，大胆突破旧模式，创立崭新的模式。
根据我国特区目前行政体制改革的实际情况提出上述的对特区行政体制改革的理论再认识及基本原则，我们对特区行政体制改革的主要方面提出如下的政策建议：
1.调整、理顺特区与中央及省政府的关系
如何处理好特区政府与中央及省级政府的关系，一直是特区发展中的一大难题。深圳、珠海、汕头和厦门四个特区存在着与省政府和中央政府的关系；海南特区是省级特区，只存在与中央政府的关系。我国对特区所采取的是条条、块块的管理办法，上到中共中央、国务院及各部委，下到特区所在的省的有关部门，都有权指挥、干预特区的工作。这种管理办法越来越不适应于特区的进一步发展。深圳等四个特区受省的制约很大。省政府在考虑特区时，往往不只是将特区视为全国的特区，而且要从全省的经济发展、财政收入等角度出发，将其作为全省经济发展的排头兵、聚宝盆；既希望特区多上缴税收，又希望它们不断扩大地盘带动其他地区一起发展；这些目标往往是不协调的、难以同时达成的。同时，中央给予特区的物资、优惠政策，也往往为省级部门所截留或打折扣。尽管深圳、厦门后来成为计划单列市，享有省级经济管理权限，但行政上仍属省政府领导，因而经济管理权限难以全面到位。海南省特区政府与中央政府各部门的关系未理顺。“小政府、大社会”本来是一个创举、好事，但因为“小政府”机构设置没有搞“上下对口”，机构人员少，综合性强，一个厅局往往要对付中央政府的几个乃至十几个部门，因而在职能发挥和工作联系上产生了困难。中央政府的一些部门未顾及海南特殊的“小政府”体制，要求海南设对口机构；有些部门常以海南省政府的机构设置与之不对口为由，减少或干脆不给海南物资或政策上的支持，使海南蒙受损失，并成为引发“小政府”机构膨胀的一个诱因。
为了克服弊端，理顺特区政府与中央及省级政府的关系，可以考虑采取如下的一些措施：（1）将特区政府置于中央政府的直接领导之下，撤销省级管理层次。（2）把中央特区管理权集中于专门的特区管理部门，减少条条的干扰。（3）赋予特区政府以更大的自主权，使特区管理权相对集中于特区政府。（4）尽快制定、颁布全国统一的经济特区基本法，创造依法管理特区的法制环境。
2.职能转变和机构设置
切实转变政府职能，进一步调整、改革政府机构是当前特区行政体制改革的核心。特区的行政体制改革要立足于特区市场经济发展的实际，借鉴国外市场经济发展的成功经验，按照转变职能和精简机构的要求，理顺政府与企业、政府与市场、政府与社会的关系，完善特区政府的宏观调控职能，加快机构改革的步伐。主要的措施是：
——理顺产权关系，使企业成为“四自”主体。这是切实转变政府职能的基础。要培育独立的市场主体，使企业成为法人产权主体和市场竞争主体，使之具有实际的资产占有、使用、处理和收益权，形成自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束的内在功能和运行机制：在此基础上，将政府的资产所有者职能与社会管理职能、宏观调控职能分开来，政府除直接管理极少数非竞争性、非营利性的企业外，将国有资产所有权委托给授权的投资机构，实行多元经营，实现政企分开、政资分开，使政府在计划经济中的微观、直接管理转变为市场经济的宏观、间接调控。
——根据前述的“两职能”原则，设立管理机构，加强宏观调控和监督部门，强化社会管理职能部门。特区的经济体制以高度开放型的市场经济为特征，并大多以“再造香港”和“设立自由港”为改革方向。与这种经济体制相适应，特区政府机构的设置可以划分为两个系统，一是保障系统。包括政务处理、公共安全、社会保障、公共服务等机构。二是调节系统。包括工商管理、税务管理、金融管理、贸易管理、经济导控等机构。这样可以达到理顺关系、精简机构和转变职能的目的。
——公共政策制定体系的内部优化。公共政策制定是政府的重要活动，公共政策的质量反映政府的综合能力。政府通过公共政策与社会环境沟通，以获取权威性与合法性。特区政府的管理对象是开放度高、经济发展快、科技文化变化迅速的社会，自由经济的模式更将特区同世界体系联系起来并受之影响，因而，特区政府可能面对巨大的社会、经济科技等政策要求的挑战，如何制定灵活、适用、高效的政策，就成为特区行政体系的首要任务。旧体制下的公共政策制定存在迷信经验、家长式独断决策、政策僵化、政策不稳、朝令夕改等弊病，归根到底是因为缺乏科学化与民主化的公共政策制定体系。而特区客观上则要求建立这种集科学化与民主化为一体的公共政策体系。
