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1918年至1919年，契卡组织规模不断扩大。契卡直接指挥的特种部队1918年4月有750人，共六个连队，而到1920年1月增加到68322人。契卡的权力也不断增加。人民委员会于1918年9月5日授予契卡全权：把一切阶级敌人关进监狱；把所有参与反革命阴谋和组织的人就地处决，然后再公布名单和处决的原因。 [43]
列宁对契卡的作用作过评价。列宁说：“对我们来说，重要的是肃反委员会在直接实现无产阶级专政，它在这方面的作用是不可估量的。要解放群众，除了用暴力镇压剥削者，别无他法。肃反委员会就是干这个的，它对无产阶级的功绩就在这里。” [44]
列宁在肯定契卡工作积极方面的同时，也十分注意契卡工作中的问题。契卡有时打击面过大，一些人被误判、误杀。列宁对这种现象非常关注。
1919年3月4日，察里津省肃反委员会工作人员卡拉什尼柯夫在察里津第三区房管科室里发现了一张被人涂抹过的列宁画像。这张画像是从一本列宁传略的小册子上撕下来的。契卡展开调查。涂抹画像的是房管科女职员比尔施科娃，她17岁，是一个原林业资本家的女儿。她以反革命罪名立即被捕。察里津警察分局局长乌萨恰夫和红军战士米宁打电报给列宁，请求释放这个女职员。3月6日，列宁给察里津省执委会发去电报，询问事情的起因。3月8日，列宁再次给察里津方面打电报表示，因涂抹画像而逮捕人是不行的。 [45] 在列宁的干预下察里津方面撤销了对这个女职员的立案。
米哈伊洛夫因被指控进行反革命活动而被捕。北德维纳省克拉斯诺戈尔斯克肃反委员会已作出决定：把他作为苏维埃政权的敌人枪决。米哈伊洛夫的家人向列宁求救。1919年2月10日，列宁给沃洛格达肃反委员会发出电报，指示将这件事的结论性意见报来。 [46] 在列宁的过问下，米哈伊洛夫的案件转到全俄肃反委员会特别部。该部认为证据不足，将此案交全俄中央执委会革命法庭审理。1919年3月17日，米哈伊洛夫获释回家。一场冤案被列宁及时地制止。
列宁的前任秘书犯了错误，契卡准备从严惩处。1918年3月4日（2月19日），列宁给捷尔任斯基写信：“来人西多连科曾给我当过几天私人秘书。我对他十分满意。他被免职是因为据说他有一次喝醉了酒，叫喊自己是‘列宁的秘书’。西多连科对我说，他深感后悔。我个人也愿意完全相信他。小伙子年轻，我看他很好。对青年人应当宽容。请您酌情处理，看给他安排一个什么工作合适。” [47]
1919年9月4日，彼得格勒第一师范学院和幼儿师范学院的教授萨宗诺夫被彼得格勒省肃反委员会逮捕，罪名是参加了“人民自由党”（即立宪民主党）。科学院研究人员斯特罗耶夫等三人从彼得格勒打电报给教育人民委员部部务委员克鲁普斯卡娅，“请求协助释放我们在科学院、人民委员部的同事萨宗诺夫教授。萨宗诺夫不是立宪民主党人，我们对此全力担保”。 [48] 9月9日，列宁在这封电报上作了批示：“捷尔任斯基：我的意见可以释放（如果没有罪证），要找两名保人，逃跑了可以惩治他们。此件抄送米。尼·波克罗夫斯基。” [49] 1919年9月18日，彼得格勒省肃反委员会会务委员会决定释放萨宗诺夫。
这样的例子非常多，以上仅举四例。列宁非常了解契卡的工作，了解契卡工作的独特性，了解非常时期契卡工作的一些不可避免的失误。列宁对待契卡有两个基本原则：（1）从大处着眼，从捍卫无产阶级专政的高度来认识其重要性。列宁说：“我们不仅听到敌人而且常常听到朋友攻击肃反委员会的工作，这是毫不奇怪的。我们肩负着艰巨的任务。既然我们担负着管理国家的工作，自然难免犯许多错误，而肃反委员会的错误自然最惹人注目。庸俗的知识界抓住这些错误不放，不愿深究问题的本质。在指责肃反委员会错误的叫声中，令我奇怪的，是他们不善于从大处着眼提出问题。我们有些人只盯着肃反委员会的个别错误。大哭大闹，纠缠不休。”（2）“要从错误中学习”，“问题当然不在于肃反委员会工作人员本身，而在于他们工作的性质；这种工作要求果断、迅速、而主要的是忠诚”。“我们可以根据经验说，剥夺资产阶级是通过艰巨斗争即通过专政来实现的。”因此，“我们只好一方面学习如何进行创造性的工作，一方面粉碎资产阶级的反抗”。 [50] 列宁主张把肃反委员会中的异己分子运用自我批评的办法赶出去，纯洁肃反委员会的队伍，同时，力争使肃反委员会尽量少犯错误。
在内战时期，随着契卡权力的不断扩大和活动领域的不断扩展，它与其他机关的矛盾就越来越大。列宁拿出许多精力来调解这些矛盾。契卡同各级苏维埃发生了很大矛盾。契卡从上到下自成体系，不接受各级苏维埃的领导。1918年8月29日，肃反委员会主席捷尔任斯基说：“各级契卡毫无疑义是独立的。它必须无保留地执行最高机构（全俄契卡）的一切指示。各地契卡只需向苏维埃提交报告，而苏维埃或它的任何部门，在任何情况下，都不得取消或延误全俄契卡的指示。” [51] 对此情况，内务人民委员彼得罗夫斯基尖锐地批评道：“一切权力归苏维埃将很快被一切权力归契卡所取代。” [52]
契卡成立铁路局后，又与交通人民委员部产生了摩擦。铁路肃反委员会干涉铁路部门的行政工作。例如，斯维尔德洛夫来电，抗议铁路肃反委员会干涉科斯特罗马火车站行政部门的工作。1919年2月24日，列宁主持国防委员会会议，专门作出《关于铁路肃反委员会不得干涉铁路部门行政事务的决议》，并规定了全俄肃反委员会、铁路肃反委员会和交通人民委员部之间的相互关系。
契卡同其他机关的矛盾，一方面表明新政权成立后政治机制还不完善；另一方面国内战争的非常局势，也使契卡有时不得不越权处理紧急事务，以扭转局势。