——进一步培育和发展社会中介组织，提高社会自治能力，缩小政府机构设置规模。
3.全面推行国家公务员制度
现代行政管理不能离开公务员制。高质量公务员队伍的存在，是特区行政体制良性运行的保证，特区应吸收、借鉴中外优秀的人事管理经验，特别是西方发达国家、地区以及东亚发达国家、地区公务员制的长处，创造出适合中国特区的公务员制度。
有人认为特区公务员制是全国公务员制的一部分，应同全国各地区一致，不应有特殊的地方。从中国公务员制发展的远景来看，这一认识可能是对的。然而就目前中国公务员制推广、发育的状况来看，特区的公务员制还是应该有特殊的地方，应该有超前性，这样才可能为全国的公务员制推广提供好的经验，成为完善全国公务员制的试验场。并且，特区在公务员制度建设方面起步早，如深圳是全国最早进行推广公务员制的试点，已积累了一定的经验，完全有可能再深入一步，探索出一条捷径。目前，特区公务员制应着重加强以下方面的改革：（1）应用合理方法核定人员编制；（2）分流富余人员；（3）适当提高公务员的工资。
4.勤政、廉政建设
建立高效、廉洁的政府既是市场经济良性运行的先决条件，又是社会主义国家人民群众当家作主的具体体现。“廉政才能稳定、勤政才有希望”，因此，要深化特区的行政体制改革，必须充分重视勤政、廉政问题。
首先，勤政廉政的指导思想必须有所改变。过去特区的勤政廉政建设的指导思想理想化成分太浓，一是将政府组织及行政人员非利益化，将“人民公仆”的理想视为现实，忽视了组织和个人对自我利益的追求；二是过于强调道德、党性的自律性。这种过于理想化的理论导致了勤政廉政建设中措施不硬，也削弱了特区行政组织和个人自我约束的能力。特区今后的勤政廉政建设的指导思想，应该在强调党性、理想道德教育特别是“公仆”教育的同时，注意三点：
——行政组织和个人都具有自我的利益追求，在改革中形成了正式或非正式的利益团体，他们都追求改革收益的最大化和成本的最小化；
——就整个行政体制在整体改革中的位置而言，勤政廉政建设就是要减少行政体制所耗用的社会成本，提高政府的效益；
——勤政廉政建设有效推行的基本前提是行政组织和个人的改革收益同整体改革所带来的社会收益相一致，或者两种收益的差被保持在一个可以容忍的限度之中。
所谓的勤政建设，主要指通过转变机关工作作风，改善工作方法来提高政府行政管理效率。提高行政效率是政府行政管理追求的目标，也是行政体制改革的归宿。转变政府职能，改革行政机构，转变机关工作作风及改善工作方法是提高政府行政管理效率的三个互相联系、缺一不可的方面。职能转变和机构改革必然要求转变工作作风、改善工作方法；而转变作风和改善方法反过来促进职能转变和机构改革。勤政对于整个行政体制的积极影响在于：一方面可以融通政府与公众之间的关系，提高政府的公共形象；另一方面可以提高政府的权威性。
特区勤政建设的基本途径是改变机关工作作风、改善工作方法，而建立和健全各种以目标管理为核心的岗位责任制，形成各种明确、简便、有效的办事程序则是转变机关工作作风，改善工作方法的核心内容。抓好这两方面的建设，无疑可以大大提高政府的办事效率。
廉洁是特区政府行政体制改革必须达到的另一个基本目标，一个好的政府不仅要灵活高效，而且更重要的是要廉洁，要为广大人民群众谋福利。廉政建设是保证特区稳定、保证特区改革开放和市场经济建设顺利进行的一项根本性任务。
特区的廉政建设已取得了相当的成果，各特区在反腐倡廉方面也取得了好的经验和方法。如深圳特区的“两公开一监督”、党风廉政建设和经济工作指数“双承包”责任制、反腐倡廉工作责任制、党风廉政目标表制度和综合治理等经验和措施。但是，就目前的现实看，特区的廉政建设不容乐观，甚至可以说任务比非特区或内地更艰巨。这是因为：第一，高速的经济发展与滞后的制度设置之间存在着巨大的落差，造成了许多制度的“真空”和“盲点”，同时也提供了大量的寻租机会；第二，行政人员在全社会成员收入水平表上的位置下降幅度较大，削弱了行政人员的道德自律，在显形收入较低的情况下，开始追求权力带来的隐形收入；第三，廉政建设不能持之以恒，依然秉承着“阵风”传统，存在着靠几次运动来消除腐败的心理。因此，特区在体制改革和经济建设的同时，必须大力抓廉政建设，加大反腐败的力度。